청구법인이 쟁점판결과 유사한 건축물을 건축하기로 한 것에 대하여 건축허가 취소가 확실시 된다고 보기 어렵고, 쟁점판결로 인하여 쟁점토지를 이용하지 못하였다고 하여 쟁점토지를 법인세법 제55조의2 제3항 및 같은 법 시행령 제92조의11 등에 따라 사용이 제한된 토지로 보기 어려운 점, 별도의 하치장 설치신고 등이 없었고, 청구법인이 제출한 임대차계약서는 원본이 아닌 점 등에 비추어 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지는 법령에 의해 건축을 제한 받는 토지에 해당하므로 비사업용 토지가 아니다. 법인세법 제55조의2 제3항 은 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 비사업용 토지로 보지 아니한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제1호는 “ 건축법 제18조 에 따라 건축이 제한되어 건축을 할 수 없게 된 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다”고 규정하고 있는바, 동종 업계인 CCC 판매회사가 청구법인과 같이 정비공장, 전시장 및 주차장으로 사용하기 위해 취득한 OOO 소재 주차장 부지에 대해 건축허가 취소 판결(대법원 2015.7.9. 선고 2015두OOO 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)이 확정됨에 따라 청구법인은 쟁점토지에 대해서도 건축허가 취소가 확실시 되어 건축을 중단하고 쟁점토지를 양도할 수 밖에 없었으므로 쟁점토지는 법령에 따라 사용이 제한된 토지라고 할 것이다. (2) 쟁점토지의 취득 목적, 취득 후 건축 진행 행위, 양도 경위 등을 살펴보면 사업용으로 보는 것이 관련 법의 입법 취지에 부합한다. 청구법인은 청구법인의 사업 목적을 실현하기 위하여 쟁점토지를 취득하였고, 건축허가 등 제반 노력을 기울였으나 부득이하게 양도하게 된 것으로 비사업용 토지에 대한 중과세는 시세차익을 노리고 취득한 토지에 대한 제재가 입법취지라고 할 수 있으므로 투기목적 없이 취득한 쟁점토지에 대해서는 적용하지 않는 것이 타당하다.
(3) 청구법인의 추가 항변 내용은 다음과 같다. (가) 처분청은 양수법인이 쟁점토지를 양수한 뒤 쟁점토지에 청구법인의 사업계획과 동일한 시설을 준공하였으므로 쟁점토지가 법령에 의하여 사용이 제한된 토지가 아니라는 의견이나, 양수법인은 쟁점토지에 9개 층의 주차장과 2개 층의 오피스텔을 신축하였고, 청구법인이 계획한 시설은 정비공장 2.5개 층, 주차장 6.5개 층, 오피스텔 및 근린시설 1.5개 층으로 양수법인이 신축한 건물과는 전혀 다른 건물이며, 청구법인이 쟁점토지에 정비공장을 포함하는 한 건축허가를 받더라도 쟁점판결과 같이 건축허가 취소가 확실시 되는 상황이었다고 할 것이다. (나) 처분청은 쟁점판결일부터 쟁점토지의 양도일까지를 사업용 토지로 본다고 하더라도 법인세법 시행령제92조의3 제3호 각 목의 기간 기준을 충족하지 못하여 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다는 의견이나, 비사업용 토지의 산정기준일은 1심판결이 있었던 날(2014.7.1.)부터 청구법인이 쟁점토지에 착공을 할 수 없었던 부득이한 사유가 있었던 것으로 보아야 하고, 설령 쟁점판결일(2015.7.9.)을 사업용 토지의 기산일로 보더라도 청구인이 쟁점토지를 제3자에게 하치장 등으로 유상임대한 임대기간은 사업용 토지로 보아야 할 것이며, 이에 따르면 쟁점토지의 사업용 토지로의 이용 기간은 2년은 미달하나, 총 소유기간의 60%를 초과하므로 쟁점토지는법인세법제55조의2 제2항에 따라 비사업용 토지가 아니라고 할 것이다.
(2) 청구법인이 쟁점토지를 양도한 후, 양수법인은 쟁점토지에 청구법인이 제출한 사업계획서상 연면적, 주요용도, 건물규모와 거의 동일한 건축물을 신축하여 사용승인을 받았으므로 쟁점토지가 “부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당한다”고 하기 어렵다.
(3) 청구법인의 쟁점토지 소유기간은 3년 미만인 경우에 해당하므로 법인세법 시행령 제92조의3 제3호 에 따라 비사업용 토지에 해당하는 기간을 판단하여야 하는데, 청구법인은 쟁점판결일(2015.7.9.)에 부득이한 사유가 발생했다고 보고 있으므로 쟁점토지의 취득일인 잔금청산일(2014.2.12.) 또는 등기완료일(2014.4.21.)부터 쟁점판결의 전일(2015.7.8.)까지의 기간은 비사업용 토지, 쟁점판결일부터 양도일(2016.10.27.)까지의 기간 동안은 사업용 토지로 판단되며, 해당 기간을 적용할 경우에도 쟁점토지를 사업용으로 사용한 기간이 2년 또는 100분의 60의 기간기준을 충족하지 못하고 있으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다.
(1) 법인세법(2020.8.18., 법률 제17476호로 개정되기 전의 것) 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 법인세법 시행령(2021.5.4., 대통령령 제31660호로 개정되기 전의 것) 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간
③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.
5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 (3) 법인세법 시행규칙(2019.3.20., 기획재정부령 제730호로 개정되기 전의 것) 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간 (4) 건축법 제18조(건축허가 제한 등) ① 국토교통부장관은 국토관리를 위하여 특히 필요하다고 인정하거나 주무부장관이 국방, 문화재보존, 환경보전 또는 국민경제를 위하여 특히 필요하다고 인정하여 요청하면 허가권자의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.
② 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 지역계획이나 도시ㆍ군계획에 특히 필요하다고 인정하면 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 처분청은 청구법인이 2016사업연도 법인세 신고시 쟁점토지에 대한 토지등 양도소득을 신고하지 않음에 따라 2021.7.9. 청구법인에게 쟁점토지의 비사업용 토지 여부에 대한 해명자료 제출을 요구하였고, 청구법인은 2021.7.23. 아래와 같은 해명자료를 제출하였다. OOO (나) 쟁점토지의 등기사항전부증명서 및 부동산 종합증명서에 따르면, 청구법인은 2014.4.21. OOO로부터 등기원인 매매(2013.11.21.)로 인하여 OOO원에 쟁점토지를 취득하였고, 2016.10.27. 양수법인에게 OOO원에 양도하였으며, 쟁점토지는 양수법인이 양수한 이후인 2016.12.23. 주용도 자동차업무시설, 업무시설로 건축허가를 받아 2017.1.2. 건축물을 착공하고, 2018.5.23. 지하 1층, 지상 10층의 자동차관련시설 및 업무시설을 사용승인 받은 것으로 나타난다.
(2) 청구법인은 쟁점판결일인 2015.7.9.부터 양도일까지의 기간과 제3자에게 하치장과 주차장 등으로 유상 임대한 기간을 합하면 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 있는 기간이 아래 <표2>와 같이 100분의 40에 미달한다고 주장하며, 이에 대한 입증서류로 각 임차인과 체결한 계약서를 제출하였으나, 각 계약서는 도장이 날인된 원본이 아닌 초본으로 제출되었고, 임차료 지급내역에 대한 전자세금계산서 발행내역, 임대료 입금내역이 기재된 입출금내역을 추가 제출하였다. <표2> 쟁점토지의 사업용 토지로의 사용 기간 OOO
(3) 청구법인이 쟁점토지를 사용하지 못하는 주요 근거로 주장하는 쟁점판결 및 원심판결의 주요 내용은 다음과 같다. OOO
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 법령에 의해 사용제한을 받는 토지에 해당하므로 비사업용 토지가 아니라고 주장하나, 쟁점판결은 청구법인과 다른 개별적 사건에 적용된 사안이므로 청구법인이 쟁점판결과 유사한 건축물을 건축하기로 한 것에 대하여 건축허가 취소가 확실시 된다고 보기 어렵고, 쟁점판결로 인하여 쟁점토지를 이용하지 못하였다고 하여 쟁점토지를 법인세법 제55조의2 제3항 및 같은 법 시행령 제92조의11 등에 따라 법령에 의하여 사용이 제한된 토지라고 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점토지에 건물 신축을 위한 사전작업만 진행하였을 뿐 실제 착공을 하지 않은 것으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점토지를 하치장 등으로 임대하였다고 주장하나, 별도의 하치장 설치 신고 등이 없었고, 청구법인이 제출한 임대차계약서는 원본이 아닌 점 등에 비추어 쟁점토지가 사업용 토지로 사용되었다는 것이 객관적인 증빙자료에 의하여 충분히 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.