처분청이 쟁점출연금 중 청구법인의 지출예산코드에 따라 수익사업에 사용된 금액을 구분한 후 이를 익금산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
처분청이 쟁점출연금 중 청구법인의 지출예산코드에 따라 수익사업에 사용된 금액을 구분한 후 이를 익금산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점출연금은 청구법인의 수익사업에 생긴 소득이 아니므로 익금에 산입할 수 없다. 청구법인은 매년 정부에 다음 연도에 사용할 목적으로 수입예산에 대한 지출예산의 부족액인 ‘수지차액’을 예산에 반영해 줄 것을 요청하여 정부의 심의 및 국회의 의결을 거쳐 쟁점출연금을 교부받고 있으나 그 교부목적은 오직 ‘수지차액’의 보전일 뿐 수익사업 또는 비수익사업 중 어느 곳에 쓰도록 용도가 특정되어 있는 것이 아니다. 청구법인과 같은 비영리법인이 교부받는 정부출연금은 수익사업에 사용되더라도 수익사업과 관련한 용역의 대가로 받은 것이 아닌 이상 이를 해당 법인의 수익사업의 수입으로 볼 수 없어 익금산입 대상이 아니다.
(2) 쟁점출연금을 결산상 수지차액 안분방식으로 안분하여야 한다. 설령 쟁점출연금을 수익사업에 안분하여 익금에 산입하여야 한다 하더라도 청구법인은 정부에 그 예산을 요청할 때 수입예산과 지출예산의 각 총액의 차액인 수지차액을 제시할 뿐이므로 교부받은 정부출연금의 사용처가 사업별로 정해진 것으로 볼 수 없고, 청구법인이 쟁점출연금을 수익사업과 비수익사업의 각 사업별로 얼마나 사용하였는지 알 수 없다. 이처럼 쟁점출연금이 수지차액으로 산정되고 수지차액을 보전할 목적으로 지급되는 것임을 감안하면 수익사업과 비수익사업의 각 사업에서 수치차액이 결산상 음수인 사업에 안분하는 것이 수익ㆍ비용대응의 원칙에 부합한다. 한편 처분청은 2014년과 2020년 세무조사 당시 조사청이 지출예산코드 또는 회계전표로 쟁점출연금이 관리되고 있고 있음을 확인하였다는 의견이나, 해당 예산코드 또는 회계전표는 청구법인이 통합관리하는 정부출연사업 인건비에 대한 것에 불과할 뿐 실제로 쟁점출연금을 재원으로 해당 코드 또는 전표대로 사용된 사실이 확인된 것은 아니다. 청구법인은 이러한 지출예산코드 안분방식의 문제점을 해소하고자 2017년 하반기부터 ‘정부출연금수입계좌’ 및 ‘비수익출연사업지출계좌’를 각각 신설하여 정부출연금 수령단계부터 배정·집행·관리에 이르기까지 전 과정에서 수익사업과 비수익사업을 분리하였다. 정부출연금수입계좌로 정부출연금을 수령한 후, 이를 각 사업의 수지차보전예상금액으로 수익/비수익사업계좌에 분배한 다음 해당 계좌를 통해 비용을 지출하였는바, 이러한 자금흐름은 처분청이 주장하는 지출예산코드 안분방식보다 수지차액 안분방식에 더 부합한다. 처분청은 정부출연금 수령 목적 및 성격을 전혀 고려하지 아니한 채 단순관리목적의 회계코드만을 근거로 과세하고 있으나, 해당 코드는 청구법인이 정부출연금 예산보고·관리를 위해 사용하는 것일 뿐 실제 쟁점출연금의 사용내역(현금흐름)과는 무관하다. 정부출연금은 손실이 발생되는 사업을 원활하게 수행하기 위해 국가로부터 받는 금액이므로 손실이 발생되고 있는 사업에 사용되는 것이 당연하고, 청구법인이 처리한 바와 같이 실제 수입에서 실제 비용을 차감하여 산정된 수지차가 음(-)인 사업 합계에서 그 사업의 비율에 따라 출연금을 배분하는 것이 실제 사용액에 부합하는 것이다. 처분청의 주장대로라면 청구법인이 정부출연금의 지출예산코드 항목을 변경하면 그 사용현황이 바뀌게 된다(비수익사업으로 전표처리하면 익금산입할 금액은 없게 된다). 정부출연금은 정부출연사업의 지출예산총액에서 정부출연사업의 자체수입예산을 차감한 금액을 수령하는 것으로, 이 경우 법인세 부담액은 고려되지 아니한다. 즉, 정부출연금을 처분청의 방법대로 안분하면 법인세부담액만큼 수지차가 보전되지 아니하는 결과가 발생한다. 처분청은 법인세 납부액을 추가예산배정 요구하라고 주장하나, 기획재정부는 당초 지급목적대로 수지차보전에 사용하는 경우 법인세가 발생할 수 없다며 법인세 납부액을 예산에 반영하지 아니하였다.
(1) 쟁점출연금은 청구법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인한 수익이므로 그 중 수익사업에 귀속되는 금액은 익금산입 대상이다. 법인세법 제3조 제3항 에서 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득으로 수익사업에서 생기는 소득을 열거하고 있고, 같은 법 제14조에서 각사업연도 소득은 익금 총액에서 손금 총액을 뺀 금액으로 규정하고 있으며, 같은 법 제15조 및 제19조에서 자본 또는 출자의 납입을 제외하고 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익의 금액을 익금에 산입하고, 순자산을 감소시키는 거래로 발생하는 손비로서 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것의 금액을 손금에 산입하도록 규정하고 있음을 감안하면, 쟁점출연금처럼 국가로부터 출연금의 형태로 교부받는 보조금 등을 수익사업의 수행에 사용한 경우에는 수익사업의 익금에 해당하는 것으로 보아야 하는바, 정부위탁사업비 명목으로 교부된 쟁점출연금은 청구법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인한 수익에 해당되므로 익금산입의 대상에 해당한다.
(2) 쟁점출연금을 지출예산코드 안분방식으로 안분하여야 한다. 청구법인은 정부에 정부출연금에 관한 예산을 요청할 때 인건비, 경상비 및 사업비 등 3개의 항목으로 구분하는데, 사업비의 경우 세부사업별로 수입ㆍ지출예산을 구분하나 나머지 인건비 및 경상비의 경우 세부사업별 구분 없이 하나의 항목으로 예산 요청을 하고 있다. 그럼에도 청구법인은 쟁점출연금을 수익ㆍ비수익사업의 각 사업별로 교부받아 실제로 사용한 내역을 사업용계좌 등의 근거로 관리ㆍ기록하지 아니하여 회계상 또는 납세신고상 쟁점출연금과 관련한 수익과 비용의 발생원천을 분류할 수 없었다. 이런 상황에서 조사청이 2014년 세무조사시 회계전표를 수작업으로 일일이 대사하여 실제 사용내역을 확인하였고 이는 이 건 세무조사시에도 동일하다. 정부출연금 수령액이 확정된 후에는 사업별 자산취득분 예산과 비용지출예산으로 편성하며 지출예산의 전용은 원칙적으로 금지되므로 실제 현금흐름을 추적할 수 없다 하더라도 해당 정부출연금은 지출예산코드대로 해당 사업에 사용된 것으로 봄이 타당하다. 이에 청구법인은 매년 교부받은 정부출연금 중 자산취득분 출연금에 대하여는 지출예산코드상 사업구분에 따라 회계처리 및 세무신고를 하고 있다. 수익·비용 대응의 관점에서 보면, 청구법인이 쟁점출연금을 지출예산코드 안분방식에 따라 배분한 2015ㆍ2016사업연도에는 수익사업과 비수익사업의 수익 안배(7 대 3)와 비용 안배(7 대 3)가 서로 대응되나, 결산상 수지차액 안분방식에 따라 배분한 2017사업연도에는 수익사업과 비수익사업의 수익 안배는 5 대 5인데, 비용 안배는 7 대 3로 서로 달라 수익과 비용이 대응되지 아니하였고, 결과적으로 결산상 수지차액 안분방식을 적용하면 청구법인의 수익·비용이 왜곡되어 수익사업에 대한 과세소득이 축소된다. 따라서 청구법인의 지출예산코드를 통해 정부출연금의 사용처를 알 수 있고, 이에 따라 비용처리도 하고 있기 때문에 그에 대응되는 수익도 같은 기준으로 배분하여 인식하는 것이 수익ㆍ비용대응의 원칙에도 부합하며 합리적이라 할 것이다.
① 쟁점출연금은 사전에 그 용도가 특정되지 아니한 것으로서 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하므로 법인세 과세표준 산정시 익금산입 대상이 아니라는 청구주장의 당부
② 쟁점출연금은 예산상 수지차보전을 위해 지원받은 금액이므로 결산상 개별사업의 수지차액을 기준으로 사용된 것으로 보아 동 수지차액을 기준으로 수익ㆍ비수익사업분을 안분함이 타당하다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 환경오염방지ㆍ환경개선 및 자원순환을 촉진하는 사업을 효율적으로 추진하기 위해 AAA과 BBB를 통합하여 설립되었다. (나) 청구법인은 유독물안전진단 등의 사업을 환경부로부터 위탁받아 지방자치단체 및 민간업체 등에 용역을 제공하는 정부위탁사업을 수행하면서 자체 수입(수수료 등)만으로는 손실이 발생하므로 국가재정법 제12조 에 따라 정부출연금을 교부받아 위탁사업비, 기관 운영비 및 위탁사업용 자산취득비로 사용하고 있다. (다) 청구법인은 매년 다음 해 지출예산 총액과 수입예산 총액을 산정하여 그 부족액을 정부의 예산에 반영해 줄 것을 요청하고 있으며, 위 예산을 요청함에 있어 사업비, 인건비, 경상비 등 3개의 항목으로 구분하고, 사업비는 세부사업별 수입ㆍ지출예산에 따른 수지차를 구분하여 청구하나, 인건비와 경상비는 세부사업별로 구분하지 아니하고 각각 인건비지출예산 또는 경상비지출예산이라는 하나의 항목에 전년도 예산액 대비 증액분을 반영하여 청구하고 있다. (라) 청구법인은 정부출연금 수령액이 확정된 후에는 이를 자산취득분 예산과 비용지출분 예산으로 배분하여 지출예산에 편성하고 있고, 예산신청과 지출예산 편성시 정부출연금에 대해 ‘정부출연금 총합’의 관리코드(‘3101’ 또는 ‘3501’), 각 사업별 관리코드 및 세부지출항목의 관리코드(‘211’ 인건비 등)를 부여하고 있다. (마) 청구법인은 분기별로 정부출연금을 교부받고 있으며, 이를 그 밖의 수입금액 등과 함께 공통계좌에 넣은 다음, 정부출연사업의 인건비, 경상비, 사업비로 지출하고 있고, 해당 비용 지출시 작성한 전표는 위 지출예산코드와 연결되어 있다. (바) 청구법인은 자산취득분 출연금의 경우는 각 지출예산코드상 사업코드에 따라 수익ㆍ비수익사업의 각 사업별로 취득자산에 계상하는 형식으로 회계처리를 하고 법인세 납세신고를 하였고, 비용보전분 출연금의 경우는 수익인식에 있어서는 결산상 수지차액 안분방식으로 수익사업에 배분한 금액을 수익사업에 귀속된 수익으로 익금산입하면서도, 비용인식에 있어서는 지출예산코드에 따라 지출된 것으로 보아 그 중 수익사업에 귀속된 비용을 손금에 산입하였다. (사) 청구법인은 지출예산코드 안분방식의 문제점을 해소하고자 내부 검토 후에 ‘출연금수입계좌’ 및 ‘비수익출연사업계좌’를 각각 신설하여 수익사업과 비수익사업의 지출을 구분하여 관리하였다며 내부검토 내용, 계좌거래내역 등을 제출하였다. (아) 청구법인의 각 사업별 수지차액은 아래 <표3>·<표4>와 같다. <표3> 청구법인의 2017사업연도 수지차액 OOO <표4> 청구법인의 2018사업연도 수지차액 OOO
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 쟁점①에 대하여 본다. ｢법인세법｣ 제3조 제1항, 제3항에서 비영리법인에 대하여는 수익사업에서 생기는 각 사업연도 소득에 대하여 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제14조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제15조 제1항에서 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익의 금액으로 한다고 규정하고 있다. 같은 법 제19조 제1항에서 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다고 규정하고 있다. 따라서 비영리법인이 국가로부터 교부받은 정부출연금을 수익사업의 수행에 사용한 경우에는 해당 금액을 수익사업의 익금 및 손금에 각 산입하여야 하는 것이므로, 처분청이 쟁점출연금 중 수익사업에 사용된 금액을 청구법인의 익금에 산입한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2015중3714, 2017.8.9., 같은 뜻임). (나) 쟁점②에 대하여 본다. 쟁점출연금 중 수익사업에 사용되어 익금산입될 금액에 관하여, 청구법인은 쟁점출연금이 사업구분 없이 법인의 전체 수지차 보전을 위해 받은 정부지원금이므로 손실이 발생한 사업에 사용된 것으로 보아 각 사업의 수지차의 비율에 따라 출연금을 수익·비수익 사업에 배분하는 것이 타당하다고 주장하고, 처분청은 청구법인이 쟁점출연금을 지출예산코드상 사용처에 따라 사용된 것으로 보아 그 사업구분대로 수익사업에 사용된 금액을 배분하는 것이 타당하다는 입장이다. ｢법인세법｣ 제113조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제76조 제6항에 의하면 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것이며, 수익사업과 비수익사업을 겸영하는 비영리법인의 경우 익금과 손금은 원칙적으로 위와 같은 구분경리를 통해 그 실지귀속에 따라 계산하여야 할 것이다. 이 건의 경우, 청구법인은 정부출연금 수령액이 확정된 후에는 이를 각 사업별 자산취득분 예산과 비용지출분 예산으로 배분하여 지출예산에 편성하고 있고, 예산편성시 정부출연금에 대하여는 ‘정부출연금 총합’의 관리코드(‘3101’ 또는 ‘3501’), 지출대상 사업의 사업코드 및 세부지출항목의 코드(‘211’ 인건비 등)를 부여하고 있으며, 예산집행시 작성된 각 지출전표상 지출예산코드대로 자산취득분 지출과 비용분 지출이 이루어진 것으로 회계처리 및 납세신고를 하면서도 정부출연금 중 수익사업 귀속분을 익금산입함에 있어서는 그와 다른 기준에 따라 배분한 것인바, 청구법인이 정부출연금을 지출예산편성 내용 및 전표 기재 내용과 달리 배분하여 사용하였다는 청구주장을 뒷받침할 증빙은 제출하지 못하고 있으므로 청구법인이 쟁점출연금 지출 관련 회계처리 내용대로 쟁점출연금을 지급받아 사용한 것으로 보아 그 중 수익사업분을 익금에 산입함이 합리적인 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점출연금 중 청구법인의 지출예산코드에 따라 수익사업에 사용된 금액을 구분한 후 이를 익금 산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 일부개정되기 전의 것) 제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다. 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(수익사업의 범위) ①법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. (단서 및 각호 생략) (3) 법인세법 시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리) ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. (단서 생략)
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 (4) 법인세법 집행기준 4-3-2(수익사업과 비수익사업의 구분) 비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분하며, 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다. 수익사업에 속하는 것 비수익사업에 속하는 것 (생 략)
5. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액
(5) 한국환경공단법 제23조(자금의 조달 등) ① 공단의 운영과 사업에 필요한 자금은 다음 각 호의 방법으로 조달한다.
1. 정부 또는 정부 외의 자의 출연(出捐) 또는 보조
2. 제17조에 따른 사업으로 생긴 수익금
3. 제26조에 따른 차입금
4. 제27조에 따른 채권의 발행으로 조성되는 자금
② 제1항 제1호에 따른 정부의 출연금 지급과 관리 및 사용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (6) 한국환경공단법 시행령 제7조(출연금의 지급) ① 법 제23조 제1항에 따라 정부 또는 지방자치단체가 공단에 출연금을 지급하려는 경우에는 환경부장관 또는 지방자치단체의 장이 이를 예산에 계상(計上)하여 지급하여야 한다.
② 환경부장관 또는 지방자치단체의 장은 제1항에 따른 출연금예산이 확정되었을 때에는 이를 공단에 통지하여야 한다.
③ 공단은 출연금을 받으려면 지급신청서에 분기별 사업계획서 및 분기별 예산집행계획서를 첨부하여 환경부장관 또는 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다.
④ 환경부장관 또는 지방자치단체의 장은 제3항에 따른 지급신청서를 받으면 제출된 분기별 사업계획 및 예산집행계획의 타당성을 검토한 후 타당하다고 인정되면 그 계획에 따라 출연금을 지급하여야 한다.
(7) 공기업ㆍ준정부기관 회계기준 제44조(정부보조금 등의 처리) 공기업ㆍ준정부기관이 정부 또는 지방자치단체(이하 ‘정부 등’이라 한다)로부터 국고보조금 및 출연금 등 정부보조금과 제48조의 위탁사업비(이하 ‘정부보조금 등’이라 한다)를 받는 경우 다음 각 호에 따라 처리한다.
5. 다음 각 호 중 하나에 해당하는 경우에는 정부 등으로부터 받은 금액을 수익으로 인식하고 관련 비용과 상계하지 않는다.
결정 내용은 붙임과 같습니다. 참조 결정: 조심2015중3714