쟁점부동산을 일괄양도한 것으로 보아 쟁점거래가액을 기준시가로 안분하여 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2021.4.21. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2019.11.26. OOO(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 주택 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를, 청구인의 배우자인 AAA은 같은 날 OOO 등 지상에 위치한 무허가주택 OOO(이하 “쟁점무허가주택”이라 하고 청구인 소유의 쟁점토지 및 쟁점주택과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사 AAA(이하 “양수법인”이라 한다)에 양도하고 1세대 1주택에 해당하는 고가주택으로 보아 2019.12.22. 아래 ＜표1＞과 같이 양도소득세를 각각 신고·납부하였다. ＜표1＞ 쟁점부동산 거래내역 OOO
• 나. 처분청은 청구인과 AAA이 양수법인과 각각 부동산 매매계약을 체결하고 각 계약서상 거래가액을 양도가액으로 신고하였으나, 토지와 건물을 함께 양도한 것으로 보아 전체 거래가액인 OOO원(이하 “쟁점거래가액”이라 한다)을 위 ＜표1＞과 같이 기준시가로 안분하여 2021.4.21. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.5.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 처분청은 청구인 소유 쟁점주택과 AAA이 소유한 쟁점무허가주택이 하나의 주택에 해당하므로 쟁점무허가주택을 별도의 부동산으로 볼 수 없고, 두 건의 매매거래를 별개의 거래 또는 분할 양도로 볼 수 없다는 의견이나, 쟁점무허가주택은 청구인 소유의 쟁점주택 및 쟁점토지와는 경제적 실질에서 매우 다른 독립된 매매대상물로 취급되어야 하고, 매매계약서도 이러한 취지에 따라 작성되었다. (가) 당사자 간 합의에 따라 체결된 매매계약서를 살펴보면, 매매대상물은 청구인의 경우 쟁점토지와 그 지상에 건축된 등기된 쟁점주택은 물론 동 토지 위에 건축된 무허가주택까지 매매대상물임을 분명히 하였고, AAA은 쟁점무허가주택만을 매매대상물로 하였다. 1) 특히 AAA의 쟁점무허가주택이 점유하고 있는 타인 소유의 토지(OOO)는 민법제245조 제1항의 ‘점유취득시효’에 해당되고, 쟁점무허가주택은 OOO 도시 및 주거환경정비 조례상 분양자격을 인정받을 수 있는 건물인데, 통상적으로 이러한 권리를 가진 부동산에는 프리미엄이 더해져 고액으로 거래되고 있는 것이 현실이다. 2) 이에 따라 AAA은 쟁점무허가주택이 청구인 소유 쟁점주택과 일체의 건물이 아닌 독립된 주택임을 확실히 하여 재개발사업 등이 시행될 경우 청구인 소유 부동산과 별도의 보상을 받거나 입주권을 받을 수 있는 권리를 획득하기 위해 쟁점무허가주택을 자기의 소유로 확실히 하였고, 점유하고 있었던 구거에 대한 점용료도 납부하는 등 권리확보를 위해 노력해왔다. 따라서 AAA이 소유한 쟁점무허가주택은 청구인 소유의 쟁점주택 및 쟁점토지와는 경제적 실질에서 구분되는 독립된 매매대상물로 취급되어야 한다. (나) AAA이 양도소득세를 신고할 때 두 주택을 1세대 1주택에 해당하는 고가주택으로 신고한 것은 무허가주택의 양도소득에 대한 납세의무를 이행하기 위해 부득이하게 선택한 납부할 세액계산 방법이었는데, 이것이 경제적 실질이 전혀 다른 두 주택을 하나의 주택으로 인정한 것은 아니었음을 확실히 하고자 한다. (2) 이 건 거래의 핵심은 양수법인이 쟁점무허가주택(실질적으로는 쟁점무허가주택이 점유권을 확보하고 있는 타인 소유의 토지)을 AAA으로부터 매입하는 것이었고 그 대가는 철거보상금의 성격을 가지는바, 이를 주택의 주거가치가 존재하는 통상의 부동산 거래로 간주하여 양자의 가격을 통산하고 각각 기준시가로 안분하여 양도가액을 산정한 이 건 처분은 부당하다. (가) 이 건 거래의 실질은 처분청에서 판단한 바와 같이 양수법인이 오피스텔 신축을 위한 사업부지 내의 토지를 확보하는 것이 목적이었는데, 특히 쟁점무허가주택은 타인 소유의 토지를 다수 점유하고 있어 그 타인 소유의 토지를 양수법인이 원만하게 매입하기 위해서는 우선 쟁점무허가주택이 점유하고 있는 토지를 매입해야 했다. 처분청은 AAA이 점유한 타인의 토지에 대해 소유권을 이전받은 사실이 없다고 하나, 민법상 점유취득시효가 완성되었지만 소송을 거치지 않고서는 토지 소유자가 순순히 등기를 이전하여 주는 경우는 없다. (나) 또한 처분청은 동 토지에 대한 철거 보상금이 추가 지급된 사실이 없어 제출한 거래사실확인서는 거래가액 산정 근거를 뒷받침할 객관적인 증빙서류가 아니라는 의견이나, 쟁점무허가주택에 대한 양도가액이 바로 무허가주택을 철거할 수 있도록 점유권을 포기하는 보상금에 해당한다. 결국 쟁점 무허가 주택(실질적으로는 동 주택이 점유하고 있는 타 인 소 유 토지)은 독립적인 매매대상물로서 취급되어야 할 뿐만 아니라, 그 양도가액은 주거가치가 없는 주택 자체에 있는 것이 아니라 동 주택이 점유하고 있는 타인 소유 토지에 대한 거래를 원활히 할 수 있도록 하는 철거보상금의 성격이므로, 이를 건물의 주거가치도 존재하는 통상의 부동산 거래로 간주하여 두 거래를 통산하여 각각의 기준시가로 안분한 것은 입법 취지에 어긋나며 부당하다. (3) 쟁점무허가주택의 양도가액은 무허가주택의 통상적인 거래관행에 따라 특수관계 없는 당사자들이 대등한 관계에서 오랜 기간 협상을 거쳐 청구인의 쟁점주택 및 쟁점토지 가액과 명확하게 구분하여 결정되었고, 청구인 소유의 쟁점토지 및 쟁점주택의 양도가액과 비교하여도 상식적이고 합리적인 수준에서 책정되었으므로 그 가액을 인정하여야 한다. (가) 쟁점무허가주택의 거래는 무허가주택의 통상의 거래관행에 따라 이루어졌다. 1) 이 건과 같이 특별한 권리와 가치를 가진 무허가주택은 일상에서 자주 발생되는 거래대상물이고, 그 권리의 가치를 중심으로 가격 협상을 하는 것이 당연하다. 양수법인과의 매매거래에서 쟁점무허가주택의 핵심적인 가치는 동 주택이 점유권을 취득한 타인 소유의 토지(OOO)에 있다. 양수법인은 OOO 일대에 오피스텔을 신축하기 위해 타인 소유 토지의 일부를 점유하고 있는 쟁점무허가주택을 철거해야 했고, 이를 위해 높은 가격을 지불해서라도 쟁점무허가주택을 매입하려 하였다. 2) 쟁점무허가주택의 소유자인 AAA은 쟁점무허가주택 소재 지역이 도시재개발사업이 필요한 지역으로서 멀지 않은 장래에 재개발사업이 시행될 것으로 전망하여 무허가주택의 소유권인정 간주취득시기(1989.1.24. 이전 건축물)와 타인 토지의 점유취득시효완성 효과를 일실하지 않고 자격을 유지하기 위하여 쟁점무허가주택을 자신의 소유로 확실히 하였고, 점유하고 있는 시유지 점용료도 성실히 납부하는 등 필요한 조치를 하였던 것이다. 이와 같이 재개발사업 시행시 등기된 주택과 별도의 보상을 받거나 입주권을 획득할 수 있다는 기대를 갖고 있던 중에 오피스텔 신축분양업체가 쟁점무허가주택을 매입하고자 하였고, AAA은 쟁점무허가주택이 가지는 가치에 상응하는 대가를 받기 위해 2년여에 걸친 협상을 거쳐 양도가액 OOO원으로 합의하게 된 것이다. 3) AAA 소유 쟁점무허가주택에 대한 가격을 OOO원으로 책정한 것은, 청구인 소유 쟁점주택의 면적(약OOO평)과 쟁점무허가주택의 주된 가치인 쟁점무허가주택이 점유하는 있는 토지의 면적(약 OOO평)을 감안하여 평당 가격을 형평에 맞도록 하기 위함이었다. 이는 그간 AAA이 쟁점무허가주택의 권리보전을 위해 노력한 내용 및 쟁점무허가주택(또는 주택이 점유하고 있는 타인 소유 토지)이 가지는 시장가치를 고려할 때 합리적인 가격이라 할 수 있다. 4) 그럼에도 불구하고 처분청은 이 건 건물들에 대해 감정평가사례 등 특별한 가격 산정 근거가 없이 양도인이 요청한 가격으로 거래되었다고 하고 있으나, 통상 매매계약은 매도인이 매도할 물건에 대한 권리와 가치를 주장하고, 매수인은 그 권리를 인정하고 그것에 상응하는 가치가 있다고 판단하여 양측의 의견이 합치되는 가격으로 체결되는 것이며, 이것이 시장가격이다. 사인 간 거래되는 주택의 모든 거래를 감정 받아야 한다는 것은 비현실적이고, 이 건 거래와 같이 매매당사자 사이의 의견 합치에 따라 이루어지는 것이 일반의 관행과 상식에 부합하는 것이다. (나) 이와 같이 두 건 거래의 가격책정은 특수관계 없는 매매 당사자 사이에 대등한 위치에서 가격협상을 거듭하여 쟁점무허가주택의 시장가치에 부합하게 합리적으로 이루어졌고, 결코 조세부담을 줄이기 위해 거래 당사자 간 모의를 하거나, 작위적으로 매매가격을 책정하지 않았던바 사적자치의 원칙에 따라 이를 인정해야 한다. (4) 처분청이 특수관계 없는 당사자들이 오랜 기간 협상을 거쳐 합리적으로 책정한 철거보상비 성격의 쟁점주택에 대한 양도가액을 부인하고, 일률적으로 두 건의 매매계약을 통산하여 안분계산하여 산정한 양도가액은 전혀 다른 성격의 권리를 통산하였다는 문제 외에도 성실납세자 추정의 원칙에 어긋나고, 민법상 부부별산제 등을 고려할 때 매우 부당한 결과를 초래하므로 취소되어야 한다. (가) 국세청의 ‘납세자권리헌장’ 및 국세기본법제81조의3에 따르면, 세무공무원은 납세자의 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 등 같은 법 제81조의6 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다. 청구인과 AAA은 조세를 탈루할 어떠한 계획도 없이 각자의 재산에 대해 시장가치에 부합하는 매매계약을 각각 체결하였다. 그런데도 조세탈루 또는 회피를 위해 당사자 간 공모를 방지할 목적으로 적용하여 온 소득세법제100조 및 관련 법규에 따라 일률적으로 두 건의 매매계약을 통산하여 안분 계산하는 것은 부당하다. (나) 나아가 우리나라 민법은 부부 각자의 재산을 인정하고 부부 재산을 산정하는 부부별산제를 채택하고 있고, 이에 따라 상속세 및 증여세법은 부부 사이에 재산의 무상 이전에 대해 증여세를 부과하고 있다. 1) 즉 현행의 부부별산제와 증여세제 하에서 이 건 매매거래의 결과에 따라 형성되는 청구인과 AAA 각자의 재산규모도 본인들에게는 매우 중요하다. 2) 특히 AAA의 경우 60세이고 앞을 볼 수 없는 장애인으로서 별도의 다른 유의미한 자산을 소유하고 있지 않기 때문에 본인 소유의 법적 자산을 가지는 것이 기본적인 삶의 질을 확보하는데 매우 중요하다. 이에 따라 AAA은 무허가주택이 갖는 재산권 행사의 각종 제약을 극복하기 위해 오랜 기간 동안 재산권 보전을 위해 필요한 조치들을 하였고, 다행히도 쟁점무허가주택은 그 권리를 인정받아 OOO원에 거래되었다. 3) 그러나 처분청은 쟁점무허가주택의 독립적인 매매대상물로서의 실체는 물론 시장가치를 반영하여 합리적으로 결정된 양도가액 OOO원을 부인하고, 두 건 매매거래에 따른 양도가액을 통산하여 기준시가로 안분하여 쟁점무허가주택에 대해 OOO원의 양도가액만을 부여하였다. 이는 동 건물의 시장가치와 사회적 통념에 크게 미달하는 가격으로, 오랜 기간 동안 쟁점무허가주택의 권리를 보전하기 위해 노력하여 온 소유자가 도저히 받아들일 수 없는 가격으로 부당하다. 이는 우리나라 민법및 상속세 및 증여세법체계에서 AAA에게 매우 불리한 가격으로 수용하기 어려우므로 취소되어야 한다. (5) 결론적으로 쟁점무허가주택의 매매가액은 철거보상금 성격으로서 청구인의 쟁점주택 및 토지와는 경제적 실질에서 매우 다른 독립된 매매대상물이고, 그 양도가액은 특수관계 없는 당사자들이 오랜 기간 협상을 거쳐 ‘사적자치의 원칙’에 따라 합리적인 수준에서 책정하였으므로 인정되어야 하며, 이를 완전히 부정하여 일반적인 주택의 면적과 지목 및 건물 종별에 따라 동일한 기준으로 평가하여 안분 계산함은 부당할 뿐만 아니라 시장가치에 크게 미치지 못하여 불합리한 결과를 초래하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점부동산 양도는 일괄양도에 해당한다. (가) 청구인은 본인 소유의 부동산과 쟁점무허가주택은 독립된 매매대상물이라고 주장하나, 이를 입증할 서류는 제출한 바 없다. 청구인의 주장대로라면 2주택으로 양도소득세를 신고하여야 하나 1주택으로 보아 양도소득세를 신고하였던바, 양도가액 산정시에는 2주택으로, 양도소득세 신고시에는 1주택으로 보아야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. (나) 청구인 소유의 쟁점토지 및 쟁점주택과 AAA 소유의 쟁점무허가주택을 일괄 양도한 후 1세대 1주택에 해당하는 고가주택으로 양도소득세를 신고하였던바 건물 면적의 일부 소유자가 다르다고 하여 별개의 거래 또는 분할 양도로 볼 수는 없다. 또한 OOO로부터 회신 받은 ‘전기 및 수도 사용 조회결과 내역서’상 주소지는 OOO로, 청구인 소유의 쟁점주택과 AAA 소유의 쟁점무허가주택은 1주택에 해당하므로 AAA 소유의 쟁점무허가주택을 별도의 부동산으로 볼 수는 없다. (2) 쟁점거래가액은 기준시가로 안분하여야 한다. (가) 청구인은 쟁점무허가주택이 타인의 토지 OOO(아래 ＜표2＞ 참조)를 점유하고 있어 점유한 토지가액에 상당하는 금액을 철거 보상금으로 받은 것이라고 주장하며 ‘거래사실확인서’를 제출하였다. ＜표2＞ 쟁점무허가주택이 점유한 부동산 내역 OOO (나) 쟁점무허가주택이 점유한 토지의 소유권을 이전받은 사실이 없고, 청구인의 쟁점주택이 점유한 토지 면적인 OOO(아래 ＜그림＞ 건물현황측량도 상 ㉶ 면적)에 대한 철거 보상금 역시 지급된 사실이 없어 위 확인서는 거래가액 산정 근거를 뒷받침할 객관적인 증빙서류로 인정될 수 없다. 무허가 건물은 OOO 도시 및 주거환경정비 조례상 분양자격을 인정받는 건물로 프리미엄이 있다고 주장하나, 조합원 입주권을 받은 사실이 없고 청구인의 주장을 뒷받침할 객관적 가격 산정 서류도 없다. (다) 또한 ‘거래사실확인서’에는 건물을 제외한 토지를 매매가격 산정 대상으로 언급하고 있어, AAA이 지급받은 금액은 철거 보상금이 아닌 원활한 매매거래를 위한 합의금에 해당하는 것으로 보인다. 당초 부동산 거래가액 확인을 위해 양수법인에 부동산 거래가액 산정 근거서류를 요청하였으나, 감정평가 및 현황사진은 없고 거래가액은 양도인들의 요청에 따라 산정된 금액이라고 회신하였던바, 원활한 매매거래를 위해 감정평가가액 등 가격 산정 없이 양도인들의 요청에 따라 가격을 산정한 것으로 보인다. (라) 따라서 청구인이 구분한 금액인 쟁점부동산의 각 매매계약서상 거래가액이 기준시가로 안분한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 양도가액을 안분하여 양도소득세를 경정한 이 건 처분은 타당하다.

쟁점부동산을 일괄양도한 것으로 보아 쟁점거래가액을 기준시가로 안분하여 과세한 처분의 당부

• 나. 관련 법령 등 (1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. (2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산하며 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (3) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 (4) 민법 제245조 【점유로 인한 부동산소유권의 취득기간】① 20년간 소유의 의사로 평온, 공연하게 부동산을 점유하는 자는 등기함으로써 그 소유권을 취득한다.

② 부동산의 소유자로 등기한 자가 10년간 소유의 의사로 평온, 공연하게 선의이며 과실없이 그 부동산을 점유한 때에는 소유권을 취득한다.

(5) 서울특별시 도시 및 주거환경정비 조례 제2조【정의】이 조례에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “특정무허가건축물”이란 건설교통부령 제344호 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙부칙 제5조에서 “1989년 1월 24일 당시의 무허가건축물등”을 말한다.

2. “신발생무허가건축물”이란 제1호에 따른 특정무허가건축물 이외의 무허가건축물을 말한다. 제36조【재개발사업의 분양대상 등】① 영 제63조 제1항 제3호에 따라 재개발사업으로 건립되는 공동주택의 분양대상자는 관리처분계획기준일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등소유자로 한다.

1. 종전의 건축물 중 주택(주거용으로 사용하고 있는 특정무허가건 축물 중 조합의 정관등에서 정한 건축물을 포함한다)을 소유한 자

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하여 나타나는 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점주택의 일반건축물대장(갑)에 따르면, 쟁점주택의 사용승인일은 1967.10.9., 건축물 현황은 1층, 세멘부럭조 주택으로서 면적 OOO, 소유자는 2016.3.7. 청구인으로 변경된 것으로 나타난다. (나) 쟁점토지 및 쟁점주택에 대한 등기사항전부증명서에 따르면, 이진성의 아버지인 BBB이 1970.5.9. 쟁점토지 및 쟁점주택을 취득한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 쟁점무허가주택을 신축하였다고 주장하는 CCC가 1994.1.26. 작성한 ‘건물확인증명’ 및 수기로 작성된 도면 2매를 제출하였는데, 그 내용은 다음과 같다. OOO (라) 쟁점부동산은 2009.3.8. BBB의 사망으로 AAA에게 상속되었으나 등기이전이 되지 아니하다가 2016.3.7. 유증을 원인으로 하여 AAA 명의로 소유권이전등기 되었고, 같은 날 매매를 원인으로 하여 청구인에게 소유권이전등기 되었으며, 2019.11.26. 양수법인에게 소유권이전등기 되었다. (마) 청구인과 AAA이 2016.2.29. 작성한 쟁점토지 및 쟁점주택의 매매계약서 및 매매이행각서에는 “쟁점토지 및 쟁점주택을 청구인에게 OOO원에 양도하고, 쟁점무허가주택은 양도에서 제외하며, 이에 대한 AAA의 독립적인 권리(유치권 설정 및 권리행사)”가 명시된 것으로 나타난다. (바) 청구인과 AAA은 2019.11.21. 양수법인에게 청구인 소유의 쟁점토지 및 쟁점주택을 OOO원에, AAA 소유의 쟁점무허가주택을 OOO원에 매매하는 매매계약을 각각 체결하여 2019.11.26. 매매대금을 각각 수령하였고, 청구인과 AAA은 2019.12.23. 양도소득세 OOO원 및 OOO원을 각 신고·납부하였다. (사) 청구인은 양수법인에서 이사로 근무하였다고 주장하는 DDD이 2021.5.18. 작성한 확인서 및 DDD의 명함을 제출하였는데, 그 내용은 다음과 같다. OOO (아) 쟁점주택의 개별주택가격 및 쟁점토지의 개별공시지가는 아래 ＜표3＞·＜표4＞와 같다. ＜표3＞ 쟁점주택 개별주택가격 OOO ＜표4＞ 쟁점토지의 개별공시지가 OOO (자) 처분청의 과세전적부심사결정서에 나타나는 내용은 아래와 같다. 1) 청구인이 제출한 OOO 예금거래실적증명서에 따르면, 청구인은 쟁점토지 및 쟁점주택을 양도하고 청구인 명의 계좌(계좌번호 OOO)로 2019.11.21. 계약금 OOO원, 2019.11.26. 잔금 OOO원을 각 수령한 것으로 나타난다. 2) 청구인이 제출한 AAA의 OOO 본인금융거래(입금)에 따르면, AAA은 쟁점무허가주택을 양도하고 AAA 명의의 계좌(계좌번호 OOO)로 2019.11.21. 계약금 OOO원, 2019.11.6. 잔금 OOO원을 각 수령한 것으로 나타난다. 3) OOO청장이 작성한 쟁점무허가주택 소재지의 ‘공유재산사용료(시) 영수증’에 따르면, AAA과 그의 아버지인 BBB이 2004.4.30. OOO원, 2004.11.29. OOO원, 2005.12.9. OOO원, 2006.7.31. OOO원, 2008.3.12. OOO원, 2016.3.31. OOO원, 2017.3.31. OOO원, 2018.3.27. OOO원, 2019.4.23. OOO원을 OOO청에 납부하였음이 나타난다. 4) 청구인이 2019.12.5. OOO에 의뢰하여 측량한 쟁점부동산 인근의 건물현황측량도는 아래 ＜그림＞과 같다. ＜그림＞ 건물현황측량도 OOO 5) 처분청이 2020.8.19. OOO에 요청하여 받은 ‘쟁점주택의 상하수도 사용량 조회결과’에 따르면, 쟁점주택에서는 2016.2.29.부터 2019.12.31.까지 격월로 최소 39㎥에서 최대 45㎥, 총 1,225㎥를 사용한 것으로 나타난다. 6) 처분청이 2020.8.19. OOO에 요청하여 받은 OOO의 2016년부터 2019년까지의 전기요금 사용량 회신 기재에 따르면, OOO에서 2019년 7월부터 2019년 12월까지 최소 OOO원에서 최대 OOO원까지의 전기요금을 납부한 것으로 나타난다. 7) 처분청은 2020.8.19. 양수법인에 청구인과 AAA의 부동산 거래가액과 관련된 자료에 대해 요청하였고, 양수법인은 2020.8.26. “당사는 청구인, AAA과의 부동산매매계약서 외에는 기타 감정평가 및 현황사진 등의 자료가 없다”는 내용의 회신을 하였다. 8) 처분청 과세전적부심사청구 심리담당자가 2021.4.2. 쟁점주택이 소재한 OOO을 현장방문한바, 현장은 OOO에서 OOO 방면으로 도보 7분 거리에 위치하고 있고 2021년 1월부터 2023년 8월까지 오피스텔 463실을 건축하는 ‘OOO’ 공사현장으로 되어 있는 사실이 나타난다. 9) 처분청 과세전적부심사청구 심리담당자가 인근 부동산 중개업소를 방문하여 공사현장 인근 시세에 대하여 문의한바, 부동산 중개업소 관계자는 “평균시세는 있으나 부동산 소유자와 건설업자들의 협상 결과에 따라 부동산 가격은 상당히 다르다”는 취지로 진술한 것으로 나타난다. (2) 청구인의 대리인은 2021.10.12. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 “쟁점무허가주택의 소유자인 AAA은 일반주택으로서의 가치가 아닌 쟁점무허가주택이 점유하고 있는 토지에 대한 합당한 보상을 요구하여 2년여의 시간이 지나갔으며, 양수법인은 결국 쟁점무허가주택이 점유하고 있는 토지 약 OOO평에 청구인 소유의 쟁점토지 평당 단가인 OOO원에 곱하여 산정된 OOO원에서 청구인의 매매가액 산정 방식과 동일하게 OOO원을 차감하고 양도소득세 명목의 OOO원을 더하여 최종 OOO원을 쟁점무허가주택의 가격으로 산정하였다”라고 진술하였다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 소득세법제100조 제1항에서는 “양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다”고 규정하였고, 제2항에서는 “제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다”고 규정하였으며, 제3항에서는 “제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다”고 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구인 소유의 쟁점토지 및 쟁점주택, 청구인의 배우자인 AAA 소유의 쟁점무허가건물이 같은 날 양수법인에게 양도되었고, 쟁점주택과 쟁점무허가주택이 연접하여 하나의 주택으로 사용되었으며, 청구인과 AAA이 이를 1주택으로 하여 양도소득세 신고를 하였던 점 등으로 보아 쟁점부동산은 일괄양도된 것이고, 각 부동산별 양도가액이 기준시가 비율대로 안분계산한 가액과 OOO% 이상 차이가 나므로 가액 구분이 불분명한 때에 해당한다는 의견이나, 쟁점무허가주택을 신축하였다는 CCC가 작성한 ‘건물확인증명’ 및 민법제245조 제1항, OOO 도시 및 주거환경정비 조례제2조 및 제36조 등으로 보아, 1970년 신축된 쟁점무허가주택은 타인 소유의 토지 OOO를 40년 이상 점유하고 있어 점유취득시효가 완성되었고, 이에 쟁점무허가주택의 소유자인 AAA은 시효 완성 당시의 소유자에 대한 등기청구권을 취득하였으며, 쟁점무허가주택이 재개발사업의 분양대상이 되는 특정무허가건축물에 해당한다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 처분청은 쟁점토지와 건물(청구인과 AAA이 1주택으로 신고한 쟁점주택 및 쟁점무허가주택)이 함께 양도된 것으로 보아 이 건 과세를 하였으나, 청구인이 양도한 것은 쟁점토지 및 쟁점주택인 반면 AAA이 양도한 것은 쟁점무허가주택이 점유하고 있는 토지에 대한 청구권을 양도한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이어서 토지와 건물 등을 함께 양도한 것이라 하기는 어려워 보이는 점, 양수법인의 이사로 근무하면서 쟁점무허가주택의 매매에 관여하였다는 DDD의 확인서 내용을 살펴보면, 양수법인도 사업계획상 AAA으로부터 쟁점무허가주택을 취득하여 철거하는 것이 유리하다고 판단하여 이 건 매매계약을 체결한 것으로 보이므로 양수법인이 AAA에게 지급한 OOO원은 쟁점무허가주택의 철거보상비 성격의 금원으로 볼 수 있는 점, 실제 양수법인이 쟁점무허가주택을 취득·철거한 후 현재 오피스텔을 건축 중인 점, 처분청 과세전적부심사청구 심리담당자가 쟁점무허가주택 인근의 부동산 중개업소를 방문하여 인근 시세에 대하여 문의한바, 평균 시세는 있으나 부동산 소유자와 건설업자들의 협상 결과에 따라 부동산 가격은 상당히 다르다는 취지의 답변을 들었던 점, 쟁점무허가주택의 가격 역시 양수법인이 청구인 소유의 쟁점토지에 대한 보상가를 적용하여 산정된 가격을 AAA에게 제안하여 결정된 것으로 보여 쟁점부동산의 양도를 소득세법제100조 제2항 및 제3항의 토지 및 건물 등 가액 구분이 불분명한 경우에 해당된다고 단정할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 가액 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.