쟁점조합원입주권의 양도차익 전액에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득금액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인들은 2000.6.22. AAA(청구인들의 모친)의 사망으로 OOO 대 218㎡ 및 그 지상건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 상속받았는데, 2018.9.3. OOO구청장이 쟁점부동산을 포함한 OOO 일대 대 97,523.9㎡에 관하여 주택재건축을 위한 관리처분계획인가(이하 “이 사건 관리처분계획인가”라 한다)를 함에 따라 신축 아파트의 입주권(이하 “쟁점조합원입주권”이라 한다)을 취득하여 보유하고 있다가, 2020.3.31. BBB 등에게 이를 OOO원에 양도한 후 그 양도차익 전부에 대해서 소득세법제95조 제2항의 장기보유특별공제를 적용하여 2020.4.2. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 처분청은 소득세법제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호내용을 근거로 쟁점부동산 양도차익 중 이 사건 관리처분계획인가 전의 양도차익(이하 “이 사건 관리처분계획인가전 양도차익”이라 한다)에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하여 2021.5.10. 청구인들에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 경정ㆍ고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.5.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 소득세법제89조 제1항 제4호는 기본적으로 조합원입주권을 1개 보유한 1세대가 해당 조합원입주권을 양도하는 경우 비과세한다고 규정하면서 다만 양도가액이 9억원을 초과하는 경우 양도소득금액에 대하여 과세한다고 하고 있고, 국세청 소득세법 집행기준 95-166-1은 조합원입주권 양도시 멸실전 주택분 양도차액에 대해서는 주택이 조합원입주권으로 변환된 것으로 보아 장기보유특별공제를 적용한다고 규정하고 있으며, 쟁점부동산은 양도 당시까지 멸실되지 않고 주거용으로 사용되고 있었기 때문에 사실상 주택의 양도에 해당하는바, 쟁점조합원입주권의 양도차익 전부에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호에서는 조합원입주권을 양도하는 경우 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용한다고 규정하고 있고, 청구인에 제시한 소득세법 집행기준 95-166-1도 같은 내용을 규정하고 있는 것이므로 쟁점조합원입주권 양도차익 전체에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않다.

• 가. 쟁점 쟁점조합원입주권의 양도차익 전액에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득금액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. OOO

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑰ 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

• 가. [양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
• 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)] × [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획등 인가일 전후”로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

• 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산 일대에 관한 주택재건축정비사업 현황, 청구인들의 양도소득세 신고내용 및 처분청의 이 사건 처분내역 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 쟁점부동산을 포함한 OOO 일대 주택재건축정비사업의 사업주체는 ‘OOO 주택재건축정비사업조합’이고, 관련 주택재건축정비사업의 사업개요 및 진행내역은 아래 <표1>과 같다 <표1> OOO 주택재건축정비사업의 개요 및 진행내역 OOO (나) OOO 주택재건축정비사업조합은 쟁점부동산에 관한 청구인들의 권리가액을 아래 <표2>와 같이 OOO원으로 산정하였고, 청구인들은 2020.3.31. BBB 등에게 쟁점조합원입주권을 OOO원에 양도하였는데, 양도 당시까지 OOO 주택재건축정비사업조합으로부터 지급받은 청산금은 없는 것으로 나타난다. <표2> 청구인들의 권리가액 산정 OOO (다) 청구인들은 2020.3.31. 쟁점조합원입주권의 양도차익을 OOO원에 대해서만 장기보유특별공제를 적용(아래 <표4> 참조)하여 청구인들에게 이 사건 처분을 하였다. <표3> 청구인들의 쟁점부동산의 양도소득금액 계산내역 OOO <표4> 처분청의 이 사건 처분 계산내역 OOO (라) 한편, 소득세법 집행기준 95-166-1는 “장기보유특별공제는 토지·건물의 양도시만 적용되고 부동산을 취득할 수 있는 권리에는 적용되지 않으나, 재개발·재건축 관리처분계획인가 승인시점에서 주택을 보유한 자가 추후 조합원입주권 양도시 멸실 전 주택분 양도차익에 대해서는 주택이 조합원입주권으로 변환된 것으로 보아 장기보유특별공제를 적용”이라고 규정하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 소득세법 집행기준 95-166-1에 따라 또는 쟁점조합원입주권의 양도가 사실상 부동산 양도에 해당한다는 이유로 쟁점조합원입주권 양도차익 전부에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법제95조 제2항은 조합원입주권에 대하여 장기보유특별공제를 적용한다고 하면서도 양도차익 중 재개발·재건축에 따른 개발이익을 그 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상을 도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다고 명시하고 있고OOO, 소득세법 집행기준 95-166-1 또한 이와 동일한 내용을 규정하고 있는 것으로 보이며, 청구인들이 쟁점부동산을 양도할 당시 아직 철거되지 않은 채 주거용으로 사용되고 있다고 하더라도 이미 쟁점부동산은 OOO 주택재건축정비사업조합에 제공되어 관련 관리처분계획인가가 있은 이상 쟁점부동산은 법적으로 새로 건설되는 주택 등을 분양받을 권리로 변환되었다 할 것이므로 쟁점부동산의 양도는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목 소정의 “부동산을 취득할 수 있는 권리”의 양도에 해당한다OOO고 할 것인바, 쟁점조합원입주권 양도차익 전부에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.