2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인이 OOO법원의 해석에 따라 당초 확정된 세액에 대하여 제2차 경정청구를 제기하게 된 이유는 다음과 같다. (가) 소득세법 시행령(2015.10.23. 대통령령 제26600호로 개정되기 전의 것) 제163조 제9항 제1호(이하 “쟁점조항”이라 한다)는 ‘상속세 평가액과 기준시가 중 많은 금액을 실지거래가액으로 본다’고 규정하고 있는바, 지방세법상 시가표준액이 없는 경우 기준시가와 상속세 평가액인 시가를 비교할 수 없어 실지거래가액을 계산할 수 없고, 쟁점조항의 신설 취지는 상속․증여 결정서에서 시가가 확인되지 않은 경우 상증세법상 평가액과 기준시가 중 많은 금액을 보기 위함이라고 분명하게 적시하고 있다. (나) 청구인은 OOO법원이 원고 패소로 선고한 판결(OOO, 이하 “쟁점판결”이라 한다)의 원고로서 상속세 평가액인 시가 또는 지방세법상 시가표준액이 없는 경우 기준시가와 비교할 수 없어 이 중 많은 금액을 계산할 수 없고, 쟁점조항의 신설취지가 상속․증여 결정서에서 시가가 확인되지 않은 경우 상증세법 평가액과 기준시가 중 많은 금액으로 보기 위함이라고 분명히 적시하고 있으므로 쟁점조항의 문언해석에 따라 피고의 쟁점부과처분을 취소하여 달라고 주장하였으나, OOO법원은 쟁점조항이 1990.8.30. 이전에는 개별공시지가가 고시되지 않았으므로 개별공시지가가 있을 수 없어 기준시가를 실지거래가액을 하기 위함이라고 해석하여야 한다고 판시하였고, 이후 청구인의 항소에서도 원심판결이 유지되었으며, 상고심을 통해 종국기각결정이 되었다. (다) 따라서 청구인은 쟁점판결에 따른 쟁점조항의 해석으로는 쟁점토지의 취득가액을 계산할 수 없으므로 쟁점토지 양도와 관련된 과세표준 및 세액을 계산할 수 없는바, 당초 확정된 세액 OOO원을 환급하여 줄 것을 청구하는 제2차 경정청구를 제기하게 된 것이다.
(2) 처분청은 제2차 경정청구가 90일 이내 제기되지 아니한 경정청구로 보아 각하 취지로 결과통지를 하였으나, 국세기본법제22조의3 제1항는 당초 확정된 세액과 증액·경정된 세액을 구분하고 있으며 ‘세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다’라고 규정하고 있고, 청구인은 위 조항에 따라 증액경정된 2015년 귀속 양도소득세 OOO원의 처분이 아닌 당초 확정신고․납부한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원에 대하여 국세기본법제45조의2 제1항 규정에 따라 법정신고기한 다음날로부터 5년 이내인 2020.12.7. 제2차 경정청구를 제기하였는바, 제2차 경정청구는 적법한 기한 내 제기된 적법한 경정청구에 해당하고, 처분청이 이를 부적법한 경정청구로 보아 각하 통지를 한 것은 위법․부당하다. 한편, 쟁점판결의 기속력은 국세기본법제22조의3 제1항에 의거하여 처분청의 쟁점부과처분에 따라 증액된 OOO원에 한하여 그 효력을 미치며, 청구인의 신고로 확정된 세액인 2015년 귀속 양도소득세 OOO원에는 미치지 않는바, 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 위법․부당하다.
(3) 쟁점판결 중 쟁점조항에 대한 해석에 의하면 쟁점토지의 취득가액을 산정할 수 없다고 볼 수 있으므로, 쟁점토지의 양도차익을 산출할 수 없다고 볼 수 있는바, 처분청이 청구인의 제2차 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법․부당하다. (가) 쟁점조항은 ‘상증세법상 평가액과 기준시가 중 많은 금액을 실질거래가액으로 본다’라고 규정하고 있음에도 OOO법원은 쟁점조항에 대하여 “1990.8.30. 이전에는 개별공시지가가 고시되지 않아 시가를 확인할 수 없는 경우에는 실지거래가액이 있을 수 없으므로 기준시가를 실지거래가액으로 보기 위해 만든 규정”이라고 판시하며 쟁점판결을 선고하였다. (나) OOO법원의 쟁점조항에 대한 해석을 적용하게 된다면 실지거래가액으로 보는 기준시가 또한 1990.8.30. 이전에 개별공시지가가 고시되기 전인 ‘1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가’를 사용하고 있어 기준시가 또한 계산할 수 없어 취득가액을 계산할 수 없고, 환산가액 또한 적용할 수 없어 쟁점토지의 양도차익을 산정할 수 없다. (다) 따라서 1990.8.30. 이전에는 개별공시지가가 고시되지 않았으므로 아래 <표>의 산식에서 1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가가 존재할 수 없으므로 소득세법 시행령제164조 제4항 규정의 가액을 계산할 수 없다. <표> 소득세법 시행령제164조 제4항 산식 OOO
(1) 청구인이 제기한 제2차 경정청구는 적법한 기한 내에 제기되지 아니한 부적법한 경정청구로서 처분청의 제2차 경정청구에 대한 각하 통지는 단순한 민원회신으로서 국세기본법상 불복대상인 처분이라고 볼 수 없는바, 이에 대한 청구인의 이 건 심판청구는 부적법하다. (가)국세기본법제45조의2 제1항 제1호 단서 규정에 따라 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 경정청구를 제기할 수 있고, 청구인은 처분청의 2015년 귀속 양도소득세 부과처분 통지서를 받은 2017.9.28.로부터 90일이 경과하여 제2차 경정청구를 제기하였으므로, 제2차 경정청구는 적법한 기한 내 제기되지 아니한 부적법한 경정청구에 해당하며, 처분청이 제2차 경정청구에 대한 각하 통지는 단순 민원회신으로서 국세기본법상 불복대상인 처분에 해당한다고 볼 수 없으므로 이에 대하여 청구인이 제기한 이 건 심판청구는 부적법하다. (나) 청구인은 국세기본법제22조의3 제1항에 따라 처분청의 쟁점부과처분과 달리 당초 청구인이 신고․납부한 2015년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구를 제기한 것이므로 제2차 경정청구가 적법한 경정청구라고 주장하나, 과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과여부 등에 관계없이 오직 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이라고 볼 수 있고, 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단으로서 납세의무자로 하여금 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써, 과세관청의 증액경정사유에 대하여는 항고소송으로써 각각 다투게 하는 것은 납세의무자의 권익보호나 소송경제에도 부합하지 않는 점을 고려할 때, 청구인이 당초 신고한 세액에 대하여 처분청이 쟁점부과처분을 하고 청구인이 이에 대하여 불복을 제기한 결과 최종적으로 처분청의 쟁점부과처분이 확정되었음에도 불구하고 당초 청구인이 신고한 2015년 귀속 양도소득세에 대하여 제기한 제2차 경정청구는 부적법한 경정청구라고 볼 수 있다.
(2) 청구인은 쟁점토지의 취득가액을 산정할 수 없으므로 쟁점토지의 양도와 관련된 양도차익을 산정할 수 없다고 주장하나, 쟁점토지의 취득가액에 대한 처분청의 산정방식은 이미 쟁점부과처분에 대한 불복결과에 따라 적법한 것으로 최종 확정되었으므로, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.