부동산 매매 잔금 지급합의서, 전환사채 상계동의서 및 전환사채 인수계약서 등에 의하면 청구법인이 양도법인을 발행대상자로 하여 전환사채를 발행하면서 그 납입금을 매매잔금과 상계처리하기로 하자 특수관계에 있지 않는 양도법인이 전환사채를 인수하는데 동의한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하고 환급신청을 하였다 하여 처분청이 청구법인에게 이 건 가산세까지 과세한 처분은 잘못이라고 판단됨
부동산 매매 잔금 지급합의서, 전환사채 상계동의서 및 전환사채 인수계약서 등에 의하면 청구법인이 양도법인을 발행대상자로 하여 전환사채를 발행하면서 그 납입금을 매매잔금과 상계처리하기로 하자 특수관계에 있지 않는 양도법인이 전환사채를 인수하는데 동의한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하고 환급신청을 하였다 하여 처분청이 청구법인에게 이 건 가산세까지 과세한 처분은 잘못이라고 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.4.15. 청구법인에게 한 2020년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점세금계산서는 부가가치세법 제17조 제1항 의 선발급 세금계산서에 해당하고 관련 매입세액 환급신청은 정당한 것이어서 이 건 가산세 과세처분은 부당하다. (가) 부가가치세법 제17조 제1항 에서 재화의 공급시기가 되기 전에 재화에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급하면 그 세금계산서를 발급하는 때를 재화의 공급시기로 본다고 규정하고 있는바, 해당 규정은 재화의 공급시기에 대한 특례규정으로 그 입법 취지는 장래의 공급시기가 확정될 것을 전제로 하여 대가 지급 후 세금계산서를 발급하고 발급한 때를 공급시기로 봄으로써 납세자의 자금부담을 완화하기 위한 것이고 특례규정은 일반규정보다 우선 적용되어야 한다. (나) 청구법인은 쟁점부동산 매매와 관련하여 전환사채를 양도법인이 인수하고 쟁점부동산 매매잔금과 상계함으로써 대금을 지급하고, 그 지급완료일인 2020.6.30. 대금지급 사실에 대한 영수증으로서의 기능을 하는 선발급 세금계산서를 수수하였으므로, 거래당사자간에 이행된 사실관계가 부인되지 않는 한 쟁점세금계산서는 선발급 세금계산서에 해당하고 이에 따른 매입세액은 공제대상에 해당하여 처분청에 환급신청을 한 것은 정당하다. (다) 재화의 공급이 실제로 수반되었는지 여부는 선발급 세금계산서 적용 이후의 문제에 해당하고 세금계산서 발급시점에 공급시기가 이미 확정될 것을 필요로 하는 것이 아닌바, 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기 전에 지급한 대가에 대하여 재화의 공급이 미래에 수반되지 않을 것이라는 추측만으로 적법하게 발급받은 쟁점세금계산서를 선발급 세금계산서로 인정하지 않는 것은 타당하지 않다.
(2) 처분청은 양도법인의 전환사채 인수를 쟁점부동산 매매잔금 지급의 대가로 보기 어렵다는 의견이나, 상법 제478조 에 따른 채권의 발행 시 사채 전액의 납입이 전제되어야 한다는 법률에 대하여 상업등기선례에서는 사채의 납입은 상계로도 가능하다고 규정(상업등기선례 1-190호 참조)하고 있고, 청구법인의 경우 매매대금의 잔금으로 전환사채 대금을 상계처리하였는바, 청구법인이 발행한 전환사채의 대금과 쟁점부동산 잔금지급 대체는 사인간의 합의하에 이루어진 계약임에도 불구하고, 청구법인의 현재 상황이 어렵다는 이유만으로 전환사채를 잔금지급의 대가 성격으로 보기 어렵다는 의견은 부당하다.
(1) 쟁점부동산의 소유자는 양도법인으로, 청구법인에 쟁점부동산의 공급이 이루어지지 아니하였다. (가) 양도법인이 2020.7.1.～2020.9.30. 기간 동안 쟁점부동산에 대한 임대수익과 리조트 운영수익에 대해 부가가치세를 신고하였고, 청구법인은 미신고한 점, 최초 환급검토 시 청구법인에 ‘쟁점부동산의 공급이 이루어졌다면 쟁점부동산의 매장 내 임대료에 대한 매출세금계산서를 청구법인이 발급해야 함에도 양도법인이 2020.7.27. 매점･여자사우나･이발소 3곳에 대해 세금계산서를 발급하였다’고 지적하자, 양도법인이 2020.8.10. 수정세금계산서를 발급하고, 청구법인이 2020.9.22. 3개월간 임대수익을 양도법인에게 귀속하기로 하였다며 ‘부속약정서(2020.6.30.)’를 제출하였는바, 이는 사후에 작성한 것으로 추정되고 부속약정서상에 운영수익의 귀속에 대한 내용도 기재되어 있지 아니한 점, 양도법인이 2020.7.22. 수영장 개장을 공지하고 2020년 7월～8월 리조트 이용자에게 신용카드 매출전표와 현금영수증을 발급하는 등 운영을 지속한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 명도받았다거나 점유하고 있다고 보기 어렵다. (나) 양도법인이 청구법인에 소유권이전등기 서류를 교부하였다는 증빙이 없고 그 소유권이 청구법인에 이전되지 않았으며, 양도법인을 채무자로 하여 설정된 근저당권(OOO원, 채권자 OOO지점)이 말소되지도 않았다. (다) 쟁점부동산 소재지에 청구법인의 지점설립 또는 사업자등록을 한 사실이 없다.
(2) 쟁점부동산에 대한 대가지급사실도 불분명하여 쟁점세금계산서를 선발급 세금계산서로 보기 어렵다. (가) 선발급 세금계산서는 재화의 공급이 장래에 확정될 것을 전제로 하여 대가로 지급된 부분에 한해 세금계산서를 발급하는 것인데, 쟁점부동산의 경우 공급이 아직 이루어지지 않았고, 그 시기 또한 특정되지 않아 현재와 같이 공급여부와 공급시기가 확정되지 아니한 상태에서 쟁점세금계산서를 선발급 세금계산서로 인정할 수 없다. (나) 전환사채 OOO원은 자금의 납입 없이 매매대금의 잔금으로 상계처리한 것으로 이와 관련하여 쟁점부동산에 대물변제를 원인으로 한 소유권 이전등기가 이루어지지도 않았고, 청구법인은 2017.2.1. 이후 현재까지 4년 3개월간 주식 매매거래가 정지되어 상장폐지 절차가 진행 중인 법인으로서, 해당 전환사채는 만기일인 2023.5.29.까지 지급해야 하는 채무로 판단되어 전환사채를 잔금지급의 대가 성격으로 보기 어렵다(상법 제478조). (다) 쟁점세금계산서는 부가가치세법제17조에 의한 선발급 세금계산서에 해당되지 않음에 따라 매입세액 불공제 대상이 타당하고 이에 대해 부가가치세법제60조 제2항 제5호에 따라 세금계산서 가산세 및 국세기본법제47조의3 제1항 제2호 초과환급신고가산세 부과 처분은 타당하다.
(1) 부가가치세법 제15조(재화의 공급시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례) ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 “재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 제59조(환급) ① 납세지 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 확정신고한 사업자에게 그 확정신고기한이 지난 후 30일 이내(제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15일 이내)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다.
② 제1항에도 불구하고 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 환급을 신고한 사업자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급세액을 조기에 환급할 수 있다.
2. 사업자가 대통령령으로 정하는 사업 설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 경우 제60조(가산세) ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.
5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.
(2) 국세기본법 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액
(3) 상법 제476조(납입) ①사채의 모집이 완료한 때에는 이사는 지체없이 인수인에 대하여 각 사채의 전액 또는 제1회의 납입을 시켜야 한다. 제478조(채권의 발행) ① 채권은 사채전액의 납입이 완료한 후가 아니면 이를 발행하지 못한다. 제514조(전환사채발행의 절차) ①전환사채에 관하여는 사채청약서, 채권과 사채원부에 다음의 사항을 기재하여야 한다.
1. 사채를 주식으로 전환할 수 있다는 뜻
3. 전환으로 인하여 발행할 주식의 내용
5. 주식의 양도에 관하여 이사회의 승인을 얻도록 정한 때에는 그 규정 제514조의2(전환사채의 등기) ① 회사가 전환사채를 발행한 때에는 제476조의 규정에 의한 납입이 완료된 날로부터 2주간내에 본점의 소재지에서 전환사채의 등기를 하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의하여 등기할 사항은 다음 각호와 같다.
4. 제514조 제1호 내지 제4호에 정한 사항 ※ 대출금의 출자전환에 따른 변경등기(상업등기선례 제1-190호)
2. 전환사채 발행의 등기를 신청하는 경우에는 상법 제476조 의 규정에 의한 납입이 있음을 증명하는 서면을 첨부하여야 하나, 사채의 납입은 반드시 금융기관에 할 필요가 없는 것이므로 사채의 납입이 있었음을 증명하는 서면은 발행회사가 작성한 것이어도 무방하며, 사채의 납입은 상계로도 가능하다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 확인된 청구법인의 쟁점부동산에 대한 계약, 쟁점세금계산서 발급 및 환급신청 등의 경위는 아래와 같다. (가) 청구법인은 2018.9.20. 양도법인과 쟁점부동산을 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원, 부가가치세 별도)에 매수하고 계약금 OOO원은 계약일에, 잔금 OOO원은 2019.6.28. 지급하기로 하는 매매계약을 체결(매매계약서 <별첨1> 참조)하고 양도법인에 계약금 OOO원을 지급하였다. (나) 청구법인은 2019.6.21.～2020.3.20. 기간 동안 양도법인에 아래와 같이 5차례에 걸쳐 잔금지급 연기를 요청하였고, 양도법인은 청구법인에 최종적으로 2021.4.30.까지 잔금지급할 것을 회신하였다. (다) 청구법인은 2020.5.7. 양도법인과 ‘양도법인은 청구법인이 2020.5.29. 발행하는 전환사채 OOO원을 인수하여 청구법인이 잔금을 지급한 것으로 본다’는 내용의 ‘부동산 매매 잔금 지급 합의서’를 작성하였다. (라) 청구법인은 2020.5.29. 양도법인과 ‘청구법인이 발행하는 OOO원의 전환사채(청약･납입일 2020.5.29., 만기일 2023.5.29., 전환가격 OOO원, 전환기간 2021.5.29.〜 2023.4.29.)를 양도법인이 인수함으로써 쟁점부동산 매매잔금과 상계한다’는 내용으로 하는 전환사채 상계동의서 및 전환사채 인수계약서(<별첨2> 참조)를 작성하였다. (마) 청구법인은 쟁점부동산이 2020.6.15. 기준으로 하여OOO원으로 감정평가OOO되자 쟁점부동산의 매매계약서상의 금액을 아래와 같이 수정기재하였다. (바) 청구법인은 2020.6.30. 양도법인과 ‘양도법인이 그동안 잔금지급을 유예하여 주었고, 코로나19로 인한 경영위기를 돕기 위해 2020.6.30.부터 2020.9.29.까지 3개월간 건물에서 발생한 임대수익을 양도법인에 귀속하기로 한다’는 내용의 부속약정서를 작성하고, 같은 날 쟁점부동산의 건물분 부가가치세 OOO원을 양도법인 계좌로 송금한 후, 양도법인으로부터 쟁점세금계산서를 발급받았으며, 양도법인은 건물에 대한 매출세액을 반영하여 부가가치세를 신고․납부하였다. (사) 청구법인은 2020.7.26. 2020년 제1기에 수취한 쟁점세금계산서가 부가가치세법 제17조 제1항 에 따른 ‘선발급세금계산서’에 해당된다고 보아 처분청에 쟁점세금계산서상의 부가가치세(건물분) OOO원과 그 외 세금계산서상의 부가가치세 OOO원 총 OOO원의 환급신청을 하였으나, 처분청은 2020.11.17. 총 신청액 중 쟁점부동산 관련 매입세액을 제외한 나머지 금액만 환급결정하였다. (아) 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.26. 이의신청을 거쳐 2021.2.24. 심판청구를 제기하였다가 2021.3.30. 이를 취하하였다. (자) 청구법인은 2020.12.30. 양도법인과 쟁점부동산에 대한 매매계약을 해제(계약금은 양도법인에 귀속)하였고, 양도법인이 ‘계약의 해제’를 이유로 청구법인에 쟁점세금계산서에 대한 수정세금계산서(공급가액 △OOO원)를 발급하자, 이를 2020년 제2기 확정 부가가치세 매입세액에 반영하여 2020.1.25. 신고납부하였다. (차) 처분청은 2021.4.12. 쟁점세금계산서가 선발급세금계산서에 해당되지 않은 것으로 보고 청구법인이 2020년 제1기 부가가치세 확정 신고 시 부가가치세 환급을 과다신고한 것에 대하여 청구법인에 이 건 가산세를 경정․고지하는 한편, 2021.4.14. 청구법인의 2020년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서에 대한 수정세금계산서에 의해 납부한 세액 OOO원의 경정청구에 대하여 OOO원을 환급 결정하였다.
(2) 청구법인의 위 전환사채 발행과 관련하여, 금융감독원 전자공시시스템에 공시한 주요내용은 아래와 같고 법인등기사항전부증명서상 해당 전환사채 발행내역은 등기되어 있지 않은 것으로 확인된다.
(3) 청구법인의 대체전표에 의하면, 2020.5.29. 쟁점부동산의 취득가액을 토지 및 건물 계정에 계상(상대계정 미지급금)하였다가, 2020.9.30. 투자부동산으로 대체하였으며 2020.12.30. 계약해제로 인한 취소 및 상환을 이유로 투자부동산(자산)과 전환사채(부채)를 감소시킨 것으로 나타난다.
(4) 한편, 부동산 등기사항전부증명서상 쟁점부동산의 소유권자는 양도법인으로 이후 소유권변동내역 없는 것으로 확인되고, 양도법인의 홈페이지에 2020.7.22. ‘2020.8.1.～2020.8.23. 수영장 개장 공지’라는 글을 게시하고, 2020.7.27. 리조트 내 매점, 여사우나, 이발소에 대한 임대료 명목으로 각각 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급하는 등 계속하여 사용수익한 것으로 나타난다.
(5) 부가가치세법제17조 제1항에서 재화 등의 공급시기의 특례로, 사업자가 재화 등의 공급시기가 되기 전에 재화에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 세금계산서(선발급 세금계산서)를 발급하면 그 발급하는 때를 재화의 공급시기로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제60조 제2항 제5호에서 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트를 가산세를, 국세기본법제47조의3 제1항 제2호에서 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준신고를 한 경우로서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고한 경우에는 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액의 초과환급신고가산세를 과세하도록 규정하고 있다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 전환사채 발행 등만으로 쟁점부동산에 대한 잔금지급이 있었다고 보기 어려워 쟁점세금계산서를 선발급 세금계산서로 볼 수 없으므로 청구법인이 공급시기가 도래하지 않은 상태에서 발급된 쟁점세금계산서를 수취하고 그에 따른 매입세액을 환급신청한 것에 대하여 한 이 건 가산세 과세처분은 정당하다는 의견이나, 부동산 매매 잔금 지급합의서(2020.5.7.), 전환사채 상계동의서 및 전환사채 인수계약서(2020.5.29.) 등에 의하면 청구법인이 양도법인을 발행대상자로 하여 전환사채를 발행하면서 그 납입금을 매매잔금과 상계처리하기로 하자 특수관계에 있지 않는 양도법인이 전환사채를 인수하는데 동의한 점, 금융감독원 전자공시시스템에 이 건 전환사채 발행 결정이 공시(2020.5.29.)된 것으로 보아 정당한 절차에 의해 전환사채가 발행된 것으로 보이는 점, 이는 코스닥 상장폐지절차와 관련하여 상장재개를 추진 중에 있던 청구법인이 자금경색으로 양도법인에 잔금지급이 미루어지자 그 타개책의 일환으로 전환사채를 발행하여 그 납입금을 쟁점부동산의 잔금으로 대체한 것으로 보이는 점, 양도법인이 전환사채 납입금 상계와 관련하여 쟁점부동산에 대한 쟁점세금계산서를 발행하고 그에 대한 부가가치세 신고를 하였고 쟁점부동산에 대한 매매계약이 최종적으로 계약해제되자 수정세금계산서를 발급한 점, 추후 매매계약이 해제되어 최종적으로 재화의 공급이 이루어지지는 않았으나 청구법인으로서는 선발급 세금계산서 수취 당시 그와 같은 사정을 알 수 없었으므로 전환사채 납입금의 상계처리로 쟁점부동산의 잔금이 지급되었다고 보아 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 환급신청할 수 밖에 없었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하고 환급신청을 하였다 하여 처분청이 청구법인에게 이 건 가산세까지 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.