잔금지급일 당시 임대사업자로 등록하지 아니한 양수인에게 양도한 쟁점부동산에 대하여 조특법에 따른 과세특례 대상이 아닌 것으로 보아 청구인의 세액감면 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2018.11.20. OOO 토지 6,316.4㎡ 및 위 지상 소재 3층 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)에 AAA 주식회사(이하 “양수인”이라 한다)에 양도하고 2019.1.29. 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제97조의7(임대사업자에게 양도한 토지에 대한 과세특례)에 따른 세액감면을 적용하지 아니하고 신고한 사실을 확인하고, 2020.12.17. 처분청에 과세특례를 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원 을 감면하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점부동산의 양도일 기준으로 양 수인이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자로 등록되지 않았다고 하여 2021.2.15. 청구인에게 거부처분하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.4.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 조특법 제97조의7 제1항 및 같은 법 시행령 제97조의7 제2항에 따라 양도인은 양수인이 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 300호 또는 300세대 이상 취득하였거나 취득하려는 자임을 증빙할 수 있는 자료를 제출하고, 양수인은 토지취득일부터 3년 이내 민간임대주택에 관한 특별법 제22조 에 따른 공급촉진지구로 지정받아 그 공급촉진지구 지정일로부터 6년 이내 공급촉진지구 내 유상공급면적의 100분의 50 이상을 공공지원 민간임대주택으로 건설하면 조특법 제97조의7의 감면요건을 충족한다고 보아야 한다.

(2) 쟁점부동산의 양수인은 OOO 소재 역세권 청년주택 사업을 목적으로 2018.11.5. 신규 설립되었고, 공공지원 민간임대주택 496세대를 건설하기 위하여 2019.1.17. OOO구청장에게 임대사업자 등록을 하였다. 이 후 양수인은 공공지원 민간임대주택 건설을 위한 준비과정을 거쳐 2018.9.6. 공급촉진지구 지정 및 지구계획 승인과 사업계획 승인고시를 받고, 2018.11.20. 쟁점부동산의 잔금지급과 소유권 지급을 완료하였으며, OOO 고시(2019.5.30.)로 주택건설 사업계획 승인을 받고, 그 지상에 공공지원 민간임대주택을 건설중에 있으므로 공공지원 민간임대주택을 300호 이상 건설하려는 임대사업자임이 객관적으로 입증되었다고 할 것인바, 청구인은 조특법 및 같은 법 시행령에 따른 감면요건을 모두 충족하였으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 양수인이 공공지원 민간임대주택을 300호 이상 건설하려는 민간임대주택특별법 제2조 제7호에 따른 임대사업자임이 객관적으로 입증되었다고 주장하나, 조특법 제97조의7 제1항은 임대사업자에게 세액감면을 규정하고 있고, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에서 규정하는 "임대사업자"란 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자로 규정하고 있는바, 양수인은 2019.1.17. OOO구청장에게 임대사업자 등록을 하였으나, 쟁점부동산의 양도 시점인 2018.11.20. 임대사업자로 등록되지 아니하여 조 특법에 따른 세액감면 요건을 충족하지 못한 것으로 보아야 한다. (2) 청구인은 양수인이 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 300호 또는 300세대 이상 취득하였거나 취득하려는 자임을 증빙할 수 있는 자료만 제출하면 되고, 양수인은 토지 취득일로부터 3년 이내 공급촉진지구로 지정받아 공급촉진지구 지정일로부터 6년 이내 공공지원민간임대주택을 건설하여 취득하면 되는 것이므로 청구인이 감면요건을 충족하였다고 주장하나, 조특법 시행령 제97조의7 제2항 및 별지에는 세액감면을 적용받으려는 자가 제출할 첨부서류로 양수인의 ‘민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록증 1부’라고 되어 있어 청구인의 주장은 타당하지 않다. (3) 대법원은 “조세법률주의와 엄격해석의 원칙은 조세감면 요건에도 적용되는 것으로 조세감면 요건을 합리적 이유없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않는다”고 판시하고 있으며(대법원 2007.7.12. 선고 2005두15021 판결 외 다수), 기획재정부 예규에 따르면 “양도 당시 양수인이 관련 법률에 따라 기업형임대사업자로 등록할 수 없는 경우 과세특례를 적용받을 수 없다”고 해석하고 있다(기획재정부 재산세제과-660, 2017.9.26.).

• 가. 쟁점 잔금지급일 당시 임대사업자로 등록하지 아니한 양수인에게 양도한 쟁점부동산에 대하여 조특법에 따른 과세특례 대상이 아닌 것으로 보아 청구인의 세액감면 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2020.12.29., 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제97조의7(임대사업자에게 양도한 토지에 대한 과세특례) ① 거주자가 공공지원민간임대주택을 300호 이상 건설하려는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 이 조에서 "임대사업자"라 한다)에게 2018년 12월 31일까지 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 세액감면 신청을 하여야 한다.

③ 임대사업자가 다음 각 호의 사유에 해당하는 경우 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

③ 임대사업자가 다음 각 호의 사유에 해당하는 경우 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 제23조 에 따라 공공지원민간임대주택 개발사업의 시행자로 지정받은 자인 경우: 토지 양도일로부터 대통령령으로 정하는 기간 이내에 해당 토지가 민간임대주택에 관한 특별법 제22조 에 따른 공급촉진지구로 지정을 받지 못하거나, 공급촉진지구로 지정을 받았으나 공급촉진지구 지정일로부터 대통령령으로 정한 기간 이내에 공급촉진지구내 유상공급면적의 100분의 50 이상을 공공지원민간임대주택으로 건설하여 취득하지 아니하는 경우

2. 제1호 외의 임대사업자의 경우: 토지 양도일로부터 대통령령으로 정하는 기간 이내에 해당 토지에 공공지원민간임대주택 건설을 위한 주택법 제15조 에 따른 사업계획승인 또는 건축법 제11조 에 따른 건축허가(이하 이 조에서 "사업계획승인등"이라 한다)를 받지 못하거나, 사업계획승인등을 받았으나 사업계획승인일로부터 대통령령으로 정하는 기간 이내에 사업부지 내 전체 건축물 연면적 대비 공공지원민간임대주택 연면적의 비율이 100분의 50 이상이 되지 아니하는 경우

④ 제1항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2 제4항의 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따른 감면 대상 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제97조의7(임대사업자에게 양도하는 토지에 대한 과세특례) ① 법 제97조의7 제1항을 적용받으려는 자가 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우 토지와 건물 등의 양도가액 또는 취득가액의 구분이 불분명할 때에는 소득세법 시행령 제166조 제6항 을 준용하여 안분계산한다.

② 법 제97조의7 제2항에 따라 세액감면 적용을 받으려는 자는 해당 토지의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 토지를 양수하는 자가 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 같은 조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 300호 또는 300세대 이상 취득하였거나 취득하려는 자임을 증빙할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 법 제97조의7 제3항 제1호 및 제2호에서 "토지 양도일로부터 대통령령으로 정하는 기간"이란 토지 양도일부터 3년을 말한다.

④ 법 제97조의7 제3항 제1호에서 "공급촉진지구 지정일로부터 대통령령으로 정하는 기간"이란 공급촉진지구 지정일부터 6년을 말한다.

⑤ 법 제97조의7 제3항 제2호에서 "사업계획승인일로부터 대통령령으로 정하는 기간"이란 사업계획승인일부터 6년을 말한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.6.9., 법률 제17452호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "임대사업자"란 공공주택 특별법 제4조제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시 장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하거나 말소하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

④ 제1항부터 제3항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 양수인은 2018.11.5. 개업한 금융 및 보험업, 부동산업 및 임대업을 업종으로 하는 법인사업자로서 2019.1.17. 임대사업자로 등록한 것으로 나타난다. (나) OOO고시 제2018-281호(2018.9.6.)에 따르면, 쟁점부동산은 2018.8.31. 역세권 청년주택(기업형 임대주택) 공급촉진지구로 지정되었고, 지구계획 승인 고시 및 도시관리계획 결정된 것으로 나타나며, 시공사는 ㈜BBB로 확인된다. (다) OOO고시 제2019-166호(2019.5.30.)에 따르면, 쟁점부동산은 역세권 청년주택(기업형 임대주택) 공급촉진지구에서 역세권 청년주택(공공지원민간임대주택) 공급촉진지구로, 시행사는 양수인과 ㈜BBB 공동시행으로 변경되었고, 변경사유는 공급촉진지구의 원활한 사업진행 및 공공지원민간임대주택의 공급․관리업무를 수행하기 위해 시행자가 출자한 투자회사 및 주택건설사업자(기존 시행자)의 공동시행으로 변경되었다고 기재되어 있다. (라) 청구인이 제출한 2018.12.17. 및 2019.12.12. 국세청 서면질의 내용은 임대사업자에게 양도한 토지의 양도소득세 감면여부와 감면세액에 관한 계산방법에 대한 것으로, 국세청은 “조특법 제97조의7 제1항에서 규정한 임대사업자에게 토지를 양도함에 따른 소득에 대한 감면세액 계산은 산출세액 전체 토지면적에 대한 공동주택 토지면적 비율에 감면율을 곱하여 계산하는 것이다”라고 답변하였다.

(2) 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-660, 2017.9.26.)는 “거주자가 토지를 양도할 당시 양수자에 해당하는 주택건설사업자인 일반임대사업자가 관련 법률 등에 따라 기업형임대사업자로 등록할 수 없는 경우 양도하는 토지에 대하여 조특법 제97조의7에 따른 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없다”고 해석하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 조특법상 임대사업자에게 토지를 양도하는 경우 세액감면을 규정하고 있는 취지상 임대사업을 실시할 것이 분명한 양수인에게 쟁점부동산을 양도하였다면 세액감면을 적용하는 것이 타당하다고 주장하나, 조특법 제97조의7 및 같은 법 시행령 제97조의7 제2항에 따르면 “ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자”에게 토지를 양도하는 경우 세액을 감면한다고 규정하고 있으며, 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자는 “민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자”를 말한다고 규정하고 있는바, 양수인은 2018.11.20. 쟁점부동산을 양수하였고, 2019.1.17. 임대사업자 등록을 함에 따라 쟁점부동산을 양수할 당시 임대사업자에 해당하지 않으므로 조특법에 따른 세액감면 요건을 충족하지 못한 점, 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-660, 2017.9.26.)에 따르면 “양수자에 해당하는 주택건설사업자인 일반임대사업자가 관련 법률 등에 따라 기업형임대사업자로 등록할 수 없는 경우 양도하는 토지에 대하여 조특법 제97조의7에 따른 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없다”고 해석하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 양도소득세를 감면하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.