기존 임대주택에 대하여 임대주택 등록과 사업자등록을 한 상태에서 추가 임대주택에 대하여 관할 지방자치단체에 임대주택 등록만 한 경우「소득세법 시행령」제155조 제20항의 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용되는 장기임대주택에 해당되는지 여부

OOO서장이 2021.4.29. 청구인들에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인 aaa과 청구인 bbb(부부관계로 이하 “청구인들”이라 한다)는 2015.5.20. 공동(각 1/2 지분)으로 취득한 후 거주한 OOO(이하 “쟁점거주주택”이라 한다)를 2020.12.30. OOO원에 양도하였고, 2021.2.17. 쟁점거주주택 양도당시 청구인들이 보유한 아래 <표1> 내역의 임대주택을 주택 수 계산에 포함하고 다주택 중과(1세대 3주택 이상)세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. <표1> 쟁점거주주택 양도 당시 청구인들의 임대주택 보유 현황 OOO
• 나. 이후 청구인들은 2021.2.26. 쟁점거주주택이 소득세법 시행령제155조 제20항에 따라 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 주택에 해당하므로 이에 따라 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급해달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.4.29. 임대주택3이소득세법제168조에 따른 사업자등록이 되어 있지 않아 소득세법 시행령제155조 제20항에 따른 거주주택 비과세 특례의 장기임대주택 요건을 갖추지 못하였다고 보아 경정청구를 받아들일 수 없다는 취지의 거부통지를 하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.7.15. 이의신청을 거쳐 2021.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장

(1) 청구인들은 임대주택2에 대하여 2012.7.13. 임대주택법에 따라 당시 주소지 관할인 OOO에 주택임대 등록을 하고 2013.11.19. OOO에 사업자등록을 하였으며, 임대주택3은 2018.9.27. 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 당시 주소지 관할인 OOO에 주택임대 등록을 하였다. 국세청은 사업자등록은 임대주택의 소재지를 사업장으로 하여야 하는 것이나, 임대주택법의 규정에 의하여 임대사업자로 등록한 사업자는 그 등록한 주소지를 사업장으로 하여 사업자등록을 할 수 있고(소득46011-485, 1999.12.13.), 임대주택법․소득세법에 따라 등록한 자가 임대용 주택을 추가로 매입할 경우 이는 사업자등록 정정사유에 해당하지 않는다(소득세과-3054, 2008.9.2.)고 해석하고 있으며, 기존 임대주택에 대하여임대주택법ㆍ소득세법에 따라 등록한 자가 추가로 매입한 임대주택에 대하여 지방자치단체에만 임대사업자로 등록한 경우에도 거주주택 비과세 특례를 적용받을 수 있다(부동산거래관리과-199, 2012.4.16.)고 해석하고 있는바, 처분청은 임대주택2ㆍ3이 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대주택 등록은 되어 있으나, 사업자등록은 임대주택2에 대해서만 OOO에 등록되었고 임대주택3에 대하여는 등록되지 않아 장기임대주택 요건을 갖추지 못하였다고 보아 경정청구를 거부하였으나, 청구인들은 임대주택2에 대하여임대주택법ㆍ소득세법에 따라 등록한 상태에서 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 임대주택3을 OOO에 추가로 등록할 때 이미 소득세법에 따른 사업자등록이 되어 있었으므로 임대주택3에 대하여 별도로 사업자등록하거나 사업자등록 정정할 의무가 없고, 임대주택3을 OOO에 추가로 등록한 이후 2018∼2020년 귀속분까지 OOO에 사업장현황신고도 정상적으로 이행하였으므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 처분청은 상기 국세청 예규는 임대주택법에 따라 임대사업자로 등록한 사업자가 그 주소지를 사업장으로 하여 사업자등록을 한 경우에만 임대주택 추가시 별도의 사업자등록이 필요하지 않다는 해석으로, 당초 임대주택에 대하여 주소지를 사업장으로 하지 않고 사업장 관할 세무서에 사업자등록을 한 경우에는 임대주택 추가시 동 예규를 적용할 수 없다고 주장하나, 원칙적으로 소득세법 제168조 에서 사업자등록은 사업장 소재지 관할 세무서장에게 하도록 하고 있으나 임대주택의 경우에는 납세자 편의를 위해 주소지 관할 세무서에 등록할 수 있도록 국세청에서 해석하고 있는 것으로, 청구인들이 임대주택3을 OOO에 추가로 등록할 때 이미 OOO에 사업자등록이 되어 있었으므로 사업장 이전(임대주택2의 사업장 소재지 관할인 OOO → 주소지 관할인 처분청)으로 인한 사업자등록 정정사유에는 해당한다 할지라도 이를 미등록사업자라고 할 수는 없고, 사업자등록 정정 신고를 하지 않았다고 하더라도 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록 자체를 하지 않은 것은 아니므로 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 위법ㆍ부당하다.

(3) 청구인들은 임대주택2를 OOO에 사업자등록하고 임대주택3을 구청에 추가로 등록한 이후 임대주택2ㆍ3에 대하여 사업자현황신고를 충실히 하며 어떠한 탈세도 자행한 바가 없고, 소득세의 신고ㆍ납부나 과세문제는 거주지나 관할 세무서가 어디인지에 따라 전혀 차이가 없음에도 불구하고, 청구인들이 쟁점주택2를 OOO에 사업자등록하면 거주주택 비과세 특례가 적용되고 OOO에 사업자등록하면 비과세 특례를 적용받지 못한다 하여 임대주택3의 기준시가 OOO원의 10배가량인 양도소득세를 추가로 부담하게 된다면 이는 매우 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 시행령 제155조 제20항 의 거주주택 비과세특례를 적용받기 위해서는 거주주택 이외의 주택이 “장기임대주택”에 해당하여야 하고 이에 해당하려면 ① 양도일 현재 소득세법 제168조 에 따라 사업자등록을 하고, ②민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여야 하며, ③ 양도일 현재 그 임대주택을 임대하고 있는 등의 요건을 충족해야 한다. 한편,소득세법제168조는 사업자등록시 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다고 규정하고 있는데, 임대주택법에 의하여 임대사업자로 등록한 사업자는 그 등록한 주소지를 사업장으로 하여 관할 세무서장에게 사업자등록을 할 수 있는 것(소득46011-485, 1999.12.13.)이며, 이에 따라 주소지에 사업자등록한 자는 임대용 주택을 추가할 때 별도의 사업자등록이나 당초 사업자등록에 대한 정정은 필요하지 않다(소득세과-3054, 2008.9.2.). 청구인들은 상기 국세청 질의회신을 근거로 임대주택2에 대하여 이미 OOO에 사업자등록을 하였으므로 임대주택3을민간임대주택에 관한 특별법에 따라 임대주택으로 추가등록시 별도로 소득세법에 따른 사업자등록이나 사업자등록정정이 필요하지 않다고 주장하나, 청구인들은 임대주택2에 대한 사업자등록시 주소지를 사업장으로 하지 않고 사업장 관할 세무서인 OOO에 사업자등록을 하였으므로 임대주택3은 양도일 현재소득세법에 따른 사업자등록을 하였다고 볼 수 없다.

(2) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 외)인바, 청구인들의 주장은 사업자등록이 되어 있지 않음에도 이를 확장해석한 것으로 소득세법 시행령 제155조 제20항 제2호 가 정한 장기임대주택의 요건을 완화하여 비과세 요건을 확장해야 한다는 취지인데, 명백히 비과세 특례의 요건을 정하고 있는 법률 규정을 청구주장과 같이 확장하여 해석할 아무런 이유나 근거가 없으므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 기존 임대주택에 대하여 임대주택 등록과 사업자등록을 한 상태에서 추가 임대주택에 대하여 관할 지방자치단체에 임대주택 등록만 한 경우 소득세법 시행령제155조 제20항의 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용되는 장기임대주택에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 부가가치세법 제8조 를 준용한다. (2) 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 제155조【1세대1주택의 특례】

⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 않는다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다. 제220조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 법 제168조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사업자등록신청서를 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

② 법 제168조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자 중 주택임대사업을 하려는 자는 제1항에 따른 사업자등록신청서를 제출할 때 기획재정부령으로 정하는 임대주택명세서를 첨부해야 한다. 이 경우 임대주택명세서에 갈음해 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조제5항 에 따른 임대사업자 등록증 사본을 첨부할 수 있다.

(3) 부가가치세법 제8조【사업자등록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

② 사업자는 제1항에 따른 사업자등록의 신청을 사업장 관할 세무서장이 아닌 다른 세무서장에게도 할 수 있다. 이 경우 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청한 것으로 본다. (4) 부가가치세법 시행령 제11조【사업자등록 신청과 사업자등록증 발급】

① 법 제8조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

3. 사업 개시 연월일 또는 사업장 설치 착수 연월일

제14조【사업자등록 사항의 변경】

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다.

4. 사업장[법 제8조 제3항에 따른 사업자 단위 과세 사업자(이하 “사업자 단위 과세 사업자”라 한다)의 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장을 말한다]을 이전하는 경우

(5) 민간임대주택에 관한 특별법 제5조【임대사업자의 등록】

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점거주주택의 부동산등기부등본에 의하면, 청구인들은 2015.5.20. 공동(각 1/2 지분)으로 쟁점거주주택을 취득한 후 2020.12.30. 매매를 원인으로 소유권이전등기를 한 것으로 나타난다.

(2) 청구인들의 주민등록초본에 의하면, 청구인들은 2015.5.20. 쟁점거주주택에 전입하여 2018.7.26. 전출한 것으로 나타난다.

(3) 청구인들 및 처분청이 제시한 심리자료에 따라 쟁점거주주택 양도 당시 청구인들이 보유한 임대주택 보유 및 등록 현황을 정리하면 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점거주주택 양도 당시 청구인들의 임대주택 보유 및 등록 현황 OOO * 청구인들은 쟁점거주주택 양도 이후인 2021.2.4.(개업일 2018.9.27.) 임대주택3 소재지 관할인 OOO에 사업자등록하였다.

(4) 청구인들은 임대주택2ㆍ3과 관련하여 사업장현황신고서를 제출하고 있고, 2018년 이후 첨부된 ‘주택임대사업자 수입금액 검토표’ 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 임대주택2ㆍ3에 대한 주택임대사업자 수입금액 검토표 내용 (단위: 천원) OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법 시행령제155조 제20항 제2호에서 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 장기임대주택의 요건으로 거주주택 양도일 현재소득세법제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대할 것을 규정하고 있고, 소득세법제168조에서 사업자등록은 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하도록 규정하고 있으나, 국세청은 임대주택의 경우소득세법에 의한 사업자등록은 임대주택 소재지를 사업장으로 하여야 하는 것이나 납세자 편의 등을 위해 임대주택법에 따라 임대사업자로 등록한 자는 그 등록한 주소지를 사업장으로 하여 사업자등록 할 수 있도록 해석(소득46011-485, 1999.12.13.)하고 있고, 주소지 관할 세무서에 임대사업자로 사업자등록한 사업자가 임대주택을 추가할 경우 별도로 사업자등록을 하거나 사업자등록을 정정할 사유에 해당하지 않으며(소득세과-3054, 2008.9.2.), 따라서 추가로 등록하는 임대주택에 대하여는민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대주택 등록만 하더라도 거주주택 1세대 1주택 비과세 특례대상인 장기임대주택에 해당한다고 해석(부동산거래관리과-199, 2012.4.16., 같은 뜻임)하고 있는바, 임대주택2에 대하여민간임대주택에 관한 특별법제5조 등에 따라 OOO에 임대사업자로 등록하고 OOO에 사업자등록한 상태에서 임대주택3에 대하여 2018.9.27. OOO에 임대주택 등록을 추가한 후 관할세무서에 매년 사업자현황신고를 하고 있는 청구인들에게 거주주택 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하는 것이 타당해 보이는 점, 청구인들은 임대주택2에 대하여 국세청의 해석과는 달리 주소지가 아닌 사업장 소재지 관할인 OOO에 사업자등록을 하였는바, 설령 주소지 관할 세무서인 OOO로 사업자등록을 정정할 사유에는 해당한다 할지라도 이를 미등록사업자로 보아 거주주택 비과세 특례를 배제하는 것은 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 처분청에서 임대주택3이 거주주택 1세대 1주택 비과세 특례의 장기임대주택 요건을 갖추지 못하였다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.