국내에 미등록된 외국특허권 사용료인 쟁점사용료1이 외국법인의 국내원천소득에 해당하는지 여부 및 쟁점사용료2는「법인세법」상 ‘국내에서의 사용’에 대한 대가에 해당하지 아니하므로 외국법인의 국내원천소득이 아니라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 항암제 등 신약연구개발사업을 영위하고 있는 미국법인으로서 2014년에 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)과 함께 폐암의 3세대 EGFR 억제제(이하 “3세대 억제제”라 한다) 개발에 성공하였고, 미국에서 “Compounds and compositions for Modulating EGFR and JAK Kinase activities for treating Cancers”라는 명칭으로 3세대 억제제에 관한 예비특허(이하 “쟁점특허권”이라 한다)를 출원하였으며, 이후 청구법인과 AAA은 2015.7.29. 주식회사 BBB(이하 “BBB”이라 한다)에게 3세대 억제제 관련 기술 전부를 이전하면서 BBB으로부터 이에 대한 기술료를 지급받는 계약(이하 “3세대 기술이전계약”이라 한다)을 체결하였는바, BBB은 3세대 기술이전계약에 따라 3세대 억제제와 관련된 의약품의 임상 1상 시험계획서 승인 이후 2017.2.24. 청구법인에게 OOO원(이하 “쟁점사용료1”이라 한다)을 지급하면서 법인세 OOO원(지방소득세 별도)을 원천징수(신고기한 2017.3.10.)하였다.
• 나. BBB은 타사의 3세대 항암제 임상시험 과정에서 이중돌연변이 억제제에 내성이 있는 새로운 돌연변이[OOO]가 보고되자 청구법인에게 삼중돌연변이에 대한 신규항암제의 공동개발을 요청하였고, 이에 따라 청구법인과 BBB은 2016.5.2. 삼중돌연변이 억제 후보물질(이하 “4세대 억제제”라 한다)의 도출을 목적으로 하는 공동연구개발계약(이하 “4세대 공동연구개발계약”이라 하고, 3세대 기술이전계약과 4세대 공동연구개발계약을 통칭하여 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였다. 한편 BBB은 4세대 억제제의 후보물질이 선정되기 전인 2018.11.2. 미국법인인 CCC 바이오테크(이하 “CCC”이라 한다)와 3세대 억제제 및 4세대 억제제에 대한 라이선스 계약(이하 “쟁점라이선스계약”이라 한다)을 체결하였는바, CCC은 쟁점라이선스계약에 따라 2018.12.20. BBB에게 계약금 OOO달러를 지급하면서 법인세 OOO달러를 원천징수하였고, BBB은 계약금 OOO달러에서 원천징수세액을 제외한 실수령액인 OOO달러 중 쟁점계약에 따라 청구법인에게 OOO달러(OOO원이고, 이하 “쟁점사용료2”라 하며, 쟁점사용료1과 쟁점사용료2를 통칭하여 “쟁점사용료”라 한다)를 지급하면서 2019.6.27. 법인세 OOO원(지방소득세 별도)을 원천징수(신고기한 2019.7.10.)하였다.
• 다. BBB은 쟁점사용료에 대하여대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 “한미조세조약”이라 한다) 제14조 제1항의 사용료소득 제한세율인 15%를 적용하여 산출한 원천징수세액을 2017.3.10., 2019.7.10. 처분청에 각각 신고·납부하였고, 이에 대해 청구법인은 2020.7.31. 쟁점사용료가 청구법인의 국내원천소득에 해당하지 아니한다고 주장하며 BBB이 처분청에 신고·납부한 원천징수세액 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 2021.3.5. 쟁점사용료가 청구법인의 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 국내에서 등록되지 아니한 특허권에 대한 사용대가는 한미조세조약에 따라 국내에서 과세될 수 없다. 외국법인은법인세법제3조 제1항 제2호에 따라 국내원천소득에 대하여만 납세의무를 부담하고, 같은 법 제93조에서 외국법인의 국내원천소득을 열거하고 있다. 다만 소득의 원천지 결정에 관하여는 조세조약이법인세법에 우선하여 적용되므로 미국법인의 소득이 과세대상인 국내원천소득에 해당하기 위해서는 그 소득이 한미조세조약에 의할 때 한국의 원천소득으로 분류되어야 한다. 그런데 한미조세조약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였다. 즉 국내세법에 우선하여 적용되는 한미조세조약은 특허권 사용료소득의 원천지 결정기준으로 “사용지주의”를 채택하고 있는데, 여기에서 ‘사용’은 특허권이 등록된 국가에서만 존재할 수 있으므로 특허권의 침해도 특허권이 법적으로 보호되는 등록지에서만 발생하게 된다. 따라서 한미조세조약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권을 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 상정할 수 없다. 이에 따라 대법원의 확립된 입장은법인세법제93조의 규정에도 불구하고 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 국내원천소득으로 볼 수 없다는 것이고, 같은 취지의 대법원 판결이 잇달아 선고된 바 있다(대법원 2014.10.30. 선고 2014두9554 판결, 대법원 2014.11.27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2014.12.11. 선고 2013두9670 판결, 대법원 2015.12.24. 선고 2015두52418 판결, 대법원 2016.6.9. 선고 2016두33667 판결, 대법원 2018.12.27. 선고 2016두42883 판결 등 참조).

(2) 쟁점사용료1은 미국에 출원·등록된 특허의 사용대가로서 청구법인의 국내원천소득에 해당하지 아니한다. 쟁점사용료1은 3세대 억제제의 임상 1상 시험 승인을 받은 경우에 지급하는 금원인데, 쟁점사용료1 지급의 근거가 된 3세대 기술이전계약 체결 당시 쟁점특허권은 미국에서 (예비)출원되었을 뿐, 국내에서는 전혀 출원이 되지 아니하였고(쟁점특허권은 미국에서 2014.10.13. 예비출원 후 2015.10.13. 정식으로 출원되었고, 2016.4.14. 그 출원이 공개되었으며, 쟁점사용료1의 지급일인 2017.2.24.부터 한 달도 지나지 아니한 2017.3.14. 등록되었음), 쟁점사용료1 지급일 무렵에도 쟁점특허권은 미국에서만 출원이 공개되어 등록이 임박한 상태였을 뿐, 국내에서는 등록된 사실이 없다. 또한 쟁점사용료2의 지급 당시에는 쟁점특허권이 미국에서만 등록된 상태였으므로 쟁점사용료2 중 3세대 억제제에 대한 사용료에 상응하는 부분은 모두 국내원천소득에 해당하지 아니한다.

(3) 쟁점사용료2도법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것)(이하 “구법인세법”이라 한다) 상 ‘사용’의 개념에 비추어볼 때 국내원천소득에 해당하지 아니한다. 구법인세법제93조 제8호 단서는 “소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니하고, 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정하고 있다. 쟁점사용료2는 BBB이 CCC과 쟁점라이선스계약을 체결하고, 그 계약으로 인하여 수익을 얻는 경우 청구법인에게 지급하는 금원이다. 즉 쟁점사용료2는 모두 BBB이 ‘해외파트너’인 CCC과 계약을 체결함에 따라 발생한 것으로서 쟁점라이선스계약에 따라 CCC은 ‘해외지역’에서의 독점실시권을 부여받았고, 이에 따라 특허권, 노하우 등을 국외에서 사용할 수 있게 되었을 뿐이다. 그렇다면 쟁점사용료2는 구법인세법제93조 제8호 단서가 규정한 ‘사용’의 개념에 비추어 볼 때 국내에서의 사용에 대한 대가에 해당하지 아니함이 명백하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점사용료는 BBB이 국내에서 ‘사용’(연구개발 등)한 대가로서 국내원천소득에 해당한다. 사용료 소득의 과세권을 배부함에 있어 한미조세조약 제6조 제3항은 “제14조 제4항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본 조 ⑸항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정하여 재산의 사용지국에 소득원천이 있는 경우 소득원천지국에서 제한적 과세권을 행사할 수 있도록 하고 있다. 또한 한미조세조약은 특허권의 과세권 배분에 대하여만 규정하고 있을 뿐, 사용지국에 대한 판단기준을 제시하고 있지 아니하고, 한미조세조약 제2조 제2항은 “이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다.”라고 규정하여 조세가 결정되는 체약국의 법, 즉 국내법에 따를 수 있도록 하고 있다. 결국 쟁점사용료의 원천지를 판단하기 위한 한미조세조약 상의 ‘사용’의 개념에 대한 논의는 국내세법에 따라 해석할 수밖에 없다. 이와 관련하여 구법인세법제93조 제8호는 “다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권 등”이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정하여 “사용지”의 개념을 명확히 하였다. 또한 OECD 모델조세조약 제12조 주석서에 기재된 내용을 살펴보면, 사용료를 정의함에 있어 “통상 다양한 형태의 문학적, 예술적 자산이나 권리, 또는 산업, 상업, 학술적 경험 관련 서류나 정보 상 특정되는 지적자산과 관계가 있다. 이 정의는 공인등록기관이나 등록이나 등록필요 여부와 상관없이 위 언급된 종류의 권리를 사용하거나 사용할 권리에 대한 지급금에 적용된다.”라고 명시하고 있다. 이와 같이 한미조세조약에 명시적인 반대규정이 없는 이상 쟁점특허권은 그 등록여부와 관계없이 국내에서 제품을 만들기 위한 연구개발 등에 사용되었으므로 쟁점특허권의 사용지는 국내에 있는 것으로 보는 것이 타당하다.

(2) 한미조세조약은 사용지 개념에 대하여 규정하고 있지 아니하는바, 쟁점사용료는 국내법(구법인세법제93조 제8호)에 따른 국내원천소득에 해당한다. 구법인세법제93조 제8호 단서 후문 신설 전에는 ‘사용’의 의미에 대한 명문의 규정이 없었고, 대법원은 특허권의 속지주의원칙을 세법의 영역에 받아들여 등록지를 사용지로 보는 해석(대법원 2007.9.7. 선고 2005두8641 판결)을 함으로써 사용의 개념에 대한 공백을 해소하고자 하였다. 청구법인이 근거로 제시한 대법원 판례(대법원 2018.12.27. 선고 2016두42883 판결 등)는 전술한 대법원 2007.9.7. 선고 2005두8641 판결과 같이특허법상 특허권 속지주의원칙에 따라 국내에 미등록된 특허권의 경우 국내 특허실시권이 없어 특허권의 국내사용을 개념할 수 없다는 논리에 근거한 것이다. 그러나 사용지가 실제 사용한 장소가 아니라 특허의 등록지라는 판결은 2008.12.26.법인세법이 개정되기 전 특허권 사용의 의미에 대한 규정이 없던 시기에 대법원이 전원합의체 판결로 사용의 의미를 보완한 해석론에 불과하고, 실제 한미조세조약의 그 어디에도 사용지(등록지) 개념에 대한 규정은 없다. 구법인세법제93조 제8호 단서 후문이 신설됨에 따라 국내법상 특허권 ‘사용’의 개념이 분명해졌고, 이에 따라특허법상 특허권의 속지주의원칙(등록지=사용지)이 세법상 특허권 사용료 소득에 더 이상 적용될 수 없음에도특허법상 특허권 속지주의원칙을 적용하여 여전히 대법원 판결과 동일하게 특허권 사용료 소득의 국내원천소득 여부를 판단하여야 한다는 청구주장은 구법인세법제93조 제8호 단서 후문의 입법취지에 배치되는 해석으로서 받아들일 수 없다. 3세대 억제제의 경우 3세대 기술이전계약 체결 당시 미국에 등록한 ‘특허권 및 그에 따른 대응해외특허에 관한 무상의 통상실시권(Royalty-free non-exclusive license, 재실시권 포함)’이 포함되어 있었지만, 4세대 억제제는 3세대 억제제와는 달리 4세대 공동연구개발계약 체결 당시는 물론이고 현재까지도 ‘미국 등록 특허’ 및 ‘대응해외특허에 관한 무상의 통상실시권’이 등록되지 아니한 상태이다. 또한 BBB이 쟁점사용료1에 대한 원천징수세액을 신고·납부하고, 4세대 억제제가 미등록 특허이기는 하나 지식이나 노하우에 대한 사용대가로 보아 쟁점사용료2에 대한 원천징수세액을 신고·납부해 온 것은 쟁점사용료가 청구법인의 국내원천소득이기 때문이다.

(3) CCC은 쟁점라이선스계약에 따라 BBB에게 기술사용 대가를 지급하면서 원천징수세액(15%)을 징수하였는바, 이는 CCC이 BBB의 특허권, 지식, 노하우 등을 사용한 대가로서 해당 대가를 미국의 원천소득으로 보았다는 반증이다. 청구법인은 쟁점특허권 및 무상의 통상실시권을 BBB에게 이전하였고, BBB은 임상 1/2상 승인된 후보물질(OOO)을 CCC에게 이전하였으며, CCC은 BBB에게 이에 대한 기술사용 대가를 지급하면서 15%를 원천징수하였다. 청구주장이 맞다면, 당초 청구법인이 가지고 있었던 쟁점특허권과 통상실시권은 국내 미등록 특허로서 CCC이 BBB에게 지급한 기술사용 대가에 대해 원천징수하지 않아야 하고, 특히 4세대 억제제의 경우에는 후보물질이 도출되지 아니하여 미국과 한국 어디에도 특허등록이 되어 있지 아니하였으므로 더더욱 원천징수하지 않아야 한다. 원천징수의무자인 CCC이 쟁점라이선스계약에 따라 소득자인 BBB에게 기술사용 대가를 지급하면서 15% 세율로 원천징수한 것은 특허법상 속지주의원칙을 적용하지 아니하고, 한미조세조약 제14조 제4항을 적용하여 CCC이 BBB의 특허권, 지식, 노하우 등을 사용한 대가로서 원천징수한 것으로 밖에 볼 수 없다.

(4) 이와 같이 쟁점사용료는 BBB이 국내에서 ‘사용’하고, 지급한 대가로서 한미조세조약 제6조 제3항, 제14조 제4항 및 구 법인세법 제93조 제8호 에 따라 국내원천소득에 해당하고, 그 국내원천소득은 원천징수대상이다. 한미조세조약 제6조 제3항은 사용료 소득의 원천을 특허권의 속지주의원칙에 따르도록 한 것이 아니다. 즉특허법상 특허실시권은 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 효력이 미치지만, 이것이 곧 한미조세조약 제6조 제3항에 직결되는 것은 아니다. ‘특허권의 사용이나 사용할 권리’의 의미는 특허받은 기술을 물리적으로 사용하는 장소 내지 특허받은 기술로 제품을 제조하는 장소,특허법이나 민사법 상 특허권이나 그 사용에 관한 권리에 대한 법적보호를 받는 장소, 특허제품이나 특허기술로 제조한 제품을 최종 소비하거나 사용하는 장소 등을 모두 고려하여 판단해야 한다. 따라서 국내 미등록 특허권이라 하더라도 그러한 특허기술로 연구개발, 제조 등이 국내에서 이루어진다면 그 의미를 따로 정의하고 있지 아니한 이상 해당 특허권의 사용장소는 한미조세조약 제2조 제2항에 따라 국내법에서 내포하는 의미로 풀이할 수밖에 없고, 구법인세법제93조 제8호에 따라 국내에서 연구개발, 제조, 판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 보아야 한다.

• 가. 쟁점

① 국내에 미등록된 외국특허권 사용료인 쟁점사용료1이 외국법인의 국내원천소득에 해당하는지 여부

② 쟁점사용료2는법인세법상 ‘국내에서의 사용’에 대한 대가에 해당하지 아니하므로 외국법인의 국내원천소득이 아니라는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 등

(1) 법인세법 제93조[국내원천소득](2019.12.31. 법률 제16833호로 일부 개정되기 전의 것) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산・정보 또는 권리를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 자산・정보 또는 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 자산・정보 또는 권리에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 특허권등 이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조・판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다. <가.∼나. 생략>

(2) 국제조세조정에 관한 법률 제28조[조세조약상의 소득 구분의 우선 적용] 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 ｢소득세법｣ 제119조 및 ｢법인세법｣ 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.

(3) 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약 제2조[일반적 정의] (2) 이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다. 상기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 따른 그러한 용어의 의미가 타방 체약국의 법에 따른 용어의 의미와 상이하거나, 또는 그러한 용어의 의미가 어느 한 체약국의 법에 따라 용이하게 결정될 수 없는 경우에 양 체약국의 권한 있는 당국은 이중과세를 방지하거나 또는 이 협약의 기타의 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적상 동 용어의 공통적 의미를 확정할 수 있다. 제4조[과세의 일반규칙] (1) 일방 체약국의 거주자는, 이 협약에서 정한 제한에 따를 것으로 하여, 타방체약국 내에 원천을 둔 소득에 대하여 또한 그러한 소득에 대해서만 동 타방 체약국에 의하여 과세될 수 있다. 동 목적상 제6조에 정한 제 규칙(소득의 원천)은 소득의 원천을 결정하기 위하여 적용된다. 제6조[소득의 원천] 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다. ⑶ 제14조(사용료) ⑷항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본 조 ⑸항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. ⑼ 본 조 ⑴항 내지 ⑻항이 적용되지 아니하는 항목의 소득원천은 각 체약국의 법에 따라 그 체약국에 의하여 결정된다. 제14조[사용료] ⑴ 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기 ⑵항 및 ⑶항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15%를 초과해서는 아니된다. ⑷ 본 조에서 사용되는 “사용료”라 함은 다음의 것을 의미한다. ⒜ 문학・예술・과학작품의 저작권 또는 영화필름・라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점계약의 주요내용은 아래 OOO, OOO와 같다. 한편 BBB이 CCC으로부터 수취한 계약금내역에 의하면, CCC은 쟁점라이선스계약에 따라 BBB에게 아래 OOO과 같이 계약금을 지급 및 원천징수하였고, BBB은 원천징수세액을 제외한 계약금 실수령액 OOO달러(OOO원)에서 4세대 공동연구개발계약에 따라 청구법인에게 쟁점사용료2를 지급한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점사용료에 대한 원천징수내역은 아래 OOO와 같다.

(3) 처분청은 청구법인이 BBB에게 쟁점특허권을 이전한 이후의 BBB의 국내특허등록 및 출원현황 자료를 아래 OOO와 같이 제출하였는바, BBB은 청구법인으로부터 특허기술을 이전받은 후 BBB의 특허출원을 통해 자체적인 지식, 노하우를 축적하였다는 의견이다.

(4) 한미조세조약 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정하고 있고, 같은 조약 제2조 제2항은 “이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다.”라고 규정하고 있다. 한편 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된법인세법제93조 제8허는 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정하고 있는바, 이와 관련하여 기획재정부가 발간한 2008년 간추린 개정세법상 해당 규정의 개정내용 및 개정이유는 다음과 같다.

(5) 대법원은 다음과 같이 사용지 개념 중 국내에 등록되지 아니한 특허권은 국내에서 사용한 것으로 볼 수 없어 국외원천소득에 해당한다는 입장을 견지해 오고 있는 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사용료1이 청구법인의 국내원천소득에 해당하지 아니한다고 주장하나, 한미조세조약 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정하고 있고, 같은 조약 제2조 제2항은 “이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다.”라고 규정하고 있는바, 위 제6조 제3항은 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정하였을 뿐, 그 사용지의 판정기준에 대하여는 달리 규정하고 있지 아니하고, 이러한 경우 위 제2조 제2항에 따라 사용지에 대한 판단은 국내 세법에 따라야 하는 것으로 해석되는 점(조심 2020광250, 2020.6.12. 다수 같은 뜻임),법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 일부 개정되기 전의 것) 제93조 제8호는 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내등록여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정하고 있는바, 국내에 미등록된 특허권 사용에 대한 대가도 특허권이 국내에서 제조·판매 등에 사용되었다면 국내원천소득에 해당하는 것으로 보이는 점, 기획재정부가 발간한 2008년 간추린 개정세법은법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것) 제93조 제8호의 개정내용 및 개정이유에 대하여 “사용지 개념 중 국내에 등록되지 않은 특허권은 국내에서 사용한 것으로 볼 수 없어 국외원천소득에 해당한다는 대법원 판례(대법원 2007.9.7. 선고 2005두8641 판결)에 따라 국내에 등록되지 아니한 특허권의 사용대가에 대하여 과세할 수 없는 문제점을 입법적으로 보완한 것”이라고 밝히고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사용료1을 청구법인의 국내원천소득으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사용료2가법인세법상 ‘국내에서의 사용’에 대한 대가에 해당하지 아니하므로 청구법인의 국내원천소득에 해당하지 아니한다고 주장하나, 3세대 기술이전계약 제8조는 “BBB이 해외 라이선싱 파트너와 라이선싱 계약을 체결하는 경우 수익금의 40%를 청구법인과 AAA에게 각 50%씩 지급한다.”라고 규정하고 있고, 4세대 공동연구개발계약 제10조는 “OOO 물질 도출여부 및 주체와 상관없이 후보물질 선정전에 BBB이 해외 파트너와 독점 라이선스계약을 체결한 경우 수익금의 40%를 배분한다.”라고 규정하고 있는바, 쟁점사용료2는 청구법인과 BBB이 체결한 3세대 기술이전계약과 4세대 공동연구개발계약에 따라 체결된 쟁점라이선스계약을 근거로 청구법인에게 지급된 것으로 보이는 점, 쟁점라이선스계약의 주요내용을 살펴보면, BBB은 CCC에게 3세대·4세대 억제제 관련 특허의 해외지역에서의 독점실시권을 부여하고, CCC은 이에 대한 대가로 BBB에게 계약금, 마일스톤(일정성과달성 시 지급하는 금액) 및 시판 후 매출액의 일정비율을 로열티로 지급하는 것인데, 쟁점사용료2는 CCC의 미국에서의 매출액에 대한 로열티가 아닌 계약금에 해당하고, 한국에서의 독점실시권은 계속 BBB에 귀속되어 있었던 점, CCC은 쟁점라이선스계약에 따라 BBB에게 쟁점사용료2를 지급하면서 법인세를 원천징수하였는바, 미국도 한미조세조약에 따라 쟁점사용료2를 미국의 원천소득으로 보아 원천징수한 것으로 보이는 점, 쟁점사용료2 중 4세대 억제제에 대한 특허가 등록되지 아니하였다 하여 청구법인의 국내원천소득 해당여부 판단 시 이를 달리 볼 것도 아닌 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사용료2를 청구법인의 국내원천소득으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항 및국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.