동 법률과 시행령의 부칙은 ‘공익법인등의 주식등의 출연‧취득에 관한 적용례’로, 상증법 부칙 제3조에 열거된 상증법 제16조 제2항 및 제48조 제1항(주식을 출연 또는 취득시 상속세 또는 증여세 과세 규정) 등에 적용하기 위한 경과규정인 것으로 보이며, 매각유예기한까지 보유기준을 초과한 주식을 매각하지 아니할 경우 적용되는 초과보유가산세 규정(상증법 제49조 및 제78조 제4항)은 동 상증법 부칙이 적용되는 조항으로 열거되어 있지 아니하므로 이를 이유로 초과보유가산세를 부과하면서 강화된 성실공익법인의 요건을 배제하는 것으로 해석하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인이 2008.2.22. 개정된 쟁점법령에 따른 공익법인등의 요건을 충족하지 못하였다고 보아 내국법인 주식의 5% 초과보유분에 대하여 가산세를 과세하였으나, 쟁점법령에 따른 공익법인등의 요건 적용시기는 부칙에 따라 공익법인등에 주식등을 출연할 때로 보는 것이 합리적이고 청구법인은 2008.2.22. 이후 쟁점주식을 출연하거나 취득한 바가 없으므로 이를 근거로 과세한 처분은 조세법률주의에 반할 뿐만아니라 소급과세금지원칙에도 부합하지 않는 것이다. (가) 처분청의 과세처분은 가산세에 관한 것으로, 상증법 제78조 제4항 및 제49조 제1항에서 정한 기한이 지난 후에 주식 등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에 가산세를 부과하도록 규정하고 있는 것을 직접적 처분근거로 하고 있는 바, 상증법 제49조 제1항의 위임에 따른 구 상증법 시행령(대통령령 제3144호, 2021.2.17. 일부개정 이전의 것) 제42조 제1항은법 제49조 제1항 단서 전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이라 함은 성실공익법인등을 말한다고 규정함으로써 공익법인등을 같은 법 시행령 제42조 제1항에서 단독으로 정의하지 않고, 같은 법 시행령의 다른 조항에서 공익법인등의 의미를 찾아 적용하도록 하는 규정체계를 취하고 있다. (나) 이에 따라 공익법인등을 정의하는 조항을 살펴보면, 구 상증법 시행령 제13조 제5항에서 [법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 “성실공익법인등”이라 한다)은 주식등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다]고 규정하여 성실공익법인등의 요건을 열거하고 있어 위 조항들을 종합하여 보면 ① 주식처분의무 및 초과보유가산세가 배제되는 상증법 제49조 제1항 단서의 ‘대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등’, ② 상속세 과세가액의 불산입이 적용되는 구 상증법 제16조 제2항의 ‘성실공익법인등’과 ③ 이에 대한 각 시행령 조항인 구 상증법 시행령 제13조 제5항의 ‘성실공익법인등’, ④ 시행령 제42조 제1항의 ‘성실공익법인등’은 모두 같은 의미의 성실공익법인을 가리키는 것이다. (다) 즉, 2008년 개정된 쟁점법령은 공익법인등의 요건이 추가되면서 ‘주식 등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준’으로 공익법인등의 요건을 판단하도록 규정하고 있고, 부칙 제3조는 상증법 시행령 제13조 제3항ㆍ제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정 전부가 ‘이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다’라고 경과규정을 둠으로써 위 시행령 각 조항은 모두 일괄적으로 개정 이후 출연 또는 취득하는 분에 한하여 적용될 것을 규정하였다고 보는 것이 합리적이다. (라) 따라서 본 건에 적용되는 상증법 시행령 제42조에 대하여 부칙 제3조에서 경과규정을 두고 있는 것이 법문언상 명백하고, 공익법인등의 요건에 대하여 상증법상 상속세, 증여세, 초과보유가산세에 관한 각 규정이 상호 인용하는 체계를 취하고 있어 적용시점을 달리 해석할 근거가 없으므로 초과보유가산세에 관한 상증법 제78조 제4항, 제49조 제1항, 상증법 시행령 제42조, 부칙 제3조에 따라 개정된 공익법인등의 요건은 2008년 쟁점 법령 개정 후 출연 또는 취득하는 분에만 적용된다고 봄이 타당하다. (마) 또한국세기본법제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있고 과세관청 또한 2008년 성실공익법인 조항 법문에 근거하여 성실공익법인은 주식의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 판단한다는 유권해석을 한 사실이 있다(OOO). (바) 따라서 2008년 상증법 시행령 시행일인 2008.2.22. 이후 최초로 주식을 출연하는 경우 출연일을 기준으로 성실공익법인 요건이 적용된다는 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다고 볼 수 있으므로 과세처분은국세기본법제18조 제3항의 소급과세금지원칙을 위반하였다고 판단된다.
(2) 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있으므로 처분청의 과세처분은 취소되어야 한다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 1992.10.23. 선고, 92누2936 판결 등). (나) 청구법인은 1972.11.22. 설립되어 현재까지 약 49년간 꾸준히 활발하게 장학사업, 학자금 지원사업, 장학생 육성을 위한 효도시상 사업, 불우이웃 지원사업, 학술 연구비 지원사업 등의 공익사업을 하고 있고 이에 대한 공로를 인정받아 1988.10.21. 우수장학재단으로 대통령 표창을 수상하였다. 청구법인의 장학기금은 설립허가시 OOO원에서 2011.2.25.기준 OOO원으로 OOO배 증가하였고, 설립허가시부터 현재까지 장학금 수혜자는 총 OOO명이며, 장학사업 등 공익사업에 지출한 금액은 총 OOO원에 달한다. (다) 청구법인은 설립시부터 지금까지 출연자, 출연자의 특수관계인, 재단이사를 포함한 누구에게도 인건비를 지급하지 않았고, 공익사업에 최대한 많은 금액을 지출하기 위하여 고정비용도 절약하며 사업을 경영하고 있는바, 이는 청구법인의 2010년 손익계산서에 나타난 보험료, 도서인쇄비 등을 통해서도 확인할 수 있다. (라) 청구법인의 공익사업은 주로 장학기금의 전달과 불우이웃 지원이었으므로 전담인력의 상시적 업무가 요구되지 않아 AAA㈜ 임직원들이 간헐적으로 자원봉사 형식으로 활동하였고 비용최소화를 통하여 공익사업에 더욱 집중할 수 있도록 청구법인에 별도 운영인력을 두지 않았으므로 청구법인의 운영을 돕는 일부 AAA㈜ 임직원들이 내용도 복잡한 상증법상 공익법인의 주식처분의무, 특수관계자 규정, 성실공익법인 과세요건 규정을 파악하기 어려운 한계가 있었음을 감안하여야 한다. (마) 공익법인이 영위하는 사업은 원래 국가 또는 지방자치단체가 수행하여야 하는 업무이므로 상증법 제48조에서는 공익법인이 출연받은 재산에 대하여는 증여세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 일부 대기업이 상속세나 증여세를 회피하면서 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 악용하는 현상이 발생하자 이를 방지하기 위해 주식의 출연행위에 대하여 일부 상속세나 증여세를 부과하도록 규정하고 있는 것으로 청구법인과 같이 상속세나 증여세를 회피할 우려가 없는 공익법인에게까지 상속세나 증여세를 부과하는 것은 공익법인의 설립과 운영 취지에 반하는 것이다. 또한, 청구법인은 설립허가시부터 현재까지 쟁점주식에 대한 의결권을 행사한 사실이 전혀 없는바, 청구법인의 쟁점주식 보유는 어떠한 부정한 의사나 의도 없는 공익사업에 대한 순수한 출연이므로 가산세 부과는 부당하다. (바) 청구법인이 출연자 및 특수관계인이 총 이사의 5분의 1을 초과하여 공익법인등의 요건을 불충족하게 된 것은 청구법인의 출연자인 AAA의 뜻을 이어 받아 공익사업을 수행하는 AAA의 자손인 BBB, CCC 외에 AAA(주)의 이사인 DDD이 일시적으로(2010년 7월~2011년 6월) AAA㈜의 이사와 청구법인의 이사를 겸직하게 되었기 때문으로 ① 청구법인은 청구법인의 이사에게 보수를 지급하거나 별도 운영인력을 두고 있지 않고, ② 쟁점 주식에 대한 의결권 행사 등을 통해 AAA㈜ 등 회사를 지배하는 수단으로 사용한 바가 전혀 없었으며, ③ 오히려 청구법인의 이사는 책임만 있는 무보수 명예직으로 공익사업에 뜻을 같이 하는 자가 봉사적 차원에서 임하는 것이었므로 2010년 당시 AAA㈜ 이사직을 가진 자가 청구법인의 이사를 겸직함에 따른 폐해나 입법취지에 반하는 결과가 전혀 발생할 수 없는 상황이었음을 고려하여야 한다. (사) 특히 청구법인이 1993년 쟁점 주식을 출연하여 운용소득의 대부분을 목적사업에 사용하여 온 이래로 새로운 주식취득 등 어떠한 변동사항도 없이 꾸준히 공익사업을 수행하여 오고 있었던 반면, 세무서 등 주무관청으로부터 특수관계인 이사 겸직 제한 등 새로운 요건이 적용된다는 점에 관하여 전혀 안내받은 바가 없었고, 2016년 청구법인이 세무법인 OOO에 상증법 시행령상 특수관계인 이사 비율요건의 적용시기에 대하여 자문한 결과 청구법인의 주장과 같은 결론을 회신해 왔으므로 청구법인의 직원이 상증법 규정과 부칙의 의미를 달리 해석하기도 어려웠던 점을 고려할 때, AAA㈜ 이사 DDD의 일시적 겸직에 따른 특수관계인 이사 비율 요건 미충족은 단순 실수로서 그 의무를 게을리 한 점을 탓하기에는 현저히 무리가 있는 것이다. (아) 상증법이 공익법인에 대한 주식출연행위에 대해서만 법 제48조 제1항 단서를 신설하여 증여세를 부과한 이유는 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 악용하는 현상을 방지하기 위함으로(대법원 2017.4.20. 선고, 2011두21447 판결) 상증법은 성실공익법인이 출연받은 주식에 의결권을 행사하지 않는 경우 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 악용할 염려가 없다고 보아, 증여세를 과세하지 않는 주식 출연비율 기준을 증가(5%→20%)시키도록 2017.12.19. 개정하였다. 이러한 개정취지를 감안하여 가산세 적용여부를 검토하여야 할 것이고 가산세 부과에 따른 청구법인의 재정악화로 공익사업이 위축될 우려도 함께 고려하여야 할 것이다.
(1) 청구법인은 쟁점법령 시행일인 2008.2.22. 이후 최초로 주식을 출연하는 경우 출연일을 기준으로 성실공익법인 요건이 적용된다는 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다 볼 수 있고, 이미 납세자에게 받아들여진 세법의 해석이나 국세행정의 관행에도 불구하고 새로운 해석이나 관행을 적용하여 과세한 것은 소급과세의 금지를 위반한 위법행위라고 주장하나, 국세기본법제18조에 따라 소급과세 여부의 판단은 납세의무성립일을 기준으로 판단하여야 하며, 대법원 1994.5.24. 선고, 93누13131 판결에서 조세법령불소급의 원칙이란 그 조세법령의 효력발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 취지일 뿐, 계속된 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대한 새로운 법령적용까지 제한하는 것은 아니라고 판시하고 있으므로 처분청의 과세처분은 적법하다. (가) 초과보유가산세는 상증법 제78조 제4항에 따라 “공익법인 등이 제49조 제1항의 각 호 어느 하나에 규정된 기간이 지난 후에도 같은 항에 따른 주식 등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 같은 항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한의 종료일 현재(같은 항 각 호 외의 부분 단서를 적용받은 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 의결권 있는 주식 또는 출자지분에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다”라고 규정되어 있고, “기준 미달 사업연도 말 주식 등의 보유기준을 초과하여 보유함”과 “성실공익법인 기준에 미달함”을 과세요건사실로 하여 부과되는 것이며, 청구법인은 2010사업연도에 쟁점법령에 따른 공익법인등의 기준에 미달하였고, 그 미달 사업연도 말 주식 보유기준을 초과함으로써 가산세가 부과되었기 때문에 소급과세에 해당하지 않는다. (나) 쟁점법령에 대하여 부칙 제3조에서 성실공익법인이 언급된 “제13조 제3항, 제5항, 제7항 제2호”는 개정된 성실공익법인 요건의 적용시기를 규정한 것이 아닌 성실공익법인 요건을 충족한 공익법인의 경우 내국법인인 주식을 발행주식총수의 10%까지 출연받거나 취득 가능하도록 허용한 규정(이하 “주식 출연·취득한도 규정”)에 대한 적용시기를 말하는 것으로 판단하는 것이 합리적이다. (다) 기존의 주식 취득한도 규정에서는 공익법인이 내국법인 발행주식 총수의 5%까지 출연 및 취득 가능하도록 제한하였으나, 2007.12.
31. 상증법 개정으로 ‘성실공익법인 요건’을 충족하는 경우에 한하여 10%까지 완화하는 규정이 신설되었다. 이에 따라 동법 부칙 제8828호 제3조에서 ‘개정된 주식 출연·취득한도 규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다’라고 적용시기를 규정하였고, 해당 조항에 대한 세부 규정을 상증법 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제7항의 2호에 규정하면서 동법 시행령 부칙 제20621호 제3조에서도 상증법 부칙과 동일하게 ‘이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식을 취득하는 분부터 적용한다’라고 적용시기를 규정하였다. 이는 본법의 주식 취득한도 규정에 대한 적용시기와 시행령의 적용시기를 동일하게하기 위한 것으로 성실공익법인 개정 요건에 대한 적용시기를 말하는 것이 아님을 알 수 있다.
(2) 청구법인에 가산세를 감면할 정당한 이유가 있다고 볼 수 없다. (가) 상증법상 공익법인등이란 불특정다수의 이익(공익)을 사업목적으로 하고 있는 법인 등으로서 청구법인 또한 공익목적사업에 전념하여 사회일반의 이익에 이바지하는 타 공익법인과 다를 것이 없고, 쟁점의무는 공익목적을 위한 출연재산 사용의무 등에 대한 위반여부가 아닌 주식 취득 및 보유시 지켜야할 의무 위반과 관련된 것으로 청구주장은 타당하지 않다. (나) AAA㈜의 이사인 DDD이 AAA㈜과 청구법인의 이사를 겸직한 사실과 관련하여 직원 및 이사에 대한 무보수 혹은 쟁점주식에 대한 의결권 미행사 등의 사유는 상증법 제49조에 규정된 초과보유가산세 부과와 어떠한 관계도 없고, 또한 이사의 겸직으로 초래한 결과에 따라 초과보유가산세를 부과한 것이 아닌 공익법인등의 요건인 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하여야 한다는 이사선임요건을 위반하여 공익법인등의 요건을 미충족하게 되었고 이에 대하여 가산세를 부과한 것이다. (다) 또한 처분청의 안내문은 조세행정의 일반적인 내용을 국민에게 홍보하여 조세행정의 효율성을 추구하는데 목적이 있는 것으로 안내문의 송달여부가 초과보유가산세 부과를 취소할 만한 사유에 해당하기 어렵고, 세법상 가산세는 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우 법에 정하는 바에 의해 부과하는 행정상 제재로 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하므로 단순 실수로 인한 의무 위반은 가산세 감면의 정당한 사유로 볼 수 없다. (라) 세무법인에 질의하여 쟁점법령에 대한 해석을 받았다는 등의 주장과 관련하여 과세관청에 질의하여 공적인 견해를 회신받지 않고 세무대리인에 질의하여 답변을 받았으며, 그 답변을 신뢰하여 현상 유지를 하였다면 사실판단을 그르친 귀책사유는 청구법인에게 있는 것으로 판단되는 바, 법령의 무지 또는 오인에 따라 그 의무를 잘못 이행하였다 하더라도 관련 법령에 어긋나는 것임이 명백할 때에는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는다고 판단된다. (마) 청구법인의 주장은 의결권을 행사하지 않는 조건으로 2018.1.1. 이후 취득하는 주식 등에 대해 성실공익법인은 20%까지 보유할 수 있고, 초과보유한 부분에 대해 증여세를 부과하는 상증법 제48조 제2항 2호와 관련된 것이고, 이 건 가산세는 상증법 제49조인 일정기간 내 동일한 내국법인 주식 등의 5% 초과보유분을 처분하도록 한 매각의무기준 가산세 관련으로 성실공익법인 요건을 충족하는 공익법인은 주식매각 의무 적용이 제외된다. 즉 해당 가산세는 성실공익법인 요건인 출연자 및 그의 특수관계에 있는 자의 수가 이사 현원의 5분의 1을 초과할 수 없는 이사선임요건을 위반하여 부과한 것으로, 의결권 행사여부는 상증법 제49조에 따라 성실공익법인 요건 미충족하여 부과한 해당 가산세와 아무런 관련이 없다. (바) 청구법인은 조세심판원 심판례(조심2020서479, 2021.2.1.)를 근거로 청구법인에 대한 가산세가 부당하다고 주장하나, 위 심판례는 업무처리담당자가 이사의 퇴직일자를 해당 기업 퇴직임직원 모임 명부에 잘못 기재하여 그 일자를 기초로 이사선임 제한기간 5년을 계산하는 명백한 실수에서 비롯되었고, 취임하고 4개월 후 이를 바로 잡기 위해 스스로 관련이사를 해임한 것으로 이 건과는 다른 사실관계인 것으로 보인다. (사) 청구주장은 결론적으로 법령의 무지 또는 오인으로 인한 잘못된 의무이행으로부터 비롯된 것이며 공익법인의 설립취지 및 목적을 고려하여 정당한 사유가 있는 것으로 보아 초과보유가산세 부과를 취소해야한다는 청구법인의 주장은 근거 없다.
① 성실공익법인 요건 충족 법인이 법개정에 따라 요건 불충족시 5% 초과보유주식에 대한 가산세 부과대상인지 여부
② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 상속세 및 증여세법 (2007.12.31 법률 제8828호로 개정된 것) 제16조(공익법인등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입) ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권있는 주식 또는 출자지분(이하 이 條와 第48條, 第49條 및 第78條 第4項ㆍ第7項에서 “株式등”이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 條와 第48條ㆍ第49條 및 第63條第3項에서 “發行株式總數등”이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등(이하 “성실공익법인등”이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조 의 규정에 의한 상호출자제한기업집단(이하 “상호출자제한기업집단”이라 한다)과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인등에 당해 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등
2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각호의 1의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 경우 (제16조 제2항 각호외의 부분 단서의 규정에 해당하는 경우를 제외한다) 에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 초과부분을 제외한다.
1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등
2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등
② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.
1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업등(직접 公益目的事業에 충당하기 위하여 收益用 또는 收益事業用으로 運用하는 경우를 포함한다. 이하 이 號에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.
2. 출연받은 재산(당해 財産을 收益用 또는 收益事業用으로 運用하는 경우 및 그 運用所得이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각목의 1의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 경우. 다만, 제49조 제1항 각호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인등이 당해 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용한 경우
4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(賣却代金에 의하여 증가된 財産을 포함하며 大統領令이 정하는 公課金 등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 4의2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우
5. 기타 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업의 운용에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우
⑧ 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 대통령령이 정하는 공익법인등의 이사 현원(理事 現員이 5人에 미달하는 경우에는 5人으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나, 당해 공익법인등의 임ㆍ직원(理事를 제외한다. 이하 같다)으로 되는 경우에는 제78조 제6항의 규정에 의한 가산세를 부과한다.
⑨ 공익법인등(第49條 第1項 但書의 規定에 해당하는 公益法人등을 제외한다)이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 당해 내국법인의 주식등의 가액이 총재산가액의 100분의 30을 초과하는 때에는 제78조 제7항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액의 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다.
⑩ 공익법인등이 특수관계에 있는 내국법인의 이익을 증가시키기 위하여 정당한 대가를 받지 아니하고 광고ㆍ홍보를 하는 경우에는 제78조제8항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 이 경우 특수관계에 있는 내국법인의 범위, 광고ㆍ홍보의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑪ 제16조 제2항 각호외의 부분 단서 또는 제48조 제2항 제2호 단서의 규정에 해당하는 공익법인등이 제49조 제1항 각호외의 부분 단서에서 규정하는 공익법인등에 해당하지 아니하게 되거나 당해 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 당해 법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 제16조 제2항 각호외의 부분 본문 또는 제48조 제1항의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조 제2항의 규정에 의하여 즉시 증여세를 부과한다. 제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수등의 100분의 5(이하 “株式등의 보유기준”이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것 으로서 대통령령이 정하는 공익법인등에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지
2. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년 12월 31일까지 제78조(가산세등) ④ 세무서장등은 공익법인등이 제49조 제1항 각호의 1에 규정된 기한경과후 동항의 규정에 의한 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(同項 但書의 規定을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 所得稅 課稅期間 또는 法人稅 事業年度 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.
⑥ 세무서장등은 제48조 제8항의 규정에 의한 이사수를 초과하는 이사가 있거나, 임ㆍ직원이 있는 경우 그 자와 관련하여 지출된 대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 부칙<법률 제8828호, 2007.12.31.> 제3조(공익법인등의 주식등의 출연·취득에 관한 적용례) 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령(2008.2.22. 법률 제20621호로 개정된 것) 제13조(공익법인 출연재산에 대한 출연방법등) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.
1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등
2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 “주주등 1인”은 “출연자”로 본다)가 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등
⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 “성실공익법인등”이라 한다)은 주식등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. 1. 법 제50조 제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등
제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등
3. 법 제50조의3에 따라 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등
4. 제3항에 해당하는 공익법인등
⑦ 법 제16조 제2항 각호외의 부분 단서에서 “당해 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다.
1. 출연자(출연자가 사망한 경우에는 그 상속인을 말한다. 이하 이 조, 제37조 제2항ㆍ제4항 및 제38조 제10항에서 같다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(출연자와 제9항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말하되, 당해 공익법인등을 제외한다)가 주주등이거나 임원(법인세법 시행령 제43조 제6항 의 규정에 의한 임원과 퇴직후 5년이 경과하지 아니한 그 임원이었던 자를 말한다. 이하 같다)의 현원(5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다. 이하 이 항에서 같다)중 5분의 1을 초과하는 내국법인으로서 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자(출연자와 제9항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이하 이 항에서 같다)가 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 내국법인
2. 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자(당해 공익법인등을 제외한다)가 주주등이거나 임원의 현원중 5분의 1을 초과하는 내국법인에 대하여 출연자, 그와 특수관계에 있는 자 및 공익법인등출자법인(당해 공익법인등이 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등인 경우에는 100분의 10)를 초과하여 주식등을 보유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 경우에는 당해 공익법인등출자법인(출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 경우에 한한다) 제42조(주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인등) ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이라 함은 성실공익법인등을 말한다.
② 법 제48조 제9항 전단에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”과 법 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령이 정하는 공익법인등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인등
2. 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조 제1항 제3호 에 따른 공공기관이 재산을 출연하여 설립한 공익법인등
3. 제2호의 공익법인등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인등
⑤ 제37조 제7항은 법 제49조 제1항의 규정에 의한 주식등의 보유기준의 계산에 관하여 이를 준용한다. 제80조(가산세등) ⑩ 법 제78조 제6항에서 “대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비”라 함은 당해이사 또는 임ㆍ직원을 위하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비등(의사, 학교의 교직원(교직원 중 직원은 사립학교법제29조에 따른 학교에 속하는 회계로 경비를 지급하는 직원에 한한다), 아동복지시설의 보육사, 도서관의 사서, 박물관ㆍ미술관의 학예사, 사회복지시설의 사회복지사 자격을 가진 자와 관련된 경비를 제외한다)을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다. 부칙<대통령령 제20621호, 2008.2.22.> 제3조(공익법인등의 주식등의 출연·취득에 관한 적용례) 제13조제3항·제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.