청구인은 쟁점건물을 취득하면서 쟁점건물의 취득가액을 종합소득세 사업소득 산정시 근거가 되는 장부에 스스로 기재하였고 위 취득가액을 기초로 총수입금액에서 공제되는 필요경비인 감가상각비 등을 산정하였으며, 자본적 지출에 대하여도 당시 위 취득가액을 기초로 산정된 장부가액에 가산하고 감가상각비에 반영하는 방식으로 회계처리 및 세무처리를 하여 온 점, 쟁점건물의 최초 장부가액이 실제와 달리 기재된 것이라면 당시의 실지취득가액이나 그와 관련한 증빙 또는 적어도 실지취득가액을 장부에 기재하지 못한 불가피한 사정 등을 제시하여야 할 것이나 달리 이러한 부분은 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 쟁점건물의 장부가액을 실지거래가액으로 본 처분청의 당초 처분에 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 양도가액과 취득가액은 실지거래가액으로 함이 원칙이나, 소득세법제97조 및 같은 법 제114조 제7항에 따라 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 결정 또는 경정할 수 있는 것으로 그러한 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있는바, 대법원 2015.10.29. 선고 2015두47379 판결은 ‘과세관청이 취득과 관련한 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 입증하였다면 장부가액을 부인하려는 납세의무자 측에서 장부의 기재가 실지거래가액에 대한 다른 증빙자료 즉 매매계약서상 거래가액과 다르다는 점이나 장부를 실제와 달리 기재한 납득할 만한 이유를 밝혀 장부가액을 실제 취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 입증하여야 한다’고 판시한 바 있다.
(2) 청구인은 비록 쟁점건물의 신축비용과 관련한 증빙서류를 양도일 현재 보관하고 있지 못하나, 장부가액에 최초 기재된 장부가액(합계 OOO원, 쟁점①건물: OOO원, 쟁점②금액: OOO원)은 쟁점건물 준공당시 지방세 과세표준에 부대비용(취득세·등록세 납부액 등)을 가산한 금액임이 ‘소유권 보존 등기신청서 및 지방세 과세증명서’에 따라 명백히 확인되고, 이는 소득세법제99조에 따른 기준시가에도 미달하는 금액이며 그 신축당시 국토교통부장관이 고시하는 ‘표준건축비’에 따라 산정된 금액[합계 OOO원, 쟁점①건물: OOO원(1㎡당 OOO원), 쟁점②금액: OOO원(1㎡당 OOO원)]에도 현저히 미달하는 금액으로 이를 실제취득가액으로 볼만한 사정이 없다. 소득세법제96조 제1항, 제114조 제7항에 따라 양도가액을 실지거래가액으로 하는 경우, 그 취득가액을 확인할 수 없는 경우 그 실지거래가액인 취득가액에 대하여 과세관청이 이를 증명하여야 하나 이를 증명하지 못하는 경우 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수밖에 없음에도, 그 장부가액이 실제취득가액이라는 증빙서류나 상당한 사정의 입증도 제시하지 아니한 채 장부에 기재되었다는 사실만으로 실제취득가액으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 위법하다.
(1) 청구인은 1998년에 쟁점①건물을, 2003년에 쟁점②건물은 신축하면서 지방세 과세표준을 쟁점①건물 OOO원, 쟁점②건물 OOO원(합계 OOO원)으로 하여 취득세·등록세로 신고하였고, 위 과세표준금액에 취득세 등을 더한 금액을 최초 장부가액으로 계상한 후 쟁점건물을 양도한 2016년까지 이를 기초로 산정한 감가상각비를 공제하는 등 종합소득세를 신고·납부하여 온바, 쟁점①건물의 최초 장부가액은 그 취득시 소득세법제99조에 따른 기준시가와 지방세법상 취득세 과세표준금액과 근소한 차이가 있고, 쟁점②금액의 최초 장부가액은 기준시가와 취득세 과세표준금액을 상회하나, 이러한 사정만을 들어 쟁점건물과 관련하여 최초 계상된 장부가액은 기준시가에 해당하는 것으로 그 실제취득가액을 알 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 또한 청구인이 제시한 위 대법원 판례는 건물을 신축하고 오랜 기간 동안 경비율을 추계로 종합소득세를 신고를 해오던 납세자가 임대수입금액이 올라감에 따라 복식부기의무자로 소득세 신고유형이 전환되자 전환되는 시점에 실지 건물가액을 산정할 수 없어 건물기준시가를 장부가액으로 신고한 사례인 반면 이 건 쟁점건물은 그 완공시점부터 장부가액으로 신고한 것으로 서로 다른 사안이다.
(2) 건물 완공 무렵부터 건물에 대한 장부상 금액을 과세관청에 신고하고 이를 토대로 계산된 종합소득세를 수년째 납부하여 왔다면 과세관청이 취득과 관련된 직접적인 증빙서류에 의하지 않더라고 해당 장부의 기재가액을 실지거래가액으로 볼 수 있는 상당한 사정이 있다고 할 것(의정부지방법원 2013.3.26. 선고 2012구합794 판결, 같은 뜻)인바, 청구인은 매년 장부에 따라 쟁점건물의 임대소득을 산정하여 종합소득세를 장부에 의해 신고한 자로 그 장부에 기재된 최초 장부가액은 실제 취득가액으로 보는 것이 타당함에도 양도시점에 이르러 실지거래가액이 아니라고 부인하면서 그 입증책임을 처분청이 부담하여야 한다고 주장하고 있다.
(3) 처분청이 해당 지방자치단체에 문의한 결과 쟁점①건물의 경우 1998년은 자료 보존기간이 도과하여 관련 증빙이 존재하지 아니하고 쟁점②건물은 건설산업기본법제41조에 따라 건설업자가 시공하지 아니할 수 있는 건축물로 도급계약서가 처음부터 존재하지 아니하였음에도 처분청이 입증책임을 다하지 않았다는 청구인 주장은 받아들이기 어렵다.
(1) 쟁점건물에 대한 건축물대장에 기재된 내역은 아래 <표2>와 같고, 청구인은 쟁점건물에 대하여 ‘OOO’라는 상호로 1998.1.1. 개업하여 이를 양도한 2016.9.30.까지 부동산임대업을 영위하였는데, 개업 당시에는 간이과세자로 사업자등록하였다가 2000.7.1. 일반과세자로 전환된바 있다. <표2> 쟁점건물의 건축물대장상 기재내용
○ 쟁점①건물 OOO
○ 쟁점②건물 OOO
(2) 청구인은 당초 쟁점건물의 실제취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용하였으나, 처분청은 ‘쟁점건물의 장부에 최초 기재된 가액 OOO원에 2006년 중 이루어진 자본적 지출 OOO원을 가산하고 청구인이 사업소득 산정시 필요경비로 계상한 감가상각비 합계 OOO원을 제외한 OOO원’이 실지거래가액으로 보아 아래 <표3>과 같이 이 건 양도소득세를 경정·고지하였다. <표3> 쟁점건물에 대한 당초 청구인의 신고 및 처분청의 경정내역 (단위: 천원) OOO
(3) 청구인이 제시한 쟁점건물의 등기권리증, 등록세 납부확인서, 지방세 세목별 과세증명서에 따르면 쟁점건물의 지방세 과세표준 및 취득세·등록세 납부내역은 아래 <표4>와 같고 쟁점건물과 관련한 2003년 ‘건물’계정에 대한 계정별원장 내용은 아래 <표5>와 같으며, 청구인은 건설교통부장관이 매년 고시하는 ‘과밀부담금관련 단위면적당 표준건축비’를 제시한 바, 이를 각 쟁점건물의 신축(사용승인일) 당시 고시된 단위당 표준건축비와 장부가액을 비교한 것은 아래 <표6>과 같다. <표4> 쟁점건물의 지방세 과세표준·납부액과 장부가액 (단위: 천원) OOO <표5> 2003년 쟁점건물의 계정별원장(계정과목: 건물)상 기재내용 (단위: 천원) OOO <표6> 쟁점건물의 신축 당시 표준건축비와 장부가액 (단위: 천원) OOO
(4) 처분청은 청구인이 2016년 종합소득세 신고시 제출한 표준합계잔액시산표상 쟁점건물에 대하여 최초 장부에 계상한 금액과 감가상각비 누계액을 아래 <표7>과 같이 기재하였다고 제시하였고, 청구인이 1998〜2016년 중 종합소득세 신고시 사업소득의 필요경비로 계상한 쟁점건물의 감가상각비를 아래 <표8>과 같이 제시하였다. <표7> 쟁점건물과 관련한 표준합계잔액시산표 (단위: 천원) OOO <표8> 쟁점건물과 관련한 감가상각비 계상내역 (단위: 천원) OOO 또한 처분청은 청구인이 종합소득세 신고시 부동산 간주임대료를 산정하기 위하여 작성한 ‘부동산 임대보증금 등 총수입금액 조정명세서’상 건설비 총액에 대하여 아래 <표9>와 같이 제시하였다. <표9> 쟁점건물과 관련한 간주임대료 산정내역 (단위: ㎡, 천원) OOO
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건데, 소득세법제94조 내지 제97조, 제100조 등에 의하면 부동산의 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등을 공제하되, 양도가액과 취득가액은 실지거래가액으로 함이 원칙이나, 같은 법 제114조 제7항, 소득세법 시행령제176조의2 제1항에 의하면, 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있도록 하고 있다. 한편 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있으므로, 이 사건과 같이 양도가액에 대하여는 실지거래가액으로 하면서 취득가액에 대하여는 그 증빙의 미비 등으로 실지거래가액을 확인할 수 없다고 신고한 경우에도 원칙적으로 실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 이를 입증하여야 하고, 이를 입증하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수밖에 없다고 할 것이다. 나아가 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실제취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실제취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자가 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수 있는 것은 아니다(대법원 1988.2.9. 선고 87누536 판결 참조). 다만, 과세관청이 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부의 기재를 실제취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 입증하였다면 장부가액을 부인하려는 납세의무자 측에서 장부의 기재가 실지거래가액에 대한 다른 증빙자료, 즉 매매계약서상 거래가액과 다르다는 점이나 장부를 실제와 달리 기재한 납득할 만한 이유를 밝혀 장부가액을 실제취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 입증하여야 할 것이다(서울고등법원 2015.6.23. 선고 2015누30106 판결 참조). 청구인은 1998년과 1999년 쟁점건물을 취득하면서 쟁점건물의 취득가액을 종합소득세 사업소득 산정시 근거가 되는 장부에 스스로 기재하였고 위 취득가액을 기초로 총수입금액에서 공제되는 필요경비인 감가상각비 등을 산정하였으며, 2006년 중 이루어진 자본적 지출에 대하여도 당시 위 취득가액을 기초로 산정된 장부가액에 가산하고 감가상각비에 반영하는 방식으로 회계처리 및 세무처리를 하여 온 점, 쟁점건물의 최초 장부가액은 지방세 과세표준에 취득세·등록세를 가산한 금액과 유사하기는 하나 쟁점건물의 최초 장부가액이 실제와 달리 기재된 것이라면 당시의 실지취득가액이나 그와 관련한 증빙 또는 적어도 실지취득가액을 장부에 기재하지 못한 불가피한 사정 등을 제시하여야 할 것이나 달리 이러한 부분은 제시하지 못하고 있는 점, 쟁점건물의 장부상 취득가액은 당시 국토교통부장관이 고시한 표준건축비에 비추어 보아도 낮은 금액이기는 하나 이러한 사정만으로 위 가액이 실지거래가액에 해당하지 않는다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점건물의 장부가액을 실지거래가액으로 본 처분청의 당초 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (중략)
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 제160조(장부의 비치·기장) ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다. (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2 (추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가 (제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가
③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액
결정 내용은 붙임과 같습니다.