지정지역 공고 전에 매매계약이 체결된 쟁점아파트의 양도소득에 대하여 중과세율을 적용하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 1세대 3주택자인 청구인은 2017.7.19. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)의 매매계약을 체결하여 2017.11.9. 양도(잔금청산)한 후 2018.1.22. 쟁점아파트 양도차익에 대한 양도소득세를 예정신고하면서 소득세법제104조 제1항 제1호에 따른 세율(이하 “기본세율”이라 한다)을 적용하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점아파트 양도 당시 1세대 3주택자로 쟁점아파트가 소재한 OOO는 2017.8.3. 소득세법제104조의2 및 같은 법 시행령 제168조의3에 따라 기획재정부장관이 기획재정부공고 제OOO호로 지정지역으로 지정ㆍ공고한 지역으로 기본세율이 아닌 같은 법 제104조 제4항에 따라 기본세율에 100분의 10을 더한 세율(이하 “가산세율”이라 한다)의 적용대상에 해당한다고 보아 2021.8.6. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.11.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 정부는 2017년 상반기 부동산가격이 상승하자 부동산 투기수요의 억제 등을 위해 2017.8.2. “주택시장 안정화 방안”을 발표하면서 쟁점아파트가 소재한 OOO 등 서울의 11개 구와 세종시를 2017.8.3.부터 투기지역으로 지정하였고, 이에 따라 청구인은 쟁점아파트 양도에 대하여 양도소득세 중과세율을 적용받게 되었으나, 청구인의 경우 부동산 투기와 관계없이 위 방안이 발표되기 전인 2017.7.19. 쟁점아파트를 양수도하기로 이미 계약을 체결하였음에도 잔금청산일을 기준으로 하여 중과세율을 적용하는 것은 양도소득세 중과규정의 입법취지를 오해한 부당한 처분이다.

(2) 정부는 2018.8.28. 강화된 부동산대책을 발표하면서 2018.8.28. 이후 2주택을 소유하다가 양도한 경우 기본세율에 10%의 세율을 중과하도록 하고 3주택을 소유하다가 양도한 경우 기본세율에 20%의 세율을 중과하도록 하면서, 청구인과 같이 부동산 투기와 관계없이 거래한 납세자들을 보호하기 위하여 조정대상지역으로 지정되기 이전에 계약한 사실이 확인되는 경우에는 양도소득세율 중과규정을 배제하는 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제11호의 규정을 2018.10.23. 신설하였다. 쟁점아파트가 소재한 OOO가 지정지역으로 지정된 일시는 2017.8.3.로 청구인이 쟁점아파트를 양수도하기로 계약한 2017.7.19. 당시에는 OOO가 지정지역으로 지정되지도 아니하였으므로, 2018.10.23. 신설된 상기 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제11호의 규정을 적용하여 이 건 과세처분을 취소하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 소득세법제104조 제4항 제1호에서 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 경우에는 기본세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다고 규정하고 있으므로, 양도(대금청산일) 당시 지정지역에 소재하고 1세대 3주택 이상에 해당하는 쟁점아파트의 양도에 대하여 기본세율에 100분의 10을 더한 가산세율을 적용하여 과세한 처분은 타당하다. 한편, 2018.10.23. 신설된 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제11호에 따르면 ‘조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택’은 양도소득세율 중과배제에 해당하나 동 규정은 2018.8.28. 이후에 양도하는 분부터 적용하도록 정하고 있는바, 2017.11.9. 양도한 쟁점아파트의 경우에는 개정규정을 적용할 수 없다.

• 가. 쟁점 지정지역 공고 전에 매매계약이 체결된 쟁점아파트의 양도소득에 대하여 중과세율을 적용하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점아파트 부동산매매계약서에 의하면, 청구인은 2017.7.19. 쟁점아파트를 OOO원에 양도하는 매매계약을 체결하여 2017.7.19. 계약금 OOO원, 2017.8.22. 1차중도금 OOO원, 2017.9.25. 2차중도금 OOO원, 2017.11.9. 잔금 OOO원을 받기로 약정하였으며, 잔금청산일이 2017.8.3. 이후라는 점에 대하여는 이견이 없다.

(2) 2017.8.2.자 기획재정부 공고(제2017-114호)에 따르면, 기획재정부장관은 소득세법제104조의2 및 같은 법 시행령 제168조의3에 따라 서울특별시 용산구ㆍ성동구ㆍ노원구ㆍ마포구ㆍ양천구ㆍ강서구ㆍ영등포구ㆍ서초구ㆍ강남구ㆍ송파구ㆍ강동구 및 세종특별자치시(행정중심복합도시 건설예정지역)를 2017.8.3.부터 지정지역으로 지정·공고한 것으로 나타난다.

(3) 처분청 제시자료에 따르면, 청구인은 쟁점아파트의 양도 당시(2017.11.9.) 3주택 보유자로 확인되고, 보유주택의 현황은 아래 <표>와 같다. <표> 청구인의 주택보유 현황 OOO

(4) 청구인은 쟁점아파트 양도차익 OOO원에 장기보유특별공제 등을 적용한 과세표준 OOO원에 대하여 기본세율을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였으나, 처분청은 쟁점아파트는 양도 당시 지정지역에 있는 부동산으로 청구인은 1세대 3주택자에 해당하므로 기본세율에 10%의 세율을 가산하여 2021.8.6. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점아파트가 지정지역으로 지정ㆍ공고(2017.8.3.)되기 전인 2017.7.19. 매매계약을 체결하였음에도 대금청산일을 기준으로 중과세율을 적용하는 것은 부당하고, 2018.10.23. 신설된 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제11호의 규정을 쟁점아파트의 양도에도 적용하여 이 건 과세처분을 취소하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제104조 제4항 제1호 의 지정지역에 있는 부동산으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우 중과세율을 적용한다는 규정은 2009.5.21. 공포된 법률 제9672호 부칙에 따라 2009.3.16. 이후 양도하는 분부터 적용하고 있고, 쟁점아파트 소재지인 OOO는 2017.8.3. 기획재정부 공고 제2017-114호에 의하여 지정지역으로 지정․공고되었으며, 해당 공고는 2017.8.3.부터 시행하는 것으로 규정되어 있는 점, 자산의 양도시기는소득세법제98조에 대금청산일로 규정하고 있으므로 대금청산일 당시 지정지역에 소재한 부동산인지 여부에 따라 중과세율을 적용하여야 할 것이고, 쟁점아파트는 대금청산일(2017.11.9.) 당시 지정지역에 소재한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택인 점, 2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제11호에서 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택의 경우 중과세율을 적용하지 아니한다는 규정을 신설하였으나, 소득세법 시행령부칙 제5조에서 상기 개정규정은 2018.8.28. 이후에 양도하는 분부터 적용한다고 정하고 있어 2017.11.9. 양도한 쟁점아파트의 경우에는 개정 시행령 조문을 적용하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정되기 전의 것) 제55조【세율】 ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제104조【양도소득세의 세율】④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율 중 높은 세율을 적용한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 제104조의2【지정지역의 운영】① 기획재정부장관은 해당 지역의 부동산 가격 상승률이 전국 소비자물가 상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산 가격 상승률 등을 고려할 때 그 지역의 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준 및 방법에 따라 그 지역을 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제104조 제4항 제1호부터 제3호까지의 규정에서 "지정지역에 있는 부동산"이란 제1항에 따른 지정지역에 있는 부동산 중 대통령령으로 정하는 부동산을 말한다. (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 일부개정되기 전의 것) 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.(각 호 생략) 제168조의3【지정지역 지정의 기준 등】① 법 제104조의2 제1항에서 "지정지역"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역 중 국토교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계 중앙행정기관의 장이 국토교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 기획재정부장관이 제168조의4에 따른 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역을 말한다.

1. 지정하는 날이 속하는 달의 직전 월(이하 이 항에서 "직전 월"이라 한다)의 주택매매가격상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높은 지역으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역

• 가. 직전 월부터 소급하여 2월간의 월평균 주택매매가격상승률이 전국주택매가격상승률의 100분의 130보다 높은 지역
• 나. 직전 월부터 소급하여 1년간의 연평균 주택매매가격상승률이 직전 월부터 소급하여 3년간의 연평균 전국주택매매가격상승률보다 높은 지역(이하 생략)

④ 기획재정부장관은 제1항의 규정에 따라 지정지역을 지정한 때에는 지체 없이 그 내용을 공고하고, 그 공고내용을 국세청장에게 통지하여야 한다.

⑥ 지정지역의 지정은 제4항의 규정에 따라 지정지역의 지정을 공고한 날부터 효력이 발생한다. (3) 소득세법 시행령(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 일부개정된 것) 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택 ※ 소득세법 시행령 부칙(2018.10.23. 대통령령 제29242호) 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서생략) 제5조【조정대상지역 다주택자 양도소득세 중과 적용배제에 관한 적용례】제167조의3 제1항 제11호, 제167조의4 제3항 제5호, 제167조의10 제1항 제11호 및 제167조의11 제1항 제10호의 개정규정은 2018년 8월 28일 이후에 양도하는 분부터 적용한다.