쟁점주택의 양도에 대해 「조세특례제한법」제97조의3에 따른 장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 주택임대업을 영위하고 있는 개인사업자로 주택임대업에 사용하던 아래 ＜표1＞의 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2020.6.26., 2020.6.30. 각 양도한 후 장기보유특별공제 30%를 적용하여 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세를 신고·납부하였다. ＜표1＞ 쟁점주택 현황 OOO
• 나. 청구인은 쟁점주택 양도는 조세특례제한법제97조의3(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따라 장기보유특별공제 70%를 적용하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.1.12. 쟁점주택이 임대료 인상률 제한 및 장기일반민간임대주택 등록 등의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 볼복하여 2021.4.2. 이의신청을 거쳐 2021.8.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 쟁점주택은 아래와 같은 점에서 쟁점조항의 적용대상인 준공공임대주택에 해당한다. (가) 임대 주택법 시행령(2013.12.4. 대통령령 24911호로 일부 개정된 것) 제8조 제3항에서 “등록증을 발급받은 임대사업자는 등록 사항이 변경된 경우 이를 신고하여야 한다”고 규정하면서 단서에서 “다만, 등록 사항의 변경이 법 제6조의2에 따른 준공공임대주택의 등록 및 등록 사항의 변경신고로 인한 경우는 제외한다”고 규정하였던바, 매입임대주택으로 등록한 임대사업자가 준공공임대주택으로 변경하고자 하는 경우 준공공임대주택으로 변경신고할 필요 없이 같은 법 시행령 제8조의2의 준공공임대주택의 등록기준을 충족하면 준공공임대주택에 해당된다고 해석함이 타당하다. (나) 임대 주택법 시행령(2014.7.16. 대통령령 제25483호로 일부개정된 것) 제8조의2 제1호에서 준공공임대주택으로 등록할 수 있는 주택의 범위에 “임대사업자가 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대하고 있는 주택을 포함”하는 것으로 규정하고 있는바, 이는 매입임대주택을 임대하고 있는 임대사업자가 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대하고 있는 매입임대주택도 준공공임대주택으로 간주하고 있는 것으로 보인다. (다) 임대 주택법 시행령(2014.7.16. 대통령령 제25483호로 일부개정된 것) 제13조 제1항 제1호에서 임대주택의 임대의무기간에 대하여 “임대사업자가 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대하고 있는 주택을 법 제6조의2 제1항 및 이 영 제8조의2 제1호에 따라 준공공임대주택으로 등록한 경우에는 5년의 범위에서 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대한 기간의 2분의 1에 해당하는 기간을 임대의무기간에 포함하여 산정한다”라고 규정하고 있는바, 이는 매입임대주택을 준공공임대주택으로 간주하는 것으로 보이고, 단지 의무임대기간을 산정할 때 매입임대주택의 임대기간을 준공공임대주택의 의무임대기간으로 인정되는 기간을 제한하여 조정한 것으로 볼 수 있다. (라) 민간임대주택에 관한 특별법(2015.8.28. 법률 제13499호로 전부개정된 것) 제2조에서 임대사업자 중 일반형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하는 민간임대주택은 준공공임대주택으로 이는 민간매입임대주택자가 임대사업자로 1호 이상의 임대주택을 취득하여 임대하는 주택으로 8년 이상 임대할 목적으로 임대하면 준공공임대주택으로 분류하고 있는 점, 같은 법 제5조 제2항에 따르면 임대사업자의 등록에 있어서 매입임대주택, 준공공임대주택, 단기임대주택은 등록 규정에 따라 등록하는 것으로 임대 주택법 시행령(2013.12.4. 대통령령 제24911호로 일부개정된 것) 제8조 제3항 후단에 따라 준공공임대주택으로의 등록때에는 신고의무가 없는 것으로 보이는 점, 민간임대주택에 관한 특별법(2017.10.24. 법률 제14912호로 개정된 것) 제2조 제3호, 제5호 및 제7호를 종합하면 임대사업자가 임대사업을 할 목적으로 1호 이상의 주택을 취득하여 8년 이상 임대하는 주택은 준공공임대주택이 되는 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점주택은 조세특례제한법제97조의3을 적용을 받을 수 있다 할 것이다. (2) 쟁점주택은 아래와 같은 점에서 임대등록기간 및 임대기간, 임대료 증액제한 요건 등을 충족한다. (가) 쟁점조항을 적용받기 위해서는 임대사업자로 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하여야 하는데, 이는 임대사업자로 등록한 기간은 연속성을 가지고 있어야 한다는 것으로 임대등록기간이 단절되거나 등록임대사업을 폐업하는 경우에는 계속하여 등록한 것으로 볼 수 없기에 쟁점조항을 적용받을 수 없다. 하지만 청구인은 임대사업자로 등록한 기간이 단절되거나 등록임대사업을 폐지하지 아니하였기 때문에 쟁점조항 제2항에 해당하는 임대등록기간 조건을 갖추었다. (나) 쟁점조항에 따라 혜택을 받기 위해서는 임대사업자로 등록하여 10년 또는 8년을 유지해야 하고, 임대기간의 계산은 등록한 기간 동안 통산한다고 규정하고 있기에 임대등록기간 동안 전부 통틀어 임대기간을 계산하여 10년 또는 8년 이상 임대하면 되는 것으로, 의무임대기간을 계산함에 있어 등록기간동안 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 아니하는 기간을 전부 통틀어 계산한다는 의미이다. 이것은 임대기간동안 임대료 연 증가율이 5%를 초과하는 임대기간은 의무임대기간에서 배제하고 임대료 연 증가율이 5%를 초과하지 아니하는 기간은 의무임대기간에 포함하여 계산하는 것으로, 임대기간 전 기간에서 임대료 증가율이 5%를 초과하지 않는 기간을 전부 통틀어 계산하여 8년 또는 10년 이상 임대한 경우 세제 혜택을 준다는 의미이다. 쟁점주택의 임대보증금 변동내역은 아래 ＜표2＞와 같고, 위에 설명한 방식으로 요건을 충족한 임대기간을 계산하면 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표2＞ 임대보증금 변동 내역 OOO ＜표3＞ 임대료 증액 제한 요건 충족 임대기간(청구인 계산) OOO (3) 위 내용을 종합하면 임대사업자 중 일반형임대업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하는 민간임대주택은 실질적으로 준공공임대주택으로 분류될 수 있는 것으로 보이고 준공공임대주택에서 요구되는 일정요건(① 면적기준: 전용면적이 85제곱미터 이하일 것, ② 임대사업자등록기준: 일반형임대사업자일 것, ③ 사업목적 및 임대기간기준: 일반형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택일 것)을 충족하는 경우에는 국세기본법제14조 실질과세원칙에 따라 실질적인 면에서 민간임대주택은 준공공임대주택에 해당한다고 봄이 상당하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점주택에 쟁점조항이 적용가능한지에 대하여 검토한바, ① 쟁점조항은 임대주택 활성화 및 서민 주거안정을 지원하기 위해 2014년 준공공임대주택에 대한 과세특례를 신설한 것이고, ② 적용요건으로 ⓐ 전용면적 85제곱미터 이하, 10년간 의무 임대, ⓑ 최초임대료가 시세 이하, ⓒ 연5% 임대료 인상률 제한(신규·갱신시 포함), ⓓ 10년 이상 계속하여 준공공임대주택으로 등록하고, 그 기간 동안 임대한 기간이 통산하여 10년 이상인 경우 계속하여 임대한 것으로 간주하며, ③ 상기 적용요건 중 한가지라도 충족하지 못하면 쟁점조항이 적용되지 않는다. (2) 청구인의 2014년 이후 임대차계약 갱신내용을 검토한 결과 아래와 같이 연간 5% 임대료 인상률 제한을 위반한 것으로 나타난다. OOO의 2015.1.19. 계약갱신시 임대보증금이 OOO원에서 OOO원으로 35.3% 증액하였고, OOO의 2016.8.7. 계약갱신시 임대보증금이 OOO원에서 OOO원으로 30% 증액하였으며, OOO의 2015.10.25. 계약갱신시 임대보증금 OOO원에서 OOO원으로 21.5% 증액하였다. (3) 청구인은 2003.12.10. 임대사업자로 등록한 사실은 있으나 임대주택법제6조의2에 따른 준공공임대주택으로 등록한 사실은 없고, 청구인은 총 임대기간 중 8년 이상의 기간만 통산하여 5% 증액제한 규정을 위반하지 않으면 된다고 주장하나, 임대료 5% 인상률 제한 규정은 임대계약을 갱신할 때마다 적용하는 것이며 쟁점주택은 계약갱신시 임대보증금 변동내역에 5%를 초과 인상한 경우가 다수 확인되고 있으므로 당초 경정청구 거부처분은 적법하다.

쟁점주택의 양도에 대해 조세특례제한법제97조의3에 따른 장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부

(1) 조세특례제한법(2020.5.19. 법률 제17254호로 일부개정된 것) 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】① 대통령령으로 정하는 거주자가 2022년 12월 31일까지 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것) 제97조의3【준공공임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】① 대통령령으로 정하는 거주자가 민간임대주택에 대한 특별법제2조 제4호에 따른 기업형임대주택 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 준공공임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 “준공공임대주택등”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 준공공임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2020.6.2. 대통령령 제30723호로 일부 개정된 것) 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제97조의3 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업·재건축사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모주택정비사업 또는 주택법에 따른 리모델링으로 인하여 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

③ 법 제97조의3 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법제44조 제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

2. 주택법제2조 제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항 제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 소득세법제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 민간임대주택에 관한 특별법제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.

⑤ 법 제97조의3 제2항에 따라 과세특례 적용의 신청을 하려는 자는 해당 장기일반민간임대주택등의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항·제4항 및 제6항을 준용한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부 개정된 것) 제97조의3【준공공임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제97조의3 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는민간임대주택에 관한 특별법제2조 제4호의 기업형임대주택 또는 같은 조 제5호의 준공공임대주택(이하 이 조에서 “준공공임대주택등”이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다.

③ 법 제97조의3 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 아니할 것

2. 주택법제2조 제3호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다)일 것

3. 임대주택의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

④ 준공공임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항 제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 소득세법제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 준공공임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택을 준공공임대주택으로 등록하는 경우에는 5년의 범위에서 민간임대주택으로 임대한 기간의 100분의 50에 해당하는 기간을 준공공임대주택등의 임대기간에 포함하여 산정한다.

(5) 임대주택법(2013.6.4. 법률 제11870호로 일부개정된 것) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 주택 [주택법제2조 제1호의2에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 오피스텔(이하 “오피스텔”이라 한다)을 포함한다]을 말한다. 3의3. “준공공임대주택”이란 매입임대주택으로서 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사 외의 임대사업자가 10년 이상 계속하여 임대하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주택을 말한다.

4. “임대사업자”란 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사, 지방공사, 제6조에 따라 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제7조에 따라 설립된 임대주택조합을 말한다. 제6조【임대사업자의 등록】① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

③ 제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제6조의2【준공공임대주택의 등록】① 준공공임대주택을 임대하려는 자는 해당 주택이 소재하는 시장·군수·구청장에게 이를 등록하여야 한다.

② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에 따른 등록기준 및 등록·신고의 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙＜법률 제11870호, 2013.6.4.＞ 제2조【준공공임대주택의 등록에 관한 적용례】제6조의2의 개정규정에 따라 등록이 가능한 주택은 2013년 4월 1일 이후 매매계약을 체결한 주택으로 한다.

(6) 민간임대주택에 관한 특별법(2015.8.28. 법률 제13499호로 개정된 것) 제5조【임대사업자의 등록】① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 기업형임대사업자 및 일반형임대사업자

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 기업형임대주택, 준공공임대주택 및 단기임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하거나 말소하고자 할 경우 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

④ 제1항부터 제3항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 민간임대주택에 관한 특별법(2018.1.16. 법률 제15356호로 개정된 것) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 제5조【임대사업자의 등록】① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하거나 말소하고자 할 경우 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

④ 제1항부터 제3항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <법률 제15356호, 2018.1.16.> 제1조【시행일】이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 제5조【이미 등록한 민간임대주택등에 관한 특례】② 이 법 시행 후 제5조의 개정규정에 따라 임대사업자가 등록한 장기일반민간임대주택을 다른 법령에서 인용하는 경우 종전 규정에 따라 등록한 준공공임대주택을 포함한다. (

8. 임대 주택법 시행령(2013.12.4. 대통령령 제24911호로 일부 개정된 것) 제8조【임대사업자의 등록절차】① 법 제6조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 등록 신청서를 특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수 또는 구청장”이라 한다)에게 제출하여야 한다.

② 시장·군수 또는 구청장은 제1항의 등록 신청서를 접수하면 제7조 제2항에 따른 등록 기준에 적합한지를 확인한 후 적합한 경우에는 임대 사업자 등록부에 이를 올리고 등록증을 신청인에게 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 등록증을 발급받은 자는 등록 사항이 변경된 경우에는 변경 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 시장·군수 또는 구청장(변경 사항이 임대사업자의 주소인 경우에는 전입지의 시장·군수 또는 구청장을 말한다)에게 이를 신고하여야 한다. 다만, 등록 사항의 변경이 법 제6조의2에 따른 준공공임대주택의 등록 및 등록 사항의 변경신고로 인한 경우는 제외한다.

④ 제2항의 임대사업자 등록부는 전자적 처리가 불가능한 특별한 사유가 없으면 전자적 처리가 가능한 방법으로 작성·관리하여야 한다. 제8조의2【준공공임대주택의 등록기준】법 제6조의2 제1항에 따라 준공공임대주택으로 등록할 수 있는 주택은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 주택으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사 외의 임대사업자가 공급하는 매입임대주택일 것

2. 전용면적이 85제곱미터 이하일 것 제8조의3【준공공임대주택의 등록절차 등】① 법 제6조의2 제1항에 따라 준공공임대주택을 등록하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 등록 신청서를 해당 주택이 소재하는 지역의 관할 시장·군수 또는 구청장에게 제출하여야 한다.

② 해당 주택이 소재하는 지역의 관할 시장·군수 또는 구청장은 제1항의 등록 신청서를 접수하면 제8조의2에 따른 등록기준에 적합한지를 확인한 후 적합한 경우에는 준공공임대주택 등록부에 이를 올리고 등록증을 신청인에게 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 등록증을 발급받은 자는 등록 사항이 변경된 경우에는 변경 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 해당 주택이 소재하는 지역의 관할 시장·군수 또는 구청장에게 그 사실을 신고하여야 한다.

④ 제2항의 준공공임대주택 등록부는 전자적 처리가 불가능한 특별한 사유가 없으면 전자적 처리가 가능한 방법으로 작성·관리하여야 한다.

(9) 임대 주택법 시행령(2014.7.16. 대통령령 제25483호로 일부 개정된 것) 제8조의2【준공공임대주택의 등록기준】법 제6조의2 제1항에 따라 준공공임대주택으로 등록할 수 있는 주택은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 주택으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사 외의 임대사업자가 공급하는 민간건설임대주택 또는 매입임대주택[임대사업자가 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대하고 있는 주택 (임대의무기간이 지나지 아니한 주택을 포함한다)을 포함한다]일 것

2. 전용면적이 85제곱미터 이하일 것 제13조【임대주택의 임대의무기간 등】① 법 제16조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

1. 준공공임대주택으로 등록한 민간건설임대주택 또는 매입임대주택: 준공공임대주택의 임대 개시일부터 10년. 이 경우 임대사업자가 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대하고 있는 주택을 법 제6조의2 제1항 및 이 영 제8조의2 제1호에 따라 준공공임대주택으로 등록한 경우에는 5년의 범위에서 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대한 기간의 2분의 1에 해당하는 기간을 임대의무기간에 포함하여 산정한다.

2. 그 밖의 임대주택: 임대 개시일부터 5년

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하여 나타나는 내용은 아래와 같다. (가) 청구인의 임대사업자 등록내역은 다음과 같다. 1) OOO 대내포털시스템에 의하면, 청구인은 2003.12.10. 개업일로 하여 부동산/주택임대 면세사업자등록을 한 것으로 나타난다. 2) 청구인은 2020.6.24. OOO청장이 발행한 임대사업자 등록증을 제출하였으며 그 내용은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 임대사업자등록증 내용 OOO (나) 청구인의 임대주택의 종류를 “준공공임대주택(2013.6.4. 신설된 임대주택법)” 이나 “장기일반민간임대주택(2018.1.16. 민간임대주택에 관한 특별법으로 명칭변경)”으로 등록한 내용은 없는 것으로 나타난다. (다) 청구인이 제출한 계약서 및 사업장현황신고서에 의하여 나타나는 쟁점주택의 임대차계약내역은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 쟁점주택 임대차계약내역 OOO (라) 처분청에서는 ‘준공공임대주택’이 2013.6.4. 임대주택법에서 신설된 용어로, 같은 법 제6조의2, 같은 법 시행령 제8조의2 및 제8조의3에 대한 법령이 신설되었고, 준공공임대주택의 등록사항이 변경된 경우에는 변경 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 해당 주택이 소재하는 지역의 관할 시장·군수 또는 구청장에게 그 사실을 신고하여야 하는 것으로, 같은 법 제6조, 같은 법 시행령 제8조와는 별도로 구분하여 신설된 법령이라는 의견이며, 2015.12.29. 시행된 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 임대주택법에서 민간임대주택에 관한 특별법으로 법령명이 변경되었고, 준공공임대주택의 동록에 대한 사항 또한 민간임대주택에 대한 특별법제5조로 통합되어 제2조에서는 각 호에 따라 구분하여 등록하도록 하고 있다는 의견이다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 임대 주택법 시행령 제8조 제3항 단서 규정에 따라 쟁점주택이 준공공임대주택에 해당하고, 임대기간 중 임대료 인상률이 5% 이하인 기간 역시 통산하면 10년이 넘는바 과세특례 대상이며, 실질적인 면에서도 민간임대주택은 준공공임대주택에 해당한다고 주장하나, 조세특례제한법제97조의3에 따른 양도소득세의 과세특례를 적용할 수 있는 요건으로 ‘민간임대주택에 관한 특별법제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록할 것’을 규정하고 있는 점, 준공공임대주택은 2013.6.4. 개정된 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 신설되었고, 2018.1.16. 개정된 위 법률에 따라 그 명칭이 장기일반민간임대주택으로 변경되었는데, 민간임대주택에 관한 특별법의 2013.6.4. 개정규정의 부칙 제2조(준공공임대주택의 등록에 관한 적용례)에 따르면 ‘준공공임대주택의 등록’ 개정규정에 따라 등록이 가능한 주택은 2013.4.1. 이후 매매계약을 체결한 주택으로 한다고 기재되어 있는바, 1997.11.13., 2003.12.16., 2004.1.6. 각각 매매계약이 체결된 쟁점주택은 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 등록 요건을 충족하지 못하는 것으로 보이는 점, 설령 임대 주택법 시행령(2013.12.4. 대통령령 제24911호로 일부개정된 것) 제8조 제3항 단서 규정(등록사항의 변경이 준공공임대등록 및 등록사업의 변경신고로 인한 경우는 제외)을 청구주장과 같이 해석(매입임대주택으로 등록한 임대사업자가 준공공임대주택으로 변경하고자 하는 경우 준공공임대주택으로 변경신고할 필요 없이 쟁점주택이 같은 법 시행령 제8조의2를 충족하면 준공공임대주택에 해당된다)한다 하더라도, 임대기간 통산 규정은 조세특례제한법 시행령제97조의3 제2항에 규정되어 있고, 임대보증금 증액 제한 요건(임대료 5% 인상 제한)은 같은 조 제3항에 규정되어 있는바, 임대보증금 증액 제한 요건을 청구주장과 같이 임대기간 중 5% 기준을 지킨 임대기간만 통산하는 것으로 해석하기 보다는 임대기간 동안의 임대계약 갱신 때마다 지켜야 하는 요건으로 해석하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.