조특법 제16조에 따른 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제는 벤처기업의 투자재원 확충을 위한 개인투자를 활성화하기 위하여 도입된 소득공제로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
조특법 제16조에 따른 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제는 벤처기업의 투자재원 확충을 위한 개인투자를 활성화하기 위하여 도입된 소득공제로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 조특법 상 “투자금액”에 대한 유권해석(법인 126421-1810, 1982.6.3. 외 다수)에 의하면, 조특법에서 “투자금액”의 범위는 법인세법 시행령제72조 제2항에 따른 취득가액으로 한다는 해석이 이미 오래전부터 확립되어 있음을 명확하게 확인할 수 있는바, 이 사건의 쟁점인 조특법 제16조 제1항에서 “투자금액”은 법인세법 시행령제72조 제2항에 따른 취득가액으로 해석되어야 이론의 여지가 없다.
(2) 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는데, 처분청은 심판청구에 대한 답변서에서, 조특법 제16조에서 “투자금액”에 대하여는 명확히 정의되어 있지 않다고 인정하면서, 앞으로 법문대로 해석하고 않고 유추해석을 하겠다는 전제를 제시하고 있다. 조특법의 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것이고, 조특법에서 투자금액은 상당한 조문에 사용되면서 여러 감면요건을 규정하고 있기 때문에 투자금액의 범위에 대한 해석은 특별한 단서 규정이 없는 한 일치되게 해석되어야 하는바, 앞서 살펴본 조특법의 투자금액의 해석에 대한 선결정례와 같이, 이 사건의 쟁점인 조특법 제16조 제1항에서 투자금액은 법인세법 시행령제72조 제2항에 따른 취득가액으로 해석되어야 법문대로 해석되었다고 할 것이다.
(3) 채무를 출자전환하는 경우 이를 조특법 제16조 제1항에 따른 투자로 보고 있다(질의회신 서면-2015-법령해석소득-0832, 2015.11.19.). 여기서 채무란 자금을 대여한 채무만을 의미하는지, 자금의 이동이 없는 상거래 채무를 포함하여 의미하는지 여부는 명확히 해석하고 있지 않지만, 채무의 출자전환으로 취득하는 주식의 가액은 법인세법 시행령72조 제2항에 따른 취득가액인 취득 당시의 시가로 하는 것이다(사전답변 법규법인2012-476, 2013.1.24.). 즉, 채무의 출자전환에 따른 투자금액의 범위도, 앞서 살펴본 유권해석과 같이, 법인세법 시행령제72조 제2항에 따른 취득가액으로 해석하고 있으므로, 이 사건의 쟁점인 투자금액도 같은 논리로 취득 당시의 시가와 주식매수선택권을 행사한 수량을 곱한 금액이 투자금액이 된다고 할 것이다.
(4) 일반적인 유상증자에 참여한 투자와 주식매수선택권을 행사한 투자는 다르지 않기에 투자금액도 동일하다. 벤처기업에 투자하여 취득한 주식을 주가의 변동이 없다는 가정 하에 투자한 다음날 시장에서 주식을 양도한 경우, 투자자가 회수하는 금원은 투자금액과 동일한 금액으로 시장에서 회수하게 된다. <표1> 일반적인 유상증자와 주식매수선택권 행사시 투자금액 회수 비교 OOO (가) 행사이익은 미지급근로소득에 해당하기 때문에, 근로소득으로 소득세가 과세되고 국민건강보험료도 추가로 고지되었으므로 투자금액으로 보아야 한다. 만약 미지급근로소득이 근로소득으로 과세 되지 않았다면 투자금액으로 볼 수도 없을 것이다. (나) 소득세법 시행령제163조 제13항에서도 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도하는 경우, 본 주식의 취득가액은 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를 취득가액으로 한다고 규정되어, 투자금액에 포함된다는 의미를 갖고 있다. (다) 조특법 제88조의4(우리사주조합원 등에 대한 과세 특례) 제5항의 규정에서도, 우리사주조합 출연금에 대한 소득공제를 받지 않은 경우 우리사주를 인출시 근로소득으로 과세하지 않고 있다. 즉, 소득공제를 받으면 근로소득이 과세되고, 소득공제를 받지 않으면 근로소득이 과세되지 않는다. (라) 소득세법제52조 제1항의 국민건강보험료의 소득공제 요건은 근로자가 보험료를 지급한 경우이다. 이를 회사가 대납한 경우 근로소득으로 과세하고 보험료 소득공제를 적용하는 것이다. 만약 회사가 대납한 보험료를 근로소득으로 과세하지 않았다면, 보험료 소득공제도 적용할 수 없는 것이다. 이렇게 근로소득에 대한 과세와 보험료에 대한 소득공제는 상관관계가 있음에도 불구하고, 처분청은 근로소득에 대한 과세와 보험료에 대한 소득공제는 별개라는 이해할 수 없는 억지 주장을 하고 있다. (마) 따라서 이 사건에서 행사이익도 근로소득으로 과세되었기에 투자금액으로 보아 투자금액 소득공제가 적용되어야 할 것이다. 처분청은 회사가 대납한 보험료인 미지급근로소득이 보험료 지급액으로 상계된 것은 인정하면서, 행사이익인 미지급근로소득이 투자금액으로 상계된 것은 뚜렷한 근거의 제시도 없이 외면하고 있다.
(5) 이 사건의 쟁점인 조특법 제16조 제1항과 관련된 서식은 ① 출자 등 소득공제 신청서, ② 출자 또는 투자확인서가 있는데, 처분청이 심판청구에 대한 답변서에서 “투자금액”에 대하여 명확히 정의되어 있지 않다고 인정한 것과 같이, 이 서식에도 투자금액에 대하여 명확히 정의되어 있지 않으나, 처분청은 투자금액에 대한 정의가 되어 있다고 사실과 다른 답변을 하고 있다. (가) ① 출자 등 소득공제 신청서에는 법인세법 시행령제72조 제2항에 따른 취득가액으로 명확히 기재되어 있다. (나) 처분청은 중소벤처기업부장관의 위임을 받은 “OOO”에서 발급한 ②출자 또는 투자확인서에 기재된 금액을 투자금액으로 보아야 한다고 유추해석하여 주장하고 있으나, 이는 세법에 대한 해석 권한이 없는 “OOO”의 의견을 처분청이 따르는 것으로, 오히려 처분청은 세법의 올바른 해석에 따른 지침을 “OOO”에 전달하여야 하는 본분을 망각하고 있는 행태라 할 것이다. “OOO”는 세법에 대한 해석 기능이 전혀 없는 단체이고, 관련 세법 규정에 따라 벤처기업으로부터 투자자의 주금납입증명서만을 받아 확인서를 작성하도록 되어 있을 뿐이며, 조특법 제16조 법문에는 “주식매수선택권을 행사하여 벤처기업이 발행하는 주식을 인수하는 경우”는 규정되어 있지 않기 때문에, “OOO”는 ② 출자 또는 투자확인서의 투자금액을 기재하는 방법을 알지 못하고 있다. (다) 따라서 조특법 제16조 제1항과 관련 서식 2가지 중 ① 출자 등 소득공제 신청서에는 앞서 살펴본 유권해석과 같이 법인세법 시행령제72조 제2항에 따른 취득가액으로 명확히 기재되어 있고, ② 출자 또는 투자확인서는 세법 해석 권한이 없는 “OOO”가 작성한 것이기에, 이 사건의 쟁점을 판단하는 근거가 될 수 없음이 명확하다.
(6) 처분청은 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법 등 간접 투자인 경우는 제외한다는 규정을 강조하면서 투자금액을 판단하고 있으나, 이는 처분청이 법문을 무시한 자의적인 해석에 불과하다. 이 사건의 쟁점은 벤처기업에 직접 투자한 경우임을 처분청도 인정하는 사실임에도 불구하고, 마치 타인의 투자지분을 인수한 간접 투자인 것으로 오인하도록 근거 없는 주장을 하고 있다. 또한, 법문에는 세법에 대한 해석 권한이 없는 기관이 발행한 서류만을 근거로 하라는 규정이 없는데도 불구하고, 처분청은 마치 법문에 있는 것처럼 법문대로 해석하였다고 이해할 수 없는 의견을 제시하고 있으며, 처분청은 주식매수선택권의 행사로 자본잉여금이 증가하였다는 청구인의 의견을 사실이 아니라고 주장하나, 이는 사실이 아니다. 선결정례(조심 2020거1923, 2020.10.27.)에서, 주식매수선택권의 행사로 자본이 증가하게 된다고 판단하고 있음에도, 처분청은 어떠한 근거의 제시도 없이 자본의 증가가 없다고 사실을 왜곡하는 주장을 하고 있다.
(1) 청구인은 조특법 제25조의2 에너지절약시설투자에 대한 세액공제와 관련한 국세청 사전해석사례(사전-2014-법령해석법인-22078, 2015.5.1.)를 인용하면서 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제 규정의 출자(투자)금액 또한 법인세법 시행령제72조 제2항의 취득가액을 말하는 것이고, 이 경우 법인세법 시행령제72조 제2항 제7호에서 취득가액은 취득당시의 시가이므로 이 건 출자(투자)금액은 취득한 자산의 시가 즉, 주식매수선택권 행사로 취득한 신주의 시가로 보아야 한다고 주장하고 있다.
(2) 조특법 제16조에서 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제공제 대상이 되는 ‘출자 또는 투자한 금액’에 대하여는 명확히 정의되어 있지는 않으나, 동 규정이 벤처기업 등에 직접 투자하는 개인투자자에 대하여 조세지원을 목적으로 제정 되었고, 제1항 단서 조항을 규정함으로써 간접출자가 아닌 실질적으로 기업에 투자재원이 직접 지원되는 경우에만 소득공제임을 명확히 하고 있는 점과 중소벤처기업부장관이 청구인에게 발급한 ‘출자 또는 투자확인서’에도 투자금액란에 OOO원으로 기재되어 있으며, “출자 등 소득공제 신청서”의 작성요령에서 ‘투자금액’은 벤처기업에 직접 투자하는 경우는 ‘투자액’으로 설명하고 있는바, 조세법률주의에 입각한 엄격해석의 원칙에 따르면 투자금액은 청구인이 실제로 벤처기업에 투자한 금원으로 볼 수밖에 없다.
(3) 또한, 상법상 주식매수선택권은 법인의 경영, 기술, 혁신 등에 이바지하였거나 그러한 능력을 갖춘 임직원에게 특별히 싸게 법인의 새 주식을 사들일 수 있도록 법인에서 주는 권리를 말하는 것으로써 그 권리의 가액을 계산하여 근로소득 수입금액을 결정하는 것과 조세정책상 벤처기업 등 법인에 직접 투자를 촉진하고 재원마련을 장려하기 위하여 소득공제 규정을 두고 출자(투자)금액에 대해 소득공제를 하는 것은 별개의 사안이므로, 청구주장에서 인용된 소득세법제24조의 종합소득세 총수입금액 계산 관련 규정이나 같은 법 시행령 제163조의 제13항에서 주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 양도하는 경우의 양도자산의 필요경비를 계산할 때 행사당시 시가를 취득가액으로 한다는 규정은 이 사건과 직접 관련이 없다.
(4) 아울러 이 사건 불복청구에서 청구인 주장의 근거가 된 에너지절약시설투자에 대한 세액공제는 주로 에너지 시설 등에 대한 투자로 취득한 자산의 취득가액은 당연히 시가취득이므로 여기서 투자금액, 취득가액, 취득자산의 시가는 모두 같아 실제 행사금액과 시가가 상이한 이 사건과 비교하기 어렵고, 만약 청구주장과 같이 주식매수선택권 행사당시 시가를 공제대상이 되는 투자금액(취득가액)으로 본다면 벤처기업 등에 실제 투자재원으로 유입되지 아니하고 오히려 기업 입장에서 손금에 해당하는 금액(행사가액과 시가와의 차이금액)에 대하여도 소득공제를 하게 되어 동 규정의 제정취지에도 반하는 점 등을 종합하여 볼 때, 조특법 제16조의 ‘출자 또는 투자한 금액’은 주식매수선택권 행사의 경우에도 기업에 실제 자본금으로 유입되는 행사가액(1주당 OOO원, 합계 OOO원)으로 봄이 명백하므로 기업에 투자되지도 아니한 주식매수선택권 행사로 취득한 신주의 시가 전액(OOO원)을 투자금액으로 보아야 한다는 청구주장은 동 규정을 확장해석하거나 유추·해석한 결과에 해당하여 이유 없다.
1. 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 소재ㆍ부품전문투자조합에 출자하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 "벤처기업투자신탁"이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우
3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조에 따른 조합에 출자한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업 또는 이에 준하는 창업후 3년 이내 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조에서 "벤처기업 등"이라 한다)에 투자하는 경우
4. 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 벤처기업 등에 투자하는 경우
② 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 그 거주자의 주소지 관할 세무서장 또는 원천징수의무자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 제1항 제1호에 규정된 출자지분을 이전하거나 회수하는 경우
2. 제1항 제2호에 규정된 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 환매(還買)하는 경우
3. 제1항 제3호 및 제4호에 규정된 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우
④ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제25조의2(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 대통령령으로 정하는 에너지절약시설에 2016년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
② 제1항을 적용할 때 세액공제의 방법에 관하여는 제11조 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 준용한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제14조(중소기업창업투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제) ⑤ 법 제16조의 규정에 의한 소득공제를 받고자 하는 거주자는 기획재정부령이 정하는 소득공제신청서에 중소기업창업 지원법에 의한 중소기업창업투자조합(이하 "중소기업창업투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 한국벤처투자조합(이하 "한국벤처투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, 여신전문금융업법에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자업자 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제27조의 규정에 의하여 중소기업청장의 위임을 받은 자, 소재·부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법에 따른 소재·부품전문투자조합(이하 "소재·부품전문투자조합"이라 한다)을 관리하는 자(이하 이 조에서 "투자조합관리자등"이라 한다)로부터 기획재정부령이 정하는 출자 또는 투자확인서를 발급받아 이를 첨부하여 다음 각호의 규정에 의한 날까지 원천징수의무자·납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.
1. 소득세법 제73조 의 규정이 적용되는 거주자는 당해 연도의 다음 연도 1월분의 급여 또는 사업소득을 받는 날(퇴직 또는 폐업을 한 경우에는 당해 퇴직 또는 폐업한 날이 속하는 달의 급여 또는 사업소득을 받는 날)
2. 제1호 외의 거주자는 종합소득과세표준확정신고기한
⑥ 투자조합관리자 등은 법 제16조 제2항의 규정에 의한 추징사유가 발생한 경우에는 기획재정부령이 정하는 출자지분등변경통지서를 제5항의 규정에 의하여 당해 거주자가 소득공제를 신청한 원천징수의무자·납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 있는 경우에는 출자지분 등 변경통지서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 원천징수의무자의 휴업 또는 폐업
4. 소득세법 제73조 제1항 제4호 에 따른 사업소득만 있는 자의 휴업 또는 폐업
⑦ 제6항의 규정에 의하여 출자지분등변경통지서를 제출받은 원천징수의무자·납세조합 또는 납세지 관할세무서장은 지체 없이 당해 거주자가 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 공제받은 소득금액에 대한 세액(출자지분 또는 투자지분의 이전·회수나 수익증권의 양도·환매와 관련된 분에 한한다)에 상당하는 금액을 추징하여야 한다.
⑧ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
1. 해외이주법에 의한 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우
2. 천재·지변으로 재산상 중대한 손실이 발생하는 경우
3. 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 신기술사업투자조합, 소재·부품전문투자조합 또는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 의한 집합투자업자가 해산하는 경우 (3) 법인세법 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액
3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액
② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
7. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득 당시의 시가
(5) 소득세법 제24조(총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.
② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.
③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (6) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ⑬ 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도하는 때에는 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를 법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 취득가액으로 한다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 벤처기업 임직원이 주식매수선택권을 행사하여 벤처기업 등에 투자하는 경우, 행사당시의 시가 상당액을 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제 대상 출자금액으로 보아야 한다고 주장하나, 조특법 제16조에 따른 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제는 벤처기업의 투자재원 확충을 위한 개인투자를 활성화하기 위하여 도입된 소득공제로, 실질적으로 기업에 투자재원이 직접 출자(투자)되는 경우에 적용되는 소득공제로 봄이 타당한 점, 2021.3.26. 중소벤처기업부장관이 청구인에게 발급한 ‘출자 또는 투자확인서’상 투자금액이 OOO원으로 확인되고, “출자 등 소득공제 신청서”의 작성요령에서 ‘투자금액’은 벤처기업에 직접 투자하는 경우는 ‘투자액’으로 설명하고 있으며, 인건비를 대신하여 주식을 지급받는 일종의 노무출자에 대하여 별도의 투자액 포함여부 및 투자금액의 산정방법 등이 법령상 규정되어 있지 아니한바, 조세법률주의에 입각한 엄격해석의 원칙에 따르면 투자금액은 청구인이 실제로 현금을 납입하여 벤처기업에 투자한 금원으로 보아야 하는 점, 상법상 주식매수선택권은 법인의 경영, 기술, 혁신 등에 이바지하였거나 그러한 능력을 갖춘 임직원에게 특별히 싸게 법인의 새 주식을 사들일 수 있도록 법인에서 주는 권리를 말하는 것으로써 그 권리의 가액을 계산하여 근로소득 수입금액을 결정하고 법인에 대하여 손금산입을 허용하는 것과, 조세정책상 벤처기업 등 법인에 대한 개인의 직접 투자를 촉진하고 재원마련을 지원하기 위하여 출자(투자)금액에 대해 소득공제를 하는 것은 그 입법취지와 정책목적이 상이한 점, 출자전환의 경우 자금의 차입 당시 벤처기업 등에 실질적인 재원의 유입이 이루어진다는 측면에서 주식매수선택권 행사의 경우와는 달리 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.