쟁점주택의 양도가 1세대1주택 비과세에 해당한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2016.2.24. 취득한 OOO(이하 “쟁점주택” 이라 한다)를 2021.3.2. 양도가액 OOO원에 양도하고 조정대상지역 1세대 2주택 중과세율(기본세율+10%p)을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다가, 2021.10.29. 쟁점주택은 청구인의 배우자가 보유한 OOO(이하 “종전주택1”이라 한다)의 주택재건축정비사업으로 인하여 대체주택으로 취득한 것이므로 쟁점주택의 양도는 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 에 따른 1세대1주택 비과세에 해당한다는 취지로 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 종전주택1의 주택재건축정비사업 시행인가일인 2014.6.20. 현재 청구인의 배우자가 OOO(이하 “종전주택2”라 한다)를 소유하여 청구인이 1세대2주택자에 해당하는 것으로 보아 2021.11.4. 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.11.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례를 규정한 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 에는 “사업시행인가일 당시 1주택”이라는 법문 자체가 없으므로 1주택을 소유한 1세대의 판단기준일은 특별한 규정이 없는 한 사업시행인가일이 아니라 대체주택인 쟁점주택 양도시점으로 보아야 할 것이고, 1주택을 소유한 1세대라고 동일한 문구로 규정하고 있는 소득세법 시행령 제155조 제1항 과 제156조의2 제3항의 대체주택 규정에서도 주택수의 판단은 양도당시로 해석하고 있다.

(2) 처분청이 “사업시행인가당시 1주택”이어야 한다는 요건을 재건축 대체주택의 비과세요건으로 보는 이유는 알 수 없으나, 만약 사업시행인가 당시 다른 주택이 있다면 재건축기간동안 그 다른 주택에 거주하면 되는 것이므로 사업시행인가일 이후에 대체주택인 쟁점주택을 별도로 취득할 실질적 필요성이 없게 된다. 종전주택1의 사업시행인가일(2014.6.20.) 당시 청구인 세대가 보유한 종전주택2는 2015.5.27. 관리처분계획 인가를 받아 멸실되었고, 2018.12.28. 준공 후 쟁점주택 양도 이전인 2020.6.15.에 양도되었는바, 종전주택1의 재건축기간동안 종전주택2는 청구인 세대가 거주할 수 있는 주택이 아니어서 청구인세대는 종전주택1의 재건축기간동안 거주할 실질적 필요성에 따라 쟁점주택을 취득한 것이므로 이는 재건축 대체주택의 비과세 취지에 부합하는 것이라 하겠다.

(3) 쟁점주택의 양도가 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 에 따른 대체주택 비과세에 해당하지 아니한다면 같은 령 제167조의11 제1항 제1호에 따른 2주택 중과제외 주택에도 해당하지 아니하게 되어 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 적용배제로 인하여 엄청난 세금을 부담하게 된다. 쟁점주택은 종전주택1의 사업시행인가일 이후에 거주할 실질적 필요성에 의해 취득한 주택이고, 쟁점주택 및 재건축 후 신축된 주택만 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도하고 재건축된 신축주택으로 세대전원이 전입한 이 건에 대하여 1세대2주택 중과세율을 적용하는 것은 재건축 대체주택의 입법취지와 주택투기 근절을 위한 2주택 중과규정의 입법취지와 정면으로 배치되는 것으로서 쟁점주택이 2주택 중과세율 적용 대상이라는 사실 자체가 처분청의 과세처분이 부당하다는 것을 반증하는 것이다.

(4) 처분청은 사업시행인가일 당시 1주택이면 대체주택 비과세를 적용하고, 사업시행인가일 당시 2주택인 경우에도 그것이 일시적 2주택인 경우에는 다른 요건이 맞으면 사업시행인가일 이후 여러 채를 매입하여 양도하더라도 대체주택 비과세를 적용하고 있다. 처분청이 1세대 1주택 비과세 판단시 다른 모든 사항에 있어서는 해당주택의 양도당시의 상황으로 비과세 여부를 판단하고 있는 사실을 감안하면, 도시 및 주거환경정비법에 의한 공공재건축사업의 일환으로 불가피하게 취득한 후 양도한 이 건 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율까지 적용한 것은 실질적 형평성에 크게 어긋나는 것으로서 헌법에 규정된 국민의 재산권을 침해하는 행위라고 하겠다.

• 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 은 주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례규정으로서 “국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택을 취득한 경우”라고 하고 있는바, 이는 1세대가 소유한 주택에 대하여 재개발․재건축사업이 시행되어야 하고, 소유한 주택 이외는 다른 주택은 없어야 한다. 청구인 세대는 종전주택1의 재건축사업시행인가일인 2014.6.20. 당시 종전주택1 이외 청구인의 배우자가 종전주택2를 소유하고 있었으므로 1세대2주택자에 해당하여 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 에 따른 1세대1주택 특례에 해당하지 아니하고, 국세청 예규(서면인터넷방문상담5팀-810, 2008.4.15., 서면4팀-3664, 2006.11.6., 서면4팀-2508, 2006.7.27.)도 위 규정의 적용에 대하여 “사업시행인가일 당시 1주택자”로 해석하고 있다. 또한 종전 조합원입주권은 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 때 주택 수에서 배제되었으나 2주택을 보유하다가 그 중 1주택이 조합원입주권으로 변환되는 경우 비과세 규정이 적용되어 투기의 대상이 되는 것을 고려하여 2006.1.1. 이후 변환된 조합원입주권은 주택 수에 포함하도록 2005년 소득세법 제89조 는 개정되었다.

(2) 청구인은 쟁점주택의 양도가 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 에 따라 쟁점주택의 양도가 1세대1주택 대체주택의 양도에 해당하지 않는다면 소득세법 시행령 제167조의11 제1항 제1호 에 따른 주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례에도 해당하지 아니하게 되어 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 미적용으로 과도한 세 부담을 지게 되고, 쟁점주택의 취득은 사업시행 이후에 거주할 실질적 필요성에 의해 취득한 주택이라고 주장하나, 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 이외 다른 비과세 규정에 해당하지 아니하면 중과세율 적용 대상에 해당하는 것은 당연한 것이고, 청구인의 세금 부담이 크다는 것이 주택 수를 달리 해석할 근거가 될 수는 없고, 이 건 과세처분이 재건축 대체주택에 대한 비과세 규정과 다주택자 주택투기 근절을 위해 2주택 중과세율을 적용하도록 한 소득세법 시행령 입법취지와 배치된다는 청구주장도 근거가 없다.

(3) 청구인은 1세대1주택 비과세 판단 시기를 양도 당시로 하는 규정이 있고, 쟁점주택의 취득은 실질적인 거주를 목적으로 한 것이므로 쟁점주택의 양도에 중과세율을 적용한 것은 다른 비과세 규정과 비교하여 실질적 형평성에 어긋나는 것이라고 주장하나, 주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례를 규정한 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 과 다른 비과세규정을 단순 비교할 수는 없고, 법령상 근거에 따라 과세한 것이 청구인의 재산권을 침해하여 부당하다는 청구주장도 근거가 없다 하겠다.

• 가. 쟁점 쟁점주택의 양도가 1세대1주택 비과세에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되어 2021.1.1. 시행된 것) 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제104조【양도소득세의 세율】⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정된 것) 제155조【1세대 1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (이하 생략) 제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】② 법 제89조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우로서 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다. ④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것 (2018. 2. 9. 개정 ; 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 시행령 부칙)

2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것 (2018.2.9. 개정 ; 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 시행령 부칙)

⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 “대체주택”이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2018.2.9. 개정 ; 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 시행령 부칙)

1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것 (2018.2.9. 개정 ; 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 시행령 부칙)

2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것. 다만, 주택이 완성된 후 2년 이내에 취학 또는 근무상의 형편으로 1년 이상 계속하여 국외에 거주할 필요가 있어 세대전원이 출국하는 경우에는 출국사유가 해소(출국한 후 3년 이내에 해소되는 경우만 해당한다)되어 입국한 후 1년 이상 계속하여 거주하여야 한다. (2018.2.9. 개정 ; 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 시행령 부칙)

3. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 대체주택을 양도할 것 (2018.2.9. 개정 ; 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 시행령 부칙) 제167조의11【1세대 2주택ㆍ조합원입주권 또는 분양권에서 제외되는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 장기임대주택 등”이란 국내에 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 소유하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

1. 제156조의2 제3항부터 제5항까지 또는 제156조의3 제2항ㆍ제3항에 따라 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용받는 주택으로서 양도소득세가 과세되는 주택

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같이 사실이 확인된다. (가) 청구인 및 배우자의 주택 취득 및 양도 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 이 건 주택 취득 및 양도 내역 OOO (나) 청구인이 쟁점주택을 2016.2.24. 취득하여 2021.3.2. 양도하고, 청구인의 배우자가 종전주택1을 2002.1.14. 취득(지분 2분의 1)하여 보유하다가 2016.5.16. OOO주택재건축정비사업조합에 신탁하였고, 청구인의 배우자가 종전주택2를 2001.11.21. 취득하여 2012.8.30. OOO주택재건축정비사업조합에 신탁한 사실이 각각의 등기사항전부증명서에 의하여 확인된다. (다) OOO구청장이 발급한 종전주택1 관리처분계획인가서(인가번호 2016-1)에 의하면, 종전주택1의 사업시행인가고시일은 2014.6.27., 관리처분계획인가일은 2016.1.7.이고, OOO구청장이 발급한 종전주택2 관리처분계획인가서(인가번호 2015-1)에 의하면, 종전주택2의 사업시행인가(변경)고시일은 2014.1.2., 관리처분계획인가일은 2015.1.27.로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2005.12.31. 개정된 소득세법 제89조 제2항 및 같은 법 부칙 제12조에 따르면, 2006.1.1.이후 재개발․재건축사업의 관리처분계획이 인가된 입주권은 주택 수 계산에 포함되는 것이고, 주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례를 규정한 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 이 적용되기 위해서는 “국내에 1주택을 소유한 1세대”로서 재개발․재건축이 진행되는 주택 이외에는 다른 주택이 없어야 하는 것인바, 청구인이 쟁점주택을 취득한 2016.2.24. 당시 청구인의 배우자가 2001.11.21.에 종전주택2를, 2002.1.14.에 종전주택1을 취득하여 보유하고 있었고, 종전주택2에 대한 주택재건축사업의 관리처분계획이 2015.1.27. 인가되었으므로 청구인이 쟁점주택을 취득한 당시에 청구인 세대는 쟁점주택과 종전주택1 및 조합원입주권으로 전환된 종전주택2를 소유한 사실이 확인되므로 쟁점주택의 양도가 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 의 1세대1주택 비과세 특례규정에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.