쟁점양도주택을 양도소득세 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 배제대상 주택으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점양도주택”이라 한다) 주택을 2020.7.31. OOO원에 양도한 후, 2021.3.30. 3주택자 중과세율(기본세율 38%+20%)을 적용하여 기한후 신고하고 양도소득세 OOO원을 납부하였다.
• 나. 청구인은 쟁점양도주택 양도 당시 아래 <표1>과 같이 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)과 OOO(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)을 보유하고 있었다. <표1> 청구인의 쟁점양도주택 양도 당시 보유주택 현황
• 다. 청구인은 2021.4.6. 쟁점임대주택과 쟁점오피스텔은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에 해당하는 주택이므로 쟁점양도주택에 대해 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에 따라 양도소득세 기본세율과 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 OOO원을 환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점오피스텔이 공부상 오피스텔로서 “주택”에 해당하지 아니하고, 쟁점임대주택도 관련 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 당초 신고 내용이 적정하다고 판단하여 2021.6.10. 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2021.7.8. 이의신청을 거쳐 2021.9.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 “ 조세특례제한법 제99조의3 소정의 신축주택은 분양 당시나 취득 당시를 기준으로 공부상 및 실질상 주택만을 의미하는 것으로 해석함이 상당하므로, 건축법상 주택이 아니라 일반업무시설로 건축허가를 받았고 공부상으로도 오피스텔로 등재되어 있는 이 사건 오피스텔은 비록 주거용으로 사용할 수 있도록 신축하였고 실제로 원고가 이를 주거용으로 사용하다가 양도하였다 하더라도 법 제99조의3 소정의 신축주택에 해당하지 않는다고 할 것”이라는 대법원 판례(OOO)를 근거로 쟁점오피스텔은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하는 양도소득세 감면대상 주택이 아니라고 주장하고 있다. 하지만 이는 소득세법에 주택의 정의가 규정되어 있지 않을때의 해석이며, 2016.12.20. 소득세법 개정으로 제88조 제7호에 “허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.”라는 주택의 정의 규정이 추가되었는바, 쟁점오피스텔은 주거용으로 사용되었으므로 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면대상으로서 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제5호 의 주택에 포함된다.
• 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 는 양도소득세 감면주택을 “주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택”이라고 규정하고 있고, 대법원 판례(OOO)에 따라 신축주택은 신축 당시 건축물의 용도가 주택임이 명확한 주택만을 의미한다고 보는 것이 타당하다. 청구인은 신축주택을 해석함에 있어 2016년 개정된 소득세법에서 정의하는 “주택”의 정의를 빌려 해석해야 하므로 쟁점오피스텔은 조세특례제한법 제99조의3 의 양도소득세 과세특례를 적용받는 신축주택에 해당하여 3주택자 중과 대상 주택에 포함되지 아니한다고 주장하나, 주택의 정의는 2016년 명문화 되었을 뿐 새로이 정의된 사실이 아니므로 감면 규정을 적용함에 있어 신축주택의 의미는 변함이 없다. 청구인은 쟁점오피스텔에 대해 ‘비주거용 건물 임대업’으로 사업자 등록하여 2020년 주거용 건물 임대업으로 재등록하기 전까지 일반과세자로서 부가가치세를 환급받거나 신고‧납부하고, 주택이 아닌 건축물로 재산세를 납부하였음에도 분양 이후 계속하여 주택으로 사용하였다고 주장하고 있는바, 청구인의 주장은 부당하다.

(2) 쟁점임대주택의 경우에도 지방자치단체 및 세무서에 모두 2018.3.31.까지 등록하여야 함에도 세무서에 2020.1.21. 사업자등록하여 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 에 따라 1세대 3주택 이상 중과에서 제외하는 임대주택의 요건에 부합하지 않는다.

• 가. 쟁점 쟁점양도주택을 양도소득세 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 배제대상 주택으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

• 가. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

5. 조세특례제한법 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

(3) 조세특례제한법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제15조 에 따른 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점오피스텔의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점오피스텔은 업무시설(오피스텔)로 기재되어 있고, 쟁점오피스텔의 집합건축물대장에는 쟁점오피스텔의 주용도가 업무시설, 근린생활시설로 기재되어있음이 확인된다.

(2) 쟁점오피스텔의 지방세 세목별 과세증명서에 따르면, 쟁점오피스텔은 2003년(계약금 납부일 2002.4.26., 청구인 취득일 2003.11.21.) 이후 2021년까지 주택이 아닌 건축물로 재산세가 과세되었음이 확인된다.

(3) 이 건 관련 이의신청 결정서에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2002.5.11. 쟁점오피스텔을 부동산업(임대업)으로 하여 사업자등록 후 2020.1.13. 폐업신고하고, 2020.1.20. 쟁점오피스텔을 부동산업(주거용 건물 임대업)으로 다시 사업자등록하여 계속사업 진행중이다. (나) 청구인은 쟁점임대주택에 대해 부동산업(주거용 건물 임대업)으로 2020.1.21. 사업자등록 하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점오피스텔이 주거용으로 사용되었으므로 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면대상으로서 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제5호 의 주택에 포함되는바, 쟁점양도주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 의 주택에 해당하므로 양도소득세 기본세율과 장기보유특별공제를 적용하여야한다고 주장하나, 쟁점오피스텔은 등기사항전부증명서와 집합건축물대장에서 그 용도가 주택이 아닌 업무시설로 명시되어 있는 점, 조세특례제한법 및 같은 법 시행령의 다른 규정에서 ‘오피스텔’ 또는 ‘주거에 사용하는 오피스텔’이 ‘주택’에 포함된다고 명시하고 있는 점을 고려하면 이를 명시하지 않은 조세특례제한법 제99조의3, 같은 법 시행령 제99조의3의 ‘주택’에서 ‘오피스텔’은 제외된다고 보는 것이 타당하여(대법원 2008.2.14. 선고 2007두21242 판결 참조) 쟁점오피스텔은 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면대상으로 보기 어려운 점, 쟁점임대주택이 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 의 주택에 포함되기 위해서는 2018.

3. 31.까지 사업자등록 등을 하였어야하나, 청구인은 2020.1.21. 사업자등록을 하여 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 의 주택에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 고려하면, 처분청이 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.