조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점아파트가 「조세특례제한법」제99조에서 규정한 감면대상주택에 해당한다는 청구주장의 당부 등

사건번호 조심-2021-서-3487 선고일 2021.09.07

쟁점아파트 건축물대장상 사용승인일이 확인, 공문상 단지가 ..**. 임시사용승인을 받은 점 99.6.30. 전 입주세대가 있더라도 조특법제99조제1항제1호에서 감면대상 신축주택 요건은 사용검사일,사용승인일(임시사용승인일)을 규정한 점에 비추어 쟁점아파트가 조특법제99조의 감면대상이 아닌 것으로 보아 감면을 배제해 양도세를 과세한 처분은 잘못이 없음

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2000.8.9. 봉천제2구역 제2지구 주택재개발조합의 조합원 자격으로 취득한 OOO(이하 “쟁점아파트”라 하고, 쟁점아파트 단지를 “쟁점단지”라 한다)를 2016.9.30. 양도한 후, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조에 따른 신규주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면(감면소득 OOO원)을 적용하여 2016.11.18. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
  • 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 청구인이 조특법 제99조의 규정에 따른 감면을 적용받기 위해서는 청구인이 취득한 쟁점단지가 1998.5.22.부터 1999.6.30.까지의 기간 중에 사용승인(임시사용승인을 포함)을 받았어야 하나, 쟁점단지의 임시사용승인일이 1999.8.30.인 것을 확인하고, 조특법 제99조에 따른 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 감면을 배제하여 2021.4.16. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.6.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 1999.6.30. 전에 쟁점단지에 전입한 세대가 있었으므로 임시사용승인일을 1999.6.30. 이전으로 보아 신규주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 적용하는 것이 타당하다. (가) 쟁점단지 관리사무소의 확인서에 의하면 1999.6.30. 전에 상당수의 입주가 있었음이 확인되므로(1999.6.30. 이전부터 입주하여 2016년 11월까지 거주한 세대만 3세대임) 쟁점단지의 임시사용승인이 2회 있었다고 추정하는 것이 합리적이다. (나) 1999.12.27. 작성한 임시사용승인에 관한 문서는 존재하면서 4개월전의 임시사용승인서가 없다는 것은 재연장 승인 등의 문제를 은폐하기 위해 문서를 폐기했다는 의심을 지울 수가 없다. 그렇지 않으면 1999.6.30. 이전에 입주한 세대를 설명하기 어렵다. (다) 처분청은 현재까지도 임시사용승인서를 확인할 수가 없어 1999.12.27. OOO구청의 임시사용연장 승인서 교부에 의거하여 임시사용승인일을 추정하고 있으나, 청구인의 주장과 같이 1999.6.30. 이전에 입주한 세대가 상당수임을 비추어 보면 2회의 임시사용승인이 있었음이 추정가능하므로 처분청은 OOO구청의 임시사용승인서가 확인되기 전까지는 양도소득세 감면을 유지해야 한다.

(2) 청구인은 납세의무 이행을 위해 최선을 다했으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다. (가) 청구인은 쟁점단지 입주시기를 1999.6.30. 이전으로 기억하고 있어 임시사용승인일을 확인하기 위해 양도소득세 신고전에 3회 OOO구청을 방문하여 임시사용승인서 확인을 요청하였으나, 담당자가 임시사용승인서를 찾지 못하여 2016.11.11. 조특법 제99조에 따른 감면을 적용하지 아니하고 양도소득세를 신고하였다. (나) 신고 후 행정관청의 잘못으로 감면을 받지 못한다는 생각이 들어 쟁점단지 관리사무소에 의뢰하여 1999.6.30. 이전에 입주한 3 세대(OOO: 1999.4.7. 입주, OOO: 1999.6.6. 입주, OOO: 1999.6.29. 입주)가 있음을 확인받았다. 이에 청구인은 2016.11.18. 감면을 적용하여 양도소득세를 재신고하면서 쟁점단지 관리소의 확인서를 첨부하여 처분청에 전입세대 확인을 통해 처리해 줄 것을 요청하였다. 따라서 청구인은 처분청이 전입세대를 확인하여 처리한 것으로 알고 있었다. (다) 위와 같이 청구인은 납세의무의 성실한 이행을 위해 모든 수단을 다했으나, 처분청은 신고일로부터 4년 6개월이 지난 후 임시사용승인서가 아닌 임시사용연장승인서의 문구를 근거로 임시사용승인일을 추정하여 감면을 배제하였다. 처분청의 행정처리 지연에 대한 책임까지 청구인에게 물어 가산세까지 부과하는 것은 심히 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 각종 회신 공문에서 확인되는 바와 같이 쟁점단지의 임시사용일은 1999.8.30.이므로 조특법 제99조에 따른 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다. (가) 조특법 제99조 제1항 제1호에서 감면대상인 신축주택은 “자기가 건설한 주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998.5.22.부터 1999.6.30.까지의 기간사이에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 주택”이라고 규정하고 있다. (나) 청구인은 쟁점단지가 신축주택 취득기간 내에 취득한 주택이라는 증명서류로 2016년 11월 쟁점단지 관리소장으로부터 받은 확인서를 제출하였으나, 해당 내용은 조세심판원의 선결정례(OOO)에서 확인된 바와 같이 1999.6.30. 전에 쟁점단지에 전입한 세대가 있었음을 인정하기 어렵고, 처분청에서 2021.2.18. OOO에게 1999.1.1.∼1999.9.1. 기간 내 “OOO”에 전입·전출한 내역을 요청하여 회신받았으나, 쟁점단지에 최초로 전입한 이력은 1999.8.31.로 확인되었다. 따라서 1999.6.30. 전에 전입세대가 있었으므로 임시사용일이 1999.8.30.이전이었을 것이라는 청구주장은 사실관계에 기초하지 않는 것으로 인정하기 어렵다. (다) OOO구청장이 처분청에 회신한 공문(주택과-6231, 2021.2.22.)에 따르면, 쟁점단지의 임시사용일은 1999.8.30.이며, 당초 임시사용기간인 1999.8.30.∼1999.12.30.에서 1999.8.30.∼2000.3.31.로 연장된 것을 알 수 있다. 청구인은 위 기간 외에 별도의 임시사용승인이 있었을 것이라고 주장하고 있으나, 임시사용연장승인신청서 및 승인서에 최초 시작일을 1999.8.30.로 동일하게 기재한 것으로 보아 임시사용승인이 연장될 경우 종료일만 변경되며, 최초 시작일은 변경되지 않음을 알 수 있다. 따라서 OOO구청장이 회신한 공문에서 확인되는바와 같이 임시사용일은 1999.8.30.이라고 보아야 할 것이다. (라) 쟁점재개발구역은 분양단지(쟁점단지) 외에 임대단지가 포함되어 있어 처분청은 OOO주택도시공사에 임대단지 입주일과 임시사용승인일에 대한 자료를 요청하였고, OOO주택도시공사장(OOO-1715, 2021.2.25.)으로부터 임대단지의 입주개시일은 1999.11.1.이며, 임시사용일은 1999.8.30.이라는 회신을 받았다. (마) 청구인의 심판청구 부속서류 중 OOO구청장이 교부한 ‘주택재개발 OOO 임시사용연장승인서 교부’ 서류와 같이 명확하게 확인되는 공식 서류를 인정하지 않고, 아파트 관리소장이 발급한 서류만을 근거로 임시사용이 있었다는 주장만 되풀이하고 있을 뿐, 명확한 근거자료가 전혀 없다. 따라서 OOO구청의 임시사용승인서가 확인되기 전까지 양도소득세 감면을 유지해야한다는 청구주장을 인정하기 어렵다.

(2) 청구인이 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 가산세 감면을 적용하기 어렵다. (가) 청구인은 OOO구청에서 교부한 서류를 통해 임시사용승인이 1999.8.30.에 있었음을 알고 있었고, 그 내용을 부인하고 양도소득세 감면을 적용하여 신고한 것은 신고의무를 해태한 것으로 납세의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다. OOO구청에서 발급한 서류의 내용은 인정하지 않고, 청구인이 원하는 내용의 서류가 교부되지 않는다고 하여 모든 내용을 부인하고 청구인의 뜻에 따라 신고한 것은 신고내용에 대해 청구인이 책임을 져야하는 부분으로 성실한 신고의무를 이행하였다고 볼 수 없다. (나) 양도소득세 재신고 후 처분청 담당자로부터 전화가 와 신고서 내용대로 처리된 것으로 알고 있었다고 하나, 이는 신고서가 이중으로 제출되어 접수할 신고서를 확인하였을 뿐이지, 신고 내용에 대한 검토라고 볼 수 없다. 따라서 이를 신고의무를 성실히 이행하였다는 논거로 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조 에서 규정한 감면대상 주택에 해당한다는 청구주장의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

  • 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것) 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 사이에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 주택

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2016.1.22. 법률 제26922호로 개정된 것) 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】④ 법 제99조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 해당 주택의 건축물대장을 확인하여야 한다(제3호의 경우는 제외한다).

1. 법 제99조 제1항 제1호의 주택의 경우에는 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOO 주택재개발조합의 조합원으로, 2000.8.9. 소유권보존을 원인으로 쟁점아파트(주거전용면적 114.69㎡)를 취득하여 보유하다가, 2016.9.30. AAA에게 OOO원에 양도한 후, 조특법 제99조에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

(2) 청구인은 양도소득세 신고시 쟁점아파트의 건축물대장에 사용승인일은 2000.5.9.로 되어 있으나, 조합원 분양대금 중 잔금약정일이 1999.8.31.이고(통상 임시사용승인후 3∼4개월 후로 지정), 쟁점단지에 1999.6.30. 이전에 입주한 세대가 있었으므로 1999.8.31. 이전에 임시사용승인일이 있었던 것으로 보아야 한다며 다음의 자료를 제출하였다. (가) 쟁점아파트 건축물대장에는 2000.5.9. 사용승인(주택58531- 1518호)되었다고 기재되어 있다. (나) 청구인이 제출한 ‘분양입금내역 관리’ 및 ‘분양계약서’상 분양대금 납부 약정일은 <표1>과 같다. (다) 쟁점단지 관리소장이 작성한 입주일자 확인서(2016년 11월)의 내용은 다음과 같다.

(3) 처분청은 쟁점단지의 임시사용승인일이 1999.8.30.이므로 조특법 제99조에 따른 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 <표2>와 같이 양도소득세를 경정·고지하였고, 처분청이 제시한 임시사용승인일을 입증하는 자료는 다음과 같다. (가) OOO구청장은 처분청의 “쟁점단지 임시사용승인일 확인자료 요청”에 대해 쟁점단지의 임시사용승인일이 1999.8.30.이라고 회신(주택과-6231, 2021.2.22.)하였고, 확인자료로 임시사용연장승인서(관악구청장 작성) 및 임시사용연장승인신청서(OOO주택재개발조합 조합장 작성) 등을 첨부하였다. (나) OOO은 처분청의 “1999.1.1.∼1999.9.1. 기간 동안의 쟁점단지 전입세대 열람요청”에 대해 16세대의 전출입내역을 회신(재산세과-326, 2021.2.18.)하였는데, 전입일자는 모두 1999.8.31.로 나타난다. (다) OOO의 전산자료상 쟁점단지의 사용검사일은 1999.8.30.로 조회되고 있다. (라) OOO는 처분청의 “OOO) 임대아파트 입주관련 자료 요청”에 대해 임대아파트의 입주개시일은 1999.11.1.이고, 임시사용승인일은 1999.8.30.이라고 회신(관악동작센터-1715, 2021.2.25.)하였다. (마) 처분청은 2020.4.22. 인터넷 정보공개포털(OOO)에 접수된 청구내용을 제출하였는데, 민원인은 쟁점단지 관리처분인가일이 확인되는 서류와 임시사용승인일이 확인되는 서류를 요청하였고, 이에 대해 OOO구청은 2020.5.4. 임시사용승인일은 1999.8.31.이라고 회신한 것으로 나타난다. (바) 처분청이 제시한 조세심판원 선결정례(OOO)는 쟁점단지 OOO를 양도한 BBB가 청구인과 동일하게 1999.6.30. 이전에 입주한 3세대가 있으므로 1999.6.30. 이전에 임시사용승인이 있었다며 조특법 제99조에 따른 양도소득세 감면을 적용해달라는 청구 건이고, 위 선결정례에 나타나는 사실관계에는 OOO서장이 OOO구청장으로부터 임시사용승인일이 1999.8.31.이라는 공문을 회신받았으며, 1999.6.30. 이전에 입주하였다는 세대의 전입일자를 <표4>와 같이 확인한 것으로 나타난다

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 1999.6.30. 이전에 쟁점단지에 전입한 세대가 있었으므로 임시사용승인일을 1999.6.30. 이전으로 보아 신규주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점아파트 건축물대장상 사용승인일은 2000.5.9.로 확인되고, OOO구청장의 회신공문(주택과-231, 2021.2.22.) 및 임시사용연장승인서(주택5853- 4364, 1999.12.27.)에 쟁점단지가 1999.8.30. 임시사용승인을 받은 것으로 나타나는 점, 청구인이 1999.6.30. 이전에 쟁점단지에 입주하였다고 주장하는 3세대의 주민등록 전입세대 열람결과 1999.6.30. 이전에는 전입내역이 없는 것으로 나타나고, OOO의 회신공문(재산세과-326, 2021.2.18.)에서도 쟁점단지에 최초 전입한 세대의 전입일은 1999.8.31.로 나타나는 점, 실제 쟁점아파트에 1999.6.30. 이전에 입주한 세대가 있다 하더라도 조특법 제99조 제1항 제1호에서 감면대상 신축주택의 요건으로 사용검사일 또는 사용승인일(임시사용승인일 포함)을 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점아파트가 조특법 제99조에 따른 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2017중1318, 2017.6.25., 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점아파트에 대한 양도소득세 납세의무 이행을 위해 최선을 다했으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 처분청이 제출한 자료에서 나타나는 바와 같이 OOO구청은 임시사용연장승인서 등을 통해 임시사용승인을 회신하고 있으므로 해당 일자를 알지 못하였다는 청구주장을 신뢰하기 어렵고, 감면요건에 대한 증명책임은 감면사유를 주장하는 납세자에게 있으므로 감면 근거자료의 확인에 관한 책임을 처분청에 전가할 수 없는 점, 쟁점아파트 입주자기록대장은 쟁점아파트 단지의 임시사용승인일을 입증할 수 있는 증빙서류로 보기 어렵고, 확인되지 아니하는 사항에 대해 감면을 적용하여 양도소득세를 신고한 것에 대해 납세의무를 성실히 이행하였다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 가산세를 감면해달라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)