사업시행 및 관리처분계획 고시 등에 대한 무효 또는 취소 등 중대한 영향에 대한 공시내용도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 처분청에서 청구인이 쟁점아파트를 취득할 당시에 쟁점아파트는 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환된 상태였다고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
사업시행 및 관리처분계획 고시 등에 대한 무효 또는 취소 등 중대한 영향에 대한 공시내용도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 처분청에서 청구인이 쟁점아파트를 취득할 당시에 쟁점아파트는 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환된 상태였다고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(2) 쟁점아파트가 분양아파트로 재건축되는 과정을 보면 2005년과 2010년의 인가는 형식적인 분양신청만 이루어졌을 뿐 이에 따른 재건축은 전혀 이루어지지 않았고, 2011년 9월 새로운 집행부가 구성된 후, 2013년에 대폭적으로 건축계획을 변경하여 완전히 새롭게 분양신청을 받은 후 착공이 이루어졌으며, 또한 2013년 1월에 시공사와의 손익귀속 형태(확정지분제→도급제)도 변경되었다. 즉, 2005.5.16.의 사업시행계획은 취소된 상황이며 그 후에도 2013년까지 8년 기간 동안 조합원입주권이 아닌 주택으로 존재하였고 주택으로 거래되었다. 청구인이 취득한 자산이 조합원입주권이 아닌 주택이라는 것은 당시 매매계약서를 보아도 명확하다. 공인중개사를 통하여 작성된 당시 매매계약서 어디에도 조합원입주권으로 볼 수 있는 문구(현재의 사업단계, 분양신청한 내용, 권리가액, 분양가액, 추가분담금, 이주비대출 등)가 전혀 없다. 즉 양도인 및 양수인은 물론 매매거래를 중개한 당시의 공인중개사들 모두 거래대상을 일반주택으로 인식하고 있었는데 그 이유는 실제로 주택이었기 때문이다.
(3) 양도소득세 계산식을 감안해도 조합원입주권으로의 변경시기를 2013.11.8.로 보는 것이 논리에 맞다. (가) 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호의 산식을 보면 재건축사업에서 원조합원이 청산금을 납부하고 신축된 주택을 양도할 경우 양도차익은 “청산금납부분 양도차익”과 “기존건물분 양도차익”으로 구분하도록 정하고 있고, 같은 조 제5항 제2호에서는 청산금 납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 “관리처분계획등 인가일부터 신축주택 양도일까지의 기간”으로 하도록 규정하고 있다. (나) 청산금 납부분 양도차익에 장기보유특별공제를 적용함에 있어 보유기간을 위와 같이 정한 이유는 종전주택이 조합원입주권으로 전환된 이후에야 납부할 청산금 금액이 확정되고, 실제 납부가 개시되기 때문에 공제기간의 시작점을 종전주택의 취득일이 아닌 조합원입주권으로의 변경시기로 하는 것이 합리적이기 때문이다. (다) 이 사건에서 2005.5.16. 최초사업시행인가 계획으로는 분담금 확정 및 납부 등이 전혀 이루어지지 않았고, 이에 따른 2010.8.24. 관리처분계획인가 내용으로도 분담금 확정 및 납부가 이루어지지 않았다. (라) 실제 건축계획 및 분양신청, 분담금 확정 및 납부는 완전히 새롭게 계획을 수립하고 분양신청을 새로 받은 2013년 계획으로 진행되었는바, 2005.5.16.이 조합원입주권으로의 변경시기라는 처분청의 주장대로라면 청산금 납부분 양도차익에 장기보유특별공제를 적용할 때 실제 건축계획 및 분담금 등과는 전혀 무관한 2005년부터 공제를 한다는 것인데 이 또한 논리에 전혀 맞지 않는다.
(4) 청구인은 조합원입주권으로의 변경시기를 판단함에 있어 관련 법조문 및 해석사례, 판례 등을 성실하게 검토하였고 최초인가, 변경인가 내용 및 실제 업무진행과정에 대해 조합에 자문까지 구하였는바, 결과적으로 납세의무 판단에 있어 의무를 게을리 하지 않았으므로 양도소득세를 과소하게 신고·납부한 것에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다.
(1) 청구인은 2013년 제1차 관리처분계획변경인가일 시점에 건축계획 변경, 시공사와의 손익 귀속형태 변경으로 인해 기존 조합원의 분양받을 권리 등에 중대한 영향이 발생하였으므로 쟁점아파트가 조합원입주권으로 전환되는 시기는 사업시행인가 최초고시일이 아닌 1차 관리처분계획변경인가일인 2013.11.8.로 보아야 된다고 주장하고 있으나, 쟁점아파트의 주택재건축 정비사업을 주관하는 OOO장이 발송한 공문을 확인한바, 2005.5.16. 최초 사업시행인가일 이후 재건축계획 등에 중대한 변화가 없었던 것으로 확인되는 점, 쟁점아파트의 재건축 사업과 관련하여 사업시행 및 관리처분계획 고시 등에 대한 무효 또는 취소 등 중대한 영향에 대한 공시내용이 확인되지 않는 점, OOO장이 2016.9.1. 고시한 OOO 주택재건축사업 공시완료 고시(OOO 고시 제2016-84호)에 “OOO 고시 제2005-47호(2005.5.19.)로 사업시행인가 고시된 사업에 대해 준공인가 처리하고 공사완료를 고시한다”고 되어 있는 점 등으로 볼 때, 쟁점아파트가 입주권으로 전환되는 시기는 최초사업시행인가 고시일인 2005.5.16.로 청구인은 조합원입주권을 승계취득한 것이고, 보유기간(사용승인일∼양도일)은 1년 8개월로 1세대 1주택 고가주택 비과세 양도차익을 부인하고 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 고지한 당초 처분은 정당하다. (2) 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호의 산식을 보면 재건축사업에서 원조합원의 청산금을 납부하고 신축된 주택을 양도할 경우 양도차익은 “관리처분계획인가 전 양도차익”과 “관리처분계획인가 후 양도차익”으로 구분하도록 되어 있고, “관리처분계획인가 후 양도차익”은 다시 “청산금 납부분 양도차익”과 “기존건물분 양도차익”으로 구분하도록 되어있으며, 같은 조 제5항 제2호에서는 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간을 “관리처분계획등 인가일부터 신축주택 양도일까지의 기간”으로 하도록 규정되어 있다.
(3) 청구인은 청산금 납부분 양도차익에 장기보유특별공제를 적용함에 있어 보유기간을 “관리처분계획등 인가일부터 신축주택 양도일까지의 기간”으로 한 이유는 쟁점아파트가 조합원입주권으로 전환된 이후에야 납부할 청산금 금액이 확정되고 납부가 이루어지기 때문에 보유기간의 기산일을 종전주택 취득일이 아닌 조합원입주권 변경시기로 하는 것이 합리적이라고 주장하나, 사업시행인가일이 2005.5.30. 이전이기 때문에 사업시행인가일을 조합원입주권 전환시기로 보는 경우와 사업시행인가일이 2005.5.31. 이후이기 때문에 관리처분계획인가일을 조합원입주권 전환시기로 보는 경우 모두 청산금 납부분 양도차익에 대한 장기보유특별공제 적용시 보유기간 기산일은 소득세법 시행령제166조 제5항 제2호에 따라 관리처분계획인가일로 보기 때문에 장기보유특별공제 보유기간 기산일을 조합원입주권 변경시기로 하여야 한다는 청구주장에 동의하기 어렵다.
(4) 청구인은 양도소득세 신고 시 조합원입주권으로의 변경시기를 판단함에 있어 관련 법조문 및 해석사례, 판례 등을 성실하게 검토하였고, 변경인가 내용 및 실제 업무진행과정에서 조합에 자문 등을 구하여 납세의무 판단에 있어 의무를 게을리하지 않았으므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, (가) 청구인은 이익을 바탕으로 설립된 조합에 자문을 구하여 납세의무를 판단하였고, 이는 법령의 부지 또는 오인을 할 여지가 있으며, 세법해석 등의 국세서비스를 제공하는 국세상담센터 또는 국세청에 질의회신 및 국세청 예규 등 전문기관에 자문을 구한 이력이 없다. (나) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로써 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은국세기본법제48조 제1항에서 규정하는 정당한 사유에 해당하지 않는 것으로 가산세 부과처분은 정당하다.
① 분양아파트의 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 분양아파트의 사용승인일부터 양도일까지의 기간으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제95조(양도소득금액) ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(이하생략) (2) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑯도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. (3) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑯도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 부 칙 <대통령령 제18850호, 2005.5.31.>
④ (주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. (4) 소득세법 시행령(2018.2.9. 대통령령 제28627호로 개정된 것) 제166조(양도차익의 산정) ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다. [ 관리처분계획인가후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존 건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익} (이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)
⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.
1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간
2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간
(5) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것) 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.