조특법 제38조 제1항은 주식의 포괄적 교환으로 발생한 완전자회사 주주의 양도차익에 대한 양도소득세를 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세이연받을 수 있다고 하면서 같은 법 시행령 제35조의2 제3항 및 제4항은 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 양도할 때는 완전모회사 주식의 취득가액에서 과세이연된 양도차익을 차감한 금액을 완전모회사 주식의 취득가액으로 보아 양도 소득세를 과세한다고 정하고 있는 점, 이와 같은 방식을 통해 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환으로 대체 취득한 완전모회사의 주식을 양도할 때 당초 보유하던 완전자회사 주식의 양도차익을 완전모회사 주식의 양도차익에 가산한 후 양도소득세를 납부하게 되는바, 쟁점양도주식에 대한 양도소득세를 계산함에 있어 개정 후 세율을 적용하는 것이 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법부칙 제2조 제2항에 반한다고 볼 수 없는 점 등으로 미루어 보아 이 건 처분은 달리 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 주식의 포괄적 교환이 있었던 2016.6.16. 당초 보유하던 AAA의 주식을 모두 양도한 것이고 단지 조특법 제38조에 따라 2016.6.16.을 양도일로 보아 납부할 양도소득세를 과세이연한 것에 불과하므로 쟁점양도주식의 양도 및 증여에 따라 납부할 양도소득세도 주식의 포괄적 교환 당시 적용되던 개정 전 세율을 적용하여야 한다. (가) 조특법 제38조 제1항은 법정 요건을 갖춘 주식의 포괄적 교환에 따라 발생한 주식양도차익에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 주식의 포괄적 교환으로 취득한 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다고 정하고 있는바, 동 규정은 주식의 포괄적 교환에 따른 ‘양도소득’을 이연하는 규정이 아니라 ‘양도소득세’를 이연하기 위한 규정임이 명확하다. (나) 주식의 포괄적 교환 등 과세특례 신청서 서식에도 과세이연금액만이 기재된 것이 아니라 과세이연세액을 기재하도록 되어 있으며 청구인은 과세특례 신청 당시 개정 전 세율을 적용하여 과세이연세액을 계산하였다. (다) 과세이연은 직접적인 감면ㆍ비과세 대신 과세시점을 연기하는 조세지원 제도로서 당초 주식의 포괄적 교환 시점에 발생한 주식의 양도소득은 포괄적 교환 당시 확정된 양도소득세액을 과세이연 종료시점에 동일하게 납부하는 것이 과세시점을 연기하는 과세이연의 입법취지에 부합하는 반면, 처분청과 같이 개정 후 세율을 적용하여 이미 확정된 양도소득세를 변경하고 세부담을 가중시키는 것은 납세자의 예측가능성과 신뢰를 훼손시키는 부당한 결과를 초래한다. (라) 대법원은 “준비금을 손금산입한 법인은 준비금 손금산입 당시 별개의 조세부담이 생길 것을 예상하지 못했을 것이므로 준비금 손금산입 후 신설된 개정 규정에 따라 추가적인 법인세를 과세할 수 없다.”(OOO 판결 참조)고 판결한 바 있고, 연구개발비용 지출 당시에는 최저한세 적용대상이 아니었던 연구개발비 세액공제가 개정으로 인해 최저한세 적용대상이 됨에 따라 이월공제한 연구개발비 세액공제에 대해 최저한세 적용을 받은 납세자의 경우 신뢰보호의 필요성을 인정하여 개정 규정의 적용을 배제하도록 판결하였으며(OOO 판결 참조, 이후 OOO 심리불속행 판결로 확정됨), 헌법재판소 또한 증자 당시의 소득공제 혜택이 별도의 경과조치 없이 축소된 경우 이와 같은 개정 규정은 납세자의 신뢰를 침해하므로 위헌이라고 결정한 바도 있다(OOO 전원재판부 결정). (마) 과세관청도 교환으로 취득한 주식을 상속 또는 증여하는 경우 납부하여야 할 양도소득세를 산정함에 있어 교환 당시의 양도소득세율을 적용하도록 해석한바 있다(OOO 참조).
(2) 설령 처분청의 의견대로 쟁점양도주식을 양도하는 시점에 적용되는 소득세법에 따라 적용세율을 판단하여야 한다고 하더라도 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법부칙 제2조 제2항에 따라 과세이연된 ‘양도소득’에 적용되는 세율은 개정 후 세율이 아닌 개정 전 세율이다. (가) 소득세법제88조 제1호는 “양도란, 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다.”고 정한바, 청구인이 당초 보유하던 AAA 주식 OOO주는 주식의 포괄적 교환에 따라 2016.6.16.에 양도된 것이고, 이에 관하여는 청구인과 처분청 간 이견이 없는 것으로 보인다. (나) 반면, 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법부칙 제2조 제2항은 “이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행(2018.1.1.) 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.”고 명시하고 있는바, 청구인이 주식의 포괄적 교환을 통해 양도한 AAA 주식 OOO주는 2018.1.1. 이후 양도한 자산이 아니므로 동 개정 소득세법을 적용할 수 없다.
(3) 최근 조세심판원의 선결정례(OOO)는 과세이연이라는 부분에서 이 건과 유사하다고 볼 수 있으나, 동 선결정례와 달리 쟁점양도주식에 관하여는 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법부칙 제2조 제2항이 적용되어야 하므로 동 부칙에 따라 개정 후 세율이 아닌 개정 전 세율을 적용하여 양도소득세를 계산하여야 한다. (가) 조세심판원의 선결정례(OOO)는 지주회사 전환과정에서 청구인인 주주가 자회사의 주식을 현물출자하고 중소기업이었던 지주회사의 주식을 교부받은 후 조특법에 따른 양도소득세 과세이연 특례를 신청하였다가, 이후 지주회사의 규모가 확대되어 더 이상 중소기업이 아니게 됨에 따라 교부받은 지주회사의 주식을 양도하는 시점에 적용받는 세율이 증가한데 따른 사안으로 이와 같은 회사의 규모 확대는 회사의 내부 요인에 기인한 것으로서 납세자가 세율의 증가를 충분히 예상할 수 있었던 것이다. (나) 반면, 청구인의 경우 소득세법개정에 따른 세율의 증가가 있었던 것으로 이는 당초 주식의 포괄적 교환 당시에는 예정되어 있거나 예상할 수 없었던 것이다.
(1) 조특법 제38조에 따른 과세이연은 청구인이 대체 취득한 쟁점양도주식의 양도소득세를 계산함에 있어 쟁점양도주식의 취득가액을 당초 포괄적 교환을 통해 양도한 자산의 취득가액으로 산정하는 방법을 통해 양도차익에 대한 과세를 이연하는 것인바, 청구주장과 같이 청구인이 당초 보유하던 AAA 주식의 양도소득세를 이연한 것으로 볼 수 없다. (가) 조특법 제2조 제1항 제7호는 과세이연이란 재산을 양도하고 다른 재산을 대체 취득한 경우 과세이연한 금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니하되 대체 취득한 자산을 양도할 때 그 자산의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하는 것을 말한다고 규정하고 있다. (나) 조특법 제38조 제1항은 주식의 포괄적 교환으로 인한 주식의 양도차익에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 대체 취득한 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다고 정하고 있고, 조특법 시행령 제35조의2 제4항은 조특법 제38조 제1항에 따라 과세이연을 받은 주주가 대체 취득한 주식을 양도하는 때는 당초 포괄적 교환의 대상이 된 주식의 취득가액을 양도한 주식의 취득가액으로 보아 양도소득세를 계산한다고 정하고 있다. (다) 종합하면 조특법에서 정의하는 과세이연은 양도소득세 납세의무가 성립하는 시기에 동 자산의 양도차익에 대한 양도소득세를 과세하지 아니하되 대체 취득한 자산을 양도하면 동 자산의 취득가액을 당초 보유한 자산의 취득가액으로 보아 그 양도차익에 대한 양도소득세를 과세하는 것이지, 청구인이 주장하는 것과 같이 주식의 포괄적 교환 당시의 부과될 예정이었던 양도소득세를 이연하는 것으로 볼 수 없다. (라) 조특법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환에 대한 과세이연 특례는 2010년 5월 기획재정부의 “합병 등 기업구조개편 관련 세법 시행령 개정 추진” 당시 신설된 것으로 동 규정은 “기업 합병과 경제적 실질이 유사한 주식의 포괄적 이전에 대해 합병과 유사한 과세특례를 부여함으로써 기업의 재무구조 개선을 지원하고, 구조 개편시점에 과세문제가 발생하지 않도록 하기 위해 과세의 시점을 이연”하기 위한 것인바, 청구인은 이와 같은 입법목적을 고려하지 않은 채 주식의 포괄적 교환에 따른 양도소득세는 그 주식의 포괄적 교환 당시에 확정된 후 납부의 사유가 발생할 때까지 세액의 납부가 이연되는 것으로 잘못 해석하고 있다. (마) 나아가 청구인은 쟁점양도주식의 양도에 대해 개정 후 세율을 적용하는 것이 납세자의 예측가능성을 훼손한다고 주장하나, 주식의 포괄적 교환을 통해 과세이연을 하더라도 주식의 포괄적 교환을 통해 취득한 대체 주식을 양도할 때 개정된 법률에 따른 세율이 적용될 수 있음을 충분히 예상할 수 있으므로 이에 관한 청구주장을 받아들일 수 없다. (바) 오히려 조세법률주의의 원칙상 감면요건규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 것으로 국세청도 이 건과 동일한 쟁점에 대해 대체 취득한 완전모회사의 주식을 양도할 당시의 세율을 적용하는 것이 타당하다고 해석하였고(OOO), 조세심판원도 최근 조특법 제38조의2에 따른 과세이연에 대해 처분청과 동일한 이유로 과세이연 당시에 적용되는 세율이 아니라 대체 취득한 지주회사의 주식을 양도한 당시 적용되는 세율을 적용하여 양도소득세를 산정하여야 한다는 취지의 결정을 하였는바(OOO), 이 건 역시 달리 판단될 수 없다.
(2) 이 건 경정청구 거부처분은 쟁점양도주식의 양도소득세에 관한 것이고 쟁점양도주식은 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법시행일 이후 양도되었는바, 개정 후 세율을 적용하는 것은 위 개정 소득세법부칙 제2조 제2항에 반하지 않는다. (가) 청구인은 청구인이 당초 보유한 AAA의 주식이 2016.6.16. 주식의 포괄적 교환을 통해 양도되었으므로 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법부칙 제2조 제2항에 따라 개정 전 세율이 적용되어야 한다고 주장한다. (나) 그러나 조특법 제38조 제1항 및 같은 법 시행령 제35조의2 제4항은 주식의 포괄적 교환을 통해 대체 취득한 주식을 양도하는 경우 그 취득가액을 어떻게 산정하여야 하는지 규율할 뿐 그 외 양도가액, 양도시기, 세율 등에 관하여는 별도로 정한 바가 없으므로 청구인이 쟁점양도주식을 양도하고 얻은 양도소득의 과세표준 및 세액을 확정하기 위해서는 조특법이 아닌 소득세법을 적용하여야 한다. (다) 즉, 2018.7.3.∼2018.12.18. 양도된 쟁점양도주식은 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법의 시행일인 2018.1.1. 이후에 양도되었으므로 그 양도소득세를 산정함에 있어 적용되는 세율은 개정 후 세율이다.
(3) 청구인은 조세심판원의 선결정례OOO를 이 건에 원용할 수 없다고 주장하나, 동 결정례는 이월과세와 과세이연을 구분하여 정하고 있는 조특법의 입법 구조를 이유로 청구주장을 기각하였으므로 이 건에도 동일하게 적용되어야 한다. (가) 위 선결정례는 기각 결정의 이유 중 하나로 조특법 제2조가‘이월과세’와 ‘과세이연’의 개념을 구분하고 있다는 점을 들었는바, 구체적으로 조특법 제2조는 이월과세란 개인이 사업용 고정자산 등을 현물출자를 통해 법인에 양도하는 경우 개인에게 양도소득세를 과세하는 것이 아니라 법인이 출자받은 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 현물출자한 날이 속하는 과세기간에 동 자산을 양도하였다고 보아 산정한 양도소득세를 법인세로 납부하는 것이고(제6호), 과세이연이란 개인이 자산을 양도하고 이를 다른 자산으로 대체 취득한 경우 개인에게 바로 종전 자산의 양도에 대한 양도소득세를 과세하지 않고, 대체 취득한 자산을 양도할 때 종전 자산의 취득가액을 대체 취득한 자산의 취득가액으로 보아 대체 취득한 자산의 양도에 대한 양도소득세를 과세하는 것(제7호)이라고 정하고 있다. (나) 본 심판청구건과 조세심판원의 선결정례(OOO)는 모두 조특법 제2조 제7호에 따른 과세이연 특례가 적용된 것으로 동 선결정례를 이 건에 적용할 수 없다는 청구주장에 동의할 수 없다.
(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 소득세법 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.
7. "과세이연(課稅移延)"이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "신사업용고정자산등"이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 "과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다. 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × (신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액) 제38조【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세 특례】① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 상법 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.
1. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.
2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 완전자회사가 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것
② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 장부가액으로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사 주식의 장부가액과 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. (각 호 생략)
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것) 제35조의2【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 법인세법 제91조 제1항 에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조 제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.
1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환·이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액
2. 제1호의 금액과 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액
② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사의 주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. 압축기장충당금 × 양도한 주식 수 포괄적 교환ㆍ이전으로 취득한 주식 수
③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 법인세법 제91조 제1항 에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 보유주식을 법 제38조 제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.
1. 교환·이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액
2. 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액
④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사의 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. (완전자회사 주식의 취득가액 + 제3항에 따른 양도소득 – 제3항 제2호의 금액) × 처분한 주식 수 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식 수
⑭ 법 제38조 제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
(3) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득
1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
1. 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
2. 1)에 해당하지 아니하는 주식등 양도소득세 과세표준 세율 3억원 이하 20퍼센트 3억원 초과 6천만원 + (3억원 초과액 × 25퍼센트) 부칙 제1조【시행일】이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조【일반적 적용례】
② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.
(4) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 소유주식의 비율이 100분의 1 이상이 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.
2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주
(6) 상법 제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 “완전모회사”라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 “완전자회사”라 한다.
② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 “주식교환”이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.
(1) 청구인은 2016.6.16. 청구인이 보유한 AAA 주식 OOO주(취득가액 OOO)을 CCC 주식 OOO주와 교환한 후 2016.8.31. 처분청에 아래와 같은 과세특례 신청서를 제출하였다. (그림 삽입을 위한 여백)
(2) CCC의 2016사업연도에 관한 감사보고서에 의하면, CCC은 OOO 무상증자를 실시하였고, 이에 따라 청구인은 CCC 주식 OOO주를 교부받았다(기존 CCC 주식 OOO주와 무상증자로 교부받은 주식 OOO주를 합하면 OOO주).
(3) 청구인은 2018.7.3.부터 2018.12.18.까지 CCC 주식 OOO주(쟁점양도주식)를 OOO원에 매도하였고, 2018.10.1. CCC 주식 OOO주를 증여하였는바, 구체적인 쟁점양도주식의 매매내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점양도주식의 매매내역
(4) 청구인이 제출한 2019.2.28.자 2018년 귀속 양도소득세 신고서에 의하면, 청구인은 CCC의 2016.9.24.자 무상증자에 따라 교부받은 주식 수를 고려하지 아니하고 쟁점양도주식 및 쟁점증여주식의 취득가액을 산정한 후 쟁점증여주식에 대하여는 개정 전 세율을, 쟁점양도주식에 대하여는 개정 후 세율을 적용하여 양도소득세를 산출한 후 처분청에 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부한 것으로 나타난다.
(5) 청구인은 처분청에 2019.4.19. 무상증자로 교부받은 CCC 주식 수를 고려하여 쟁점양도주식 및 쟁점증여주식의 양도가액 및 취득가액을 산정하여야 하고, 쟁점양도주식에 관한 양도소득세 산출세액을 산정함에 있어서 당초 과세이연한 양도소득세의 경우 개정 전 세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였다.
(6) 처분청이 제출한 경정청구 검토서 및 경정청구 거부통지문에 의하면, 처분청은 청구인의 주장과 같이 무상증자로 교부받은 주식 수를 고려하여 쟁점양도주식 및 쟁점증여주식의 취득가액을 산정하여야 한다는 점은 인정할 수 있으나, 쟁점양도주식에 관한 양도소득세를 산정할 때에는 개정 후 세율을 적용하여야 하고, 이를 종합하여 청구인에 대한 양도소득세를 산정하더라도 청구인에게 환급할 세액은 없다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.
(7) 조특법 제38조는 2010.1.1. 법률 제9921호로 신설되었는바, 이에 관한 기획재정부 2009년 간추린 개정세법의 주요 내용 및 제정ㆍ개정 이유는 아래와 같다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확정해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(OOO 판결, 같은 뜻임), 청구인은 주식의 포괄적 교환 당시 과세이연 받은 양도차익에 대하여는 포괄적 교환 당시 적용되는 개정 전 세율을 적용하여야 하므로 이 건 경정청구 거부처분이 위법하다고 주장하나, 조특법 제2조 제7호는 과세이연이란, 개인이 사업용 고정자산 등을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용 고정자산 등을 대체 취득한 경우 종전 자산의 양도에 따른 양도차익에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 대체 자산을 양도할 때 대체 자산의 취득가액을 종전 자산의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하는 것이라고 정의하고 있는 점, 위 정의 규정과 마찬가지로 조특법 제38조 제1항은 주식의 포괄적 교환으로 발생한 완전자회사 주주의 양도차익에 대한 양도소득세를 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세이연받을 수 있다고 하면서 같은 법 시행령 제35조의2 제3항 및 제4항은 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 양도할 때는 완전모회사 주식의 취득가액에서 과세이연된 양도차익을 차감한 금액을 완전모회사 주식의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다고 정하고 있는 점, 이와 같은 방식을 통해 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환으로 대체 취득한 완전모회사의 주식을 양도할 때 당초 보유하던 완전자회사 주식의 양도차익을 완전모회사 주식의 양도차익에 가산한 후 양도소득세를 납부하게 되는바, 쟁점양도주식에 대한 양도소득세를 계산함에 있어 개정 후 세율을 적용하는 것이 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법부칙 제2조 제2항에 반한다고 볼 수 없는 점, 조특법 제38조 제1항에 따른 과세이연을 받기 위해서는 같은 법 시행령 제35조의2 제14항에 따라 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 하는바, 청구인은 조특법 제38조 제1항에 따른 과세이연의 적용 여부를 신청서 제출 여부를 통해 선택할 수 있는 점 등을 종합하면 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.