쟁점부동산의 토지와 건물 등의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 총 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2019.12.31. OOO 소재 전 448㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다), 같은 동 OOO 소재 대지 224㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다) 및 그 지상건물 86.4㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점①․②토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 대한예수교장로회 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 총 OOO원에 양도한 후, 2020.2.28. 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점①토지의 양도가액을 OOO원, 쟁점②토지와 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 쟁점부동산의 토지와 건물 등 양도가액이 총 양도가액을 기준시가로 안분계산한 가액과 비교할 때 100분의 30 이상 차이가 있어소득세법제100조 제2항 및 제3항의 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당되는 것으로 보아 청구인이 신고한 양도가액을 배제하고 위 기준시가로 안분계산한 가액을 각각의 양도가액으로 하여 2021.1.19. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.3.15. 이의신청을 거쳐 2021.7.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법제100조는 양도차익의 계산은 양도가액을 실지거래가액에 따라 계산한다고, 실지거래가액 여부가 불분명한 경우에 기준시가 등에 따라 안분한다고, 구분 기재한 금액의 실지거래가액이 명백하지 않거나, 그 가액이 기준시가에 따라 안분한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 가액의 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있다. 한편 OOO는 소속되어 있는 장로, 임직자 등의 교인들이 참석한 공식적인 의결절차에 따라 청구인과 쟁점부동산에 대한 각각의 필지별 실지거래가액을 협의하여 매매계약서를 작성하였다는 취지로 확인하고 있고, 청구인은 매매계약일부터 30일내에 관할지방자치단체장에게 부동산거래신고를 하면서 일괄매매가 아닌 필지별 실지거래가액을 구분 기재하여 그 신고필증을 교부받았으며, 등기이전 시에도 필지별 실지거래가액에 따라 경료하였다. 따라서 청구인이 신고한 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액은 매매계약서 등에 따라 실지거래가액임이 확인되므로 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 총 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.
• 나. 처분청 의견 대법원 2020.11.5. 선고 2020두42798 판결은소득세법제100조 제3항에서 “제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 보는 것으로 간주한다”고 판시하고 있다. 쟁점부동산의 매매계약서 상 구분 기재된 가액이 총 양도가액을 기준시가로 안분계산한 가액과 비교할 때 약 41%∼168%까지 큰 차이가 있다. 청구인은 쟁점부동산의 토지와 건물의 구분 기재된 가액이 실지거래가액이라고 주장하고 있으나, 이를 뒷받침하는 객관적이고 구체적인 증빙의 제시가 부족하므로, 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때로 보아 총 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 토지와 건물 등의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 총 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지:부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별 공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물: 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물: 건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시하는 가액
• 라. 주택:부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조 제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제104조(양도소득세의 세율) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다.

3. 제104조의3에 따른 비사업용 토지. 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산하며,(이하 생략)

(3) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (4) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2020.2.28. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 양도가액은 실지거래가액을, 취득가액은 환산가액을 각각 적용한 것으로 나타난다. (단위: ㎡, 천원) OOO * 쟁점①토지는 비사업용토지로서 산출세액에 10%를 가산함. (나) 쟁점부동산의 매매계약서 상 양도가액은 총 OOO원이고, 토지와 건물의 구분 기재된 양도가액, 양도 당시의 기준시가, 기준시가로 안분계산한 가액 등은 아래와 같다. (단위: ㎡, 천원) OOO (다) 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 쟁점부동산의 토지와 건물 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 비교할 때 100분의 30 이상 차이가 있는 것을 확인하고,소득세법제100조 제2항 및 제3항에 따라 위 안분계산한 가액을 양도가액으로 하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 청구인이 제시한 부동산거래계약 신고필증 및 매매계약서를 보면, 양도가액은 총 OOO원으로, 쟁점①토지의 양도가액은 OOO원, 쟁점②토지와 쟁점건물의 양도가액은 OOO원으로 구분 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 제시한 OOO 담임목사의 확인서를 보면, OOO는 청구인으로부터 쟁점부동산을 취득하는 과정에서 교회의결기관인 당회의 의결을 거쳐 쟁점①토지는 OOO원에, 쟁점②토지와 쟁점건물은 OOO원에 각각 취득하였고, 편의상 쟁점부동산에 대한 매매계약서에 일괄작성하였다는 취지로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(4) 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정․신설된소득세법제100조 제2항은 2016.1.1. 이후 양도하는 분부터 납세자가 신고한 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 기준시가 등으로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 그 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있다.

(5) 기획재정부가 발간한 2015 간추린 개정세법에 의하면, 일괄양도된 토지 및 건물 등 가액의 안분기준을 보완하기 위하여소득세법제100조 제2항을 신설하였고, 그 개정이유에 “자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피방지”라고 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)소득세법제100조 제2항은 “양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다”고, 제3항은 “제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다”고 각각 규정하고 있다. (나) 청구인은 쟁점부동산의 토지와 건물 가액의 구분이 불분명한 때로 보아 총 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분이 위법․부당하다고 주장하나,소득세법제100조 제2항 및 제3항은 단순한 추정규정이 아닌 간주규정 형태를 취하면서 예외를 허용하는 단서를 규정하지 않고 있으므로, 매매계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있더라도, 개별사안에 대한 고려 없이 일률적으로 안분계산하여야 하는 점(대법원 2020.11.5. 선고 2020두42798 판결, 같은 뜻임), 쟁점부동산 매매계약서 상 총 양도가액 OOO원 중에서 쟁점①토지의 양도가액 OOO원은 기준시가 대비 69%에 불과한 데 반해, 연접한 쟁점②토지의 양도가액 OOO원은 기준시가 대비 약 168%이고, 쟁점①토지는 비사업용 토지로서 양도소득세 중과대상(산출세액에 10% 가산)에 해당하며, OOO의 사실확인서 외에 그 구분 가액을 뒷받침하는 매매사례가액 또는 감정평가자료 등 객관적인 증빙을 제시하지 아니하여 당사자 간 진정한 합의에 의한 것이라거나 통상의 거래관행에 따른 합리적인 가액 구분이라고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.