청구인 세대는 쟁점주택을 취득시 재건축전주택만 보유한 국내에 1주택을 소유한 1세대로서 구 소득령 제156조의2 제5항의 요건을 갖추어 쟁점주택을 양도하였으므로, 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 대체주택에 해당하여 청구인에게 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 않고 양도소득세를 부과한 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
청구인 세대는 쟁점주택을 취득시 재건축전주택만 보유한 국내에 1주택을 소유한 1세대로서 구 소득령 제156조의2 제5항의 요건을 갖추어 쟁점주택을 양도하였으므로, 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 대체주택에 해당하여 청구인에게 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 않고 양도소득세를 부과한 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.5.21. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
(1) 처분청은 ‘1주택 보유판정 시점은 주택재건축 사업시행인가 당시’라는 유권해석(국세청 서면5팀-1252, 2008.6.13.)을 인용하여 쟁점주택에는 일시적 1세대 2주택 비과세가 적용되지 않는다고 하였으나, 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것을 말하고, 이하 “구 소득령”이라 한다) 제156조의2 제5항에 따르면, 국내에 1주택을 소유한 1세대가 사업시행기간 중 거주를 목적으로 다른 주택을 취득하고 일정요건을 갖추어 양도하는 때에는 비과세를 적용하도록 되어있기 때문에 다른 주택 취득 당시에 1세대 1주택에 해당되면 대체주택에 해당하는 것이고, 사업시행인가 당시 1세대 1주택에 해당되어야 한다는 특정 시점을 명시하는 규정이 없음에도 처분청이 예규에 근거하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 과세처분은 부당하다.
(2) 또한, 이 건과 유사한 경우로서 과거 해외이주 등으로 세대 전원이 출국하는 경우에도 행정집행에서의 상이함이 있었다. 국세청은 과거에 “양도일뿐만 아니라 출국일에도 1주택을 소유하고 있는 경우에만 비과세대상”에 해당한다고 유권해석을 하였으나(국세청 서면4팀-823, 2005.5.27.), 대법원은 해외 이주 당시 국내보유주택의 수나 보유 및 거주요건의 구비 여부와 무관하게 1세대가 당해 주택의 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있으면 비과세가 가능하다고 판시하였고(대법원 2007.5.10. 선고 2006두798 판결 참조), 이후 계속된 대법원의 동일한 판결내용에 따라 위 세법해석이 변경된 후 2008.2.22. 소득세법 시행령 제154조 제1항 을 개정하여 출국일에도 1주택을 소유한 경우에만 비과세 대상이라는 것으로 명확히 규정하였다.
(3) 한편 재건축사업에 따라 멸실되는 주택 대신 거주하기 위하여 취득하는 대체주택에 대하여 1세대 2주택임에도 비과세를 허용하는 구 소득령 제156조의2 제5항의 개정취지는 대체주택의 취득을 실수요목적으로 보아 재건축사업기간 동안 1세대 1주택 소유자의 주거안정에 기여하기 위한 것이다.
(4) 국세청은 ‘사업시행인가일 현재 일시적인 1세대 2주택인 경우 일정한 요건을 갖추어 주택을 양도하면 대체주택 비과세를 적용받을 수 있다’(국세청 부동산거래관리과-762, 2010.6.3.)고 하였고, ‘사업시행기간 동안 대체주택 외 다른 주택의 취득여부와 무관하게 양도일을 기준으로 대체주택 비과세 특례 적용여부를 판단해야 한다’(국세청 사전-법령해석재산 2020-780, 2020.8.30.)고 하였다.
(5) 구 소득령 제156조의2 제5항은 주택재건축사업은 기존주택을 대체하는 대체주택이 필요하고, 사업기간이 통상 10년 이상의 장기이므로 재건축사업이 시행되는 기간 동안 대체 취득한 주택에 대하여 비과세 혜택을 제공하려는 제도이나, 사업시행인가일에 1세대 2주택인 경우에 비과세혜택을 배제하는 국세청의 세법해석(국세청 서면4팀-823, 2005.5.27.)은 이러한 사업시행 절차의 현실을 고려하지 않고 있어 사업시행인가일 당시 2주택자는 대체주택을 취득할 수 없도록 하므로 구 소득령 제156조의2 제5항의 개정취지를 몰각하게 하고 있다. 또한, 사업시행인가 당시 보유주택에 계속거주하다 신축주택의 준공 후 이를 양도한다면 현행 세제에 따르면 고액의 세금을 부담하게 되어 사업시행인가 당시 2주택을 소유한 이유만으로 불공평한 과세가 이루어지는 것이다. 따라서 1주택의 보유를 판단하는 기준시점을 관리처분일로 변경하거나 대체주택 취득시점으로 법령에 명확하게 규정해야 한다.
(6) 사업시행인가일에 1세대 2주택인 경우에 비과세혜택을 배제하는 국세청의 세법해석(국세청 서면4팀-823, 2005.5.27.)을 따르더라도 사업시행변경인가가 있는 경우에는 사업시행변경인가일을 기준으로 1세대 1주택 여부를 판단하여야 한다. 도시 및 주거환경정비법(이하 “도시정비법”이라 한다) 제50조 제1항에 따라 최초 인가받은 사항 중 경미한 하여 신고대상인 사항을 제외한 사항을 변경하려고 하는 경우 새롭게 인가를 받아야 하고, 사업시행변경인가가 있는 경우 당초 사업시행인가는 변경인가 시부터 장래를 향하여 실효되므로(대법원 2018.7.26. 선고 2017두33978 판결 참조), 쟁점재건축사업의 시행과 관련하여 본질적인 내용이 변경되어 그에 대하여 당초 사업시행인가에 대한 변경인가를 받은 점에 비추어 쟁점주택의 양도소득세 과세처분에도 위 국세청 세법해석의 “사업시행인가 당시”에 대해서 사업시행인가에 대한 변경인가가 있는 경우에는 “사업시행변경인가 당시”로 해석ㆍ적용하는 것이 타당하다.
(7) 처분청 의견에 대한 청구인의 추가 항변은 다음과 같다. (가) 구 소득령 제156조의2 제5항은 재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위해 취득한 대체주택에 대하여 비과세를 적용하도록 규정할 뿐 1세대 1주택 판단 시점은 규정하고 있지 않으며, 같은 항 제1호에서 ‘사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여’라고 규정한 것은 대체주택의 요건을 규정한 것일 뿐 사업시행인가일에 1세대 1주택이어야 한다는 요건으로 볼 수 없다. 또한, 처분청이 이 건 과세처분이 정당하다는 근거로 제시한 판례 등은 모두 ‘대체주택을 사업시행인가일 이전에 취득한 경우’에 해당하여 이 건 과세처분과 사실관계가 다르다. (나) 소득세법은 재개발ㆍ재건축사업 권리의 변환시기를 종전에는 재개발사업의 경우 관리처분계획인가일, 재건축사업의 경우 사업시행인가일로 다르게 규정하였으나, 2005.5.31.자로 재건축사업도 재개발사업과 마찬가지로 관리처분계획인가일로 통일하였는데, 처분청이 이 건 과세처분이 타당하다는 근거로 제시한 유권해석(국세청 서면5팀-1252, 2008.6.13.)은 이러한 개정사항을 반영하지 못한 것이다. (다) 소득세법 개정에 따라 2006.1.1.부터 도시정비법에 따른 재건축 조합원의 입주권도 주택수 계산에 포함하면서, 같은 법 시행령을 개정하면서 대체주택에 대한 비과세가 도입되었던 개정연혁을 살펴보면, 조합원입주권을 매개로 하는 부동산투기를 억제하면서 실수요 목적으로 입주권을 취득한 1세대 1주택 소유자의 주거안정에 기여하려는 취지에 따라 입주권이 권리로서 주택수에 포함되는 ‘입주권의 권리 변환시기’인 ‘관리처분계획인가일’을 기준으로 대체주택 비과세 여부를 판단해야 한다. (라) 따라서 1주택 보유여부에 대한 판단시점을 사업시행인가 당시로 보는 유권해석(국세청 서면5팀-1252, 2008.6.13.)은 명백히 상위 법령의 문언적 의미를 넘어서고, 관련 법령의 입법취지를 무시한 해석으로 그 효력을 인정할 수 없다.
(1) 청구인은 구 소득령 제156조의2 제5항에 따른 비과세를 적용할 때 1세대 1주택에 대한 판정의 기준시점이 불분명하다고 주장하나, 위 규정은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업 등의 사업시행기간 동안 거주하기 위하여 대체주택을 취득하여 일정 기간 거주요건을 갖추고 양도할 때 이를 1세대 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세하는 것으로 규정되어 있고, 같은 항 제1호에서 대체주택의 취득시기는 “재개발ㆍ재건축사업의 사업시행인가일 이후”로 명확하게 규정하고 있으므로, 청구인은 사업시행인가일 현재 1세대 2주택으로 비과세적용 요건을 갖추지 못한 것으로 판단된다.
(2) 사업시행인가일 현재 일시적 2주택에 해당하는 경우 구 소득령 제156조의2 제5항을 적용할 수 있으나, 청구인은 재건축전주택을 보유한 상태에서 OOO주택을 취득ㆍ양도하여 일시적 2주택에도 해당하지 않아 비과세를 적용받지 못하고 양도소득세를 신고하였으므로, 사업시행일 현재 2주택자로서 쟁점주택 취득 전에 양도한 OOO주택이 일시적 2주택에 해당하지 않으므로 구 소득령 제156조의2 제5항의 규정을 적용받을 수 없다.
(3) 청구인은 당초 사업시행인가에 대한 변경인가가 있는 경우에는 사업시행변경인가일을 기준으로 비과세 적용여부를 판단해야 한다고 주장하나, 재건축 세대수의 증가, 재건축 연면적의 감소 등 일부사항이 변경되는 경우로서 당초 사업시행계획인가의 효력이 유효한 경우 구 소득령 제156조의2 제5항을 적용할 때, 같은 항 제1호의 사업시행인가일은 당초 사업시행인가일이므로(국세청 법령해석과-1610, 2020.5.28.) 이 건 과세처분은 정당한 것이다.
(1) 구 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 구 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것) 제156조의2(주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례) ② 법 제89조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.
⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 "대체주택"이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.
1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것
2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것. 다만, 주택이 완성된 후 2년 이내에 취학 또는 근무상의 형편으로 1년 이상 계속하여 국외에 거주할 필요가 있어 세대전원이 출국하는 경우에는 출국사유가 해소(출국한 후 3년 이내에 해소되는 경우만 해당한다)되어 입국한 후 1년 이상 계속하여 거주하여야 한다.
3. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 대체주택을 양도할 것
(2) 청구인의 주민등록 변동내역을 살펴보면, 아래 <표2>와 같이 OOO주택에서 거주하다 2015.12.17. 쟁점주택으로 전입하여 2020.12.22.까지 약 5년간 거주하였고 2020.12.22. 재건축후주택으로 AAA와 같이 전입하여 현재 거주 중인 것으로 나타난다. <표2> 청구인의 주민등록 변동 내역 OOO
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 다음과 같이 살펴본다. (가) 우선 구 소득령 제156조의2 제5항 각 호 외의 본문에 따르면, “국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모 재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른주택을 취득한 경우”에 그 취득한 대체주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하도록 규정하고 있는바, 이는 국내에 1주택을 소유한 1세대가 다른 대체주택을 취득한 경우 적용되는 것으로 대체주택을 취득할 당시 1세대 1주택인 경우에 비과세가 적용되는 것으로 해석되므로, 청구인 세대가 쟁점주택을 취득할 당시 청구인 세대는 이미 OOO주택을 양도한 후 재건축전주택만 보유한 상태로 1세대 1주택 세대에 해당하여, 청구인 세대가 같은 항 각 호의 요건을 모두 충족할 경우 쟁점주택의 양도에 대하여 비과세를 적용받을 수 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 청구인이 구 소득령 제156조의2 제5항 각 호의 요건을 모두 갖추어 쟁점주택을 1세대 1주택 비과세가 적용되는 대체주택으로 볼 수 있는지 살펴보면, 청구인이 쟁점주택을 취득한 날은 2015.12.10.로 쟁점재건축사업의 사업시행인가일인 2008.4.1. 이후였고 쟁점주택에 2015.12.17.부터 2020.12.22.까지 거주하여 1년 이상 거주하였으므로 구 소득령 제156조의2 제5항 제1호의 요건을 갖춘 것으로 보이고, 청구인은 재건축후주택에 2020.12.22. 청구인의 배우자인 AAA와 같이 세대 전원이 이사하여 입주하였고, 그 입주일은 재건축후주택의 준공일(2018.12.31.)로부터 2년이 되기 전이며, 청구인과 AAA는 2020.12.22.부터 심판청구일 현재까지 재건축후주택에 거주 중이므로 구 소득령 제156조의2 제5항 제2호의 요건도 갖춘 것으로 보이며, 청구인이 쟁점주택을 2020.12.22. 양도하여 재건축후주택의 준공일(2018.12.31.)로부터 2년이 경과되기 전에 양도하였으므로 구 소득령 제156조의2 제5항 제3호의 요건도 갖추었으므로, 쟁점주택을 비과세 대상 대체주택으로 보기 위한 구 소득령 제156조의2 제5항 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 보인다. (다) 한편, 처분청은 주택재건축사업의 시행인가 당시 2주택을 보유하고 있는 1세대의 경우에는 구 소득령 제156조의 2 제5항의 적용대상이 아니라고 하여(국세청 서면인터넷방문상담5팀-810, 2008.4.15. 등 참조), 쟁점재건축사업의 사업시행인가일에 청구인 세대가 재건축전주택과 OOO주택을 보유한 2주택 세대로서 쟁점주택은 대체주택으로 인정될 수 없다는 의견이나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장 또는 유추하여 해석하는 것은 허용되지 아니하며(대법원 1983.6.28. 선고 82누142 판결, 대법원 2012.11.29. 선고 2010두4810 판결 등 참조), 대법원 2008.6.12. 선고 2007두10501 판결은 이 건 과세처분의 근거가 되는 구 소득령 제156조의2 제5항과 유사한 같은 영 제155조 제16항에 대해서 재건축사업의 사업계획승인일에 1세대 1주택인 경우에만 같은 영 제154조 제1항 비과세가 적용될 수 있다고 본 처분에 대하여, “구 소득령 제154조 제1항 소정의 비과세요건을 갖추면 되는 것이지, 그 외에 사업계획승인일 현재 1세대가 1주택을 보유할 요건까지 갖출 것을 요구하는 것은 아니라고 할 것이다(대법원 2005.3.11. 선고 2004두9456 판결, 대법원 2007.2.22. 선고 2006두16397 판결 등 참조)”라고 하여, 과세관청이 법령상 명문의 근거 없이 사업계획승인일이나 사업시행인가일 등에 1세대 1주택일 것을 요건에 추가하는 내용으로 세법을 해석․적용할 수 없도록 하였는바, 구 소득령 제156조의2 제5항 제1호에 따른 대체주택에 대하여 ‘사업시행인가일 이후 취득할 것’을 요건으로 하고 있을 뿐 소득세법령 어디에도 사업시행인가일에 1세대가 2주택 이상을 보유한 경우 비과세 대상 대체주택에서 제외한다는 규정이 없음을 감안하면, 사업시행인가일에 1세대 2주택인 경우는 비과세 대상에서 제외된다고 해석하는 것은 조세법률주의에 부합하는 해석으로 보기 어렵고, 청구인은 쟁점주택을 취득하기 전에 이미 OOO주택을 양도하면서 1세대 2주택에 따른 양도소득세 신고․납부의무를 이행하였음에도 OOO주택 양도 후에 1세대 1주택자가 된 청구인에게 다른 1세대 1주택자보다 엄격한 기준을 적용하는 것은 조세법률을 차별적으로 적용한 경우로서 조세평등주의에 반하는 것으로도 볼 수 있으므로, 쟁점재건축사업의 사업시행인가일에 1세대 2주택인 경우라도 구 소득령 제156조의2 제5항의 요건을 갖추었다면 쟁점주택을 대체주택으로 보는 것이 타당하다. (라) 따라서 청구인 세대는 쟁점주택을 취득할 때 재건축전주택만 보유한 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대’로서 구 소득령 제156조의2 제5항의 요건을 갖추어 쟁점주택을 양도하였으므로, 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 대체주택에 해당함에도 청구인에게 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 않고 양도소득세를 부과한 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.