청구인이 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중 발급받은 매입세금계산서는 ‘사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없다고 할 것이므로, 쟁점오피스텔 분양수입에 대한 매입세액공제가 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움
청구인이 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중 발급받은 매입세금계산서는 ‘사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없다고 할 것이므로, 쟁점오피스텔 분양수입에 대한 매입세액공제가 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 처분청은 청구인의 부가가치세 환급 경정청구에 대하여 기각을 하면서 그 사유로 청구인이 당초 부가가치세를 무신고하였으므로 경정청구대상에 해당하지 아니한다는 점을 제시하였으나, 청구인은 당초 면세사업자로 사업장현황신고를 하였으므로 부가가치세 환급 경정청구를 제기한 것이고, 본 건 불복 결과에 따라 향후 기한후신고 등 적법한 절차에 따라 신고를 할 예정이다.
(2) 처분청은 청구인이 면세사업자의 지위에서 수취한 세금계산서와 관련된 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 의 “사업자등록을 신청하기 전의 매입세액”에 해당하므로 매출세액에서 공제할 수 없다고 하였으나, 쟁점사업장과 근접한 시기에 건축한 “OOO”의 경우 청구인은 당초 면세사업자로 등록하였음에도 처분청으로부터 과세사업자라는 연락을 받고 2018.1.22. 과세사업자로 등록전환한 후에 2017년 제2기 부가가치세를 신고하여 2021.7.27. 처분청으로부터 국세환급금통지서를 수령하였다. 쟁점사업장은 “OOO”처럼 과세사업자로 등록전환하지는 아니하였지만 2018년 제1기 ∼ 제2기 과세기간에 대하여 부가가치세를 자진신고‧납부하고 “OOO”와 동일한 사업내용인 2016년 제2기 ∼ 2017년 제2기 과세기간에 대하여 부가가치세 환급신청(경정청구)을 한 것인바, 처분청이 쟁점사업장의 쟁점매입세액을 과세사업자 등록전 매입세액이라고 하면서 공제할 수 없는 매입세액이라고 하는 것은 동일한 사업내용에 대하여 세법 해석을 달리하는 것으로서 형평에 맞지 아니하다. 처분청이 동일한 과세기간인 2017년 제2기에 대하여 쟁점사업장과 “OOO”를 달리 판단하는 것은 신축에서 분양까지 동일한 사업과정에 대하여 일부는 면세사업자로, 다른 일부는 과세사업자로 보아 처리하는 모순이 발생하고, 사업내용의 실질이 과세사업자임을 인정하면서도 형식상 면세사업자이므로 과세사업자로 인정할 수 없다는 것은 실질과세의 원칙 및 세법 해석의 기준인 형평성에 부합하지 아니한다. 또한 부가가치세법 제8조 및 같은 법 시행령 제11조 제5항, 제12항은 사업현황을 확인하기 위하여 국세청장이 필요하다고 인정하는 경우에는 발급기한을 5일 이내에서 연장하고 조사한 사실에 따라 사업자등록증을 발급할 수 있고, 사업자등록의 신청 내용을 보정(補正)할 필요가 있다고 인정될 때에는 10일 이내의 기간을 정하여 보정을 요구할 수 있으며, 사업장 관할 세무서장은 필요하다고 인정하면 사업자등록증을 갱신하여 발급할 수 있다고 규정하고 있으므로 처분청은 본 사건을 인지하였을 당시 필요하다고 인정되면 사업자등록증을 갱신발급할 수 있었음에도 불구하고 개업 후 거의 5년이 다 되어가는 시점에 이와 같은 문제가 발생한 것은 처분청의 사업자등록 발급 업무에 과실이 없다고 할 수 없다.
(4) 본 건과 유사한 OOO에서는 “공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급이 조세특례제한법제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택의 공급에 해당하여 부가가치세의 면제가 적용되는지 여부에 관하여는 납세자와 과세관청 간에 세법해석상 견해의 대립이 있었고, 이러한 견해의 대립이 납세의무자의 관련 법률에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘는 것이어서 우리 원도 위 면세적용 여부에 대한 결정이 엇갈리다가 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정OOO으로 ‘오피스텔의 공급이 위 국민주택의 공급에 해당하지 아니하는 것’으로 판단하였는바, 합동회의 결정이 있기 전에 오피스텔이 포함된 집합건축물을 허가받아 공급한 후 오피스텔을 국민주택으로 인정한 심판결정례를 신뢰하여 쟁점오피스텔에 대한 세금계산서를 교부하지 아니하거나 부가가치세 신고를 하지 아니한 것, 토지 등 매매차익에 대한 예정신고를 이행하지 아니한 것(2017.12.20. 전 신고기한 도래분) 등에 대하여는 납세자에게 세금계산서를 교부하지 아니하거나 신고를 하지 아니한 데 대한 귀책사유가 있다고 보기 어렵다 할 것이다.”라고 결정하였는바, 위 2017.12.20.자 조세심판관합동회의 결정 이전분에 대해서는 납세자에게 귀책사유가 없다고 보아야 하므로 본 건 부가가치세를 환급 처리하는 것이 타당하다. 이러한 논쟁은 그동안 많은 조세심판사례(OOO)에서 오피스텔의 공급을 면세되는 국민주택의 공급으로 인정하여 오랫동안 일반화되어 오다가 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정(OOO)으로 오피스텔의 공급이 비로소 국민주택의 공급에 해당하지 아니하는 것으로 판단되었으나, 위 결정 이후에도 본 건과 유사한 사례가 2018년부터 2021년까지 법원에서 행정소송이 진행중이었기 때문에 당시 청구인은 일반 사업자의 입장에서 면세 여부를 판단하기가 어려웠다(OOO 판결, OOO 판결, OOO 판결, OOO 판결). 이와 같이 오피스텔 공급에 대한 과‧면세의 의견대립은 청구인의 관련 법률에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘는 것으로서 조세포탈의 목적이나 의도가 없어 청구인에게 귀책사유가 있다고 보기 어려우므로 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정 이전에 해당하는 2016년 제2기 ∼ 2017년 제2기 부가가치세를 환급하는 것이 실질과세의 원칙 및 세법 해석의 기준인 형평성에 부합하는 것이다.
(1) 실제 과세사업을 영위하였는지 여부에 불구하고, 면세사업자로 등록한 채로 수취한 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 매입세액에 해당한다. (가) 부가가치세법 제8조 는 사업자가 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하도록 하고 있고, 같은 법 제39조 제1항 제8호는 부가가치세법 제8조 에 의한 등록을 신청하기 전의 매입세액은 관련 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 그리고 OOO, OOO, OOO 등은 “ 부가가치세법 제8조 사업자등록은 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자에 한하고 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 같은 법 제39조 제1항 제8호에서 정하는 ‘제8조에 따른 사업자등록’이란 부가가치세 납세의무가 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이고, 실제 부가가치세 면세사업자인지 또는 과세사업자인지의 여부를 불문하고 사업자가 면세사업자라고 기재된 사업자등록증을 교부받은 것으로는 같은 법 제8조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없다.”고 하여 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록으로 부가가치세법 제8조 에 의한 사업자등록을 갈음하여 매입세액을 환급받을 수는 없는 것으로 일관되게 판시하고 있다. 청구인은 쟁점사업장을 소득세법 제168조 에 의한 면세사업자로 등록하였을 뿐, 등록일부터 폐업일까지 부가가치세법 시행령 제11조 제10항 에 따라 과세사업자로 등록정정한 바가 없으므로 청구인이 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중 발생한 매입세액은 ‘ 부가가치세법 제8조 에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당하고, 등록 전 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 에 따라 불공제 대상임이 명백하므로 청구인의 환급 신청을 거부한 처분은 정당하다. (2) 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 는 부가가치세법상 사업자등록을 신청하지 아니한 자를 제재하기 위한 것으로, 형평성 또는 실질과세의 원칙과 관련이 없다. (가) 청구인은 처분청이 쟁점사업장에 대하여 준공 시점까지는 면세사업자로 보다가 분양 시점에 이르러서는 과세사업자로 보는 것은 세법 해석의 모순을 발생시킨 것이므로 세법해석의 기준인 형평성에 반한다고 주장하나, 주거용 오피스텔은 국민주택 규모 여하를 불문하고 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당하지 아니하므로 청구인은 당초부터 부가가치세 과세사업자이고 다만 부가가치세법에 의한 등록을 하지 아니하고 그 사업을 영위한 자에 불과하며, 부가가치세법에 의하여 등록하지 아니한 과세사업자는 매입세액 공제를 받을 수 없고, 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화를 공급하는 경우 사업자등록 여부 및 공급 시의 부가가치세 거래징수 여부에도 불구하고 부가가치세를 신고·납부할 의무가 있는 점 등을 감안하면 청구인이 주장하는 형평성 기준을 고려할 이유가 없다. (나) 청구인은 쟁점사업장이 당초부터 과세사업이라면 매입세액은 환급하고 매출세액은 추징하는 것이 실질과세원칙에 부합한다고 주장하나, 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 는 단지 부가가치세법에 의하여 등록하지 아니한 자를 제재하기 위한 것이므로 실질과세의 원칙과는 아무런 관련이 없고, 이는 미등록가산세 등으로는 조세제도 운영의 근간인 사업자등록을 이행하도록 강제하기에 충분치 아니하여 제재적 규정을 두어 사업자등록 이행을 담보하기 위하여 입법된 것이다. (다) 청구인은 사업자등록 시점에 세법해석에 관한 심판 결정이 엇갈리고 있음에도, 처분청이 이를 사후에라도 안내하지 아니하여 신의성실의 의무를 준수하지 아니한 과실이 있다고 주장하나, 부가가치세법상 사업자등록은 납세자가 자신의 사업을 영위하고자 할 때 그 사실을 행정기관이 보관하는 장부에 등재함으로써 스스로의 사업의 존부에 대하여 공적으로 증명할 수 있도록 하는 역할에 그칠 뿐, 장차 진행할 그 사업의 내용이나 규모 등을 판단할 구체적인 자료 등을 제출받아 그 내용으로만 사업을 할 수 있도록 허가함으로써 비로소 사업자로서의 지위를 득할 수 있게 하는 것이 아니고(OOO 판결, OOO 판결 등 참조), 부가가치세법은 신고납세제도를 채용하고 있으므로 과세관청은 사업자가 부가가치세를 신고하지 아니하거나 그 신고 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에 한하여 그 과세표준과 세액을 조사 결정하는 것으로 납세자의 입장을 대변하여 그의 사업에 대하여 안내하여야 할 의무가 없고(OOO 판결 등 참고), 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 ① 과세관청이 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였고 그러한 견해를 신뢰함에 있어서 납세자의 귀책사유가 없을 때, ② 납세자가 이에 따라 어떠한 행위를 하였으나 도리어 과세관청이 당초 표명한 공적 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되어야 하므로(OOO, OOO 판결 등 참고) 청구인에 대하여 신의성실의 원칙이 적용될 여지는 없다.
(3) 청구인은 자신이 쟁점사업장과 비슷한 시기에 영위하였던 다른 사업장(OOO)에 대하여는 최초 면세사업자로 등록한 이후 처분청이 과세사업자로 정정할 것을 안내하여 이를 신뢰하여 등록정정하고 매입세액을 환급받을 수 있었다고 하나, 만약 청구인이 처분청의 안내에 따라 “OOO”를 과세사업자로 등록정정한 것이라면 쟁점사업장 또한 과세사업자 적용 여부를 검토하였어야 하는 것이 신의성실의 원칙의 취지에 부합할 것이고, 그렇지 않더라도 “OOO”를 과세사업자로 정정등록한 이후에는 오피스텔 분양 매출을 과세분으로 신고하여 왔어야 하나 청구인은 폐업신고 이후인 2019년에 이르기까지 오피스텔 분양 매출을 면세분으로만 신고하여 왔으며, “OOO”는 쟁점사업장과 달리 지하에 근린생활시설이 존재하므로 해당 물건의 분양시점에 이르러 청구인이 스스로 과세사업자로 정정등록하였다고 보는 것이 오히려 자연스럽고, 처분청은 “OOO”의 정정등록 시기를 고려하여 2017년 제2기 매입세액만을 환급하였을 뿐 같은 날 신청한 2017년 제1기 매입세액은 환급하지 아니하였다는 점 등을 감안하면 “OOO”를 쟁점사업장과 동일한 취지의 것으로 비교할 대상이 아니라고 할 것이다.
(4) 청구인이 제출한 조세심판원 결정사례(OOO)는 2017.12.20. 이전 공급된 국민주택 규모 이하 주거용 오피스텔에 대하여는 납세자의 신고가 잘못되어 부가가치세를 경정하더라도 신고불성실가산세과 세금계산서 관련 가산세는 부과하지 아니하여야 한다는 내용일 뿐이므로 해당 결정의 이유를 확대해석하여 매입세액의 환급을 구하는 것에까지 이를 적용할 수 없다.
(1) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 일부개정 전) 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.
⑧ 사업장 관할 세무서장은 필요하다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업자등록증을 갱신하여 발급할 수 있다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. 제59조(환급) ① 납세지 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 확정신고한 사업자에게 그 확정신고기한이 지난 후 30일 이내(제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15일 이내)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다. (2) 부가가치세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 일부개정 전) 제11조(사업자등록 신청과 사업자등록증 발급) ① 법 제8조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
3. 사업 개시 연월일 또는 사업장 설치 착수 연월일
⑤ 제1항이나 제2항의 신청을 받은 사업장 관할 세무서장은 사업자의 인적사항과 그 밖에 필요한 사항을 적은 사업자등록증을 신청일부터 3일 이내(토요일, 관공서의 공휴일에 관한 규정 제2조 에 따른 공휴일 또는 근로자의 날 제정에 관한 법률에 따른 근로자의 날은 산정에서 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 신청자에게 발급하여야 한다. 다만, 사업장시설이나 사업현황을 확인하기 위하여 국세청장이 필요하다고 인정하는 경우에는 발급기한을 5일 이내에서 연장하고 조사한 사실에 따라 사업자등록증을 발급할 수 있다.
⑩ 소득세법 제168조 및 법인세법 제111조 에 따라 등록한 자로서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 제14조 제1항을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출하면 제1항 및 제2항에 따른 등록신청을 한 것으로 본다.
⑫ 사업장 관할 세무서장은 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 사업자등록의 신청 내용을 보정(補正)할 필요가 있다고 인정될 때에는 10일 이내의 기간을 정하여 보정을 요구할 수 있다. 이 경우 해당 보정기간은 제5항 본문 및 단서에 따른 기간에 산입하지 아니한다. 제14조(사업자등록 사항의 변경) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다. 제16조(사업자등록증의 갱신) 관할 세무서장은 법 제8조제8항에 따라 부가가치세의 업무를 효율적으로 처리하기 위하여 필요하다고 인정되면 사업자등록증을 갱신하여 발급할 수 있다.
(3) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정 전) 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.
② 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.
③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 부가가치세법 제8조 를 준용한다.
(4) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.
4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (5) 조세특례제한법 시행령 제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역”이란 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 주택법 제2조 제1호 에 따른 주택으로서 그 규모가 같은 조 제6호에 따른 국민주택규모(기획재정부령으로 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다) 이하인 주택
2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 건설산업기본법ㆍ전기공사업법ㆍ소방시설공사업법ㆍ정보통신공사업법ㆍ주택법ㆍ 하수도법 및 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것. 다만, 소방시설공사업법에 따른 소방공사감리업은 제외한다.
(1) 쟁점사업장에 대한 부가가치세 (기한후)신고 및 경정청구 내역은 <별지1>과 같고, “OOO”에 대한 청구인의 부가가치세 신고 및 경정청구 내역은 <별지2>와 같다.
(2) OOO상 쟁점사업장을 포함한 청구인의 사업자등록 내역은 <별지3>과 같다.
(3) 청구인은 2016.9.23. 쟁점사업장 사업자등록을 면세사업자로 하여 신청접수하였고, 신청 당시 지분율은 청구인 aaa OOO, 청구인 bbb OOO이며, 2017.3.17. 쟁점사업장의 공동지분율을 청구인 aaa OOO, 청구인 bbb OOO로 정정신청을 하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 는 ‘제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 제8조 제1항은 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다고 규정하고 있다. 부가가치세법 제8조 제1항 의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 의 ‘제8조에 따른 사업자등록’이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이다. 따라서 부가가치세의 면세사업자인지 또는 과세사업자인지 여부를 불문하고 사업자가 ‘면세사업자용’이라고 기재된 사업자등록증을 교부받은 것만으로는 부가가치세법 제8조 제1항 에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로, 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 의 ‘제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(OOO, 같은 뜻임). (나) 이 건의 경우 청구인이 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중 발급받은 매입세금계산서는 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 의 “제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액”에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없다고 할 것이므로(OOO 외 다수, 같은 뜻임), 쟁점오피스텔 분양수입에 대한 매입세액공제가 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 한편, 청구인은 OOO 결정을 제시하면서 OOO 조세심판관합동회의 결정 이전분에 대해서는 납세자에게 귀책사유가 있다고 보기 어려우므로 부가가치세를 환급하는 것이 실질과세원칙 및 형평성에 부합한다고 주장하나, 위 결정은 가산세 감면과 관련한 정당한 사유 유무에 관한 것으로서 등록전 매입세액의 공제 여부가 쟁점인 이 건과는 그 사안이 달라 원용하기 어렵고, 따라서 위 청구주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 쟁점사업장에 대한 부가가치세 (기한후)신고 및 경정청구 내역 <별지2> “OOO”에 대한 부가가치세 신고 및 경정청구 내역 <별지3> OOO상 쟁점사업장을 포함한 청구인의 사업자등록 내역
결정 내용은 붙임과 같습니다.