쟁점부동산의 일부에 건물이 존재하고 이를 통해 임대업을 영위하였다는 사실만으로 청구인이 당초부터 임대업만을 위하여 쟁점부동산을 취득하였는지 여부를 확인하기 어렵고, 청구인이 쟁점부동산을 개발하기 전에 매각하였다는 사유만으로 쟁점부동산을 부동산 매매사업용 부동산이 아니라고 인정하기도 어려운 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점부동산을 단순히 임대만을 위해 취득한 것이라고 하기에는 무리가 있어 보이고 쟁점부동산을 통해 부동산개발 및 공급업과 부동산매매업을 영위하는 과정에서 부수적·일시적으로 부동산임대업을 영위한 것으로 보임
OOO서장이 2021.8.23. 청구인에게 한 2015년 귀속 종합소득세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
(1) 청구인은 2013.6.30. 2012년 귀속 종합소득세를 신고하면서 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 결손금은 OOO원으로 부동산임대 사업소득 OOO원과 근로소득금액 OOO원을 공제하고 남은 잔액 OOO원을 이월결손금명세서에 기재하였고, 2014.6.30. 2013년 귀속 종합소득세를 신고하면서 부동산임대업 외 사업소득에서 발생한 결손금은 OOO원으로 부동산임대사업소득 OOO원과 근로소득금액 OOO원 등을 공제하고 남은 잔액 OOO원을 이월결손금명세서에 기재하였다. 이후 2012년 귀속 결손금은 OOO원을 공제하여 OOO원이 잔액으로 2013년 결손금과 합하여 OOO원을 부동산임대업 외 사업소득의 이월결손금으로 관리하고 있다.
(2) 청구인은 2006년 쟁점부동산을 매입할 당시 전 소유주인 ㈜AAA으로부터 임대인 지위를 그대로 승계 받아 임차인인 ㈜BBB에 나머지 임대차계약기간을 부득이 임대해야 하였으므로 부동산임대업의 사업자등록을 할 수 밖에 없었고, 쟁점부동산의 개발활동에 따라 2008.3.11. 부동산매매업을 주업으로 하는 업종을 추가하였으며, 이후 쟁점부동산이외의 장소인 OOO에 부동산매매업과 관련한 사무실을 설치함에 따라 2011년 8월에는 OOO를 사업장으로 하는 별도의 사업자등록을 하였고, 쟁점부동산의 개발활동 등은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점부동산의 개발활동 OOO
(3) 청구인이 2006년∼2010년 기간 동안 쟁점부동산과 관련한 사업을 부동산임대업으로 보아 쟁점부동산을 유형자산으로 분류하여 회계처리를 한 것은 착오 및 회계 상 실수였는데, 2011년부터는 해당 오류를 바로잡아 쟁점부동산과 관련한 사업을 부동산매매업으로 보아 쟁점부동산을 재고자산으로 회계처리를 하였고, 쟁점부동산에서 발생한 임대료를 일시적인 수익으로 하여 영업외수익으로 하는 회계처리를 하였으며, 발생한 결손금 전체를 부동산임대업 외 사업소득의 결손금으로 처리를 하였다. 다만 쟁점부동산을 유형자산으로 처리하는 기간 동안에 지급한 이자를 자본화함으로써 결손금이 과소계상되었고, 이에 따라 이월결손금도 과소계상되었다. 그리고 2015년 이후 부터는 청구인이 쟁점부동산의 개발활동과 매각활동을 병행하게 되었다.
(4) 아울러국세기본법제26조의2 제1항은 국세를 부과할 수 있는 기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 규정하고 있고, 국세청 해석[2018-법령해석법인-0289(법령해석과-341), 2019.2.15.]에도 내국법인이 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 계산함에 있어서 공제할 수 있는 결손금은법인세법제13조 제1호에 따른 결손금이며, 결손금이 발생한 사업연도가국세기본법제26조의2에 따른 부과제척기간이 만료된 경우에는 해당 사업연도의 결손금은 경정할 수 없는 것이라고 해석하고 있다. 따라서 2012∼2013년 귀속 종합소득세 신고분은 부과제척기간(5년)이 경과한 날부터는 어떠한 별도의 경정이나 처분을 할 수 없으므로 적법한 것이라고도 볼 수 있다.
(5) 또한 OOO서장이 2018.8.9. 청구인에 대해 2016년 귀속 종합소득세 통합조사를 실시하고 발송한 결과통지 공문(OOO)에 의하면, 당초 2012년∼2013년 귀속 종합소득세 신고 시 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 결손금에 대한 소득분류에 대하여 별도의 변경처분이 없었는데, 이는 쟁점이월결손금이 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 결손금에 해당한다고 과세관청이 인정한 것이다.
(6) 이와 같이 청구인은 쟁점부동산과 관련하여 부동산매매업의 사업활동(토지의 개발)과 매각활동을 하고 사업자등록 및 세무회계처리를 하였으므로 사업의 실질내용에 의거하여 2012년∼2013년 귀속 종합소득세 신고 시 쟁점부동산과 관련한 사업에서 발생한 결손금을 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 결손금으로 신고하였는데, 과세관청은 청구인에 대한 2016년 귀속 종합소득세 세무조사를 실시하였음에도 쟁점이월결손금의 소득구분에 대한 변경도 없었던바, 처분청이 쟁점부동산과 관련한 사업에 대해 별다른 확인·조사도 없이 쟁점부동산과 관련한 소득의 구분을 임의로 변경하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(1) 청구인은 2012∼2013년 발생한 쟁점이월결손금을 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 것으로 신고하였고, 부과제척기간(5년)이 경과하였으므로 부동산임대업의 사업소득에서 발생한 결손금으로 변경할 수 없다고 주장하나, (가) 결손금이 발생한 과세연도의 부과제척기간이 경과하였을지라도 신고내용에 오류가 확인되는 경우에는 그 후 과세연도의 신고나 경정시 정당한 이월결손금 금액으로 공제를 적용하여야 할 것이다(서울행정법원 2020.1.9. 선고 2018구합85372 판결). (나) 더욱이 2012년 귀속의 경우 2020년 귀속 종합소득세 확정신고 시 2012년 발생한 이월결손금을 공제하였기 때문에 부과제척기간은국세기본법제26조의2 제3항의 규정에 따라 2022.6.30.까지이므로 아직 부과제척기간이 경과하지 않은 상태이다.
(2) 2012∼2013년에 발생한 쟁점이월결손금이 부동산임대업의 사업소득에서 발생한 것인지 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 것인지를 살펴보면, (가) 청구인의 종합소득세 신고서 상 소득구분과 업종코드, 재무상태표 및 손익계산서의 계정분류 등이 일관되지 않아 신고내용을 신뢰할 수 없는 상태로 청구인이 쟁점부동산을 취득한 후, 2016년 양도시까지 총 OOO원의 부동산임대수입금액이 발생한 반면 부동산매매업에 대한 수입금액은 전혀 발생하지 않은 상태이고, 신축공사를 착공하기 전에 양도하였으며, 쟁점부동산의 양도에 대해 청구인은 사업소득이 아닌 양도소득으로 신고하였다. (나) 또한 사업소득에 부동산임대업에서 발생한 소득이 포함되어 있는 사업자는 그 소득별로 구분하여 회계처리를 하여야 하는 것이나, 청구인은 쟁점부동산과 관련한 부동산임대업 및 매매업의 소득금액을 구분기장하지 않았고, 2012∼2013년에 계상된 필요경비를 살펴보면 부동산임대소득에 대응하는 비용(이자비용, 세금과공과, 대출수수료)이 98.7%를 차지하고 있으며, 그 외 공통경비도 수입금액별로 안분계산하면 전액 부동산임대업의 필요경비에 해당한다.
(3) 따라서 2012∼2013년에 발생한 쟁점이월결손금은 부동산임대업의 사업소득에서 발생한 것으로 청구인의 2015년 귀속 금융소득 및 근로소득에서 공제할 수 없다.
(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[국제조세조정에 관한 법률제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매·임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.
③ 제1항 및 제2항 제1호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에소득세법제45조 제3항,법인세법제13조 제1항 제1호, 제76조의13 제1항 제1호 또는 제91조 제1항 제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세의 부과제척기간은 제1항 및 제2항 제1호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년으로 한다.
(2) 소득세법 제19조(사업소득) ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
12. 부동산업 및 임대업에서 발생하는 소득. 다만, 지역권 등 대통령령으로 정하는 권리를 대여함으로써 발생하는 소득은 제외한다. 제45조(결손금 및 이월결손금의 공제) ① 사업자가 비치·기록한 장부에 의하여 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 발생한 결손금은 그 과세기간의 종합소득과세표준을 계산할 때 근로소득금액·연금소득금액·기타소득금액·이자소득금액·배당소득금액에서 순서대로 공제한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "부동산임대업"이라 한다)에서 발생한 결손금은 종합소득 과세표준을 계산할 때 공제하지 아니한다. 다만, 주거용 건물 임대업의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 부동산 또는 부동산상의 권리를 대여하는 사업. 다만 지역권 등 대통령령으로 정하는 권리를 대여하는 사업은 제외한다.
③ 부동산임대업에서 발생한 결손금과 제1항 및 제2항 단서에 따라 공제하고 남은 결손금(이하 "이월결손금"이라 한다)은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 다음 각 호의 구분에 따라 공제한다. 다만,국세기본법제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다.
1. 제1항 및 제2항 단서에 따라 공제하고 남은 이월결손금은 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액 및 배당소득금액에서 순서대로 공제한다.
2. 부동산임대업에서 발생한 이월결손금은 부동산임대업의 소득금액에서 공제한다. 제69조(부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부) ① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다. 제80조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 제83조(과세표준과 세액의 통지) 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제80조에 따라 거주자의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 그 내용을 해당 거주자 또는 상속인에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 제42조에 따라 과세표준과 세액의 결정 또는 경정을 한 경우에는 지체 없이 통지하여야 한다. (2) 소득세법 시행령 제122조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례) ① 법 제64조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 부동산매매업"이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다)은 제외한다. 제149조(과세표준과 세액의 통지) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 법 제83조의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 통지하고자 하는 때에는 과세표준과 세율·세액 기타 필요한 사항을 서면으로 통지하여야 한다. 이 경우 납부할 세액이 없는 때에도 또한 같다.
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실 등이 나타난다. (가) 청구인은 2021.6.29. 아래 <표2>와 같이 청구인의 2012년∼2013년 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 쟁점이월결손금을 청구인의 2015년 금융소득 및 근로소득에서 공제하여 줄 것을 처분청에 경정청구를 하였다. <표2> 청구인의 2015년 귀속 종합소득세 경정청구 내용 (단위: 백만원) OOO * 2012년 OOO원, 2013년 OOO원 (나) 처분청은 2021.8.23. 2012년∼2013년에 발생한 쟁점이월결손금이 부동산임대업의 사업소득에서 발생한 것으로 보아 2015년의 금융소득 및 근로소득에서 공제할 수 없다며 청구인의 경정청구를 거부하였다. (다) 이후 처분청은 2022.6.8. 2012년 귀속 결손금의 소득구분을 변경하여 청구인의 2012년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였고, 2012년 이월결손금을 공제한 2019·2020년 귀속 종합소득세도 해당 이월결손금 공제를 부인하여 2022.7.7. 종합소득세 합계 OOO원(2019년 귀속 OOO원, 2020년 귀속 OOO원)을 경정·고지한 것으로 나타난다. (라) 쟁점부동산과 관련한 사실관계는 다음과 같다.
1. 청구인은 2006.7.18. ㈜AAA으로부터 쟁점부동산을 취득하여 부동산임대업을 영위하다가 2011년 쟁점부동산의 개발을 위해 부동산매매업으로 별도의 사업자등록을 하였고, 이후 2016.12.27. 쟁점부동산을 ㈜CCC에 양도한 것으로 나타난다.
2. 쟁점부동산과 관련한 청구인의 사업자등록 이력은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점사업장과 관련한 청구인의 사업자등록 이력 OOO * 2008.3.11. 주업종 변경(부동산임대업 → 부동산매매업)
3. 청구인은 종합소득세 확정신고 시 쟁점부동산과 관련한 소득금액에 대하여 2011∼2013년에 ‘부동산임대업 외의 사업소득’(그 외 사업연도는 ‘부동산임대업의 사업소득’)으로 구분하였는데, 쟁점부동산과 관련한 신고내역과 이월결손금 명세는 아래 <표4>·<표5>와 같다. <표4> 쟁점부동산 관련 신고내역 (단위: 백만원) OOO <표5> 청구인의 종합소득세 신고서 상 이월결손금 명세 (단위: 백만원) OOO * 개인통합조사시 소득금액(결손금) 경정
4. 청구인은 아래 <표6>과 같이 쟁점부동산을 재무상태표상 유형자산(2006년∼2010년)과 재고자산(2011년 이후)으로 분류하였고, 쟁점부동산 취득 시 차입금에 대한 이자비용에 대해 자본화를 하거나 영업외비용으로 계상한 것으로 나타난다. <표6> 쟁점부동산의 분류 및 이자비용 신고내역 (단위: 백만원) OOO * 초과인출금 지급이자에 대한 손금불산입
5. 청구인은 쟁점부동산을 취득한 이후에도 쟁점부동산의 전 소유자인 ㈜AAA과 임차인인 ㈜BBB의 임대차계약을 승계하여 임대를 지속하였고, 2016.12.27. 쟁점부동산을 양도할 때까지 총 OOO원의 부동산임대수입을 올린 것으로 나타난다.
6. 청구인의 2012년∼2013년 필요경비 내역은 아래 <표7>과 같고, 쟁점부동산의 취득 및 보유와 관련한 비용이 약 99.5%를 차지하고 있는 것으로 나타난다. <표7> 필요경비 내역 (단위: 백만원) OOO * 세무조정(초과인출금 지급이자 손금불산입)을 반영한 금액
7. 청구인은 쟁점부동산의 보유기간 동안 아래 <표8>·<표9>와 같이 개발활동을 하였다며, OOO 사업성 검토서, 기술용역 표준계약서 등의 증빙자료와 관련 기사내용을 제출하였다. <표8> 쟁점부동산 관련 개발활동 OOO <표9> 쟁점부동산 관련 기사내용 일부 OOO
8. 청구인은 2016.10.31. ㈜CCC과 아래 <표10>과 같이 쟁점부동산의 매매계약(총 16페이지)을 체결한 것으로 나타난다. <표10> 쟁점부동산 관련 매매계약 OOO
9. 쟁점부동산과 관련한 등기사항전부증명서와 일반건축물대장에 따르면 토지의 지목은 대지이고, 면적은 15,900.9㎡이며, 지상의 건축물은 철근콘크리트조 및 세멘벽돌조의 지하1층, 지상3층 건물로 연면적은 1,580.4㎡(토지면적 대비 9.94%), 정착면적은 330.75㎡(토지면적 대비 2.08%)인 것으로 나타난다. (마) 청구인은 쟁점부동산을 2016.12.27. 양도한 후, 2017.2.28 토지등 매매차익예정신고가 아닌 양도소득세 예정신고·납부(양도가액: OOO원, 취득가액: OOO원, 납부세액: OOO원)를 하였고, OOO의 양도소득세 조사 및 이에 대한 과세전적부심사에서도 소득종류에 대한 변동 없이 양도소득으로 결정한 것으로 나타난다. (바) 쟁점부동산을 2016.12.27. 취득한 ㈜CCC은 약 5개월뒤인 2017.5.15. OOO구청장으로부터 사업계획의 승인(승인번호: OOO, 사업구분: 주택건설사업, 착공예정일: 2017.6.1.)을 받은 것으로 나타나고, 2021.5.6. 청구인에게 보낸 공문내용은 아래 <표11>과 같다. <표11> ㈜CCC 공문 내용 OOO (사) 쟁점부동산에는 4개동 OOO세대의 아파트와 2개동 OOO세대의 오피스텔이 2020년 8월 준공된 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점부동산과 관련하여 부동산임대업을 영위하였으므로 쟁점이월결손금은 부동산임대업의 사업소득에서 발생한 것이라는 의견이나, 청구인은 쟁점부동산에 대하여 2006.6.1. 부동산임대업을 영위하는 사업자등록을 한 후 2008.3.11. 부동산매매업에 대한 업종을 주업종으로 변경하였고, 2011.8.19. ‘OOO’이라는 상호로 별도의 부동산매매업을 영위하는 개인사업자를 등록하였으며, 종합소득세 확정신고 시 2011년부터 쟁점부동산을 사업용 재고자산으로 등재한 점, 쟁점이월결손금은 쟁점부동산의 취득에 따른 차입금 이자비용의 과다와 개발 및 매매가 지체됨에 따른 수입금액의 저조로 발생한 것으로 보이는 점, 청구인이 제출한 쟁점부동산과 관련한 개발활동 내역 및 관련 자료, 기사내용 등을 보면 청구인이 쟁점부동산을 취득한 이후 전소유자의 임대사업을 승계하여 임대사업은 계속 영위하였지만 해당 부지에 주상복합 및 대규모 상업시설을 건설하기 위해 건축사사무소와 설계용역작성 등의 계약을 체결하고 OOO에 사업계획승인을 신청하는 등의 행위를 한 것으로 보이는 점, 청구인이 ㈜CCC과 체결한 쟁점부동산의 매매계약서의 내용은 쟁점부동산의 개발과 관련하여 청구인이 추진하였던 사항들을 승계하는 내용이 포함되어 있어 해당 계약서는 단순한 매매계약서라기 보단 사업의 포괄양수도 계약서의 성격이 포함되어 있는 것으로 보이는 점, 쟁점부동산을 취득한 ㈜CCC이 5개월만에 OOO구청장으로부터 사업계획의 승인을 받고, 약 3년 뒤에 4개동 /656/세대의 아파트와 2개동 OOO세대의 오피스텔을 준공한 점, 쟁점부동산의 일부에 건물이 존재하고 이를 통해 임대업을 영위하였다는 사실만으로 청구인이 당초부터 임대업만을 위하여 쟁점부동산을 취득하였는지 여부를 확인하기 어렵고, 청구인이 쟁점부동산을 개발하기 전에 매각하였다는 사유만으로 쟁점부동산을 부동산 매매사업용 부동산이 아니라고 인정하기도 어려운 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점부동산을 단순히 임대만을 위해 취득한 것이라고 하기에는 무리가 있어 보이고 쟁점부동산을 통해 부동산개발 및 공급업과 부동산매매업을 영위하는 과정에서 부수적·일시적으로 부동산임대업을 영위한 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점부동산의 양도에 따른 소득을 양도소득이 아닌 부동산매매업의 사업소득으로 보아 종합소득세를 부과하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점부동산과 관련한 쟁점이월결손금을 부동산임대업의 사업소득에서 발생한 것으로 보아 청구인에게 종합소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.