쟁점부동산이 일괄양도된 것으로 보아 기준시가로 안분한 쟁점건물의 양도가액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2019.5.2. OOO 소재 토지(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 AAA 외 2인(이하 “매수인”이라 한다)에게 OOO원에 양도한 후 2019.5.31. 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. OOO청장(이하 “감사관실”이라 한다)은 OOO서에 대한 종합감사를 실시하여 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토하는 과정에서, 쟁점건물 양도거래는 사업용재산을 비롯한 물적, 인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만 교체하는 사업의 포괄양도에 해당하지 않는 것으로 보아 처분청에 이의 시정을 지시하였고, 처분청은 쟁점부동산 전체 거래가액을 쟁점토지 및 쟁점건물의 기준시가 비율로 안분하여 2021.6.14. 청구인에게 쟁점건물의 공급에 대한 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.8.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 쟁점건물은 철거 예정이어서 쟁점부동산 매매대금에 쟁점건물의 가액을 산정한 것이 아니므로 재화(건물)의 공급에 해당하지 않는다. (가) 청구인은 2015.3.6. 쟁점토지와 쟁점건물을 OOO원에 매입하는 계약을 체결하였는데, 청구인은 쟁점부동산을 포괄적으로 양수하여 모텔과 목욕탕 영업을 하려 하였고, 숙박업, 목욕장업을 영위하기 위하여 이전의 매도인과 함께 영업자지위 승계신고서를 관할인 OOO청장에게 신고하였으며, 처분청에 숙박업 관련 사업자등록도 마쳤다. 영업의 포괄양도의 경우 부가가치세법제10조 제9항 제2호에 따라 건물분 부가가치세가 과세되지 않기 때문에 이전의 매도인은 건물분 부가가치세에 관하여 신고를 하지 않았고, 만약 향후 포괄양수도 계약으로 인정되지 않을 경우 매수인인 청구인이 건물분 부가가치세를 별도로 부담하기로 하는 특약사항을 정하기도 하였다. (나) 위와 같이 청구인은 2015년경 쟁점부동산을 매입하여 숙박업과 목욕장업을 영위하였으나, 위 부동산 인근에 경쟁 모텔이 많이 생기고, 계속되는 월매출 저하로 인한 부담을 이기지 못하여 2019년경 위 부동산을 매수인(AAA 외 2)에게 양도하게 되었다. 쟁점부동산 양도 당시 매수인은 숙박업이나 목욕장업을 하던 사람이 전혀 아니었고, 2006년경부터 OOO에서 OOO빌딩이라는 상호로 사업자등록을 하여 부동산업 등을 영위하는 사람이었는바, 쟁점부동산을 매입하더라도 모텔 등을 할 생각이 전혀 없었으며, 쟁점건물을 철거하고 근린생활시설 등을 신축하여 분양 등을 할 예정이라 하였다. 위 양도계약 당시 쟁점건물이 여관과 목욕장의 용도로 사용승인 된 지 이미 35년이 지나 노후화된 건물이었고, 인근에 경쟁모텔이 많이 있어 영업이 잘 되지 않았으며, 매수인이 건물을 매입하여 철거할 예정이었고, 건물을 철거하는 경우 매입세액도 공제받을 수 없었기에, 청구인과 매수인은 쟁점건물의 가치를 전혀 고려하지 않았고(따라서 가격을 OOO원으로 산정), 쟁점토지만의 가액으로 쟁점부동산 가액을 OOO원으로 정하여 매매계약을 체결하였다. 쟁점건물의 가격을 전혀 산정하지 않고 쟁점토지만으로 매매가액을 산정하였기에 청구인과 매수인은 쟁점건물에 관한 부가가치세 납부를 전혀 고려하지 않았고, 따라서 부동산 매매계약서에도 청구인의 2015년 매매계약서와 달리, ‘향후 포괄양도 계약이 인정되지 않는 경우 매수인이 부가가치세를 별도로 부담한다’라는 특약을 기재하지 않았으며, 다만 쟁점부동산 양도로 인한 부가가치세 신고·납부에서 자유로워지기 위하여 계약서 특약사항에 ‘본 계약은 포괄양도양수하기로 한다’고 기재하였던 것이다. (다) 이처럼 매수인이 쟁점건물을 매입하여 철거할 예정이었고 영업을 전혀 하지 않을 생각이었으며, 따라서 건물의 가격을 산정하지 않았기에, 이 건 매매계약 및 잔금지급 이후에도 청구인과 매수인은 관할인 OOO청에 영업자지위 승계신고서를 제출하지도 않았고, 매수인들은 자신들의 명의로 영업신고와 사업자등록도 하지 않았으며, 청구인만 숙박업 등의 폐업신고를 하고 또한 사업자등록도 말소하였다. 매수인은 2019.5.2. 매매잔금을 지급하고 쟁점부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하였고, 그 무렵부터 쟁점건물에 대한 철거를 시작하여 2019.6.18. OOO청에 철거에 따른 건축물대장 말소등록까지 마쳤다. 그리고 매수인은 2019.9.17. OOO청장으로부터 의료시설 신축허가(OOO)를 받았고, 위 건축허가에 따라 신축공사를 하여 현재 신축공사를 마쳤다. 다만 아직까지 사용승인이 나오지 않았고, 따라서 건축물대장과 건물 등기사항전부증명서가 작성되지 않은 상태이다. (라) 이와 같이 쟁점건물이 여관과 목욕장의 용도로 사용승인 받았으나, 매매계약 당시 사용승인 된 지 이미 35년이 지나 노후화된 건물이었고, 인근에 경쟁모텔이 많이 생겨서 모텔 영업으로 수익을 내기가 곤란하였던 점, 그에 따라 청구인이 쟁점부동산을 매도하게 되었고, 매수인이 숙박업을 전혀 해보지 않았던 사람들로 쟁점부동산을 매입하여 그대로 또는 보수공사를 하여 건축물대장상의 용도대로 여관이나 목욕장 영업을 하는 것은 거의 불가능하며, 오히려 쟁점건물을 매입한 후 철거하여 지상 8층의 의료시설을 신축할 계획으로 양수하였고, 실제로 쟁점부동산을 매입한 직후 쟁점건물을 철거하고 신축허가를 받아 새로운 건물을 신축하였을 뿐, 숙박업 등을 영위하기 위한 영업허가나 사업자등록을 전혀 하지 않았던 점, 이러한 상황에서 매수인이 쟁점건물의 가치를 따로 산정하여 거래대금을 지급하였다고 보는 것은 거래상식과 경험칙에 맞지 않는 점, 만약 청구인과 매수인 사이에 건물의 가치를 산정하여 매매를 하였다면 향후 포괄 양수도계약이 인정되지 않을 경우 매수인이 부가가치세를 부담한다는 특약사항을 기재하였을 것이나 그에 관한 기재를 전혀 하지 않았던 점(다만 매매계약서에 포괄양도양수로 표시하여야 부가가치세 신고·납부를 쉽게 면제받을 수 있으므로, 이를 위하여 매매계약서에 포괄양도양수로 표시한 것인 점) 등에 비추어 볼 때, 이 건 매매계약 당시 청구인과 매수인은 쟁점건물의 가치를 전혀 고려하지 않고 쟁점토지만으로 매매대금을 산정한 것으로, 이는 토지와 건물 등의 가액이 불분명한 경우에 해당하지 않으므로 부가가치세법제29조 제9항 본문에 따라 OOO원의 매매대금은 쟁점토지에 대한 공급가액에 해당하고 따라서 이 건 처분은 위법·부당하다. (마) 설령 OOO원의 매매대금에 건물분 가치가 포함된 것이라고 가정하더라도, 현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있는데(대법원 1995.12.21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등), 매수인이 건물을 매입한 후 철거를 예정하고 계약을 체결한 것이어서, 건물과 관련하여 청구인이 생산한 부가가치가 전혀 없고 실질적으로 건물이라는 재화의 공급이 아니라 수용 후 철거와 유사한 점, 공익사업이나 재건축 등을 위하여 건물을 수용하는 경우 이를 재화의 공급으로 보지 않는 점(부가가치세법제9조 제2항 및 같은 법 시행령 제18조 제3항 제3호) 등에 비추어, 이는 재화(건물) 공급의 대가로 매매대금에 포함된 것이 아니라 건물철거에 따른 손실보상과 유사하다 할 것이므로, 위 부가가치세법 및 같은 법 시행령에 따라 재화의 공급에 해당하지 않고 과세가 되어서는 아니된다. (2) 설령, 청구인이 건물분 부가가치세를 신고·납부하지 않은 것이라고 하더라도, 청구인에 대한 일반과소신고, 납부불성실, 세금계산서미발급 등 가산세 합계 OOO원의 부과처분은 부당하다. 앞서 본 바와 같이, 쟁점건물은 건축된지 35년이 지난 오래된 건물이었고, 인근에 경쟁 모텔이 많이 생겨 청구인이 모텔 영업을 하면 할수록 적자가 발생하여 부득이 폐업을 하고 부동산을 양도하기에 이르렀으며, 쟁점건물의 용도가 여관, 목욕탕이어서 위 용도대로 계속 사용하는 것이 불가능하여, 부득이 매수인이 부동산 매입 후 건물을 철거하고 의료용시설을 위한 건물을 신축할 목적이었고, 따라서 매도인과 매수인 사이에 건물에 대한 가치를 전혀 고려하지 않았고 따라서 쟁점건물에 대한 부가가치세가 전혀 없었다고 믿었으며, 양도 직후 철거될 건물에 관하여 부가가치세를 위한 세금계산서가 발급되어야 한다고 청구인이 예상하기 어려웠고, 매수인 역시 동일한 이유로 청구인에게 세금계산서 발급을 요청하지 않았던 점 등에 비추어 청구인에게 세금계산서 발급 및 부가가치세 신고·납부 의무가 있음을 알지 못한 데에 정당한 이유가 있다고 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점건물에 대한 사업의 포괄양도 요건의 적법성에 대해 살펴보면, 청구인은 일반사우나 및 모텔업을 하였으나, 매수인은 부동산 신축판매업자로서 쟁점부동산을 매수하여 사업의 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 사업의 동일성을 유지하지 못하였기 때문에 포괄양도 요건에 위배된다. 또한 매수인의 매매계약서를 보면, 쟁점토지 및 쟁점건물의 가격에 대한 구분이 없고, 건물가액에 대한 국세청 기준시가와 청구인의 장부가액에 현격한 차이가 있어 재화의 공급으로 보아 부가가치세법에 따라 토지·건물가액을 기준시가로 안분하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. 청구인은 매수인이 부동산 신축판매업자로서 매수인 입장에서 건물의 사용가치가 없기 때문에 건물가액이 사실상 OOO원이고, 이에 따라 쟁점건물이 재화의 공급 대상이 아니라고 주장하나, 만약 청구인의 주장대로 매수인이 토지만을 사용할 목적으로 쟁점건물을 취득하였음이 인정되는 경우(즉 부가가치세가 과세되지 않는 경우)에는 서울고등법원 판결(2012.11.30. 선고 2012누1756 판결)외 다수의 판례처럼, 철거된 건물가액은 양도소득세 계산시 토지의 취득가액이나 자본적 지출액에 포함될 수 없어 오히려 양도소득세 과소신고 결과가 초래되는데, 이는 쟁점건물의 양도를 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분보다 청구인에게 불리하게 된다. (2) 또한 청구인은 쟁점건물의 매매과정에서 매도인과 매수인 사이에 건물에 대한 가치를 전혀 고려하지 않았기 때문에, 부가가치세 과세대상임을 예상할 수 없음을 이유로 가산세에 대한 부당함을 주장하나, 매매계약 당시의 사정(포괄양수도에 대한 매도인의 선량한 관리자의 주의의무, 매수인의 정보제공 범위, 공인중개사의 역할 등)은 이 건 처분과는 별개로 보아야 하고, 가산세는 납세자의 고의·과실, 무지는 고려대상이 아니다(대법원 2013.2.15. 선고 2012두23631 판결).

• 가. 쟁 점 쟁점부동산이 일괄양도된 것으로 보아 기준시가로 안분한 쟁점건물의 양도가액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제10조【재화의 공급 특례】⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다. 제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제23조【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도】법 제10조 제9항 제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. (3) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. (4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산하며 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제출한 자료의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점부동산 양도에 대한 청구인의 양도소득세 신고 내역은 아래 ＜표1＞·＜표2＞와 같다. ＜표1＞ 양도소득세 신고 내역 OOO ＜표2＞ 취득가액 및 필요경비계산 상세 명세서 OOO (나) 청구인은 쟁점부동산을 양도하면서 매매계약서 상 토지·건물가액을 구분하지 않고 일괄양도하였고, 처분청이 관련 규정에 따라 쟁점부동산의 토지·건물가액을 구분한 내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 취득가액 및 필요경비계산 상세 명세서 OOO (다) 청구인이 2019.1.31. 매수인과 작성한 부동산매매계약서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (라) 청구인이 제출한 부동산매매계약서(2015.3.6. 쟁점부동산 매입시 작성)의 특약사항에는 “본 계약은 부가가치세법제6조 제6항 제2호에 의한 포괄양수도 계약으로 매수자가 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 양수한다(단 부가가치세법에 의하여 포괄양수도가 불가시 매수자는 건물분 부가가치세를 별도로 부담한다)”는 내용이 기재되어 있다. (마) 쟁점건물은 1984.1.17. 여관 및 근린생활시설을 주용도로 하여 지상3층으로 신축되었고, 2015.5.29. 대수선(외부마감재 변경)이 있었으며, 2019.6.28. 철거에 의하여 말소되었음이 쟁점건물의 건축물대장에 나타난다. (바) 처분청이 제출한 사업자 기본사항조회자료에 따르면, 청구인은 2015.4.4. 쟁점부동산에 OOO이라는 상호로 사업자등록을 하였다가 2019.5.2. 폐업을 하였고, 쟁점부동산 매수인은 2019.5.31. 쟁점토지에 OOO빌딩(주업태/종목: 부동산업/신축판매업)이라는 상호로 사업자등록을 하였음이 나타난다. (사) 청구인이 운영한 OOO의 2016년 귀속 표준재무상태표에는 쟁점건물의 장부가액이 OOO원으로 기재되어 있다. (아) 쟁점부동산 매수인인 AAA가 2021년 7월 작성하여 제출한 ‘사실확인서’의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (자) 쟁점부동산 매매계약을 중개하였던 OOO부동산중개 주식회사의 당시 대표이사인 BBB가 2021.7.20. 작성하여 제출한 사실확인서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물이 철거 예정이어서 쟁점부동산 매매대금에 쟁점건물의 가액을 산정한 것이 아니므로 재화(건물)의 공급에 해당하지 아니하고, 설령 청구인이 건물분 부가가치세를 신고·납부하지 않은 것이라고 하더라도, 청구인에게 세금계산서 발급 및 부가가치세 신고·납부 의무가 있음을 알지 못한 데에 정당한 이유가 있다고 주장하나, 청구인이 제출한 쟁점부동산 매매계약서에 쟁점건물이 쟁점토지와 함께 대상부동산으로 표시되어 있어 청구인과 매수인은 토지와 건물 모두 매매목적물로 삼겠다는 의사가 합치되었던 것으로 보이는 점, 청구인이 쟁점부동산 양도에 대한 양도소득세 신고시 토지와 건물을 함께 양도한 것으로 하여 양도소득세 신고를 한 것으로 보이는 점, 청구인이 주장하는 쟁점건물의 양도가액(OOO원)은 쟁점건물의 2016년 말 장부가액(OOO원) 및 양도 당시 기준시가(OOO원)와 비교하여 현격한 차이가 있는 점, 쟁점건물을 제외한 쟁점토지만의 가격으로 OOO원을 산정하였다는 청구주장에 대한 구체적이고 객관적인 근거를 제시하고 있지 않는 점, 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도는 사업용 자산 등을 포괄적으로 양도하고, 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만 교체시키는 것을 의미하는바, 매수인이 쟁점부동산을 취득한 후 이를 숙박업에 사용한 사실 없이 쟁점건물을 철거하고 부동산 신축판매업으로 사업자등록을 하였기에 사업의 동일성이 유지되었다고 보기 어려워 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄양도에 해당하는 것으로 보기도 어려운 점, 납세자의 고의·과실, 무지는 가산세 감면의 정당한 사유로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점건물의 양도를 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한