청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시에 등기소에 제출된 것으로 보이는 부동산매매계약서 및 등록세 영수증에서 쟁점금액을 취득가액으로 하여 신고․등기되고 제세를 납부한 사실이 확인되는 점, 쟁점금액은 전 소유자의 취득가액보다 낮고, 개별공시지가 변동추이 등을 고려할 때 사회통념에 벗어난 가액으로 보이지 않는 점 등에 비추어, 쟁점부동산의 취득가액은 불분명한 경우에 해당한다고 보기 어려우므로 쟁점금액을 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다고 판단됨
청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시에 등기소에 제출된 것으로 보이는 부동산매매계약서 및 등록세 영수증에서 쟁점금액을 취득가액으로 하여 신고․등기되고 제세를 납부한 사실이 확인되는 점, 쟁점금액은 전 소유자의 취득가액보다 낮고, 개별공시지가 변동추이 등을 고려할 때 사회통념에 벗어난 가액으로 보이지 않는 점 등에 비추어, 쟁점부동산의 취득가액은 불분명한 경우에 해당한다고 보기 어려우므로 쟁점금액을 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다고 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2020.12.4. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO(임야 2,088㎡)의 취득가액을 OOO원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
(1) 처분청은 쟁점부동산의 취득가액이 불분명하다고 보아 환산가액인 OOO원을 취득가액으로 산정하였으나, 매매계약서에 기재된 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 취득가액으로 인정되어야 한다. (가) 청구인의 모친 CCC(이하 “모친”이라 한다)는 2005.4.28. AAA주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)를 인수하면서 연접한 쟁점부동산을 포함하여 OOO원에 인수하였으나, 당시 관련 법령에 따라 서울특별시에 거주한 모친의 명의로 소유권이전이 불가능하여 경기도에 거주한 청구인 명의로 취득하였다. (나) 청구인 이전에 쟁점부동산을 소유하였던 DDD는 2002년 10월경 쟁점부동산을 OOO원에 취득하였는바, 청구인이 2005년에 쟁점부동산을 취득한 가액도 그 이상이라 할 수 있으나, 취득과정에서 근저당설정 문제 등으로 인해 급하게 계약을 체결하게 되면서 법무사에게 명의 이전을 모두 위임하였고, 쟁점금액으로 매매되었다.
(2) 아래와 같이 합계 OOO원의 비용은 쟁점부동산에 대한 자본적 지출로 실제 지출되었으므로 필요경비로 인정되어야 한다. (가) 쟁점부동산은 쟁점법인의 진입로 및 주차장으로 사용되었으나 비가 오면 공장으로 토사가 흘러내림에 따라 2005년경 석재로 둑을 쌓고 철제 울타리 공사를 하게 되었고, 이에 대한 공사금액은 OOO원(이하 “쟁점①비용”이라 한다)이며, 공사도급업체인 주식회사 BBB에게 작성한 지불이행합의각서, 근저당설정내역, 완납영수증으로 실제 공사 및 지출사실이 확인된다. (나) 위 축대가 시간이 경과함에 따라 일부 소실되어 2013년 10월경 보수공사 및 배수관을 설치하는 공사를 개인토목공사업자인 BBB에게 의뢰하여 실시하게 되었으며, 2021.2.19. BBB가 작성한 확인서에 의해 공사대금 OOO원(이하 “쟁점②비용”이라 한다)의 지출사실이 확인된다. (다) 지목이 임야인 쟁점부동산을 공장용지로 사용하기 위해 2017년경 OOO에 공장설립신청을 하였고, 허가 과정에서 대체산림자원조성비로 OOO원(이하 “쟁점③비용”이라 하고, 쟁점①․②비용과 합하여 “쟁점비용”이라 한다)을 납부하였으므로 이 또한 필요경비로 산입되어야 한다.
(1) 청구인은 매매계약서에 기재된 쟁점금액이 쟁점부동산의 취득가액으로 인정되어야 한다고 주장하나, 취득가액이 불분명한 경우에 해당하므로 환산가액으로 취득가액을 산정한 이 건 처분은 적법하다. ‘쟁점법인 양수․양도계약서’에 의하면 회사 양도대금은 OOO원이며, 양도목적물은 ‘회사 주식, 경영권, 별지 부동산목록 기재의 DDD 소유의 부동산(토지 676평)’으로 정하여 쟁점부동산도 양도목적물에 포함하고 있는바, 쟁점부동산의 명의신탁은 별론으로 하더라도 쟁점부동산의 취득가액을 특정하고 있지 않으므로 이를 환산가액으로 계산하여 과세한 이 건 처분은 적법하다.
(2) 청구법인은 합계 OOO원이 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하나, 쟁점법인의 비용으로 처리되거나 실제 지출증빙 등이 부족하여 이를 인정하기 어렵다. (가) 2005년 공사의 경우 쟁점법인과 주식회사 BBB 간의 계약에 따른 것으로, 이와 관련하여 쟁점법인을 공급받는 자로 하여 세금계산서가 발급되었고, 쟁점법인의 부가가치세 및 법인세 신고에서 반영되었는바, 쟁점부동산의 양도소득에 대한 필요경비로 인정할 수 없다. (나) 2013년 공사의 경우 거래상대방인 BBB는 사업자등록을 하지 않은 개인으로, 그의 확인서(인감증명서 첨부)만으로는 공사 유무와 지출 여부가 확인되지 아니하여 이를 필요경비로 인정할 수 없다. (다) 2017년경 OOO에서 부과된 대체산림자원조성비의 경우도 쟁점법인(당시 법인명 CCC 주식회사)이 공장설립변경신청을 하여 쟁점법인에게 부과된 것이므로 이 또한 청구인의 양도소득의 필요경비로 인정할 수 없다.
① 청구인이 제시한 매매계약서상 쟁점금액을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정할 수 있는지 여부
② 쟁점비용을 쟁점부동산 양도소득의 필요경비로 인정할 수 있는지 여부
(1) 청구인은 2019.7.29. 쟁점부동산을 양도하였으나 양도소득세를 무신고하였고, 처분청은 아래 <표1>과 같이 양도가액은 등기사항증명서에 기재된 금액인 OOO원, 취득가액은 환산가액, 필요경비는 개산한 금액으로 하여 2019년 귀속 양도소득세를 결정․고지하였다
(2) 쟁점부동산의 등기사항증명서에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 2005.5.13. DDD로부터 취득하여 2019.6.18.(등기접수일 2019.7.29.) AAA에게 OOO원에 양도한 것으로 나타난다.
(3) 쟁점부동산의 취득가액(쟁점①)과 관련하여 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 아래 <표2>와 같이 전(前) 소유자인 DDD와 청구인이 소유권 이전등기 신청 당시에 등기소에 제출한 것으로 보이는 부동산매매계약서와 등록세영수증을 증빙으로 제시하였는바, 쟁점부동산의 매매대금이 OOO원으로 기재되어 있는 것으로 나타난다. (나) 청구인의 모친이 2005.4.28. 쟁점법인을 인수하면서 작성한 ‘쟁점법인 양도양수계약’에 의하면, 쟁점법인의 재산, 주식뿐 아니라 쟁점부동산을 포함하여 총액 OOO원에 인수한 것으로 확인된다. (다) 쟁점부동산의 개별공시지가는 아래 <표3>과 같고, 전 소유자가 취득한 경우와 비교해 볼 때 청구인의 취득가액인 쟁점금액은 개별공시지가와의 차이가 작은 것으로 나타난다.
(4) 쟁점부동산의 기타 필요경비(쟁점②)와 관련하여 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 쟁점부동산에 대한 자본적 지출로서 쟁점①비용을 지출하였다고 주장하며 주식회사 BBB에게 작성해준 이행합의각서(2015.6.21.)와 영수증(2016.1.27.)을 제시하였는바, 공사비 OOO원을 주식회사 BBB에 지출한 것으로 보이는 거래내용이 기재되어 있는 반면, 이에 대해 처분청은 쟁점법인의 2015년 제1기 부가가치세 확정신고 자료를 제시하면서, 쟁점법인이 해당 거래에 대하여 매입세액OOO을 공제받았는바, 청구인의 양도소득에 대한 필요경비로 인정하기 어렵다는 의견이다. (나) 청구인은 쟁점②비용과 관련한 공사사실에 대한 BBB의 확인서와 공사현장사진을 제시하였다. (다) 청구인은 쟁점③비용을 지출하였다며 대체산림자원조성비가 부과된 사실이 확인되는 OOO의 공문을 제시한 반면, 이에 대해 처분청은 청구인이 아닌 쟁점법인에게 부과된 것이고, 공장설립변경 신청내역에 의하면 쟁점부동산 뿐만 아니라 다른 토지OOO도 포함되어 있어 쟁점③비용을 쟁점부동산의 자본적 지출로 인정하기 어렵다는 의견이다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인의 모친과 청구인이 2005년경 쟁점법인과 쟁점부동산을 합하여 총액 OOO원에 인수한 것으로 보이고 쟁점부동산의 취득가액이 불분명한 경우에 해당한다는 의견이나, 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시에 등기소에 제출된 것으로 보이는 부동산매매계약서 및 등록세 영수증에서 쟁점금액을 취득가액으로 하여 신고․등기되고 제세를 납부한 사실이 확인되는 점, 쟁점금액은 전 소유자의 취득가액보다 낮고, 개별공시지가 변동추이 등을 고려할 때 사회통념에 벗어난 가액으로 보이지 않는 점 등에 비추어, 쟁점부동산의 취득가액은 불분명한 경우에 해당한다고 보기 어려우므로 쟁점금액을 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산과 관련하여 공사비 등으로 쟁점비용을 지출하였으므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제97조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제163조 제3항에 의하면 자본적 지출액 등의 경비는 실제 지출사실이 금융거래 증명서류 등에 의하여 확인되는 경우에 양도소득에서 공제할 수 있다고 할 것인바, 쟁점①비용의 경우 쟁점법인이 2015년 제1기 부가가치세를 신고하면서 그 매입세액을 공제받은 것으로 보여 청구인이 지출한 비용으로 보기 어려운 점, 쟁점②비용의 경우 실제 지출사실을 확인할 수 있는 객관적인 증명서류가 제시되지 아니하여 확인서와 공사사진만으로는 청구주장을 인정하기 어려운 점, 쟁점③비용의 경우 경기도 화성시가 쟁점법인에게 부과한 것으로 보이고 청구인이 이를 지출하였는지를 확인할 수 있는 객관적인 증빙이 제시되지 아니한 점 등에 비추어, 쟁점비용을 쟁점부동산의 필요경비로 인정하기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (3) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
결정 내용은 붙임과 같습니다.