처분청이 청구인들에게 쟁점부동산 양도일 현재 1세대 3주택 이상에 해당하는 것으로 보아 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
처분청이 청구인들에게 쟁점부동산 양도일 현재 1세대 3주택 이상에 해당하는 것으로 보아 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인들은 주택임대사업자로 준공공임대 오피스텔 및 다세대주택을 장기임대주택으로 등록하여 소유하고 있고, 2018.11.5. 쟁점부동산의 대체주택으로 OOO를 취득하여 보유하면서 쟁점부동산을 2018.11.9. 양도하였으므로 일시적 2주택에 해당하는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하여 양도소득세를 신고하였다. (2)조세특례제한법상 특례주택은 비과세 판단시 주택수에서 제외하므로 양도하는 주택이 일시적 2주택인 경우 비과세되는 것으로 국세청이 질의회신(사전-2017-법령해석재산-0586, 2017.10.11.)한 바 있고, 장기임대주택을 주택수에 포함시켜 일시적 2주택을 부인한다면 소득세법 시행령제155조 제1항 및 제20항의 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 해당 주택을 양도하는 경우 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 본다고 한 규정을 위반하는 것으로 관련 예규(사전-2015-법령해선재산-0097, 2015.8.19. 및 사전-2020-법령해석재산-0944, 2020.12.14.)에서도 장기임대주택과 그 밖의 거주주택을 소유하고 있는 1세대가 새로운 대체주택을 취득한 경우 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있다고 회신한바 있다. 그러나 2019년 이후 국세청의 질의회신(서면-2018-부동산-3457, 2019.2.14.)에 의하면조세특례제한법제99조의2를 적용받는 주택을 보유하고 일반주택을 양도할 때 고가주택에 해당하고 1세대 3주택자인 경우 고가주택에 해당하는 부분에 대해서는 중과세율 적용 및 장기보유특별공제가 배제되는 것으로 답변하였으나 이는 청구인들이 쟁점부동산을 양도한 이후의 해석으로 국세를 납부할 의무가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대해서는 그 성립후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니하고, 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정 당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니하는바, 위 질의회신 내용을 청구인들에게 소급적용해서는 아니된다.
(3) 또한 대법원(2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)은 구 소득세법 제104조 제1항 제2호 의3, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목, 제10호 등은 투기목적의 주택소유를 억제하여 주택가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 원칙적으로 60%의 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용대상에서 제외하고 있고, 이러한 입법취지와 관련 규정의 체계 등에 비추어 볼 때 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 시간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다고 봄이 상당하다고 판시하고 있는바, 청구인들은 자영업자로서 부동산 투기목적이 없었고, 대체주택을 취득한지 4일 안에 쟁점부동산을 양도하였으므로 사회통념상 아주 짧은 기간내 양도한 것으로 보아 중과대상에서 제외하는 것이 타당하다.
(4) 처분청은 2017.12.19. 법률 제15255호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 및 제104조 제7항을 근거로 고가주택의 양도차익에 대하여 중과세율을 적용하여야 한다는 의견이나, 정부는 2021.2.17. 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제13호를 신설하여 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택이라고 규정하여 2018.4.1.부터 2021.2.17.까지 2년 11개월의 기간동안 장기임대주택과 거주주택 및 대체주택을 소유하였다가 거주주택을 양도한 납세자에게만 중과세하는 불공평한 처분을 행하여 청구인들과 같은 일부 납세자의 평등권을 침해하는 결과를 초래하였으므로 청구인들에게 한 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
(1) 1세대 1주택 비과세와 관련한 법령에 따르면 소득세법제89조 제1항 제3호에서 같은 법 시행령 제154조의 요건을 충족하는 주택의 양도로 발생하는 소득은 비과세 소득으로 규정하면서 고가주택은 비과세 양도소득에서 제외하는 것으로 명시하였고, 같은 법 시행령 제155조 제1항에서 일시적 2주택이 된 경우 종전주택의 양도에 대하 여 1세대 1주택으로 보도록 규정하고 있으나 청구인들의 쟁점부동산은 고가주택으로 쟁점부동산의 양도소득은 비과세 소득에 해당되지 아니한다. (2) 소득세법 시행령제155조 제20항은 장기임대주택과 거주주택을 소유하고 있는 1세대가 해당 거주주택을 양도하는 경우 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용한다고 규정하고 있으나 해당 규정은 장기임대주택 외 거주주택 1주택만 보유하고 있는 경우 적용하는 특례규정으로 일시적 2주택 보유자에 대하여도 해당 특례를 적용한다는 규정은 없으므로 이를 임의로 유추하여 확정해석해서는 아니된다.
(3) 청구인들은, 사전법령해석(서면-2018-부동산-3457)은 쟁점부동산을 양도한 후인 2019.2.14. 발표된 것이므로 청구인들에게는 소급적용을 배제하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제10호에서 장기임대주택을 제외하고 1개의 일반주택만을 소유하고 있는 경우 해당 일반주택은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있는바, 청구인들의 경우 쟁점부동산 양도시 장기임대주택 외에 2주택을 보유하고 있었으므로 청구인들은 장기임대주택과 2개의 일반주택을 보유한 3주택 보유자에 해당한다. 또한 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택자에 해당하는 주택의 범위를 규정한 소득세법 시행령제167조의10 제1항 제8호에서 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우 종전주택을 1세대 2주택에 해당하지 않는 것으로 명시하고 있으나, 제167조의3에서는 일시적 2주택 소유자의 종전주택을 1세대 3주택에 해당하는 주택에서 제외한다는 특례는 명시되어 있지 아니하므로 청구인들이 쟁점부동산 양도일 현재 1세대 3주택을 소유한 것으로 보아 양도소득세를 중과한 처분은 타당하다.
(1) 쟁점부동산 매매계약서 및 부동산등기사항전부증명서, OOO청장이 발행한 임대사업자등록증, 국토교통부 공고(제2017-1305호, 2017.9.6.) 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인들은 2018.9.5. CCC 등에게 쟁점부동산을 OOO원에 양도하는 계약을 체결하면서 잔금지급일 및 부동산 인도일을 2018.11.9.로 기재하였고, 2018.11.9. 쟁점부동산 소유권이전등기를 경료하였다. (나) 쟁점부동산 양도일 현재 청구인들 세대가 보유한 주택현황은 아래 <표1>과 같은바, 청구인들 중 BBB가 OOO청장에게 2017.9.20. 2017-OOO-임대사업자 -OOO로 임대사업자를 등록하였고, 2017.11.22. 처분청에 주택임대업 사업자로 등록하였으며, 쟁점부동산 양도당시 청구인은 OOO 소재 대체주택 1개와 임대주택 2개를 소유하고 있었다. <표1> 청구인들 주택보유 등 현황 OOO (다) 쟁점주택 양도일 현재 OOO 전역 (25개구)이 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역으로 지정되어 있었다.
(2) 청구인들의 각 양도소득세 신고내역은 아래와 같고, 처분청은 쟁점부동산을 1년 이상 보유 조정대상지역 내 1세대 3주택으로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 중과세율 을 적용하여 이 건 양도소득세를 경정․고지하였는바, 그 세부내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인별에 대한 양도소득세 경정내역 OOO (3) 기획재정부는 2021.2.17. 소득세법 시행령(대통령령 제31442호로 일부개정된 것)을 개정하여 1세대 3주택 이상에 해당하지 아니하는 주택의 범위에 제167조의3 제1항 제13호 신설하여 양도소득세 중과세율 적용배제 대상을 확대하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,소득세법제89조 제1항 제3호에서 소득세법 시행령 제154조 의 요건을 충족하는 주택의 양도로 발생하는 소득은 비과세 소득으로 규정하면서 고가주택은 비과세 양도소득에서 제외하는 것으로 명시하고 있고, 소득세법제104조 제7항 제3호에 따른 조정대상지역의 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대해서는 양도소득세의 세율을 중과하면서 장기보유특별공제를 배제하도록 규정하고 있으며, 또한 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에 의하면 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위는 1세대가 소유하는 주택으로서 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다고 규정하면서 제1항 제10호에 의하면, 1세대가 장기임대주택에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택은 1세대 3주택 이상에 해당하지 않는다고 규정하고 있는바, 쟁점부동산은 2018.11.9. 양도당시 실지거래가액 OOO원을 초과하는 조정대상지역에 소재하는 고가주택에 해당하고, 청구인들 중 AAA은 쟁점부동산 양도당시 OOO 소재 대체주택을 소유하고 있었으며, 청구인들 중 BBB는 장기 임대주택으로 등록된 OOO 소재 주택 2개를 보유하고 있었으므로 이는 청구인들이 장기임대주택 2개를 제외하고도 2개의 주택을 소유하고 있어 쟁점부동산 양도당시 1세대 3주택 이상에 해당되어 조정대상지역에 소재하는 쟁점부동산은 양도소득세의 세율 중과 및 장기보유특별공제 배제대상에 해당되는 점에 비추어 처분청이 청구인들에게 쟁점부동산 양도일 현재 1세대 3주택 이상에 해당하는 것으로 보아 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택
4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.
1. 제64조 제1항(제104조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 세율을 적용받는 자산에 한정한다), 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문, 제104조 제4항 제1호 및 제2호, 같은 조 제5항 제2호, 같은 조 제7항ㆍ제8항 및 제104조의2 제2항의 개정규정: 2018년 4월 1일 (2) 소득세법 시행령(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 일부개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ①법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다. 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.
10. 1세대가 제1호 내지 제8호 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)
결정 내용은 붙임과 같습니다.