국내 미등록 특허권에 대한 쟁점대가를 국내원천소득으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2015.5.8. 미국법인 AAA (이하 “AAA”라 한다)와 AAA가 보유한 특허권의 사용을 허여 받는 특허권 라이선스계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하고, 그에 따라 AAA에 2016년 1월부터 2019년 6월까지 그 사용대가 총 OOO원(이하 “쟁점사용대가”라 한다)을 지급하였다.
• 나. 청구법인은 AAA에게 지급한 쟁점사용대가에 대하여 한‧미 조세조약제14조 제1항의 사용료소득 제한세율인 15%를 적용하여 산출된 원천징수세액을 신고·납부하였다가, 쟁점사용대가에 대한 원천징수세액에 국외원천소득에 대한 원천징수세액이 포함되어 있다고 주장하며 2021.1.27. 처분청에 청구법인이 납부한 2016∼2019사업연도 법인세(원천징수분) OOO원 및 지방소득세 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청인 OOO청장은 2021.3.28. 경정청구를 거부하였으며 처분청인 OOO서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내까지 처리결과를 통지하지 아니하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 국내에서 등록되지 않은 특허권에 대한 사용대가는 한‧미 조세조약에 따라 국내에서 과세될 수 없다. (가) 법인세법제3조 제1항 제2호에서는 외국법인은 국내원천소득에 대하여만 납세의무를 부담한다고 규정하였고, 같은 법 제93조에서는 외국법인의 국내원천소득을 열거하고 있다(대법원 1997.12.9. 선고 97누966 판결). 다만 소득의 원천지 결정에 관하여는 조세조약이 법인세법에 우선하여 적용되므로 미국법인의 소득이 과세대상인 국내원천소득에 해당하기 위해서는 그 소득이 한‧미 조세조약에 의할 때 한국의 원천소득으로 분류되어야 한다. (나) 그런데 한‧미 조세조약제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 대한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였다. 즉 국내세법에 우선하여 적용되는 한‧미 조세조약은 특허권 사용료 소득의 원천지 결정기준으로 ‘사용지주의’를 채택하고 있다. 여기서 ‘사용’이라 함은 특허권이 등록된 국가에서만 존재할 수 있으므로, 특허권의 침해도 특허권이 법적으로 보호되는 등록지에서만 발생한다. 따라서 한‧미 조세조약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권을 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 상정할 수 없다. 이에 따라 대법원의 확립된 입장은 법인세법제93조의 규정에도 불구하고 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받은 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 국내원천소득으로 볼 수 없다는 것이고, 같은 취지의 대법원 판결이 잇달아 선고된 바 있다(대법원 2014.10.30. 선고 2014두9554 판결, 2014.11.27. 선고 2015두18356 판결 등 다수 같은 뜻임). (2) 쟁점사용대가는 국내에서 과세할 수 없다. 위와 같은 대법원의 일관된 입장을 이 건에 적용하면, 청구법인이 AAA에게 지급한 쟁점사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않으므로 국내에서 과세될 수 없다. 그럼에도 불구하고 처분청은 쟁점사용대가가 국내원천소득에 해당한다는 입장인 것으로 보이므로 이 건 거부처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 AAA에게 지급한 특허권 사용료 소득은 청구법인 과 그 자회사들이 국내에서 제품을 제조‧판매 시 AAA가 보유한 특허권을 사용하는데 대한 대가로 국내원천소득에 해당한다. (가) 한‧미 조세조약은 사용료 소득의 과세권을 배부함에 있어서 제6조 제3항 및 제14조 제4항에서 재산의 사용지국에서 소득원천이 있고 소득원천지국에서 제한적 과세권을 행사할 수 있도록 규정하고 있는바, 한‧미 조세조약은 특허권의 과세권 배분에 대하여만 규정하고 있을뿐, 사용지국에 대한 판단기준을 제시하고 있지 않으므로 한‧미 조세조약제2조 제2항에 따라 조세가 결정되는 체약국의 법 즉, 국내법에 따를 수 있도록 되어 있다. (나) 결국 이 건 사용료소득의 원천지를 판단하기 위한 한‧미 조세조약상의 “사용”의 개념에 대한 논의는 국내세법에 따라 완성할 수밖에 없다. 이와 관련하여 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 법인세법제93조 제9호에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다”라고 규정함으로써 사용지에 대한 규정을 명확히 하였으며, OECD 모델조세조약 주석서에 기재된 내용 역시 사용료를 정의함에 있어 “해당 재산 등의 권리가 공공 등기부에 등록되었는지 여부나 등록되어야 하는지의 여부와 무관하게 그 권리의 사용이나 사용권에 대한 지불에 해당한다”고 명시한바, 한‧미 조세조약에 명시적인 반대규정이 없는 이상 특허권의 등록 여부와 상관없이 국내에서 제품 제조·판매 등에 사용된 동 특허권의 사용지가 국내에 있는 것으로 보는 것이 타당하다. (2) 한‧미 조세조약은 사용지 개념에 대하여 언급하고 있지 않으며 국내법(법인세법제93조 제9호)에 따라 쟁점사용대가는 국내원천소득에 해당한다. (가) 2008.12.26. 법인세법제93조 제9호 단서 후문 신설 전에는 법인세법에서 ‘사용’의 의미에 대해서 명문의 규정이 없었으므로, 기존 대법원 판례(2007.9.7. 선고 대법원 2005두8641 판결)는 특허권의 속지주의 원칙을 세법의 영역에 받아들여 등록지를 사용지로 보는 해석을 함으로써 사용의 개념에 대한 공백을 해소하고자 하였다. (나) 청구법인이 주장의 근거로 제시한 대법원 판례는 특허법상 특허권 속지주의 원칙에 따라 국내 미등록된 특허권의 경우 국내에서 특허실시권이 없으므로 특허권의 국내사용을 개념할 수 없다는 논리에 근거한 것이다. 1) 그런데 사용지가 실제 사용한 장소가 아니라 특허의 등록지라는 것은, 2008.12.26. 법인세법개정 전 특허권 사용의 의미에 대한 규정이 없던 시기에 대법원이 전원합의체 판결로 보완한 해석론에 불과하다. 실제 한‧미 조세조약의 그 어디에도 사용지(등록지) 개념에 관하여는 언급하고 있지 않다. 2) 법인세법제93조 제9호 단서 후문의 신설에 의해서 국내법상 특허권 ‘사용’의 개념이 분명해 짐에 따라 특허법상 특허권의 속지주의 원칙(등록지=사용지)이 세법상 특허권 사용료 소득에 더 이상 적용될 수 없음에도 불구하고 특허법상 특허권 속지주의 원칙을 적용하여 여전히 대법원 판례와 동일하게 특허권 사용료 소득의 국내원천소득여부를 판단하는 것은 개정된 법률(법인세법제93조 제9호 단서 후문)의 입법취지에 배치되는 해석으로 받아들일 수 없다. 3) 뿐만 아니라 청구법인이 원천징수의무자로서 장기간 지속적으로 AAA에게 지급한 대가를 사용료 소득으로 보아 원천징수‧납부해 온 사실관계만으로도, 이는 청구법인 역시 특허법상 특허권의 속지주의 개념과는 별개로 실질적으로 세법상 사실상 특허에 대한 사용 대가를 지급한 것으로 볼 수 있다. (3) 청구법인은 쟁점사용대가를 국내원천소득과 국외원천소득으로 구분한 기준에 대한 구체적인 근거를 제출해야 한다. 청구법인의 자료 미제출에 따라 처분청으로서는 청구법인이 환급대상이라고 주장하는 세액이 정당한 금액인지를 확인할 수 없다. 위와 같은 사항과 세액의 적정성을 확인하기 위해서는 청구법인이 국내원천소득의 비율을 계산한 근거(계약대상 목적물을 확인할 수 있는 명세, 국내등록특허목록과 국외등록특허목록 등)가 제출되어야 한다. (4) 청구법인은 경정청구를 하면서 AAA로부터 사용을 허여받은 특허의 목록과 명세도 미제출하였다. (가) 청구법인 자료 미제출로 인해 처분청은 쟁점사용대가가 등록된 특허권의 사용에 대한 대가로만 구성된 것인지, 등록되지 않았거나 출원중인 지적재산권‧영업비밀이나 노하우 혹은 기술정보에 대한 사용대가가 포함되어 있는지 등에 대하여 확인할 수 없다. (나) 한‧미 조세조약제14조 제4항 (a)에 따르면, 지식‧경험‧기능(기술)대가로서 받는 모든 종류의 지급금은 ‘사용료’에 해당한다. 따라서 쟁점사용대가에 등록된 특허 외에 전문 지식, 기술, 노하우 등에 대한 대가가 포함되어 있다면 그 부분은 국내원천소득에 해당함이 명백하므로 청구법인은 사용이 허여된 특허명세 등을 제출하여 청구세액의 정당함을 입증해야 할 것이다.

국내 미등록 특허권에 대한 쟁점사용대가를 국내원천소득으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련 법률 등

(1) 한·미 조세조약 제4조【과세의 일반규칙】(1) 일방 체약국의 거주자는, 이 협약에서 정한 제한에 따를 것으로 하여, 타방체약국 내에 원천을 둔 소득에 대하여 또한 그러한 소득에 대해서만 동 타방 체약국에 의하여 과세될 수 있다. 동 목적상 제6조에 정한 제 규칙(소득의 원천)은 소득의 원천을 결정하기 위하여 적용된다. 제6조【소득의 원천】이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

(9) 본조 (1)항 내지 (8)항이 적용되지 아니하는 항목의 소득원천은 각 체약국의 법에 따라 그 체약국에 의하여 결정된다. 전기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 의한 어떤 항목의 소득원천이, 타방 체약국의 법에 의한 그러한 소득원천과 상이하거나 또는 그러한 소득원천이 어느 체약국의 법에 의하여 용이하게 결정될 수 없을 경우에, 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 회피하기 위하여 또는 이 협약의 기타 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적을 위한 항목의 소득에 대한 공동의 원천을 확정할 수 있다. 제14조【사용료】(1) 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기 (2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니된다.

(4) 본 조에서 사용되는 “사용료”라 함은 다음의 것을 의미한다. (a) 문학, 예술, 과학작품의 저작권 또는 영화필름, 라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금 (2) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 일부개정되기 전의 것) 제93조【외국법인의 국내원천소득】외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권등”이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.

• 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오·텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리
• 나. 산업상·상업상·과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우 제98조【외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례】 ① 외국법인에 대하여 제93조 제1호·제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호에 따른 국내원천 부동산등양도소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

6. 제93조 제8호에 따른 국내원천 사용료소득: 지급금액의 100분의 20

④ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 제1항 및 제5항부터 제12항까지의 규정에 따라 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여야 할 금액을 원천징수하지 아니하였거나 원천징수한 금액을 제1항에 따른 기한까지 납부하지 아니하면 지체 없이 국세징수의 예에 따라 원천징수의무자로부터 그 징수하는 금액에 국세기본법제47조의5 제1항에 따른 금액을 가산하여 법인세로 징수하여야 한다.

(3) 국제조세조정에 관한 법률(2018.12.31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조【조세조약상의 소득 구분의 우선 적용】비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법제119조 및 법인세법제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 AAA가 보유한 1,953건의 특허 목록 및 2015.5.8. 체결한 ‘특허권 라이선스 계약서(Patent License Agreement)’를 제출하였다. (나) 2008.12.26. 일부개정된 법인세법제93조 제9호의 개정이유는 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 한 ㆍ 미 조세조약 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”라고 규정하고 있는데, 이는 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정한 것일 뿐 그 사용지의 판정기준은 제시하고 있지 아니하므로 그에 대한 판단은 국내 세법에 따 르는 것이 타당한 점, 법인세법제93조 제8호에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부 에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다”고 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어 국내에 미등록된 특허권 사용에 대한 대가도 특허권이 국내에서 제조․판매 등에 사용되었다면 국내원천소득에 해당한다고 보는 것이 타당하다 할 것(조심 2017중3294, 2017.11.22. 같은 뜻임)인바, 처분청이 쟁점사용대가를 국내원천소득으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.