3. 심리 및 판단
① 절차상 하자가 있는 당초처분을 취소하고 절차적 요건을 갖추어 동일한 내용으로 재처분 할 수 있는지 여부
② 대표이사 명의로 등록된 쟁점특허권에 대하여 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 대표이사로부터 취득한 쟁점특허권 매입거래를 부인하여 과세한 처분의 당부
(1) 국세기본법 제14조【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제81조의15【과세전적부심사】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.
1. 국세징수법 제14조 에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우
2. 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우
(2) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조【소득 처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
- 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
(4) 특허법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.
2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다.
3. “실시”란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다.
- 가. 물건의 발명인 경우: 그 물건을 생산ㆍ사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위
- 나. 방법의 발명인 경우: 그 방법을 사용하는 행위
- 다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우: 나목의 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위 제33조【특허를 받을 수 있는 자】① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.
② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다. 제37조【특허를 받을 수 있는 권리의 이전 등】① 특허를 받을 수 있는 권리는 이전할 수 있다.
② 특허를 받을 수 있는 권리는 질권의 목적으로 할 수 없다.
③ 특허를 받을 수 있는 권리가 공유인 경우에는 각 공유자는 다른 공유자 모두의 동의를 받아야만 그 지분을 양도할 수 있다.
(1) 이 건 처분과 관련하여 처분청이 2020.6.29. 청구법인에게 2018년 귀속 OOO원을 대표자 상여로 소득처분하였다가 과세예고 미통지를 사유로 당초처분을 취소하고, 2020.10.15. 청구법인에게 과세예고통지를 한 후 2020.11.26. 당초처분과 동일한 내용으로 OOO원을 대표자 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 사실관계는 전술한 처분개요 내용과 같다.
(2) 국세청 전산망 자료 등에 따르면 청구법인 대표자 AAA는 2001.3.26. 컴퓨터 주변기기 제조업 등을 영위하는 개인사업자 OOO를 개업하였다가 2013.7.1. 폐업하였고, 2013.6.5. 청구법인을 설립하여 현재까지 계속사업중인 것으로 나타난다.
(3) 쟁점특허권은 2018.11.20. 출원번호 제OOO호로 출원되어 2020.7.7. 특허 OOO호로 등록된 것으로, 출원인은 ㈜BBB, 발명자는 AAA, 발명의 명칭은 “박막증착장치”으로 나타나고, 특허정보검색서비스(www.kipris.or.kr)를 통해 확인되는 쟁점특허권에 대한 요약 내용은 다음과 같다. (요약) 본 발명은 박막증착장치에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 진공챔버 내에서 피증착물과 증발원 간의 거래 차이에 따라 증착물질의 투과량을 조정하여 피증착물의 박막 두께가 동일하게 형성될 수 있도록 하기 위한 박막증착장치에 관한 것이다. (대표도) OOO
(4) 청구법인과 대표이사 AAA와의 쟁점특허권 거래 관련 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점특허권 양도계약서 OOO (나) 쟁점특허권에 대한 감정평가는 OOO, OOO에서 이루어졌고, 감정평가인이 작성한 감정평가표에 의하면 작성일은 2018.12.1., 쟁점특허권의 감정평가액은 각 OOO원, OOO원인 것으로 나타나며 감정평가표상 의뢰인은 청구법인, 쟁점특허권의 소유자는 AAA로 되어 있다. (다) 2018.9.7. AAA는 OOO 변리사 DDD와 특허 출원ㆍ등록과 관련하여 위임계약을 체결하였고, 쟁점특허권 출원 관련 수수료 OOO원은 2018.11.20. AAA가 납부한 것으로 나타난다.
(5) 국세청 전산망에서 확인되는 청구법인의 2017∼2020사업연도 법인세 신고내역은 아래와 같다. <표2> 청구법인 법인세 신고내역 (단위: 원) OOO 한편, 청구법인은 OOO에서 쟁점특허권을 사업화하여 매출을 올리고 잉여현금흐름을 발생시키고 있다고 주장하며 OOO 소재 OOO의 손익계산서를 제출하였는바, 2019.10.4.∼2020.12.31. 기간 동안 매출액은 OOO원(OOOVD)으로 나타난다.
(6) 청구법인은 쟁점특허권이 대표이사 AAA가 오랜 기간 쌓아온 경험과 노하우를 바탕으로 개인적으로 개발하여 등록한 것이라고 주장하며 아래와 같은 증빙자료 등을 제출하였다. (가) AAA 개인이 쟁점특허권을 실험ㆍ연구하는 과정에서 작성하였다는 발명스케치와 발명노트, 특허가치 감정평가서 등을 제출하였다. (나) ㈜AAA 대표 BBB, OOO 대표 CCC 및 퇴직한 직원 FFF의 사실확인서 3부를 제출하였다. OOO (다) 청구법인은 2018사업연도에 일시적으로 세제혜택을 위해 연구개발 전담부서를 등록한 것일 뿐 사실상 연구개발부서는 없었다고 주장하며 청구법인의 경상연구개발비 및 직원급여 계정별 원장을 제출하였는바, 직원 EEE, FFF 2인의 급여가 2017.1월∼2018.2월에는 일반급여 계정에 계상되었으나, 2018.3월∼2018.12월 기간 동안에는 연구원급여로 경상연구개발비(OOO원)에 계상하고 동 금액에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 받은 것으로 나타나며, 2019년 이후에는 다시 일반급여 계정으로 계상된 것으로 나타난다.
(7) 처분청은 청구법인은 연구개발 전담부서를 설립하고 인적ㆍ물적 설비를 투여하여 연구개발 활동을 수행한 반면, 대표이사 AAA가 쟁점특허권 개발에 어느 정도 기여하였는지 여부는 확인되지 않아 쟁점특허권을 청구법인에게 고액에 양도한 거래는 인정하기 어렵다고 주장하며 청구법인의 2018사업연도 연구인력개발비 발생명세 및 세액공제내역을 제출하였다. <표3> 2018사업연도 연구인력개발비 발생명세 및 세액공제내역 (단위: 백만원) OOO * 2018사업연도 세액공제 전 법인세 산출세액은 OOO원으로 청구법인은 2018사업연도에 OOO원을 공제받고 나머지 OOO원은 이월되었다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 과세처분에 대한 불복이 진행중에 과세관청이 그 과세처분의 절차상 하자를 발견한 경우에는 동 과세처분을 취소하고 절차상 하자를 보완하여 다시 동일한 내용의 과세처분을 할 수 있는 것인바(대법원 1986.10.14. 선고 85누910 판결, 조심 2019서3433, 2020.5.14. 등 참조), 처분청에서 당초처분에 대한 심판청구 과정에서 당초처분을 과세예고통지를 생략한 하자가 있는 처분으로 판단하여 이를 직권으로 취소한 후 부과제척기간 내에 적법하게 과세예고 통지를 거쳐 다시 이 건 처분을 하였으므로 이 건 재처분을 한 것에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권이 대표이사 개인의 아이디어와 노력으로 만들어진 개인 소유의 재산으로 청구법인은 정당한 대가를 지급하고 이를 취득한 것이므로 처분청에서 쟁점특허권 취득행위를 부인한 것은 부당하다는 주장이나, 쟁점특허권은 청구법인의 주된 사업과 관련된 것으로서 청구법인은 기업 내 부설연구소를 운영하며 연구개발 활동을 영위한 것으로 신고하였고, 관련 연구개발비에 대하여 해당 사업연도 손금처리 및 연구ㆍ인력개발비 세액공제도 받은 것으로 나타나 쟁점특허권 개발에 청구법인의 인력, 자금 및 기술력 등이 반영된 것으로 보이는 점, 쟁점특허권에 대표이사 개인의 아이디어가 반영되었을 수도 있으나 대표이사가 이를 넘어 쟁점특허권 개발에 있어 핵심적인 역할을 담당하였는지 여부가 불분명하고, 청구법인이 제출한 AAA 개인의 발명스케치, 발명노트 및 직원 등이 작성한 사실확인서 등을 근거로 대표이사 개인이 쟁점특허권을 개발한 것으로 인정하기에는 부족해 보이며, 그 밖에 연구개발을 위한 비용 지출내역 등 객관적인 증빙자료가 확인되지 않는 점, 청구법인은 기술력 향상 및 기업 재무구조 개선 등을 위해 2018.12.5. 쟁점특허권을 대표이사 AAA로부터 OOO원에 매입하였다고 주장하나, 청구법인의 법인세 신고서상 2017․2018사업연도 수입금액이 OOO원에 이르렀다가 쟁점특허권 매입거래 이후 오히려 수입금액이 크게 감소한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.