쟁점과세특례는 납세자의 과세이연[주식매수선택권 행사시 근로소득 또는 해당 주식 처분시 양도소득으로 과세] 및 해당 법인으로의 과세전가[근로소득으로 과세되는 경우 손금인정 또는 양도소득으로 과세되는 경우 손금불인정] 효과가 나타나므로 법령상의 과세특례 신청여부에 대한 납세자의 의사표시가 명확히 요구되는바, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례를 적용받으려는 벤처기업 임직원이 주식매수선택권 전용계좌 개설ㆍ입고 후 특례적용신청서를 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하도록 한 조특법 제16조의4 및 같은 법 시행령 제14조의4 규정은 최소한 지정기한 내 납세자의 특례적용 신청 등 제반 절차를 엄격히 준수하여 과세방식을 확정하도록 한 것으로 보임
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 기획재정부에 의하면, 주식매수선택권 전용계좌에 주식을 입고하여 관리하는 등의 특례신청절차는 특례 적용요건이 아닌 단순한 관리방안에 해당한다. (가) 처분청은 청구인들이 쟁점주식매수선택권 행사일 전까지 쟁점법인(전용계좌개설확인서를 첨부한) 조세특례적용신청서를 제출하지 않았고, 쟁점법인은 주식매수선택권 행사일이 속한 달의 다음 달 10일까지 관할세무서에 주식명세서등을 제출하지 않았기 때문에 조세특례(=양도소득세 과세)를 적용받을 수 없다고 주장한다. 즉, 이 건 처분의 과세논리는 벤처기업 임직원들의 벤처기업에 대한 특례신청서 제출 및 벤처기업의 관할세무서에 대한 명세서 제출은 단순한 관리방안이 아닌 법률 적용요건에 해당한다는 것이다. (나) 하지만, 기획재정부는 쟁점과세특례 규정의 도입 당시 보도자료를 통해 명시적으로 적격요건을 충족한 주식매수선택권의 경우 양도소득세 과세방식을 선택할 수 있고, 주식매수선택권 전용계좌에 주식을 입고하여 관리하는 등의 특례신청절차는 적격요건과 구분되는 단순한 관리방안으로 설명하였다. [2014.2.5.자 기획재정부 보도자료] ◯◯◯
(2) 최근 조세심판원(OOO)은 조특법상 특례규정 신청절차를 납세자의 협력의무에 관한 규정으로 보고, 기한 내에 신청절차를 이행하지 않은 경우에도 과세특례를 적용할 수 있다고 판단한 바 있다. (가) 구 조특법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정된 것) 제18조의2 제2항은 외국인 근로자가 국내에서 근무를 함으로써 받는 근로소득에 대해서는 단일세율 또는 누진세율 적용을 선택할 수 있는 과세특례제도를 규정하고 있는데, 위 특례규정을 적용받으려는 외국인 근로자는 근로소득세액 연말정산 또는 종합소득세 과세표준 확정신고를 하는 때에 외국인근로자 단일세율적용신청서를 첨부하여 제출하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 외국인 근로자가 연말정산 또는 종합소득세 과세표준 확정 신고기한까지 외국인근로자 단일세율적용신청서를 제출하지 않았다는 이유로 과세처분을 한 사안에서, 조세심판원은 “처분청은 청구인이 외국인 근로자 단일세율적용신청서를 종합소득세 확정신고기한 내에 제출하지 아니하여 조특법 제18조의2에 따른 세율을 적용할 수 없다는 의견이나, (중략) 조특법 시행령 제16조의2 제4항에 ‘기획재정부령으로 정하는 단일세율적용 원천징수신청서를 원천징수의무자를 거쳐 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.’고 규정하고 있으나, 이는 단일세율 적용신청이 납세자의 협력의무를 규정한 것에 불과한 것이고 외국인 근로자가 단일세율의 다른 요건을 충족하고 있는 한 단일세율 적용이 허용되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 종합소득세 누진세율을 적용하여 과세한 이 건 종합소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다”고 결정하였다.
(3) 대법원 역시 과세특례 신청절차를 원칙적으로 납세자의 협력의무에 관한 규정으로 해석하고 있다. (가) 대법원 판례해설에 따르면, 대법원은 원칙적으로 과세특례 신청절차를 납세자의 협력의무에 관한 규정으로 해석하고 있으며, 예외적으로 법문에서 “～신청한 경우에만(혹은 신청한 경우에 한하여) 감면요건을 적용할 수 있다”는 방식으로 규정한 경우에 신청절차를 특례적용요건의 하나로 해석하고 있다. (나) 쟁점과세특례 규정은 “대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 행사시점에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있을 뿐, 특례신청절차를 “신청한 경우에만” 혹은 “신청한 경우에 한하여” 조세특례를 적용할 수 있다는 방식으로 규정되어 있지 않다. 이러한 쟁점과세특례 규정의 문언 및 대법원 판례에 비추어보더라도 특례적용신청서 및 명세서 제출 등 신청절차는 단순한 관리방안으로 해석하는 것이 타당하다.
(4) 쟁점과세특례 규정에 대한 국회 검토보고서에 의하면, 쟁점과세특례 규정을 적용하더라도 전체적인 세수에는 영향이 없다. 쟁점과세특례 규정 도입 당시 국회에서 작성한 검토보고서에 따르면, 양도소득 과세방식을 적용한다고 하더라도, 근로소득(종합소득) 과세방식이 적용되는 경우와 비교하여 국가의 전체적인 세수에는 영향이 없다. 쟁점과세특례 규정이 적용되어 벤처기업 임직원에게 양도소득 과세방식이 적용되는 경우 회사가 법인세 손금인정을 받지 못하고, 임직원에게 근로소득으로 과세되는 경우 회사가 법인세 손금인정을 받을 수 있기 때문에 전체적인 세수에는 영향이 없다. [2014년 12월 국회 기획재정위원회 검토보고서 6쪽] ◯◯◯
(1) 쟁점과세특례 신청절차가 단순 협력의무인지, 필수적 절차인지를 판단하기 위해서는 아래와 같은 특징이 고려되어야 한다. (가) 임직원들의 쟁점과세특례 신청여부에 따라 벤처기업의 법인세가 달라지게 된다. 임직원들이 주식매수선택권을 행사하면 벤처기업은 주식보상비용(행사가격과 시가의 차액)을 손금에 산입하게 되는데(법인세법 시행령 제19조의2), 다만 임직원들이 주식매수선택권 행사에 대해 쟁점과세특례를 신청하여 양도소득세만 납부한다면 주식보상비용은 손금에 산입할 수 없다(조특법 제16조의4 제4항). 결국 임직원들이 쟁점과세특례를 신청하는지 여부에 따라 벤처기업의 법인세는 달라지게 된다. (나) 임직원들의 쟁점과세특례 신청여부에 따라 소득세가 법인세로 전가될 수 있다. 청구인이 든 사례를 사용하여 쟁점과세특례 신청여부에 따른 임직원과 벤처기업의 세금부담액을 계산하면 다음과 같다. ◯◯◯ 위 사례에서 보듯이 개인이 납부하는 세금이 증가하면(OOO) 법인이 납부하는 세금은 감소하고(OOO), 개인이 납부하는 세금이 감소하면(OOO) 법인이 납부하는 세금은 증가(OOO)하게 되어 쟁점과세특례 신청여부에 따라 개인과 법인간 세금이 전가되고 따라서 쟁점과세특례신청을 아무 때나 받아주면 벤처기업의 법인세는 수시로 변경되어 불안정한 상황이 된다. (다) 임직원들의 쟁점과세특례 신청여부는 양도시점의 주가수준에 따라 사후적으로 변경할 유인이 발생한다. 행사가격 OOO원인 주식매수선택권을 부여 받아 주식시가가 OOO원 시점에서 주식매수선택권을 행사한 경우 미래 주식 양도시점의 주가에 따라 임직원의 부담세액을 계산하면 아래와 같다. ◯◯◯ 만약 임직원이 쟁점과세특례를 신청하지 않고 소득세 OOO원을 납부하였는데 주식양도시점에서 주가가 OOO원이라면 과세특례 신청을 하는 경우 납부세액이 OOO원으로 유리하기 때문에 주식매수선택권 행사시 납부한 소득세를 경정청구할 가능성이 크고, 반대로 쟁점과세특례를 신청하였는데 양도시점에서 주가가 OOO원이라면 양도세가 OOO원으로 과세특례를 신청하지 않았다면 납부할 소득세 OOO원 보다 크기 때문에 과세특례 신청을 철회할 가능성이 크다.
(2) 쟁점과세특례 신청절차가 단순 협력의무에 불과하다면 벤처기업 임직원들은 경정청구 기간 내에 언제든지 과세특례를 신청할 수 있고 그 결과 벤처기업은 이미 신고한 법인세를 본인의 잘못 없이 계속하여 변경하고 추가 법인세 및 가산세를 납부하는 매우 불확실하고 부당한 상황이 발생한다. (가) 예를 들어 5년 전에 과세특례를 적용하지 않고 종합소득세를 납부한 벤처기업 임직원이 소급하여 과세특례를 적용하겠다는 사유로 5년 전 종합소득세에 대해 감액경정을 청구하고 처분청이 이를 받아들이면, 5년 전에 해당 임직원에 대한 주식보상비용을 손금에 산입하여 법인세를 신고납부한 벤처기업은 다시 주식보상비용을 손금불산입하는 것으로 수정하고 증액되는 법인세와 가산세를 납부하여야 한다. (나) 반대로, 5년 전에 과세특례를 신청한 임직원이 소급하여 과세특례를 적용하지 않겠다는 사유로 종합소득세 수정신고를 하는 경우에는 5년 전 해당 임직원에 대한 주식보상비용을 손금불산입하여 법인세를 신고 납부한 벤처기업은 다시 주식보상비용을 손금산입하는 것으로 경정청구를 하여야 한다. (다) 만약 경정청구 기간인 5년 동안 수십명의 임직원이 수차례에 걸쳐 경정청구 또는 수정신고를 한다면 벤처기업은 법인세를 수십번 수정하는 경우도 발생할 수 있는데 아무런 잘못도 없는 벤처기업이 본인 의사와 무관하게 오로지 과거 임직원의 종합소득세가 변경된다는 이유만으로 이미 신고한 법인세를 지속적으로 수정하면서 법인세 및 가산세를 추가 납부하는 용인되기 어려운 상황이 발생하게 된다.
(3) 쟁점과세특례 적용을 위한 신청기한은 벤처기업의 법인세 확정을 위해 법인세 신고기한 이전 중 특정 시점까지로 제한할 필요가 있고 시행령은 그 시점을 주식매수선택권 행사일 전일까지로 정하고 있으므로 벤처기업의 조세법률관계가 안정적이고 예측가능하려면 신청절차는 반드시 준수되어야 하고 기한이 지나 이루어진 과세특례 신청은 받아들여질 수 없다. (가) 주식매수선택권 행사시 주식을 발행하는 벤처기업이 법인세를 신고기한까지 문제없이 신고하기 위해서는 반드시 그 이전에 임직원이 쟁점과세특례 신청을 할 것인지 여부가 확인되어야 한다. 왜냐하면 쟁점과세특례를 적용하는지에 따라 벤처기업의 법인세가 달라지기 때문이다. 이러한 필요에 따라 쟁점과세특례에 대한 신청서 제출은 법인세 신고기한 이전의 어느 시점까지로 강제할 필요가 있는데 법령에서는 그 시기를 주식매수선택권 행사일 전일까지로 규정하고 있다(조특법 시행령 제14조의4 제2항). (나) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008.10.23. 선고, 2008두7830 판결 외 다수). (다) 따라서 쟁점과세특례를 신청하려는 벤처기업 임직원들은 반드시 법에서 규정한 날까지 신청절차를 마쳐야 하며 청구인 주장과 같이 주식 양도 전까지만 신청하면 된다는 식으로 임의로 신청기한을 연장하는 것은 허용될 수 없다.
(4) 조특법 제16조의4 제5항에 따라 소득세가 과세되는 경우에도 벤처기업이 이미 신고한 법인세 및 종합소득세가 소급하여 변경될 수 없도록 규정하고 있는데 이는 한번 확정된 법인세 및 종합소득세를 추후 변경시키지 않겠다는 입법자의 의도로 보아야 한다. (가) 조특법 제16조의4 제5항에 따라 임직원에게 종합소득세가 과세되는 경우에도 주식매수선택권의 행사시점에 신고한 임직원의 종합소득세가 소급하여 변경되는 것이 아니라 주식을 처분하거나 행사가액이 OOO원을 초과한 과세연도의 종합소득으로 보아 과세되고 마찬가지로 이미 신고한 벤처기업 법인세 역시 소급하여 수정되지 않는다. (나) 입법자는 쟁점과세특례 적용과 관련하여 소급하여 종합소득세나 법인세를 변경하지 않겠다는 의도를 분명히 하고 있기 때문에 제5항에 해당하여 소득세가 과세되는 경우는 물론이고 임직원이 자의로 이미 신고한 종합소득세에 대해 경정청구하는 것도 허용될 수 없다.
(5) 사후적인 과세특례 신청절차를 경정청구를 통해 인정하게 되면 국세기본법에서 인정하지 않는 후발적 사유로 인한 경정청구가 인용되는 부당한 경우가 발생할 수 있다. (가) 경정청구는 국세기본법 제45조 2 제1항에 따른 통상적 사유에 의한 경정청구와 제2항에 따른 후발적 사유에 의한 경정청구로 구분된다. 통상적 사유에 의한 경정청구는 당초 신고시 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때를 요건으로 하는데 경정청구의 사유가 당초 신고시점에 존재하는 경우를 의미한다. (나) 반면에, 후발적 사유에 의한 경정청구는 당초 신고시점에 존재하지 않았던 사유가 신고 이후에 발생함에 따라 이미 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 따른 것보다 과다하게 된 경우를 의미하는데 법에서 정하고 있는 일정한 사유로 제한된다. (다) 주식매수선택권을 행사한 벤처기업 임직원은 1) 주식 양도시점에서 적용되는 양도소득세가 얼마인지 2) 미래 예상되는 주가가 얼마인지 등을 감안하여 쟁점과세특례 신청 여부를 결정할 것이기 때문에 과세특례 신청 당시에는 유리하다고 판단하였으나 주식 양도당시에 불리하게 변경될 수도 있고 그 반대의 경우도 얼마든지 발생할 수 있다. 다시 말해, 쟁점과세특례를 신청하는 것이 임직원에게 유리한지 여부는 과세표준 신고당시의 상황만으로는 알 수 없는 경우가 적지 않다. (라) 따라서 쟁점과세특례 신청절차를 단순 협력의무에 불과하다고 해석하면 임직원들의 과거 소득세의 경정청구가 제기되는 경우 과세관청은 이를 모두 인용하여야 한다. 하지만, 경정청구의 원인이 예상과 달리 양도시점의 주가에 따라 상대적으로 납부세액이 증가하였다는 것으로 법에서 허용하지 않는 후발적 사유인데도 불구하고 경정청구가 인용되는 문제가 발생할 수 있다.
(6) 쟁점과세특례는 벤처기업 임직원들에게 과세방식을 선택할 수 있는 특혜를 주고 있는데 미래주가가 하락하는 등의 사유로 인한 종합소득세 감액 경정까지 인정한다면 이중혜택에 해당한다. 임직원이 주식매수선택권을 행사한다는 것은 행사 후 주가 변동에 따른 손실을 해당 임직원이 감내하겠다는 것을 의미한다. 벤처기업이 아닌 일반법인 임직원이 주식매수선택권 행사이익에 대해 종합소득세를 납부한 후 주가가 하락한다고 해서 이미 납부한 종합소득세를 돌려주는 경우는 없다. 그런데, 벤처기업 임직원은 행사이익에 대해 종합소득세를 납부할지 여부를 선택할 수 있는 특혜를 이미 받았는데도 그 이후 주가가 예상만큼 오르지 않거나 오히려 하락한 경우에 사후적으로 과세특례 절차를 거쳐 이미 납부한 종합소득세를 환급까지 받을 수 있게 허용한다면 일반법인 임직원과의 형평성을 감안할 경우 과도한 이중혜택에 해당한다.
(1) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정된 것) 제16조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ① 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2021년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 소득세법 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다.
1. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것
2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것
② 적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.
③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을 소득세법 제97조 제1항 제1호 에 따른 취득가액으로 한다.
④ 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 법인세법 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 소득세법 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며(제2호의 경우에는 제1항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 대상으로 한다), 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다.
1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다): 증여일 또는 처분일
2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우: 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날
⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조 제1항 에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑦ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 제14조 제1항 제7호를 적용하지 아니한다.
⑧ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청·운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부개정된 것) 제14조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ① 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)을 말한다.
1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자
법인세법 시행령 제43조 제7항 에 따른 지배주주등에 해당하는 자
3. 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주
4. 제3호의 주주와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자
② 법 제16조의4 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조 제1항 에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌"라 한다)를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 한다.
③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 금융투자업자는 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서"라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑤ 법 제16조의4 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.
1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것
2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것
3. 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것
4. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 제11조의3 제3항에 따라 부여받은 주식매수선택권이 아닐 것
⑥ 법 제16조의4 제2항에 따라 양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 소득세법 제105조 및 제110조에 따라 양도소득과세표준을 신고하는 경우 제2항에 따른 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 기획재정부령으로 정하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑦ 법 제16조의4 제4항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 말한다.
⑧ 법 제16조의4 제5항 제1호에서 "해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 사유를 말한다.
1. 주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 파산하는 경우
2. 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식을 처분하는 경우
3. 합병·분할 등에 따라 해당 법인의 주식을 처분하고 합병법인 또는 분할신설법인의 신주를 지급받는 경우
⑨ 법 제16조의4 제6항에서 "대통령령으로 정하는 자료"란 주식매수선택권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서를 말한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙(2019.3.20. 기획재정부령 제726호로 일부개정된 것) 제8조의4(벤처기업 주식매수선택권 전용계좌 요건 등) ① 영 제14조의4 제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 계좌"란 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 계좌를 말한다.
1. 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분에 따른 벤처기업 임직원(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다) 본인의 명의로 개설할 것
2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조 제1항 에 따른 금융투자업자가 벤처기업 임직원의 다른 매매거래계좌와 구분하여 주식매수선택권전용계좌의 명칭으로 별도로 개설·관리할 것
3. 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래할 것
4. 계좌 개설 이후 1개월 내 주식이 입고되지 아니할 경우에는 해당 계좌를 폐쇄하는 내용으로 사전에 약정할 것
② 영 제14조의4 제5항 제3호에서 "사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유"란 주식매수선택권을 부여받은 벤처기업 임직원이 사망 또는 정년을 초과하거나 그 밖에 자신에게 책임 없는 사유로 퇴임 또는 퇴직한 경우를 말한다.
(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인들은 쟁점법인의 임직원이고, 쟁점법인은 2010.11.29. 설립되어 미생물 진단 기술을 기반으로 하는 체외진단용 의료기기의 개발 및 판매업 등을 영위하고 있는 코스닥 상장법인으로 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업에 해당한다. (나) 쟁점법인은 2017.1.6. 주주총회를 거쳐 임직원들에게 벤처기업육성에 관한 특별조치법제16조의3에 따라 주식매수선택권을 부여(신주발행 교부방식)하기로 결의하였는바, 총 부여수량은 OOO주, 총 매수가격은 OOO원, 지급대상자는 청구인들을 포함한 총 22명, 행사기간은 2020.1.6.∼2025.1.5.로 결정하였다. 이에 따라 쟁점법인은 청구인들을 포함한 총 22명의 임직원들과 주식매수선택권 부여계약을 각 체결하였는데, 당초 주식매수선택권의 행사가격은 OOO원이었으나 2019.12.6. 쟁점법인의 무상증자로 인해 1주당 OOO원으로 조정되었다. (다) 이후 2020.4.8. 청구인들은 쟁점주식매수선택권을 행사함에 따라 쟁점법인의 발행주식을 각각 취득하였는바, 그 행사이익은 위 <표1>과 같다. (라) 청구인들의 쟁점주식매수선택권이 조특법 제16조의4 제1항 및 같은 법 시행령 제14조의4 제5항에 따른 요건을 모두 갖춘 ‘적격주식매수선택권’에 해당한다는 점에 대하여는 청구인들과 처분청 사이에 다툼이 없다. (마) 청구인들은 ① 2020.11.12. 쟁점주식매수선택권 전용계좌를 개설하여 해당 주식을 동 전용계좌에 모두 입고하였고, ② 2020.12.4. 쟁점법인에 쟁점주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부한 과세특례적용신청서를 제출하였으며, ③ 쟁점법인은 같은 날(2020.12.4.) 처분청에 쟁점주식매수선택권 행사주식지급명세서와 특례적용대상명세서를 제출하였다. (바) 청구인들은 쟁점주식매수선택권 행사 이후에 위 과세특례 신청절차를 갖춘 경우에도 조특법 제16조의4에 따른 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부를 확인하기 위하여 2020.4.21. 국세청에 ‘세법해석 사전답변 신청’을 하였는바, 국세청은 “조특법 제16조의4 제1항에 따라 주식매수선택권 행사시에 소득세가 과세되지 않기 위해서는 특례적용신청서에 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하는 등 조특법 시행령 제14조의4가 정하는 바에 따라 신청하여야 하는 것입니다”라고 회신하였다. (사) 이에 따라, 청구인들은 쟁점주식매수선택권 행사이익을 쟁점법인으로부터 수령한 근로소득과 합산하여 2020년 귀속 종합소득세를 신고ㆍ납부한 후, 위 <표2>와 같이 2021년 7월 처분청에 쟁점과세특례를 적용하여 2020년 귀속 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 2021.8.20.∼2021.9.23. 기간 중에 ‘조특법 제16조의4 및 같은 법 시행령 제14조의4 제2항, 제3항에 규정된 절차적 요건을 충족하지 못하여 쟁점주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 적용을 받을 수 없다’는 이유로 이를 각각 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점과세특례 신청절차는 납세자의 협력의무를 정한 것이므로 주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식을 양도하여 과세특례를 실제로 적용하기 전까지 신청절차 등을 이행한 경우에는 쟁점과세특례 규정을 적용할 수 있다고 주장하나, (가) 조특법 제16조의4 및 같은 법 시행령 제14조의4에 따르면, 벤처기업 임직원이 2021.12.31. 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 적격요건을 갖춘 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 이익에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에 주식매수선택권 행사시에 소득세(근로소득 또는 기타소득)를 과세하지 아니할 수 있도록 규정하고 있다. (나) 쟁점과세특례는 납세자의 과세이연[주식매수선택권 행사시 근로소득 또는 해당 주식 처분시 양도소득으로 과세] 및 해당 법인으로의 과세전가[근로소득으로 과세되는 경우 손금인정 또는 양도소득으로 과세되는 경우 손금불인정] 효과가 나타나므로 법령상의 과세특례 신청여부에 대한 납세자의 의사표시가 명확히 요구되는바, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례를 적용받으려는 벤처기업 임직원이 주식매수선택권 전용계좌 개설ㆍ입고 후 특례적용신청서를 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하도록 한 조특법 제16조의4 및 같은 법 시행령 제14조의4 규정은 최소한 지정기한 내 납세자의 특례적용 신청 등 제반 절차를 엄격히 준수하여 과세방식을 확정하도록 한 것으로 보이는 점, (다) 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세는 과세특례적용 여부 등에 따라 과세방식이나 세부담 효과가 달라지게 되므로 주식매수선택권 행사 전에 미리 그 전용계좌를 개설하고 입고하도록 하는 등 일련의 절차는 주식매수선택권의 체계적인 관리와 쟁점과세특례 적용을 위한 핵심적인 관리방안으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점과세특례 규정의 적용과 관련하여 조특법 시행령 제14조의4에서 정한 제반절차는 단순 납세자의 협력의무라기 보다 쟁점과세특례 규정의 효력에 직접 영향을 미치는 필수요건에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다. (라) 따라서 이 건의 경우, 청구인들이 조특법 시행령 제14조의4 제2항 및 제3항에 따라 주식매수선택권 행사일 전일까지 주식매수선택권 전용계좌 개설확인서를 첨부한 특례적용신청서를 쟁점법인에 제출하지 아니하였고, 쟁점법인은 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고 주식매수선택권 행사주식지급명세서 및 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 관할 세무서장에 제출하지 아니하였으므로 쟁점과세특례 규정을 적용할 수 없다는 이유로 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.