후순위 상속주택을 보유하던 중 해당 주택에 대한 잔여지분을 추가로 상속받은 경우, 해당 주택에 대해 상속으로 인한 1세대 2주택 비과세 특례를 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점주택①”이라 한다)를 1997.10.13. 취득하여 2020.11.30. 양도하였고, 쟁점주택① 양도당시 OOO(아버지 AAA이 2009.2.23. 취득한 주택이며, 이하 “쟁점주택②”라 한다)의 지분 5/22를 2014.12.31. 아버지로부터 상속받고, 지분 1/8를 2018.12.10. 어머니 BBB으로부터 상속받아 보유하고 있었다(미등기로, 상속재산인 어머니 지분 1/2 × 법정상속분 1/4 = 지분 1/8).
• 나. 청구인은 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목에 따라 상속으로 인한 1세대 2주택 비과세 특례대상이라고 보고 쟁점주택①의 양도가액 9억원 초과분에 대해 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 처분청에 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 다. 처분청은 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 아버지 AAA으로부터 2014.12.31. 쟁점주택②외에 OOO(AAA이 1992.9.29. 취득한 주택으로 청구인의 상속지분은 2/11이며, 이하 “쟁점주택③”이라 한다)를 상속받아 2016.3.30. 양도하고 그 주택에 대해 상속으로 인한 1세대 2주택 비과세 특례를 적용받았으므로, 쟁점주택②는 소득세법 시행령제155조 제2항에 따라 상속으로 인한 1세대 2주택 비과세 특례대상이 아니라고 보고, 쟁점주택①에 대해 1세대 2주택에 대한 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2021.8.9. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2021.10.21. 심판청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장 2014.3.21. 아버지의 사망으로 아버지가 단독소유하던 쟁점주택③과 아버지와 어머니가 공동소유하던 쟁점주택②의 아버지 지분(1/2)을 각각 청구인이 어머니, 형제자매들과 공동상속한 후(청구인의 상속분은 쟁점주택③은 2/11, 쟁점주택②는 5/22), 어머니가 쟁점주택②에서 거주하였으므로 쟁점주택③을 양도하여 어머니 생활비로 사용하였다. 그 후 2018.12.10. 어머니의 사망으로 쟁점주택②의 어머니 지분(1/2)을 청구인이 형제자매들과 공동상속(미등기이나 청구인의 상속분은 3.409/22)하여 보유하던 중 청구인이 오래전부터 보유하던 쟁점주택①을 양도한 것이다. 처분청은 이와 같이 상속으로 인한 비과세 특례를 적용함에 있어 후순위 상속주택인 쟁점주택②는 양도소득세 과세시 일반주택에 해당하며, 공동상속주택의 소수지분(어머니 지분 1/2, 청구인 지분 5/22)도 주택수에 포함된다는 입장이나, 이렇게 특이한 경우에 대해 세법에서 구체적으로 정한 바가 없으므로 납세자에게 유리하게 해석하여야 하므로 하나의 주택에 대해 후순위 상속지분과 일반 상속지분을 모두 보유한 경우는 동 주택을 상속주택으로 취급함이 타당하다. 따라서 청구인은 아버지(지분 1/2)로부터 쟁점주택②의 지분 5/22(후순위 상속지분)을 상속받아 보유하던 중 지분이 가장 큰 어머니(지분 1/2)로부터 지분 1/8(상속지분)을 상속받았으므로 그 주택을 상속주택으로 보아 상속으로 인한 2주택 비과세 특례를 적용하여야 한다. 또한 쟁점주택②를 상속받은 시점(2018.12.10.)을 쟁점주택②의 취득시기로 본다면 동 주택 취득일로부터 2년 이내인 2020.10.30. 쟁점주택을 양도하여 일시적 2주택에 해당한다고 볼 수 있다.
• 나. 처분청 의견 피상속인이 2주택 이상을 상속하는 경우 소득세법 시행령 제155조 제2항 에서 비과세 특례가 적용되는 상속주택의 순서를 정하고 있는바, 피상속인의 보유기간이 가장 긴 주택이 선순위 상속주택으로서 상속으로 인한 2주택 비과세 특례 적용대상이 되고, 나머지 주택은 후순위 상속주택으로서 일반주택과 같이 취급된다. 청구인은 쟁점주택②에 대해 2018.12.10. 어머니로부터 지분 1/8만 선순위 상속주택으로 상속받았을 뿐, 2014.12.31. 아버지로부터 지분 5/22는 후순위 상속주택으로 상속받아 보유하고 있는 것으로, 후순위 상속주택은 소득세법상 상속주택이 아닌 일반주택에 해당한다. 소득세법 시행령 제155조 제2항 은 세대를 달리하는 피상속인으로부터 상속받은 주택과 상속받은 주택이 아닌 일반주택을 국내에 각각 1채씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우, 상속이라는 부득이한 사유로 2주택이 된 사정을 고려하여 1채의 주택을 소유한 것으로 보아 비과세 특례를 적용하겠다는 것으로, 이 건과 같이 후순위 상속주택의 지분을 보유하던 중 그 주택의 지분을 추가로 상속 받았다하여 해당 주택을 비과세 특례가 적용되는 상속주택으로 인정한다면, 추가 상속이라는 우연한 사정에 따라 당초 비과세 특례를 적용받지 못할 주택에 대해 비과세 혜택을 주는 결과가 되어 상속으로 인한 1세대 2주택 비과세 특례 규정의 취지에 반한다.

• 가. 쟁점 후순위 상속주택을 보유하던 중 해당 주택에 대한 잔여지분을 추가로 상속받은 경우, 해당 주택에 대해 상속으로 인한 1세대 2주택 비과세 특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인의 아버지 AAA은 1992.9.29. 쟁점주택③을 취득하였고, 청구인 아버지와 어머니 BBB은 1999.2.23. 공동으로 쟁점주택②를 취득하였다. (나) 청구인은 1997.10.13. 쟁점주택①을 매수하여 취득하였다. (다) 청구인은 2014.3.21. 아버지의 사망으로 아버지와 어머니가 공동 소유하던 쟁점주택②의 아버지 지분(1/2)을 형제자매가 공동상속[청구인은 5/11 지분(최대지분), 형제자매 3명은 각 2/11 지분]하고, 아버지가 단독소유하던 쟁점주택③을 공동상속[청구인과 형제자매는 각 2/11 지분(소수지분), 어머니는 3/11 지분(최대지분)]하였다. (라) 청구인은 2016.3.30. 쟁점주택③을 양도하고 선순위 상속주택의 양도로 보아 상속으로 인한 1세대 2주택 비과세 특례를 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다. (마) 청구인은 2018.12.10. 어머니 BBB의 사망으로 BBB이 보유하던 쟁점주택②의 어머니 지분(1/2)을 형제자매와 공동상속하였다(미등기이며, 법정상속비율은 각 1/4). (바) 청구인의 배우자 CCC은 2020.9.11. 공동상속인 DDD로부터 쟁점주택②의 지분 2/22를 매수하여 취득하였다. (사) 청구인은 2020.11.30. 쟁점주택①을 양도하고 상속으로 인한 1세대 2주택 비과세 특례를 적용하여 이 건 양도소득세를 신고하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 소득세법제89조 제1항 제3호 나목에서 상속으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택의 양도소득에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제155조 제2항에서 상속받은 주택과 그 밖의 주택을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 특례를 적용하되, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 1세대 1주택 특례가 적용되는 상속주택은 각 호에서 정하는 순서에 따른 1주택을 말한다고 정하면서 제1호에서 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택을 1순위로 정하고 있다. 이에 따르면, 청구인이 아버지의 사망으로 상속한 2주택 중 1세대 1주택 특례 대상 상속주택은 아버지가 가장 오래 소유한 쟁점주택③(선순위 상속주택)이고, 쟁점주택②(후순위 상속주택)는 1세대 1주택 특례 대상 상속주택에 해당하지 아니한다. 그렇다면 청구인이 쟁점주택①을 양도할 당시 보유하던 쟁점주택②(1차 상속분)는 1세대 1주택 특례 대상 상속주택으로 인정하기 어렵고, 청구인이 쟁점주택②에 대한 지분을 추가로 상속(2차 상속분)받았다 하여 1세대 1주택 특례 대상이 아닌 주택이 특례 대상 상속주택으로 변경된다고 보기 어렵다. 따라서 청구인이 쟁점주택① 양도당시 쟁점주택②를 보유하고 있었으므로 처분청이 쟁점주택①의 양도에 대해 1세대 2주택에 대한 세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 (2) 소득세법 시행령 제155조(1세대1주택의 특례) ② 상속받은 주택[법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 “조합원입주권”이라 한다)을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택{상속받은 1주택이 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업(이하 “재개발사업”이라 한다), 재건축사업(이하 “재건축사업”이라 한다) 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업(이하 “소규모재건축사업”이라 한다)의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다}을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 증여받은 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 세대를 합친 날 현재 직계존속 중 어느 한 사람 또는 모두가 60세 이상으로서 1주택을 보유하고 있는 경우만 해당한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로서 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택만 상속받은 주택으로 본다(이하 제3항, 제7항 제1호 및 제156조의2 제7항 제1호에서 같다).

1. 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택

2. 피상속인이 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택

3. 피상속인이 소유한 기간 및 거주한 기간이 모두 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 상속개시당시 거주한 1주택

4. 피상속인이 거주한 사실이 없는 주택으로서 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 기준시가가 가장 높은 1주택(기준시가가 같은 경우에는 상속인이 선택하는 1주택)

③ 제154조 제1항을 적용할 때 공동상속주택[상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택을 말하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택(상속받은 1주택이 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다)을 소유한 경우에는 제2항 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다] 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다. 다만, 상속지분이 가장 큰 상속인의 경우에는 그러하지 아니하며, 상속지분이 가장 큰 상속인이 2명 이상인 경우에는 그 2명 이상의 사람 중 다음 각 호의 순서에 따라 해당 각 호에 해당하는 사람이 그 공동상속주택을 소유한 것으로 본다.

2. 삭제 <2008. 2. 22.>