쟁점토지 농지전용부담금을 필요경비로 인정 여부

OOO서장이 2020.11.18. 및 2021.4.16. 청구인들에게 한 2018년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분은 2009.11.26. AAA과 BBB 명의로 납입한 OOO 소재 토지 외 4필지 토지의 농지전용부담금 OOO원, 2011.3.17. 청구인 CCC 명의로 납입한 OOO 소재 토지 외 2필지 토지의 농지전용부담금 OOO원 합계 OOO원을 양도자산의 필요경비에 각각 산입하여 그 과세표준과 세액을 각각 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인들은 2009.12.29. OOO 외 20필지 전 9,478㎡와 임야 7,561㎡ 합계 17,107㎡를 OOO원에 취득하고, 취득한 토지 중 같은 리 330-2와 696 전 합계 483㎡를 제외한 나머지 토지에 대하여 2011.4.19. 지목을 대지 16,332㎡와 도로 224㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)로 변경한 후 2011.6.7. 그 지상에 1종 근린생활시설 9개동 2,924.24㎡를 신축(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)하여 보유하다가 2018.3.27. 쟁점부동산을 OOO원에 주식회사 AAA에게 양도하고 취득가액은 쟁점토지 OOO원(실지거래가액)으로, 쟁점건물 OOO원(환산취득가액)으로, 개발부담금 OOO원과 부동산중개수수료 OOO원을 쟁점토지의 기타 필요경비로 하여 2018년 귀속 양도소득세 신고․납부하였다.
• 나. 청구인들은 2020.10.7. 및 2021.1.8.에 쟁점토지에 대한 상하수도, 옹벽, 토목 및 도로개설 등의 택지개발비용에 대한 감정평가액 OOO원(이하 “쟁점공사비”라 한다)과 농지전용부담금 OOO원(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 필요경비에 산입하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원(청구인 DDD OOO원, 청구인 CCC OOO원)을 환급하여 달라는 내용으로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.11.18. 및 2021.4.16. 쟁점공사비가 1개 감평평가기관의 소급감정가액으로 실지 지출증빙에 의하여 확인된 가액이 아니고, 쟁점부담금 또한 청구인들이 쟁점토지를 취득하기 이전인 2009.11.26.에 청구인들의 친인척 명의 등으로 납입된 것으로 이를 필요경비로 인정할 수 없다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장

(1) (쟁점① 관련) 청구인들이 쟁점토지를 취득하고 그 지상에 근린생활시설을 신축하기 위하여 토목공사를 시행하였으므로 쟁점공사비는 쟁점토지의 필요경비로 보아야 한다. (가) 쟁점공사비는 취득당시 농지인 쟁점토지를 건축이 가능한 대지 및 도로로 지목변경하고 청구인들이 지출한 토지개발 비용으로서 쟁점토지의 자본적 지출액이다. 1) 청구인들은 지목이 전(田)으로서 농지상태인 쟁점토지를 2009.12.16. 공유로 취득하고, 쟁점토지상에 근린생활시설(소매점)을 신축하기 위하여 택지로의 개발행위허가를 받은 후 농지상태인 쟁점토지의 토목공사를 시행하여 상하수도, 옹벽, 토목, 도로공사 등을 마무리하여 택지로 개발하였고, 2011.2.24.과 2011.3.2. 각각 개발행위준공검사필증을 OOO시장으로부터 교부받았으며, 이에 따라 2011.4.21. 쟁점토지의 지목이 전에서 대지 또는 도로로 변경되었다. 그러나 청구인들은 쟁점토지를 택지로 개발할 당시 세무상의 인식이 부족하여 쟁점토지의 개발공사비에 대한 증빙자료를 수취하지 않았거나 수취한 증빙마저 시간이 경과함에 따라 제대로 보관하고 있지 아니하여, 7년여가 경과한 2018년 쟁점토지의 양도시에는 개발비용으로 지출한 금액을 직접적인 지출증빙으로 입증하기는 어려운 점이 있었어 쟁점토지를 취득하여 택지로 개발할 당시 소요된 쟁점토지의 개발비용을 공인된 감정평가기관에 의뢰하여 산출하였고, 그 결과 쟁점공사비인 OOO원이 지출된 것으로 확인되었다.

2. 쟁점토지가 취득당시 농지인 사실, 쟁점토지 지상에 건축물을 신축하기 위해 쟁점토지를 택지로 개발한 사실 및 쟁점토지의 지목이 대지 또는 도로로 변경된 사실이 객관적인 증빙에 의해 입증되고, 이러한 일련의 과정에서 토목공사 등 택지조성을 위한 공사가 있었다는 사실 또한 명백하며, 그 과정에서 택지개발을 위해 지출되는 토목공사비 등의 지출이 필수적이라는 사실은 구체적인 지출증빙에 의해 증명되지 않더라도 사회통념이나 경험칙상 너무나도 명명백백한 것이고, 이와 같은 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의 입증이 부족하다 하여 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반한다고 할 것이므로 이와 같이 필요경비의 존재가 분명한 경우라면, 합리적인 방법을 통하여 쟁점토지의 개발비용인 토목공사비를 산정한 이 건 감정가액인 쟁점공사비를 쟁점토지의 양도소득에 대한 필요경비로 인정되어야 한다. (나) 청구인들이 쟁점토지를 취득한 후 쟁점공사비를 지출한 사실은 금융증빙 등의 직접 증빙이 없더라도 제반 사실과 간접증빙에 의해 명백히 입증되므로 공인된 감정기관에서 토목공사비 등의 토지개발비용으로 평가한 쟁점공사비를 쟁점토지의 자본적 지출로 인정하여 필요경비로 반영하여야 한다. 양도소득금액을 계산할 때 필요경비로 산입할 금액은 양도가액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이어야 할 것이며, 일반적으로 용인되는 통상적인 것이라 함은 다른 납세의무자도 동일한 상황 아래에서 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 참조)하여야 할 것인바, 농지에서 대지로 용도변경이 되려면 관할 지방자치단체에 허가를 득하고 승인절차를 거쳐 토목공사 등 개발공사를 거쳐 건축이 가능한 택지로 전환되는 것은 주지의 사실이고, 청구인들이 쟁점토지의 지목변경에 따른 간주취득세를 납부한 사실, 농지전용부담금을 납부한 사실, 개발행위준공검사필증을 교부받은 사실과 쟁점토지의 지목이 대지 등으로 변경된 사실 등의 제반 증빙에 비추어 쟁점토지의 용도변경과 관련한 토지개발비용이 지출되었다는 사실은 너무도 명백한 것이므로 비록 지출과 관련한 금융증빙 등이 없다 하여 비용의 지출사실 자체를 부인하는 것은 사회통념이나 경험칙 또는 조리에도 반하는 것이다. 경험칙상 필요경비의 발생이 명백하거나 필요경비의 존재가 분명한 경우에 있어서는 산정이 가능한 범위내에서 그 금액이 입증되는 경우 이를 필요경비로 인정하여야 할 것이며(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결, 대법원 1999.1.15. 선고 97누15463 판결 등, 같은 뜻임), 납세자가 필요경비의 증빙자료를 제출하지 않는 경우 필요경비가 없는 것으로 볼 수는 있을 것이나, 납세자가 필요경비를 지출한 것이 명백하다면 그 자본적 지출액을 감정의 방법으로 산정하여 그 감정가액을 필요경비로 공제할 수 있는 것이므로(OOO행정법원 2012.10.17. 선고 2011구단 18383 판결, 같은 뜻임) 직접적인 지출증빙이 없다 하여 필요경비를 모두 부인할 수는 없다고 할 것이고, 공인된 감정평가법인이 합리적이고 객관적인 방법에 의해 토목공사비를 산출한 감정가액인 쟁점공사비는 쟁점토지의 자본적지출액으로서 쟁점토지의 양도와 관련한 필요경비로 인정되어야 한다. (다) 청구인들이 쟁점공사비에 대한 세금계산서나 금융증빙 등의 증빙을 수취하지 아니하였다 하더라도 감정가액으로 산출된 쟁점공사비를 필요경비로 인정하는 것이 쟁점토지의 양도 당시 소득세법 시행령제163조 제3항의 규정 내용에 기속되지는 않는다. 쟁점토지의 양도당시의 소득세법 시행령제163조 제3항에서는 “법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.”고 규정하고 있으나, 동 규정인 소득세법 시행령제163조 제3항의 규정은 2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정되어 시행되었는바, 동 시행령 부칙 제19조에서는 “제163조 제3항의 개정규정은 2018년 4월 1일 이후 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 자본적 지출액 등으로서 2016년 2월 16일 이전에 지출한 분은 대통령령 제26982호 소득세법 시행령 일부개정령 부칙 제24조를 적용한다”고 규정하고, 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 소득세법 시행령부칙 제24조에서는 “이 영 시행 전의 자본적 지출액 등에 대해서는 제163조 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있으며, 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 소득세법 시행령제163조 제3항에서는 “법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다”고만 규정하여, 지출에 관한 증명서류를 수취 보관한 경우를 의무요건이나 필요요건을 규정하고 있지 않으므로 직접적인 지출 증빙이 아니라도 간접증빙과 제반사실에 의하여도 개발비용의 지출이 명백하다면 감정가액으로 산정된 쟁점공사비도 이를 필요경비로 인정하여야 할 것이며, 관련 법령의 규정이나 법리에 저촉되지 않는다.

(2) (쟁점② 관련) 쟁점부담금은 청구인들이 농지인 쟁점토지를 취득하여 취득당시 농지인 쟁점토지상에 소매점을 건축하기 위해 지출한 토지개발 비용이므로 이를 필요경비에 산입하여야 한다. (가) 쟁점부담금은 취득당시 농지인 쟁점토지를 건축이 가능한 대지 및 도로로 지목변경하기 위해 청구인들이 지출한 토지개발 비용으로서 쟁점토지의 자본적 지출액이다. 1) 다수의 국세청 예규나 조세심판례에서는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정함에 있어 거주자가 농지에 건물을 신축하기 위하여 농지법 제38조 에 따라 농지전용허가 조건으로 부담한 농지전용부담금(농지보전부담금)은 당해 토지에 대한 자본적 지출에 해당하는 것이라고 해석하고 있다.

2. 청구인들은 지목이 전으로서 농지상태인 쟁점토지에 쟁점토지상에 근린생활시설(소매점)을 신축하기 위하여 개발행위허가를 신청하면서 일부 면적의 경우 청구인들 외에도 청구인들의 친척인 AAA과 BBB의 명의로 신청한 바 있으나, 이는 허가신청의 편의상 명의를 나누어 신청한 것일 뿐 쟁점토지의 소유권은 모두 청구인들의 명의로 이전되어 쟁점부담금이 AAA과 BBB의 명의로 납부되었다고 하더라도 청구인들이 소유하였던 쟁점토지의 개발비용으로 자본적 지출에 해당하는 사실은 명약관화한 것이다. 위와 같은 사실은 청구인들이 제출한 농지전용부담금 납입확인서, 개발행위준공검사필증, 건축허가서, 건축관계자변경신고필증 및 청구인 DDD의 예금거래실적증명서 등의 사실관계에서도 명백히 확인된다. (나) AAA 및 BBB 등의 명의로 OOO에 납부한 쟁점부담금은 쟁점토지의 개발행위 허가를 득하기 위하여 부득이하게 청구인들이 AAA 및 BBB 명의로 납부하였다.

1. 농지를 매매하여 동 토지에 건물을 신축하기 위해서는 다음과 같은 절차가 필요하다.

• 가) 농지매매계약을 체결하여 계약서를 작성하거나 당사자 간 농지를 매매하기로 약정하고 잠정 계약을 하는 경우 토지대금의 상당부분을 지불하고 지주로부터 ‘토지사용승낙서’를 교부받으면 소유권이전등기를 하지 않은 상태에서도 농지전용허가를 신청할 수 있는바, 잔금은 농지전용허가가 나온 후 지불하고 매수인이 농지의 소유권을 등기이전하게 된다.
• 나) 농지의 전용허가신청은 농지소재지 농지관리위원회(읍, 면)확인을 거쳐서 시, 군을 경유하게 되는바, 농업진흥지역과 농업진흥 지역 밖(관리지역의 논, 밭)의 경우에 신청 규모에 차이가 있으며, 일정규모는 시, 군청에 전용허가권한이 있고 그 이상 규모는 도청에 신청해야 한다. 농지전용허가신청은 개발행위(건축)를 하고자 하는 자의 명의로 신청하는 것이므로 건축허가를 받고자 하는 자의 명의로 신청하고, 건축허가를 받아 농지보전부담금을 납부하는바, 대체농지조성비(농지보전부담금)는 논, 밭을 대지로 전환하는데 따른 개발이익을 환수하고 농지감소에 따른 대체농지조성을 위한 기금적립을 위해 농지전용시에는 공시지가의 30%의 농지보전부담금을 징수하도록 하고 있다.
• 다) 위와 같이 농지전용부담금을 납부한 후 건축주가 관할 등기소에 매수하는 농지의 소유권이전등기를 신청하며, 전용허가를 받아 농지를 취득하면 취득일로부터 2년 이내에 목적사업(건축)에 착수하도록 되어 있고, 농지전용허가를 받아 건물을 건축할 때는 공사가 끝나 건물에 대한 준공검사절차를 마쳐야 농지전용절차가 완료되며, 건물준공검사가 끝나야 이를 근거로 지목변경등기가 이뤄지고 비로소 지목이 논밭에서 대지로 바뀐다.
• 라) 즉 농지전용부담금의 납부의무자는 수 허가자(허가를 받는 사람)이고, 대부분의 수 허가자가 토지소유자이기는 하나 농지전용허가신청 당시 필수적으로 농지 소유자인 매도인이나 매수인일 필요는 없는 것이며, 개발행위(건축 등)허가를 신청하는 자가 농지전용부담금을 납부하도록 되어 있다.

2. 청구인들은 쟁점토지를 매수하여 근린생활시설을 신축하고자 전 소유자의 토지사용승낙을 받아 청구인들의 명의로 쟁점토지의 일부에 대해 건축허가를 신청하고 농지전용부담금을 납부하였고, 다른 일부토지는 청구인들의 형제·자매인 AAA과 BBB 명의로 건축허가를 신청하고 청구인들의 자금으로 쟁점부담금을 납부하였는바, 농지전용부담금 납부후 쟁점토지를 청구인들의 명의로 소유권이전하기 위해 AAA 및 BBB 명의로 신청되어 허가된 건축허가에 대해 다시금 청구인들의 명의로 건축관계자변경신고를 하고 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 하게 된 것이다. (다) 위와 같은 청구인들의 주장사실은 청구인들이 제시하고 있는 증빙에 의해 다음과 같이 명백히 확인된다.

1. 청구인들이 제시하고 있는 증빙인 OOO시장의 건축허가서 4매의 내용을 보면, 2009.10.26. 청구인 CCC 명의로 OOO외 2필지 면적 4,831㎡상에 제1종근린생활시설 640㎡의 건축허가서를 OOO시장으로부터 교부받은 사실, 2009.10.26. 청구인 DDD 명의로 OOO외 3필지 면적 4,728㎡상에 제1종근린생활시설 640㎡의 건축허가서를 OOO시장으로부터 교부받은 사실이 확인되며, 2009.11.20. 청구인 CCC의 자매 BBB 명의로 OOO외 2필지 면적 3,300㎡상에 제1종근린생활시설 640㎡의 건축허가서를 OOO시장으로부터 교부받은 사실, 2009.11.20. 청구인 DDD의 형제인 AAA 명의로 OOO외 2필지 면적 3,300㎡상에 제1종근린생활시설 640㎡의 건축허가서를 OOO시장으로부터 교부받은 사실이 확인된다. 다음으로 BBB이 2009.11.20. OOO시장으로부터 건축허가를 받아 건축허가를 받은 3필지의 토지에 대한 농지전용부담금 OOO원을 OOO에 2009.11.26. 납부한 사실이 OOO이 확인한 농지전용부담금 납입확인서에 의해 확인되며, 같은 날 AAA 역시 건축허가를 받은 3필지의 토지에 대한 농지전용부담금 OOO원을 납부한 사실이 OOO이 확인한 농지전용부담금 납입확인서에 의해 확인된다. 그 후인 2009.12.14. BBB과 AAA이 신청한 건축허가에 대해 청구인들인 CCC와 DDD으로 건축주가 변경된 사실이 OOO시장이 발행한 건축관계자변경신고필증에 의해 확인되고, 이와 같이 청구인들에게 건축주 변경이 완료되고 나서 쟁점토지가 2009.12.16. 매매를 원인으로 2009.12.29. 소유권이전등기 접수되어 전 소유자들로부터 청구인들의 명의로 소유권이전된 사실이 쟁점토지의 등기부등본 갑구에 의해 확인되며, 2009.11.26. BBB과 AAA이 납부한 쟁점비용 OOO원에 해당하는 OOO원(인지대, 기타 수수료가 포함된 금액)이 청구인 DDD의 OOO 계좌에서 2009.11.26. 지급된 사실이 OOO은행 OOO신도시 지점에서 발행한 청구인 DDD의 예금거래실적증명서에 의해 확인된다.

2. 경기도 김포시장이 발행한 개발행위준공검사필증에 의하면, 청구인 DDD과 CCC는 2009년 10월부터 2011년 2월까지 기간 중 쟁점토지상에 소매점을 신축하는 개발행위를 완료하고 각각 2011.3.2.과 2011.2.24. 준공검사를 받은 사실이 확인된다. (라) 처분청 답변에 대한 항변내용은 다음과 같다.

1. 건축물을 신축하기 위해 임차한 농지를 대지로 지목변경함에 따라 토지의 임차인이 농지보전부담금을 부담한 후 필요에 따라 당해 토지를 취득하여 양도한 경우, 동 농지보전부담금은 당해 양도자산의 필요경비에 해당하지 않는다는 국세청 예규(재산-31, 2009.9.25.)는 이 건에 적용할 사안이 아니다. 청구인들은 양도토지를 전 소유자로부터 임차한 사실이 없으며, 청구인들은 개발행위를 목적으로 먼저 양도토지에 대한 매매계약을 체결한 후 매매계약 이행 중 사용승낙을 받아 건축허가를 신청하고 농지보전부담금을 부담하였다. 즉 국세청 예규의 사실관계처럼 토지를 임차하고 필요에 따라 임차토지에 건물을 신축하고 추후 토지를 취득한 것이 아니다. 청구인들은 건축을 목적으로 한 쟁점토지의 매매를 위한 원인행위가 먼저 있었고, 잔금지급이나 등기접수일 전에 건축행위를 위하여 농지보전부담금을 부담한 것이므로 토지의 개발행위와 개발된 토지의 소유 주체가 모두 청구인들이다.

2. 청구인들은 쟁점토지의 취득시 매매계약서를 작성하였는바, 매매계약일은 2009.7.29.이고, 계약금을 지급하고 매매계약서 특약에 따라 양도인으로부터 토지사용승낙서를 받아 2009.11.20. 청구인 CCC의 자매 BBB 명의로, 2009.11.20. 청구인 DDD의 형제인 AAA 명의로 건축허가를 신청·허가받고 쟁점부담금을 납부하였으나, 실지 건축주는 청구인들로서 청구인들이 쟁점부담금을 지급하였다. 쟁점토지의 등기부등본상 등기원인일과 등기접수일이 실지 매매계약서와 다른 것은 AAA과 BBB 명의로 신청하여 진행한 건축행위에 대해 건축주 명의를 실지 소유자인 청구인들로 2009.12.14. 변경하였고, 매매계약서상의 잔금 대부분을 쟁점토지에 담보권이 설정된 양도인들의 OOO은행 대출금 채무를 양수인인 청구인들이 승계하기로 약정하여 구태여 매매계약서상의 잔금지급예정일까지 소유권이전을 지체할 이유가 없었으므로 2009.12.14. 청구인들로 건축주가 변경되자 곧바로 쟁점토지의 소유권이전등기 편의를 위해 계약일을 2009.12.16.로 잔금일을 2009.12.29.로 한 계약서를 작성하여 소유권이전등기를 하게 된 것이다. 한편 청구인들이 제출하고 있는 실지매매계약서상의 특약사항에 기재된 바와 같이 청구인들은 쟁점토지상에 골프연습장을 건축하고자 하였으나 수익성이 좋지 않고 주변 토지주의 반대 등의 문제가 있어 근린생활시설(소매점) 신축으로 변경하였다.

• 나. 처분청 의견

(1) (쟁점① 관련) 청구인들은 토목공사비에 대한 지출증빙 미수취 또는 분실을 이유로 지목변경일자로 소급감정받아 제출한 감정평가서 상의 평가액인 쟁점공사비를 쟁점토지의 자본적 지출액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 이는 다음과 같은 이유로 인정할 수 없다. (가) 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 하는바, 양도가액과 필요경비를 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 경우 양도가액에서 차감할 자본적 지출액 등 기타필요경비에 대한 증빙이 없는 경우 감정평가액을 필요경비로 인정하는 것은 근거과세원칙에 반한다. 납세자는 거액의 개발비용의 지출을 금융증빙이나 거래증빙 등을 쉽게 입증할 수 있음에도 지출당시의 통장거래내역이나 수수한 영수증 일체를 제출하지 아니하고, 미수취 또는 분실 등의 이유로 증빙이 없다고 하여 감정가액을 기타필요경비로 인정하여 줄 것을 청구하는 것은 근거과세원칙 상 인정할 수 없다. (나) 양도소득세 양도차익은소득세법제100조 제1항에서 “양도가액을 실지거래가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다”고 규정하고 있고, 같은 법 제97조 제2항에서 “취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우 필요경비는 취득가액에 자본적 지출액 등과 양도비 등을 더한 금액으로 한다”라고 규정하고 있으므로 양도가액과 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우 자본적 지출액과 양도비 등 기타필요경비로 지출증빙이 확인된 실지거래가액으로 하여야 한다. 필요경비는 납세자에 유리한 것이고, 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안하면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대하여는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증책임을 지우는 것이 공평의 관념에도 부합한다 할 것이므로 기타필요경비를 감정가액으로 산정하는 것은 양도차익 산정원리에 반한다. 예외적으로 취득당시 실지거래가액을 확인할 수 없어서 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우 필요경비의 계산을 납세자의 선택에 의하여 환산취득가액과 개산공제액의 합계액과 자본적 지출액과 양도비의 합계액 중 큰 금액으로 산정할 수 있도록 규정하고 있다. 청구인들은 양도가액과 취득가액을 실지거래가액으로 산정하였고, 기타필요경비 중 개발부담금 OOO원, 중개수수료 OOO원을 필요경비에 산입한 사실이 확인되므로 증빙이 없는 쟁점공사비(토목공사비)를 공제를 제외하는 것이 필요경비를 0원으로 하는 것은 아니어서 과잉금지원칙에 반하는 것이 아니므로 필요경비로 공제받으려면 금융증빙이나 세금계산서 등 실제거래증빙을 제시하여야 한다. (다) 소급 감정된 1개의 감정가액은 평가의 객관성과 공정성을 인정할 수 없다 소득세법 시행령제176조의2 제3항 제2호에서 감정가액은 2개 이상의 감정평가업자의 평가에 의하도록 되어 있고, OOO원 이하의 소액 자산에 한하여 1개 감정평가업자의 감정가액을 시가로 인정하고 있는바, 이 건에서 1개의 감정평가기관의 감정평가액만 있으므로 객관성과 공정성을 있다고 볼 수 없다. 또한 감정평가서의 평가서 작성일이 평가기준일 8년 이상이 지난 평가기간 밖의 것이므로 감정가액으로 인정할 수도 없다. (라) 소득세법 시행령제163조 제3항의 필요경비 인정요건 명확화라는 개정 취지에 반한다. 2016.2.17. 이후 지출분부터 세원양성화 등 거래투명성 제고를 위하여 신용카드매출전표, 세금계산서 등 법정 증빙서류 구비의무를 부여하여 자본적 지출액의 필요경비 인정요건을 명확히 하였는바, 개정전 세법의 적용에 있어서도 법정증빙이 아니라도 지출증빙의 구비는 엄격하게 적용하여 근거과세 원칙을 견지하여야 함에도 개정전 세법에서 지출증빙의 구비요건이 필요없는 것으로 오인해서는 안 된다. 증빙이 없다 하여 감정가액을 기타필요경비로 인정하면 거래시 자의적으로 증빙을 수취, 보관하지 않는 것을 정당화하거나 보관중인 증빙을 의도적으로 은폐하고 감정이라는 편법적 수단으로 비용을 인정받는 문제와 성실하게 적격증빙을 수취․보관 후 양도소득세를 신고하는 납세자와의 과세형평문제 및 거래상대방의 세원탈루 등의 문제가 발생하여 근거과세의 근간이 무너질 수 있다. (마) 개발비용에 대한 소급감정은 개발전 현황 자료수집의 문제로 감정평가서의 객관적 검증이 사실상 어렵다. 청구인이 제시한 감정평가서(평가기준일 2011.4.21., 작성일 2020.3.25.)에 나타난 토공사 산출근거를 보면 지역주민에게 문의한 내용을 근거로 개발행위전 주변토지의 현황과 2019년 현시점에서 조성부지와 국도 및 주변토지의 레벨 등을 측량한 내용으로 도면작성 후 산출근거서를 작성하여 터파기, 되메우기, 잔토처리 및 성토물량을 산정함으로써 평가서작성일이 평가기준일과 괴리된 점, 개발행위 이전의 실측현황에 대한 명확한 비교기준이 없어서 감정평가서에 대한 객관적인 평가가 어렵다. 개발행위 이전의 토지현황에 대한 사진, 도급계약서, 견적서 및 시방서 등 증빙이 없고, 개발행위허가신청서, 공사계획평면도, 개발행위준공검사신청서 및 준공도면으로는 토지조성비에 대한 공사내역 산출 근거를 찾을 수 없다. OOO로부터 개발행위허가신청서, 준공서류 및 도면을 입수하여 2019년 시점의 사항을 토목설계회사에 의뢰하여 2019년 현재의 현황측량을 한 후 도면을 작성하여 그 근거로 토공사의 성토물량과 구조물 축조 물량 및 우수관 공사, 포장공사 등의 물량을 산출한 후 OOO의 단가를 적용하여 내역서에 반영한바, 평가기준일 현재의 원형대로 감정한 것으로 보이지 않으므로 평가기준일 현재의 시가를 반영하는 감정가액으로 보기 어렵다. 또한 우수공사의 경우에도 현장조사시 우수관과 맨홀 등의 실제 수량파악에 대한 조사내용이 없어서 감정평가내용을 그대로 인정하기도 어렵다. 자재비도 실제 공사에 투입된 자재에 대한 평가액이 아니라 측량도면과 산출근거에 의한 물량과 OOO의 단가를 획일적으로 적용하여 현장에 투입된 실제 자재를 기준으로 평가하지 아니한 점에서 객관성을 담보하기 어렵다.

(2) (쟁점② 관련) 쟁점부담금은 청구인들이 쟁점토지를 취득하기 이전에 타인 명의(AAA, BBB)로 납부한 농지전용부담금으로 청구인의 자본적 지출액으로 인정할 수 없다. 청구인들은 일정 규모 면적인 경우 개발행위허가권이 시장이 아니라 도지사에 있어서 허가신청을 명의를 분산하여 신청하였다고 주장하나, 명의자의 개발행위허가신청 및 건축허가신청을 이제 와서 부인할 근거가 없으므로 당초 명의자 이름으로 납부된 쟁점부담금을 청구인들의 농지전용부담금으로 보아서 기타 필요경비로 볼 근거가 없다. 또한 당초 명의자와 변경허가자가 친인척 간으로 실제 명의자와 부담자가 누구인지를 명확히 할 근거가 없으므로 당초 명의자 이름으로 납부된 농지전용부담금은 그대로 명의자의 부담금으로 볼 수 밖에 없으며, 부담금의 정산은 당사자간에 해결할 문제일뿐이다.

• 가. 쟁점

① 감정평가기관이 감정한 쟁점토지의 택지개발비용 OOO원을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

② 쟁점토지의 농지전용부담금을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부 개정된 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정는 금액의 합계액
• 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 삭제 <2014. 1. 1.>

⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 일부 개정된 것) 제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 “자본적 지출”이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

④ 삭제 <2000. 12. 29.>

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

• 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
• 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
• 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
• 라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용
• 마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 “금융기관”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. ※ 부 칙 <대통령령 제28637호, 2018.2.13.> 제19조(양도소득의 필요경비에 관한 적용례) 제163조 제3항 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분의 개정규정은 2018년 4월 1일 이후 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 자본적 지출액 등으로서 2016년 2월 16일 이전에 지출한 분은 대통령령 제26982호 소득세법 시행령 일부개정령 부칙 제24조를 적용한다. (3) 소득세법 시행규칙(2018.3.21. 기획재정부령 제670호로 일부 개정된 것) 제79조(양도자산의 필요경비 계산등) ①영 제163조 제3항 제4호에서 “기획재정부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 하천법ㆍ댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산 양도와 관련하여 청구인들이 한 양도소득세 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표1>과 같다.

(2) 처분청은 청구인들의 2020.10.7. 쟁점①과 관련한 경정청구에 대하여 소급감정평가액으로 산정한 쟁점공사비는 양도차익 산정원리에 반하고, 1개의 소급감정평가가액만 있어 객관성과 공정성이 없으며, 소득세법 시행령의 개정취지 등에 반하여 쟁점토지의 자본적 지출액으로 인정할 수 없다고 보아 2020.11.18. 거부처분하였고, 청구인들의 2021.1.8. 쟁점②와 관련한 경정청구에 대하여 쟁점부담금은 토지소유자의 자본적 지출에 해당하는 것이나, 청구인들의 쟁점토지 취득일은 등기접수일인 2009.12.29.(등기원인일 2009.12.16.)이므로 쟁점부담금 납입일 2009.11.26. 이후에 청구인들이 쟁점토지를 취득하였고, 청구인들은 쟁점토지의 매매계약서상 계약일이 부담금 납입일보다 빠른 2009.7.29.로 건축을 목적으로 한 토지의 취득이므로 쟁점토지의 소유 주체는 청구인들이라고 주장하였으나, 이는 소득세법 시행령제162조와 배치되므로 쟁점부담금은 쟁점토지의 필요경비로 볼 수 없다고 보아 2021.4.16. 거부처분하였다.

(3) 청구인들이 제시한 증거서류는 다음과 같다. (가) 쟁점토지에 대한 토목공사비 감정평가서의 주요내용은 다음과 같다. (나) 한국농어촌공사장이 발행한 농지전용부담금 납입확인서에 나타난 쟁점토지의 농지전용부담금의 납입자 및 납입금액 등은 아래 <표2>와 같다. (다) 청구인 DDD 명의의 OOO은행 계좌(OOO)에는 2009.11.26. OOO원이 대체지급(수취인 EEE으로 청구인들은 OOO라고 주장)된 것으로 나타난다. (라) OOO시장이 발행한 건축관계자변경신고필증(2009.12.14.)에 나타난 건축주 변경내역은 아래 <표3>과 같다. (마) 청구인들이 쟁점토지 등의 취득과 관련한 매매계약서(2009.7.29.)의 주요내용은 아래 <표4>와 같고, 2009.7.29. 계약금 OOO원을 지불과 관련하여 양도인 FFF 외 1인이 작성한 계약금 영수증(2009.7.29.)에는 OOO원 자기앞수표 사본에 ‘OOO원을 OOO 외 9필지 토지매매 계약금으로 정히 영수함”이라고 기재하고 FFF 외 1인의 서명과 날인이 되어 있다. (4) 「소득세법 시행령 제163조 제3항 과 관련하여 기획재정부가 발간한 연도별 개정세법 해설책자에 나타난 개정취지는 다음과 같다. (가) 2015년 개정세법해설 (나) 2017년 개정세법해설

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점공사비를 쟁점토지의 자본적 지출액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부 개정된 소득세법 시행령제163조 제3항에서 양도자산의 필요경비로 인정되는 자본적 지출액을 ‘법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취․보관한 경우’로 개정하면서 ‘자본적 지출액 필요경비 인정 기준 명확화’를 그 개정이유로 삼았으므로 동 규정을 확인적 규정으로 볼 수 있는 점, 청구인들은 쟁점공사비가 비교적 고액임에도 쟁점공사비 지출에 대한 증거서류 등을 전혀 제시하지 못하고 있고, 청구인들이 제시하는 감정평가서는 청구인들의 의뢰에 의한 소급감정가액으로 이를 객관적인 감정가액으로 인정하기 어려운 점, 청구인들이 쟁점공사비에 대한 지출증빙을 제시하지 아니하였음에도 이를 필요경비로 인정할 경우에는 동 공사용역을 제공한 사업자들에 대한 소득탈루가 발생할 수 있는 점 등에 비추어 쟁점공사비를 쟁점토지에 대한 자본적 지출액으로 인정할 수 없으므로 처분청이 한 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들이 제시하는 쟁점토지 매매계약서상의 매매계약일이 2009.7.29.이고, 쟁점토지의 계약금 지급과 관련한 전(前) 소유자 FFF 외 1인이 매매계약일에 작성한 영수증을 제시하고 있으며 동 계약일자는 쟁점부담금 납입일자보다 빠른 점, 쟁점부담금 납입자가 청구인들이 아닌 것으로 나타나나 이는 개발행위 허가와 관련한 건축사무소의 조언에 따라 건축관계자를 청구인들의 친인척 명의로 한 것일 뿐이고, 2009.12.14.에 청구인들 명의로 건축관계자가 변경된 점, 청구인 DDD 명의의 기업은행 계좌에서 쟁점부담금의 납입일자와 같은 날에 OOO원이 대체지급된 것으로 나타나는 점, 청구인 CCC 명의로 2011.3.17. 납입된 농지전용부담금 OOO원이 당초 신고시 필요경비에 산입되지 아니하였는바, 비록 경정청구를 제기하지 아니하였으나 쟁점①이 기각됨에 따라 이를 필요경비로 산입할 수는 있는 점 등에 비추어 쟁점부담금과 청구인 CCC 명의로 납입된 농지전용부담금 OOO원은 쟁점토지의 필요경비로 산입하는 것이 타당하므로 이와 관련한 처분청의 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.