일시적 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받아 고가주택 양도차익 부분만 과세되는 경우, 1주택이 아닌 조정지역 내 3주택을 소유한 것으로 보아 장기특별공제를 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2018.4.30. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다) 아파트를 OOO원에 양도하고 이를 1세대 1주택 고가주택의 양도(장기임대주택을 제외하고 일시적 2주택 보유)에 해당하는 것으로 보아 OOO원 초과분에 대한 양도차익 OOO원을 과세대상 양도차익으로 하고 양도차익의 80%인 OOO원을 장기보유특별공제로 차감한 후 일반세율을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. OOO청장은 2020.9.14.부터 2020.9.29.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과 청구인은 3주택 이상 보유한 다주택자로서 소득세법 제95조 및 제104조에 따라 고가주택의 OOO원 초과 해당 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용해야 한다면서 감사지적하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2021.3.9. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2021.5.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 소득세법 제89조 에 근거하여 OOO원 이하의 양도금액에 대한 1세대 1주택 비과세를 인정해 주면서, OOO원 초과분에 대해서는 다주택자로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용하였는바, 이는 과세 근거에 일관성이 없는 처분이다. 처분청은 1세대 1주택 규정과 다주택 중과세 규정은 별개로 적용되어야 한다고 주장하나, 두 규정은 별개로 적용될 수 있는 것이 아니고, 청구인이 임대주택을 등록한 2013년 당시의 세법 입법 취지를 무시하고 2018년 신설된 양도소득세 중과제도를 청구인과 같이 일시적 3주택이 된 경우까지 적용하는 것은 법적 안정성을 훼손하는 것이다. 2021년 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 에서 대체주택 취득으로 일시적 3주택 이상이 된 경우 해당 주택을 중과세율 적용에서 제외하였는데, 이는 기존의 과세가 잘못되었음을 보여주는 것이며, 대법원 또한 이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 3주택을 보유하게 된 경우에는 실질적으로 3주택을 보유하고 있었던 것으로 볼 수 없어 중과세율을 적용할 수 없다고 판단(OOO 판결)하고 있는바, 쟁점주택의 양도에 대해 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 1세대 1주택 비과세와 관련한 법령에 따르면 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 같은 법 시행령 제154조의 요건을 충족하는 주택의 양도로 발생하는 소득은 비과세 소득으로 규정하면서 고가주택은 비과세 양도소득에서 제외하는 것으로 명시하였고, 같은 법 시행령 제155조 제1항에서 일시적 2주택이 된 경우 종전주택의 양도에 대하여 1세대1주택으로 보도록 규정하고 있으나 이 경우에도 고가주택 부분의 양도소득은 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 따라 비과세 소득이 될 수 없는바, OOO원 초과분에 대해서만 과세를 한 처분은 정당하다. 또한, 소득세법 시행령 제155조 제20항 에서 장기임대주택과 거주주택을 소유하고 있는 1세대가 해당 거주주택을 양도하는 경우 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용한다고 규정하고 있으나, 해당 규정은 장기임대주택 외에 거주주택 1주택만을 보유하고 있는 경우 적용하는 특례규정으로서 청구인과 같은 일시적 2주택 보유자에 대하여도 해당 특례를 적용한다는 규정이 없으므로 임의로 확장해석 할 수는 없다. 한편, 다주택자 중과와 관련한 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에서 장기임대주택을 제외하고 1개의 일반주택만을 소유하고 있는 경우 해당 일반주택은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있으나, 청구인과 같이 장기임대주택 외에 일시적 2주택을 보유하고 있는 경우에는 일반주택이 2개이므로 장기임대주택과 2개의 일반주택을 보유한 3주택 보유자에 해당한다. 청구인은 본 건 부과처분이 특정한 주택에 대하여 1주택으로 간주하면서 동시에 3주택으로 간주하는 규정은 그 법률 근거를 찾아볼 수 없는 유추해석이므로 과세가 부당하다는 주장이나, 다수의 심판례에서도 명시한 바와 같이 “소득세법령상 1세대 1주택 비과세 규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 각각 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는 것”이고, 청구인이 주장하는 2021년 개정된 소득세법 시행령은 2021.2.17. 양도하는 분부터 적용하는 것이므로, 쟁점주택 양도 당시의 법령에 따라 1세대 1주택 비과세 적용요건을 충족하지만 중과세 제외 요건을 충족하지 아니한 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여 9억원 이하 해당 소득금액을 비과세 대상 소득금액으로 하고, 9억원 초과 해당 과세대상 소득금액을 중과세 대상으로 결정한 처분청의 과세는 정당하다.

• 가. 쟁점 일시적 다주택자로서 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받아 고가주택 양도차익 부분만 과세되는 경우, 1주택이 아닌 조정지역 내 3주택을 소유한 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액) ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. < 후단 생략 >

⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. <후단 생략>

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제167조의3(1세대3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

• 가. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다) 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 답변서 및 과세전적부심사결정서에 따르면, 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 청구인 세대의 주택 보유 및 임대사업자 등록 현황은 다음과 같다. <표1> 청구인의 주택 보유 현황

(2) 청구인은 처분청의 과세예고통지에 대해 2021.1.11. 과세전적부심사를 청구하였으며, OOO청장은 1세대 1주택자에 대한 양도소득세 비과세 규정과 다주택자에 대한 양도소득세 중과세율 적용 규정은 별개이고, 소득세법 시행령 제167조의3 각호에 따라 쟁점주택은 중과배제주택에 포함되지 않으며, 장기임대주택은 보유주택 수에 포함되고, 일시적 3주택자에 대한 중과적용을 배제하는 명문의 규정이 없다는 이유로 불채택 결정을 하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택이 일시적 2주택에 해당하여 OOO원 이하분에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용하고 있는바, OOO원 초과분에 대해서도 장기보유특별공제와 일반세율을 적용해야 한다는 취지로 주장하나, 비과세를 정하고 있는 규정(소득세법제89조 및 같은 법 시행령 제155조)과 조정대상지역 다주택자에 대한 장기보유특별공제 배제 및 중과세율을 정하고 있는 규정(소득세법제95조·제104조 및 같은 법 시행령 제167조의3)은 상호간에 그 적용 대상 및 주택 수 계산에 관한 규정을 별개 독립적으로 두고 있으므로, 원칙적으로 각 비과세 또는 중과세 사유를 개별적으로 검토하여 그 해당 여부를 따져 보아야 하는 별개의 규정인 점, 쟁점주택을 일시적 2주택으로 보아 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하는 경우, 조정대상지역 외 다주택과 세효과가 동일한바, 청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 중과규정의 입법취지에 부합하지 않는 것으로 판단되는 점 등에 비추어, 처분청이 9억원 초과분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.