쟁점세금계산서를 실제 거래 없이 발급받은 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2016.2.19. OOO에서 데이터베이스 및 온라인 정보제공업을 주업으로 하여 개업한 후 2018.4.16. OOO로 사업장을 이전하여 현재까지 영업중에 있다.
• 나. 처분청은 2021.4.13.부터 2021.6.5.까지 청구법인에 대한 부가가치세 세목별조사(범칙조사)를 실시하여, 청구법인이 주식회사 AAA(이하 “주-AAA”이라 한다)으로부터 수취한 세금계산서 4매 OOO원(2016년 제1기분 1매 OOO원, 2016년 제2기분 3매 OOO원), 주식회사 BBB(이하 “주-BBB”이라 한다)으로부터 수취한 세금계산서 1매 OOO원(주-AAA으로부터 발급받은 세금계산서와 합하여 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 실물 거래 없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 2021.8.1. 및 2021.8.5. 청구법인에게 2016년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2016년 제2기 부가가치세 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 주-AAA으로부터 각 홈페이지 구축과 정보보호 웹메일 서버 개발 및 솔루션 컨설팅 용역 등을 제공받고 실물거래에 관한 세금계산서를 수취한 것이므로 관련 거래가 가공거래임을 전제로 한 이 건 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 소속 인력 총 9명 중 상근 인력이 4명, 계약직이 5명뿐인 6년차 스타트업 기업으로, 사실상 영업과 개발은 물론이고 세무·회계 등 청구법인과 관련한 대부분의 업무를 청구법인의 대표인 AAA가 홀로 수행하고 있어 회사의 전반적인 경영에 관한 전문지식이 부족하였다. 이에 인터넷을 통해 창업 및 경영컨설팅 사업을 진행하는 주-AAA을 알게 되었고, 컨설팅을 의뢰하게 된 것이다. 한편, 주-AAA은 개발 전문사는 아니나 응용소프트웨어 개발 및 공급업, 시스템 소프트웨어 개발 및 공급업, 웹사이트 운영업, 웹 디자인업 등을 목적사업으로 하는 법인으로 전문 디자이너를 보유하고 있었고, 특히 담당자인 BBB 실장의 경우 ISO 국제 심사원 등 유관 자격을 보유한 전문 인력이었기에 청구법인에 적합한 홈페이지 디자인 등을 제공할 수 있을 것이라 생각하였다. 그리하여 청구법인은 2016.6.1. 주-AAA과 홈페이지 구축을 위한 용역계약(용역대금 OOO원, 이하 “1차 용역”이라 한다)을 체결하였고, 주-AAA 소속 CCC 디자이너와 DDD 연구원을 통해 청구법인의 자체 홈페이지 개발 및 디자인을 제공받았다. (나) 또한, 청구법인은 자체 웹메일 보안 시스템을 구축하여 메일 보안에 취약한 사용자를 위해 랜섬웨어를 차단하고 불필요한 메일을 차단하는 등의 보안 서비스를 제공하고자 하였는데, 이에 청구법인은 주-AAA과 용역계약을 체결하고 주-AAA으로부터 웹메일 시스템 구축을 위한 초기 컨설팅 및 설계 용역(이하 “2차 용역”이라 한다)을 제공받았다. 한편 당초 2차 용역의 내용은 주-AAA이 웹메일 보안 시스템을 구축하여 소유권(재판매권한) 자체를 청구법인에 판매하는 것이었으나(용역대금 OOO원) 용역 과정에서 주-AAA이 웹메일 시스템을 구축하여 라이센스 10개만을 판매하는 것으로 용역 내용이 변경되었고, 이에 용역대금 역시 OOO원으로 변경되었다. 위 2차 용역의 담당자는 주-AAA의 BBB 실장으로, BBB 실장은 ‘OOO’ 웹메일 보안시스템을 개발하여 청구법인에 위 시스템의 라이센스 10개를 납품하였고, AAA가 직접 위 시스템을 검수한 후 두 차례에 걸쳐 용역대금 OOO원을 지급하였다. (2) 그런데 주-AAA은 위 2차 용역을 제공한 후 더 이상 ‘OOO’ 시스템의 솔루션을 판매하지 않겠다고 하였고 이에 청구법인은 주-AAA으로부터 위 시스템의 솔루션 자체를 인수한 후 추가적인 소프트웨어 개발을 통해 시스템을 발전시키고자 하였다. 이에 청구법인은 우선 주-AAA으로부터 시스템을 구매한 후 주-AAA과 추가로 개발 용역을 체결하고 시스템에 관한 솔루션 컨설팅을 제공받기로 하였는데, 주-AAA은 매출이 너무 늘어나는 것이 부담스럽다며 주-AAA이 용역을 제공하되 제3의 업체인 주-BBB이 매출을 올리는 것으로 하겠다고 통보하였다. 청구법인은 2016년 2월 설립한 신생 스타트업 기업으로 정확한 세금계산서의 발급 및 수취 행위에 대하여 무지하였고, 오랜 기간 계약관계를 맺어온 주-AAA이 용역을 제공하면서 주-BBB의 명의로 세금계산서를 발급한다고 하기에 큰 문제가 되지 않을 것이라 생각하여 주-AAA으로부터 용역을 제공받고 주-BBB으로부터 세금계산서를 수취하였다. 그리고 주-AAA의 BBB 실장은 청구법인에 파견되어 실제로 ‘OOO’ 시스템의 개발을 진행하였고 청구법인은 이렇게 개발된 ‘OOO’ 시스템을 OOO, 주식회사 CCC 및 주식회사 DDD 등에 납품한 후 라이선스를 발급하였으며 현재까지 청구법인의 홈페이지를 통해 ‘OOO’ 서비스의 라이선스를 발급하고 있다. (3) 이상과 같이 청구법인은 주-AAA으로부터 홈페이지 디자인 용역, 웹메일 보안 서비스 설계 용역 및 웹메일 보안 서비스 개발 컨설팅 용역을 제공받고 실물 거래에 관한 세금계산서를 수취하였고, 이는 청구법인이 이 건 이유서와 함께 제출하는 증거자료에 의하여 명확히 확인된다. 다만 홈페이지 디자인, 소프트웨어 설계 및 개발이라는 용역의 특수성 탓에 그 용역의 결과물이 뚜렷이 드러나지 않는다는 문제점이 있는데, 처분청에서는 이러한 점을 간과하고 이 건 처분에 이른 것으로 보인다. 특히 주-BBB으로부터 수취한 세금계산서와 관련하여 청구법인은 거래상대방인 주-AAA의 요청에 따라 공급자가 다른 세금계산서를 수취하기는 하였으나, 청구법인이 제출한 증거자료에 의하더라도 청구법인이 주-AAA으로부터 웹메일 보안 시스템 개발 용역을 제공받았다는 점이 명확히 확인되는바, 이 건 거래가 가공거래임을 전제로 한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 주-AAA과의 거래 관계자라며 제출한 명함의 당사자인 BBB 실장, DDD 연구원, CCC 디자이너는 모두 주-AAA과의 가공세금계산서 수수에 직·간접적으로 관련된 인물들로, OOO서장은 주-AAA에 대한 자료상 조사를 실시하여 BBB 실장이 9곳에 거짓매출세금계산서 OOO원을 발급하고, 10곳에서 거짓매입세금계산서 OOO원을 수취한 실행위자로 확인하여 검찰에 고발하였고, DDD 연구원과 CCC 디자이너는 실거래를 위장하기 위한 금융거래를 조작하는데 계좌를 제공한 것으로 조사되었다. (가) 청구법인은 홈페이지 구축을 위한 1차 용역과 관련하여 OOO원에 주-AAA과 계약을 체결하였다 하였는데, 조사청은 조사 당시 주-AAA 홈페이지에 기본형 OOO원, 웹메일 포한 고급형 OOO원의 비용으로 홈페이지를 구축하고 있음을 확인한바 주-AAA에 OOO원을 지급하고 홈페이지 구축하였다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없다. (나) 청구법인은 2차 용역거래로 주-AAA의 BBB 실장이 ‘OOO’ 웹메일 보안시스템을 개발하여 청구법인에 시스템 라이선스 10개를 납품받고 용역대금 OOO원을 지급하였다 주장하나, 청구법인의 대표 AAA가 조사 당시 작성한 심문조서에 따르면 OOO 4.0 솔루션에 대한 대가에 대하여 “개발계약의 일환으로 지급받은 것으로 별도 금액을 지급하지 아니하였다”라고 답변하였고, 웹메일 관련 매출에 대하여도 “보안컨설팅의 서비스 일환으로 활용하였기에 웹메일 관련 매출은 없다”라고 하였다. 청구법인은 라이선스 대가에 대하여 OOO원을 지급하였다 하는데 이는 별도 금액을 지급하지 아니하였다는 조사당시의 진술을 스스로 부인하고 있는 것이고, BBB이 주-AAA 조사시 제출한 소명내역에는 OOO원은 보안웹메일 라이센스 사용대가라 하였던바, 청구법인의 주장은 일관성도 없고 BBB이 심문조서에서 진술한 라이센스에 대한 가액과도 다르며 가액에 대한 근거도 없다. (다) 주-AAA에 대한 OOO서장의 자료상 조사시 작성된 BBB의 심문조서에 따르면, 주-AAA은 가공세금계산서를 청구법인에 발행하고 실지거래로 위장하기 위해 금융거래를 조작하였음을 확인할 수 있다. 1) 청구법인이 대금을 주-AAA의 계좌로 입금한 후 주-AAA 계좌에서 직원 및 관련인 계좌로 금융거래를 조작하여 12회에 걸쳐 입금하고 현금 출금하는 전형적인 자료상의 거래 형태로 금융거래를 위장한 사실이 확인된다. 2) 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인의 대표인 AAA 개인계좌(계좌번호: 873201--*179, OOO종합통장)로 2016.12.9.부터 2017.4.11.까지 현금 및 주-AAA 직원 DDD 명의로 합계 OOO원이 입금된 내역이 확인되고, 주-AAA에서 현금 OOO원을 출금한 시점과 AAA 개인계좌에 현금 OOO원을 입금한 시기가 일치하며, 주-AAA 직원인 DDD 계좌를 이용하여 OOO원을 되돌려 받은 것으로 확인된다. ＜표1＞ AAA 개인계좌 현금 입금 내용 OOO (2) 주-BBB의 대표인 EEE은 해당 거래에 대하여 “실제 거래세금계산서가 아니라 이에 대해 취소 및 부가가치세 수정신고를 진행한다”라는 확인서를 첨부하여 2021.2.26. OOO서에 부가가가치세 수정신고를 하였고, BBB은 주-AAA 자료상 조사결과 가공세금계산서 수수에 실행위자로 확인되어 OOO서장에 의해 검찰에 고발된 인물로, 실제 용역을 제공하였다면 청구법인의 주장처럼 주-AAA의 매출이 늘어나는 것이 부담스럽다면서 주-AAA이 용역을 제공하되 제3의 업체인 주-BBB으로 매출을 올리는 제안을 하지 아니하였을 것이므로, 이는 주-AAA 및 주-BBB과의 거래가 가공거래임을 방증하는 것이다. 주-AAA이 OOO서장의 자료상 조사시 제출한 해명자료에 따르면, 주-BBB과는 카탈로그, 팜플렛 등 디자인을 제공하기로 OOO원에 계약하였다. 해명자료와 함께 제출한 계약서에 따르면 카탈로그/팜플렛/브로슈어 CI 로고 디자인으로 카탈로그(6p), 팜플렛(6p), 브로셔(16p, 날개접지, 수입지 230g), CI 1식을 계약금액 9,000만원(부가가치세 포함)에 하는 것으로 체결하였다. 청구법인에 BBB이 파견되어 실제로 시스템 개발을 진행하였다는 주장은 BBB 당사자도 인정하고 있지 아니하고, 청구법인은 BBB 실장의 파견내역을 확인할 수 있는 파견일지나 BBB 실장의 용역대가를 산정한 자료 등을 제출하지 아니하였던바 이는 근거 없는 주장이다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실제 거래 없이 발급받은 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 매입세액 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 환급세액 이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 정보보호능력 강화를 위해 유무선 안내서비스, 빅데이터 서비스, 온라인 교육서비스 등을 제공하는 회사로, OOO에 본점을 두고 있는 법인이며, 청구법인의 대표이사인 AAA는 영업·개발·프로젝트 운영 및 회계를 비롯하여 청구법인의 모든 업무를 전담하고 있다. (나) 청구법인은 창업 및 경영컨설팅 사업을 진행하는 주-AAA을 인터넷 소개 기사를 통해 알게 되어 컨설팅을 의뢰하였다며 주-AAA을 소개하는 신문기사를 제출하였고, 주-AAA은 응용소프트웨어 개발 및 공급업, 시스템 소프트웨어 개발 및 공급업, 웹사이트 운영업, 웹 디자인업, 경영컨설팅업 등을 목적사업으로 하는 법인임이 등기사항전부증명서에 나타난다. (다) 청구법인은 2016.6.1. 주-AAA과 홈페이지 구축을 위한 1차 용역 계약을 체결하였다며 ‘표준계약서’ 및 ‘작업물과 관련된 저작권 등 일체의 권리에 관한 소유권 확인 및 이행각서’를 제출하였다. ＜표준계약서＞ OOO ＜소유권 확인 및 이행각서＞ OOO (라) 청구법인은 주-AAA 소속 CCC 디자이너와 DDD 연구원을 통해 청구법인 홈페이지 개발 및 디자인을 제공받았다고 주장하며 관계자들(BBB 실장, CCC 디자이너, DDD 연구원)의 명함, 계약 관련 이메일 전송 내역, 홈페이지 시안 등을 제출하였다. ＜이메일 전송 내역＞ OOO (마) 청구법인은 주-AAA으로부터 웹메일 시스템 구축을 위한 초기 컨설팅 및 설계 용역과 관련한 2차 용역 계약을 체결하였다며 주-AAA의 DDD 연구원에게 보낸 발주서를 제출하였다. ＜2차 용역 계약 관련 발주서＞ OOO (바) 청구법인은 주-AAA의 BBB 실장이 2차 용역과 관련하여 개발한 ‘OOO’ 웹메일 보안시스템의 라이센스 10개를 청구법인에 납품하였다며 ‘OOO 정품공급확약서’ 및 ‘웹메일솔루션 제품 소개서’를 제출하였고, 2016.10.20. 주-AAA으로부터 OOO에 대한 소유권을 OOO원에 양수하였다며 ‘S/W 소유권 이전 계약서’를 제출하였다. (사) 주-AAA의 BBB 실장이 ‘OOO’ 시스템의 추가적인 개발을 진행하여 ‘OOO’ 시스템을 OOO 등에 납품한 후 라이선스를 발급하였다며, 이들 업체에게 발급한 인증서를 제출하였다. (2) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 주-AAA 홈페이지에 홈페이지 구축비용으로 기본형 OOO원, 웹메일 포함한 고급형이 OOO원임을 확인하였다며 주-AAA의 홈페이지 화면을 제출하였다. ＜주-AAA 홈페이지 제작 안내 캡쳐 화면＞ OOO (나) 청구법인에 대한 부가가치세 종결 보고서상 이 건 과세처분과 관련된 내용은 아래와 같다. ＜부가가치세 종결보고서 내용＞ OOO (다) 청구법인의 대표인 AAA에 대한 심문조서(2021.5.26. 작성)의 주요 내용은 아래와 같다. ＜AAA 심문조서 내용＞ OOO (라) 주-BBB의 대표자 EEE은 2021.2.26. 작성한 확인서에서 “2016.12.30.에 발행한 매출세금계산서 ‘청구법인, 공급가액 OOO원’은 실제 거래세금계산서가 아니라 이에 대해 취소 및 부가가치세 수정신고를 진행하였음”을 확인하였다. (마)OOO서장이 주-AAA에 대한 자료상 조사시 작성한 법인사업자 조사종결 보고서 및 BBB의 심문조서의 주요 내용은 아래와 같다. ＜법인사업자 조사종결 보고서＞ OOO ＜BBB 심문조서 내용＞ OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 주-AAA으로부터 홈페이지 구축과 관련한 1차 용역 및 정보보호 웹메일 서버 개발 및 솔루션 컨설팅 용역 등과 관련한 2차 용역을 실제로 제공받고 관련 세금계산서를 수취하였으며, 주-AAA으로부터 ‘OOO’ 시스템의 추가 개발 용역을 실제로 제공받았으나 단지 세금계산서만 주-BBB으로부터 교부받은 것이라고 주장하나, 처분청이 이 건 세무조사 당시 주-AAA의 홈페이지에서 확인한 홈페이지 구축비용이 기본형 OOO원, 웹메일을 포함한 고급형이 OOO원임이 확인되는 점, 청구법인 대표인 AAA가 세무조사 당시 작성한 심문조서에서 “개발계약의 일환으로 지급받은 것으로 OOO 4.0 솔루션에 대한 별도 금액을 지급하지 아니하였고, 보안컨설팅 서비스의 일환으로 활용하였기에 웹메일 관련 매출은 없다”라고 진술하였던 점, 주-AAA에 대한 자료상 조사 및 청구법인에 대한 세무조사 결과 청구법인이 대금을 주-AAA의 계좌로 입금한 후 주-AAA 계좌에서 직원 및 관련인 계좌 등을 거쳐 총 12회에 걸쳐 입금하고 현금 출금하는 등 금융거래를 위장한 것으로 조사된 점, 청구법인은 OOO 웹메일 보안시스템 구축 및 개발을 위한 개발용역(2차 용역)의 일부와 관련하여 주-BBB으로부터 세금계산서를 교부받았은 것이라고 주장하나 당초 공급받은 웹메일 솔루션에 대한 별도 금액을 지급하지 아니하였음에도 그 시스템의 추가 개발 용역을 제공받기 위하여 OOO원의 용역계약을 추가로 체결하였다 하기는 어려워 보이는 점 등을 종합할 때 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.