쟁점할인이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 매출에누리에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 의약품 등 제조판매업을 영위하는 법인으로, 2015∼2019년 중 의약품 도매상에 의약품을 공급하면서 다양한 할인정책을 실시하고 그에 따른 할인액을 부가가치세 과세표준의 공급가액에 포함되지 아니하는 매출에누리로 보아 과세표준에서 제외하고 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.11.3.부터 2021.1.25.까지 청구법인에 대한 2015∼2019년 귀속 법인제세 통합조사를 실시하여, 청구법인이 의약품 도매상에게 의약품을 공급하면서 월별 또는 분기별 판매실적에 따라 적용한 할인(부의 세금계산서를 발행, 이하 “쟁점할인”이라 한다)을 청구법인이 도매상에게 지급한 판매장려금으로서 부가가치세 과세표준에서 공제되지 아니하는 것이라고 보아 부가가치세 과세표준에 가산하는 등으로 부가가치세 등을 과세하라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다. <표1> 쟁점할인 내역 OOO
• 다. 처분청은 이에 따라 2021.1.19. 및 2021.3.8. 청구법인에 2015∼2019사업연도 법인세 OOO원 및 2015년 제1기∼2019년 제2기 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다. <표2> 부가가치세 부과내역 OOO
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 우리나라 의약품 유통시장은 제약사가 도매상을 통해 병·의원과 약국에 의약품을 공급하는 유통구조로 되어 있어 제약회사들은 의약품 판매에 있어 도매상에게 의존할 수밖에 없는 상황이다. 이에 제약회사들은 경쟁적으로 매출할인 등을 실시하여 도매상의 이윤을 보장해주는 영업정책을 실시하고 있고, 이는 2015년 이전부터 현재까지 동일하다. 이에 따라 청구법인은 매월 또는 매분기별로 도매상별 매출액이 집계되면 도매상과 서로 집계액을 확인한 후, 집계액을 기준으로 사전에 약정된 매출액별 할인율을 적용하여 매출할인액을 산출하고, 도매상에게 부(-)의 세금계산서를 발행하는 방식으로 기공급분에 대한 할인을 적용하고 있다. 이에 대해 청구법인과 도매상은 모두 이를 매출에누리로 보아 세무회계 처리를 하였다. 부가가치세법상 매출에누리는 공급가액(부가가치세 과세표준)에 포함되지 않는 반면(제29조 제5항 제1호) 판매장려금은 과세표준에 포함된다(제29조 제6항). 법령과 판례를 종합하면, ‘재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 직접 깎아주는 금액’은 매출에누리, 그렇지 않으면 판매장려금으로 구분할 수 있고, “사업자가 자기재화의 판매촉진을 위하여 거래상대방의 판매실적에 따라 일정률의 금품을 지급 또는 공급하는 경우”는 판매장려금으로 볼 수 있다(부가가치세법 기본통칙 10-0-5). 청구법인은 도매상별 사전약정된 매출할인 기준에 따라 월별 매출액 또는 분기별 매출액에 따른 할인율을 적용하여 이 사건 매출할인액을 결정하며, 그 매출할인액을 해당 도매상에 대한 매출채권 잔액에서 직접 차감·정산한 후 매출채권 잔액을 관리하고 결제하고 있다. 따라서 이 사건 매출할인은 ① 당사자들간 다년간의 묵시적 약정에 따라 ② 재화를 공급할 때 ③ 공급 조건에 따라 지급되어 ④ 통상의 대가에서 직접 깎아주는 금액이므로 매출에누리에 해당된다.

① 매출에누리에 관한 약정은 명시적인 것 뿐 아니라 묵시적 약정도 인정된다. 일반의약품 시장은 제품간 경쟁이 치열하여 의약품 제조사는 의약품 도매상으로 하여금 자사 제품을 더 많이 유통하게 하기 위해 오래전부터 도매상에게 매출할인을 경쟁적으로 실시하고 있고, 청구법인은 이 건 조사대상 이전부터 이 건과 동일한 매출할인 정책을 실시하고 있었으며 도매상들도 이에 따라 매출액에 따른 매출할인을 요청하고 이를 매출에누리로 인식하고 처리하고 있다. 청구법인과 도매상들 사이에는 매출할인에 대한 묵시적 합의가 있었다고 볼 수 있다.

② 재화나 용역을 공급할 때 그 품질・수량이나 인도・공급대가의 결제 등의 공급조건에 따라 통상의 공급가액에서 직접 공제・차감되는 에누리액은, 그 발생시기가 재화나 용역의 공급시기 전으로 한정되지 아니하고 그 공제・차감의 방법에도 특별한 제한이 없으며, 매출에누리는 공급자가 재화나 용역을 공급할 때 그 공급가액에서 일정액을 공제·차감한 가액만 받는 방법 뿐 아니라 공급가액을 전부 받은 후 그 중 일정액을 반환하거나 이와 유사한 방법을 택할 수 있다(대법원 2015.12.23. 선고 2013두19615 판결). 청구법인은 월말 또는 분기말에 해당 월 또는 분기의 매출액을 확정하여 해당 매출액에 대한 매출할인액을 산출한 후, 대체로 그 다음 월 또는 분기에 매출할인액에 대한 부(-)의 세금계산서를 발행하고 동 금액을 매출채권 잔액에서 차감하였다. 이와 같이 공급시기 이후에 매출할인이 정산되는 경우도 매출에누리로 인정된다.

③ 이 사건 매출할인은 거래당사자별 매출액 규모에 따라 할인율을 적용하여 할인액이 결정되고, 의약품 판매와 관련하여 필수적으로 적용되므로 공급조건에 따라 지급되는 할인에 해당한다. 처분청은 청구법인의 장부상 매출할인액의 미집행잔액이 존재하므로 이 사건 매출할인이 임의적으로 적용된다고 보았으나, 이 사건 할인은 월말 또는 분기말에 도매상과 협의하여 매출액을 확정한 이후 그 매출액 규모에 따라 할인액을 정산하여 적용함으로 인해 매출발생시기와 할인액 적용시기에 시차만 발생할 뿐이며, 이 사건 할인조건에 따라 산출된 매출할인액이 집행되지 아니하는 경우는 존재하지 아니한다.

④ 처분청은 이 사건 매출할인으로 인해 제품공급 단가 자체가 인하되는 효과가 없으므로 에누리가 아니라는 입장이나, 매출에누리는 공급자가 재화나 용역을 공급할 때 그 공급가액에서 일정액을 공제·차감한 가액만 받는 방법 뿐 아니라 공급가액을 전부 받은 후 그 중 일정액을 반환하거나 이와 유사한 방법을 택할 수 있는 것이고(대법원 2015.12.23. 선고 2013두19615 판결), 청구법인은 이 사건 매출할인액을 매출채권 잔액에서 직접 차감한 후 잔액만 매출채권으로 관리·정산하고 있으므로 통상의 대가에서 직접 차감되는 매출에누리에 해당한다고 볼 수 있다.

• 나. 처분청 의견 매출에누리는 통상의 공급가액에서 일정액을 공제해 줌으로써 거래처로 하여금 판매물품을 보다 많이 구입하도록 하는 사실상 판매장려의 성격이 있고, 판매장려금이라 함은 판매촉진, 시장개척 등을 목적으로 다량 구매자나 고정거래처의 매출에 대한 반대급부로서 거래수량이나 거래금액에 따라 장려의 뜻으로 지급하는 금액 등을 말하는 것으로서 현금할인, 현금보 조의 방식으로 지급되는 현금 판매인센티브도 판매가격을 실질적으로 낮추는 효과가 있어 실무적으로 매출에누리와 판매장려금을 구분하는 것이 어려운 것은 사실이다. 과세당국은 거래처와의 사전약정에 의하여 공급 당시에 공급가액에서 직접 공제하거나 판매단가를 조정하는 경우는 매출에누리에 해당한다고 보아 이를 부가가치세 과세표준에 포함하지 않으나, 거래수량, 거래금액에 따라 상대방에게 지급하는 금품은 이를 해당기간의 공급가액에서 공제하고 대금을 정산하더라도 판매장려금에 해당한다고 보아 이를 부가가치세 과세표준에서 공제하지 않는 입장이다 (국세청 부가 46015-2445, 1997.10.28.). 따라서 할인액이 공급당시 판매단가를 인하시키는 경우는 판매가격에 직접적인 영향을 미치는 매출에누리에 해당하고, 공급당시 판매단가는 인하하지 않고 외상대금만 차감하는 효과가 있는 경우는 판매장려금에 해당한다고 볼 수 있다. 이 건의 경우 청구법인이 도매상에게 쟁점할인을 적용하여도 재화의 공급단가는 그대로 유지가 되고, 단지 해당 금액이 외상매출채권과 상계처리 될 뿐이다. 따라서 쟁점할인은 공급가액 및 공급대가에 직접적인 영향을 미치지 아니하므로 매출에누리가 아닌 판매장려금에 해당한다. 또한 청구법인과 도매상들 사이에 사전에 쟁점할인의 할인율과 집행시기(월실적: 다음달, 분기실적: 분기의 다음달)에 대한 묵시적인 약정이 있었던 것으로 보이나, 청구법인은 내부적인 예산상황에 따라 쟁점할인을 임의적으로 집행하였으므로(청구법인의 전산상 매출할인 미집행 잔액금액) 이를 ‘통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액’인 에누리라고 보기 어렵다. 청구법인이 쟁점할인액을 에누리로 인정받기 위하여는 최소한 약정된 기간에 쟁점할인액이 예외 없이 집행된 사실을 입증하여야 할 것이다. 처분청은 청구법인이 실시한 할인정책 중 사전할인 뿐 아니라 사후할인이더라도 직접적인 공급단가 인하의 효과가 있는 할인은 매출에누리로 인정하였다. 청구법인이 실시한 할인 중 국·공립 병원 공급분 할인은 사후 할인이지만 공급단가 자체를 인하한 것이므로 이를 매출에누리로 판단하였다(청구법인은 국·공립 병원의 원내처방 약품구매입찰에 참여하는 도매상에게 입찰조건에 따라 단가를 인하하여 납품하기로 사전약정을 한 다음, 도매상이 국·공립 병원에 납품한 수량을 확인 한 후 해당 제품의 도매상에 대한 공급단가 자체를 직접 깎아 주고 있다).

• 가. 쟁점 쟁점할인이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 매출에누리에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률 부가가치세법 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액

⑥ 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 지급하는 장려금이나 이와 유사한 금액 및 제45조 제1항에 따른 대손금액(貸損金額)은 과세표준에서 공제하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 증빙에 의하여 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO, OOO 등 의약품을 제조·판매하는 법인으로, 의약품 도매상을 통해 병·의원과 약국으로 약품을 유통하면서 일반의약품의 경우 먼저 개별 의약품의 소비자가격을 결정한 후, 소비자가격을 바탕으로 도매상과 직거래 약국 등에 대한 공급가격을 결정하며, 제품을 공급함에 있어 다양한 할인정책을 시행하고 있다. (나) 조사청은 청구법인에 대한 법인제세 조사를 실시하여, 청구법인이 의약품을 판매하면서 아래와 같이 할인정책을 실시하고 해당 할인액을 부가가치세 과세표준에서 제외한 사실을 확인하고, 그 중 공급당시 공급단가 또는 공급대가에서 할인액을 직접 차감하는 방식의 할인액은 부가가치세 과세표준에서 차감되는 매출에누리(①∼③) 또는 매출할인(④)으로 인정하였으나, 기본 공급단가로 공급하되, 일정조건에 따라 할인액 상당액의 마이너스 매출세금계산서를 발행하는 방식의 할인액(⑤, 쟁점할인)은 부가가치세 과세표준에서 차감되지 아니하는 판매장려금이라고 보아 이 건 부과처분을 하였다. <표3> 청구법인의 할인정책 구분 OOO (다) 청구법인이 위 ①∼③의 할인(도매기본마진, 수량할인, 국공립 병원 입찰분 할인)을 적용할 경우에는 그 할인 적용에 따라 의약품 공급단가 자체를 낮추었으나, 이 건 할인(거래실적에 따른 할인)을 적용할 경우에는 할인을 적용한 이후로도 기본 공급단가를 유지하였다. (라) 거래실적에 따른 할인(⑤, 쟁점할인)의 경우, 청구법인은 매월 혹은 매분기 별로 도매상별 매출액이 집계되면, 아래 할인율에 따라 각 도매상별 매출할인액을 계산하여 그 다음 월 또는 분기에 해당 도매상에 부(-)의 세금계산서를 발행(부가가치세 과세표준에서 차감)하는 한편 이를 매출채권 잔액에서 차감하고 있다. <표4> 일반의약품 관련 매출할인표 OOO (마) 청구법인은 통상적으로 거래처별 매월 또는 매분기별 매출액을 집계 하여 할인액을 계산한 후, 대부분을 다음 월 또는 다음 분기에 집행하였으나, 일부는 다음 월 또는 다음 분기에도 집행하지 아니한채 그 미집행잔액을 관리하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 법률을 종합하여 살펴본다. 부가가치세법 제29조 제1항 에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다고 규정하고, 같은 조 제5항 제1호에서 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다고 규정하며, 같은 조 제6항에서 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 지급하는 장려금이나 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 부가가치세법 제29조 제1항 및 제5항 제1호에서 ‘재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아주는 금액’은 부가가치세 과세표준으로 하는 공급가액에 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 사업자 자기재화의 판매촉진을 위하여 거래상대자의 판매실적에 따라 일정률로 지급하는 장려금은 부가가치세 과세표준으로 하는 공급가액에서 제외되지 아니한다(부가가치세법 기본통칙10-0-5)할 것이다. 그렇다면, 청구법인이 의약품을 도매상에게 공급하면서 해당 도매상에게 적용한 쟁점할인액이 청구법인의 부가가치세 과세표준에서 제외되는 매출에누리에 해당하기 위하여는 해당 금액이 ‘재화나 용역을 공급할 때’ ‘통상의 대가에서 직접 깎아주는 금액’에 해당하여야 할 것인데, 이 건의 경우 청구법인은 의약품 도매상에 의약품을 공급하면서 해당 도매상과의 월별 또는 분기별 거래실적에 따라 일정률을 적용하여 산정한 금액을 다음 월 또는 분기 이후에 해당 거래처에 대한 외상매출채권 잔액에서 차감하였을 뿐 공급당시 통상의 공급가액 또는 공급대가를 직접 깎아준 것은 아니므로, 쟁점할인액을 ‘재화나 용역을 공급할 때’ ‘통상의 대가에서 직접 깎아주는 금액’으로서 부가가치세 과세표준에서 제외되는 매출에누리라고 보기 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점할인액을 부가가치세 과세표준에 가산하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.