청구인이 재건축조합과 계약금 없이 주택공급계약을 체결하고 청산금을 잔금지급예정일에 수령한 경우 「소득세법 시행령」제167조의10 제1항 제11호에 따른 1세대 2주택 중과세가 배제되는 주택에 해당하는지 여부

[주 문] OOO서장이 2021.8.15. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세OOO원의 환급 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2001.2.19 OOO외 1필지 대지 249.6㎡, 지하1층․지상3층 주택 580.16㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 상속으로 취득하였고, 2002.5.28. OOO 소재 단독주택을 신축하여 소유하고 있다.
• 나. 쟁점주택이 소재한 지역은 도시 및 주거환경정비법(이하 “도정법”이라 한다)에 따라 ‘면목3주택재건축정비사업조합’(이하 “재건축조합”이라 한다)이 결성되어 2015.1.22. 관리처분계획이 인가되었고, 이후 2016.11.3. 조정대상지역으로 지정ㆍ공고되었다.
• 다. 재건축조합은 쟁점주택의 권리가액을 OOO원으로 하고, 동·호수 추첨을 통해 청구인이 재건축조합으로부터 신규로 분양받을 주택(이하 “재건축주택”이라 한다)의 분양가를 OOO원으로 하여 청구인에게 청산금 OOO원(이후 권리가액이 OOO원으로 증액되어 청산금은 OOO원으로 증액되었고, 이하 “쟁점청산금”이라 한다)을 지급하기로 하였는데, 청구인은 2015.10.22. 재건축조합과 위와 같은 내용의 ‘신규주택 조합원 공급계약’(계약금·중도금 OOO원, 입주지정일에 쟁점청산금을 수령, 이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였고, 2021.1.9. 재건축조합으로부터 쟁점청산금을 수령하였다.
• 라. 청구인은 쟁점주택을 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 2주택에 해당하는 것으로 보아 쟁점청산금에 대한 양도소득세 산정시 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2021.3.19. 처분청에 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 마. 이후 청구인은 쟁점주택이 소득세법 시행령제167조의10 제1항 제11호(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 ‘조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역에 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택’에 해당하는 것으로 보아 일반세율과 장기보유특별공제를 적용하여 2021.6.16. 처분청에 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.8.15. 이를 거부하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2021.10.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 소득세법제104조 제7항에 따라 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 2주택에 해당하는 주택’은 중과세율을 적용하되, 쟁점규정에서 ‘조정대상지역 공고가 있는 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택’은 중과대상에서 제외하도록 하였다. 국세청은 ‘거주자가 도정법에 의한 주택재개발사업에 참여하여 당해 조합에 기존주택을 제공하고 기존주택 소재지에 대한 조정대상지역 공고일 이전에 청산금에 관한 계약을 체결한 후 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 청산금에 상당하는 기존주택의 양도시기에 2주택을 보유한 경우에는 쟁점규정에 해당하는 것으로 보아 중과세를 배제된다’고 확인한 바 있다(사전법령해석재산 2019-155, 2019.6.25. 및 사전법령해석재산 2019-148, 2019.6.27.). (2) 청구인은 쟁점주택 소재지에 대한 조정대상지역 공고일(2016.11.3.) 이전인 2015.10.22. 쟁점청산금에 대한 계약을 체결하였고, 계약금을 OOO원으로 하여 2021.1.9. 쟁점청산금을 수령하였음에도 쟁점규정 적용대상이 아니라고 보는 것은 쟁점규정과 청산금에 대한 계약내용을 잘못 해석한 것으로 이 건 부과처분은 위법·부당하다. (가) 쟁점규정의 취지는 ‘조정대상지역 공고 이전에 주택 매매계약을 체결한 자의 신뢰를 보호하기 위하여 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당지역의 주택을 양도하기 위해 매매계약을 체결한 주택을 양도소득세 중과대상에서 제외하기 위한 것’인바, ‘매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택’이란 조정대상지역 공고 이전에 실제로는 계약체결이 이루어지지 않았음에도 쟁점규정을 이용하여 중과세 적용을 회피하고자 납세자가 거래상대방과 통정하여 계약일을 허위 기재하는 것을 방지하기 위한 취지에서 매매계약일자에 계약금을 지급받은 증빙서류를 확인하여 매매계약과 동일하게 이행이 이루어졌는지를 확인하기 위한 것으로, 매매계약의 체결시기와 계약의 사실여부를 확인하기 위한 것이라 할 것이다. (나) 쟁점계약은 재건축에 따라 시행자 재건축조합과 다수의 조합원 간의 동일 조건으로 체결되어 그 내용을 임의로 조작하거나 수정할 수 없는 객관적이고 신뢰할 수 있는 것이자, 청구인 이외 같은 조건의 다른 조합원에게도 동일하게 적용되어 불특정 사인 간의 계약처럼 상호 통정하여 사실과 다르게 위·변조하거나 계약의 이행여부가 불분명한 것으로 보기도 어렵고 조정대상지역 공고 전에 체결한 계약임을 분명하게 확인할 수 있어 계약금을 OOO원으로 약정하였다고 하여 쟁점규정의 입법취지를 실현하는데 전혀 문제가 없는 계약이다. (다) 처분청은 계약금을 지급받은 사실이 확인되지 않아 쟁점규정을 적용할 수 없다는 의견이나, 쟁점규정상 ‘계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택’이라는 문언의 취지는 ‘계약사실이 객관적인 증빙에 의하여 확인되는 주택’의 예시적인 규정으로 보는 것이 합목적적이라 할 것으로, 양도란 매매에 의한 자신의 이전뿐만 아니라 자신이 유상으로 사실상 이전되는 교환․대물변제․부담부증여 등을 모두 포함하는 것인데 매매에 의한 양도의 경우를 제외하고는 계약금 지급에 대한 약정 없이 그 계약이 이루어지는 경우가 많음에도 불구하고 쟁점규정을 주로 매매를 원인으로 하는 계약금이 지급되는 계약에만 한정하여 적용하게 되어 쟁점규정의 입법취지나 조정지역내의 다주택자 중과의 취지에도 전혀 맞지 않게 된다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점규정은 ‘조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택’의 조건을 충족하는 경우에만 1세대 2주택 중과세에 해당하지 않는다고 그 요건을 명시하고 있는바, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것으로, 1세대 2주택에 대한 중과배제에 대한 특례규정인 쟁점규정은 엄격히 해석하여야 한다. (2) 청구인은 쟁점계약이 재건축에 따라 시행자 재건축조합과 다수의 조합원 간 동일한 조건으로 체결되어 그 내용을 임의로 조작하거나 수정할 수 없는 객관적이고 신뢰할 수 있는 것이자, 청구인 이외에 같은 조건의 다른 조합원에게도 동일하게 적용되어 불특정 사인 간의 계약처럼 상호 통정하여 사실과 다르게 위·변조하거나 계약의 이행여부가 불분명한 것으로 보기도 어려우므로 계약서의 사후작성을 통한 조세회피 의도가 없었음을 고려하는 것이 합리적이라고 주장하나, 재건축조합과 조합원 간의 분양계약서 작성 및 체결은 쌍방의 자유의사에 의해서 행하여지므로 쟁점계약이 개별 조합원의 의사와 관계없이 체결되었다는 주장은 이유가 없고, 청산금을 분할 지급할지 일괄 지급할지는 재건축조합과 조합원의 선택사항에 해당한다.

• 가. 쟁 점 청구인이 재건축조합과 계약금 없이 주택공급계약을 체결하고 청산금을 잔금지급예정일에 수령한 경우 소득세법 시행령제167조의10 제1항 제11호에 따른 1세대 2주택 중과세가 배제되는 주택에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점주택과 관련한 관리처분계획이 2015.1.22. 인가된 사실, 쟁점계약이 2015.10.22. 체결된 사실, 쟁점주택이 소재한 지역의 조정대상지역 공고일이 2016.11.3.인 사실, 청구인이 쟁점청산금을 수령한 날이 2021.1.9.인 사실에 대하여 청구인과 처분청 간 다툼이 없다. (나) 청구인은 쟁점청산금에 대한 양도일을 2021.1.9.로 하여 아래 OOO과 같이 2021.3.19. 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였고, 2021.6.16. 처분청에 일반세율과 장기보유특별공제를 적용하여 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점주택이 쟁점규정상 양도소득세 중과제외 주택에 해당되지 않는다고 보아 이를 거부하였다. (다) 쟁점계약 제1조의 대금납부방법에 의하면, 아래 OOO와 같이 계약금은 OOO원으로 하고, 잔금(청산금)은 입주지정일에 OOO을 환급받는 것으로 되어 있다. * 쟁점계약 이후 쟁점주택의 권리가액이 OOO원에서 OOO원으로 증액되어 잔금(청산금)은 OOO원에서 OOO원으로 증액됨 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 쟁점규정은 2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 소득세법 시행령에 신설된 것으로 해당 주택이 소재한 지역이 조정대상지역으로 지정되기 전에 매매계약을 체결한 자의 경우 1세대 2주택 중과적용을 배제함으로써 그 신뢰이익을 보호하고자 위한 것으로, 그 적용대상을 ‘매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택’으로 규정하고 있는데, 계약금이란 ‘계약을 체결할 때 당사자 일방이 상대방에게 교부하는 금전 기타 유가물’이자 ‘계약이 성립하였음에 대한 증거의 의미’를 가지는 점에 비추어 쟁점규정에서 매매계약의 체결 뿐만 아니라 ‘계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인될 것’까지 규정한 것은 그 적용대상을 그 ‘매매계약을 체결한 사실이 객관적인 증빙에 의하여 명백하게 확인되는 경우’로 한정하고자 한 취지로 보인다(조심 2020서2273, 2021.12.13., 같은 뜻임). 처분청은 1세대 2주택에 대한 중과배제 특례규정인 쟁점규정을 엄격히 해석하는 것이 조세법률주의의 원칙에 부합하고, 쟁점계약은 계약금을 OOO원으로 하여, 청구인이 계약금을 수령한 사실이 없으므로 쟁점주택은 쟁점규정의 적용대상이 아니라는 의견이나, 쟁점계약은 양도자와 취득자가 일대일의 관계에서 조건을 합의하고 그 내용을 좇아 이행하는 일반적인 매매계약과 달리 도정법에 따라 재건축조합과 그 조합원들이 동일한 조건 하에 조합원들이 재건축조합에 양도하는 종전주택과 분양받게 될 주택의 가액 간의 차액에 대하여 분담금을 지급하거나 청산금을 수령하는 계약을 체결하는 것으로, 청구인 역시 다른 조합원들과 동일한 조건으로 집단적으로 재건축조합과 쟁점주택의 양도계약이자 재건축주택에 대한 분양계약인 쟁점계약을 체결한 점, 쟁점주택이 소재한 지역은 2016.11.3. 조정대상지역으로 공고되었는데, 쟁점주택과 관련한 관리처분인가는 2015.1.22.에, 쟁점계약 역시 2015.10.22.에 체결되어, 위 조정대상지역 공고와 쟁점계약 체결 간에 상당한 시간적 차이가 있고 달리 청구인이 쟁점규정을 적용받기 위하여 재건축조합과의 쟁점계약 체결시기를 결정․조절하였다는 등의 사정이 보이지 아니하는 점, 쟁점계약은 쟁점주택과 재건축주택의 교환계약에 해당하는 것으로 조합원분양가와 권리가액의 차액인 쟁점청산금 지급은 매매대금에 관한 규정을 준용하고 있는바, 교환계약은 ‘등가액은 상계하고 차액을 정산하는 방식’이므로 청구인이 양도하는 쟁점주택 가액보다 분양받은 재건축주택의 가액이 낮은 경우 계약금이나 중도금을 지급하지 아니하고 청산금만을 청구인이 지급받을 수밖에 없을 것이고 이러한 방식의 계약이 민법또는 다른 법령에 비추어 위법하거나 무효에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청에서 쟁점주택이 ‘조정대상지역 공고가 있는 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택’이 아니라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법 제104조 [양도소득세의 세율] ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제167조의10 [양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위] ① 법 제104조 제7항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택 (3) 민법 제563조 [매매의 의의] 매매는 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다. 제564조 [매매의 일방예약] ① 매매의 일방예약은 상대방이 매매를 완결할 의사를 표시하는 때에 매매의 효력이 생긴다.

② 전항의 의사표시의 기간을 정하지 아니한 때에는 예약자는 상당한 기간을 정하여 매매완결여부의 확답을 상대방에게 최고할 수 있다.

③ 예약자가 전항의 기간내에 확답을 받지 못한 때에는 예약은 그 효력을 잃는다. 제565조 [해약금] ① 매매의 당사자 일방이 계약당시에 금전 기타 물건을 계약금, 보증금등의 명목으로 상대방에게 교부한 때에는 당사자간에 다른 약정이 없는 한 당사자의 일방이 이행에 착수할 때까지 교부자는 이를 포기하고 수령자는 그 배액을 상환하여 매매계약을 해제할 수 있다.

② 제551조의 규정은 전항의 경우에 이를 적용하지 아니한다. 제596조 [교환의 의의] 교환은 당사자 쌍방이 금전 이외의 재산권을 상호이전할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다. 제597조 [금전의 보충지급의 경우] 당사자 일방이 전조의 재산권이전과 금전의 보충적지급을 약정한 때에는 그 금전에 대하여는 매매대금에 관한 규정을 준용한다. (4) 도시 및 주거환경정비법 제83조 [정비사업의 준공인가] ① 시장ㆍ군수등이 아닌 사업시행자가 정비사업 공사를 완료한 때에는 대통령령으로 정하는 방법 및 절차에 따라 시장ㆍ군수등의 준공인가를 받아야 한다.

② 제1항에 따라 준공인가신청을 받은 시장ㆍ군수등은 지체 없이 준공검사를 실시하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수등은 효율적인 준공검사를 위하여 필요한 때에는 관계 행정기관ㆍ공공기관ㆍ연구기관, 그 밖의 전문기관 또는 단체에게 준공검사의 실시를 의뢰할 수 있다.

③ 시장ㆍ군수등은 제2항 전단 또는 후단에 따른 준공검사를 실시한 결과 정비사업이 인가받은 사업시행계획대로 완료되었다고 인정되는 때에는 준공인가를 하고 공사의 완료를 해당 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다.

④ 시장ㆍ군수등은 직접 시행하는 정비사업에 관한 공사가 완료된 때에는 그 완료를 해당 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 제86조 [이전고시 등] ① 사업시행자는 제83조 제3항 및 제4항에 따른 고시가 있은 때에는 지체 없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에서 정한 사항을 분양받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 한다. 다만, 정비사업의 효율적인 추진을 위하여 필요한 경우에는 해당 정비사업에 관한 공사가 전부 완료되기 전이라도 완공된 부분은 준공인가를 받아 대지 또는 건축물별로 분양받을 자에게 소유권을 이전할 수 있다.

② 사업시행자는 제1항에 따라 대지 및 건축물의 소유권을 이전하려는 때에는 그 내용을 해당 지방자치단체의 공보에 고시한 후 시장ㆍ군수등에게 보고하여야 한다. 이 경우 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물의 소유권을 취득한다. 제89조 [청산금 등] ① 대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우 사업시행자는 제86조 제2항에 따른 이전고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액(이하 “청산금”이라 한다)을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업시행자는 정관등에서 분할징수 및 분할지급을 정하고 있거나 총회의 의결을 거쳐 따로 정한 경우에는 관리처분계획인가 후부터 제86조 제2항에 따른 이전고시가 있은 날까지 일정 기간별로 분할징수하거나 분할지급할 수 있다.

③ 사업시행자는 제1항 및 제2항을 적용하기 위하여 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격을 평가하는 경우 그 토지 또는 건축물의 규모ㆍ위치ㆍ용도ㆍ이용 상황ㆍ정비사업비 등을 참작하여 평가하여야 한다.