조세심판원 심판청구 법인세

미국본사로부터 의약품을 수입하여 국내재판매하는 청구법인이 본사에 대한 임상용역에 대한 대가를 특정연도부터 매출로 인식한 것과 관련하여, 이전 사업연도에도 동일 용역을 제공하였으므로 같은 금액을 익금산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부 등

사건번호 조심 2021서2803 선고일 2024-01-16 조세심판원

[요지] 청구법인은 실질적으로 동일한 기능 및 활동이 요구ㆍ수반되는 용역을 공급해 왔음에도 특정연도부터 그 대가를 수령하여야 한다고 보기 어려우므로 이전 사업연도 역시 동일한 이윤이 익금으로 가산되어야 함

[참조결정] 조심2021서3622

[주 문] 남대문세무서장이 2021.2.1. 청구법인에게 <별지1> 기재와 같이 한 법인세 부과처분은, 처분청이 청구법인과 미국본사 간 의약품거래에 대한 정상가격을 재산정하여 익금에 산입한 금액(2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원)을 익금에 산입하지 않는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 글로벌제약사 “A”의 한국법인으로, 미국본사로부터 의약품을 수입하여 국내에 재판매(이하 “쟁점재판매”라 한다)하면서, 그와 관련된 임상시험 등 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)도 함께 수행하고 있는데, 그간 쟁점용역을 수행하는 과정에서 소요된 비용을 본사에 지급할 의약품 수입(매입)가액에서 조정(차감)하다가, 2017사업연도부터 쟁점용역을 별도의 거래(매출)로 보아 소요비용에 7%의 이윤을 가산한 금액을 (용역)매출로 인식(이하 “쟁점변경”이라 한다)하고 있으며, 쟁점재판매 거래의 정상가격은 매출규모를 중심으로 비교업체를 선정하여 그들의 5년간 평균영업이익률과 같은 기간 청구법인의 쟁점재판매 거래의 평균영업이익률을 상호 비교한 거래순이익률법으로 신고(이하 “기존방법”이라 한다)하였다.
  • 나. 처분청은 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)으로부터 청구법인에 대한 2015∼2019사업연도 조사결과(이하 “쟁점기간” 및 “쟁점조사”라 한다)를 통보받고, 2021.2.1. 청구법인에게 <별지1> 기재와 같이 법인세를 경정ㆍ고지(이하 “선행처분”이라 한다)하였는데, 주요 내용은 다음과 같다.

(1) 쟁점변경에도 불구하고 세무조정 등의 적절한 조치가 없어, 청구법인의 2015․2016사업연도 법인세가 과소신고되었다고 보아, 다음의 금액을 익금에 산입하였다. (가) 쟁점용역은 쟁점기간 중 동일하게 공급되었는데도, 2017사업연도부터 7%의 이윤을 가산하였기에, 2015․2016사업연도에 공급된 쟁점용역에도 7%의 이윤을 가산하여, 2015사업연도 OOO원과 2016사업연도 OOO원을 각 익금으로 산입하였다. (나) 쟁점변경에 따라 쟁점재판매 거래의 원가구조 등이 변경되었음에도, 그에 대한 정상가격은 기존방법 그대로 신고하였기에, 조사청이 영업비 비중을 중심으로 비교업체를 재선정하여, 각 사업연도별로 비교한 영업이익률을 정상가격으로 하여(이하 “처분방법”이라 한다), 2015사업연도 OOO원과 2016사업연도 OOO원을 각 익금으로 산입하였다.

(2) 청구법인은 2016.10.14. 계열사인 A으로부터 국내 비상장법인 (유)B(이하 “자회사”라 한다)의 지분(100%)을 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법으로 평가한 OOO원에 양수하고, 2016.10.30. 자회사로부터 특정사업부(Specialty Injectable Pharmaceutical로, 이하 “쟁점사업부”라 한다)만을 양수(이하 “쟁점거래”라 한다)하면서, 쟁점사업부의 영업권(이하 “쟁점영업권”이라 한다)은 감정평가법인이 평가한 OOO원(이하 “쟁점평가액”이라 한다)으로 계상하여 감가상각(손금)을 하였는데, 쟁점영업권의 가치는 인정될 수 없다고 보아 해당 감가상각비에 대한 손금을 부인하였다.

  • 다. 청구법인은 선행처분에 불복하여 2021.4.8. 심판청구를 제기하는 한편, 기존방법이 변경되어야 한다면 그 대상은 비교업체가 아니라 비교기간으로 한정되어야 한다며, 쟁점기간(5년)의 평균영업이익률을 각 사업연도별(1년)로 분리․적용하면, 오히려 2017~2019사업연도 법인세는 과다 납부한 결과가 되므로, 이를 환급해 달라는 경정청구를 <별지1> 기재와 같이 제기하였는데, 2022.12.28. 거부(이하 “후행처분”이라 한다)되자, 2023.1.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 우선, 이 사건 쟁점재판매 거래의 정상가격에 대한 평가방법 변경은 부당한 과세목적 외에 다른 합리적 이유는 찾기 어려운바, 애초부터 정당한 변경으로 인정할 수 없다. (가) 쟁점조사 이전에 있었던 2차례의 세무조사에서, 청구법인과 당시 조사당국은 기존방법에 근거하여 정상가격을 산정하는 것이 가장 합리적이라고 합의하였기에, 청구법인은 쟁점기간에 대한 정상가격 또한 이를 준용(기존방법)하여 신고한 것인데도, 갑자기 정상가격 평가방법이 변경되어야 할 정당한 이유는 없다. (나) 처분청이 제시한 평가방법의 변경사유는 “쟁점변경”인데, 쟁점변경으로 청구법인의 (한국 내) 영업이익률은 오히려 종전보다 증가하면 증가했지 감소하지 않는 점을 고려하면, 그 또한 평가방법을 변경할 정당한 사유는 될 수 없다. (다) 또한, 의약품 판매의 고유한 특성상 영업이익률은 코로나 등 외형변수에 따라 연도별로 급격한 편차가 발생할 수 있어, 개별연도분석 보다 다단계평균분석 방식이 더 합리적인 측면이 있어, 앞선 2차례의 세무조사에서도 다단계평균분석 방법이 사용된 것인데, 쟁점조사에서만 유독 개별연도분석을 사용한 것은 일시적으로 일부 사업연도만이라도 고지하기 위함일 뿐, 합리성에 기초한 것으로 볼 수 없다.

(2) 설령, 평가방법을 변경한다 하더라도, 처분방법은 기존방법보다 오히려 비합리적인바, 변경의 정당성 및 타당성을 인정할 수 없다. (가) 조사청은 매출액 대비 영업비용 비중 10% 초과기준(이하 “영업비기준”이라 한다)을 새로이 도입하는 등 일관성 없는 자의적 기준을 설정하여, 그에 따라 8개 비교업체(이하 “처분샘플”이라 한다)를 선정하였는데, 이들 모두 청구법인의 적절한 비교대상은 될 수 없다. (나) 비교업체 선정에 있어, 무엇보다 매출액 규모(이하 “매출기준”이라 한다)가 가장 중요한데, 처분청은 매출기준보다 영업비기준(기존에는 고려대상이 아니었다)을 최우선 척도로 내세워, 그 결과 청구법인에 보다 가까운 업체들은 모두 제외되고, 직접적인 비교가 사실상 곤란한 영세업체들만 선정되어 청구법인과의 비교가능성은 현저히 저하되었다. (다) 청구법인의 영업비기준이 높은 것은 사실이나, 처분청은 청구법인과 처분샘플이 수행하는 실체적인 기능 차이에 대한 구체적인 확인이나 입증없이 단순히 손익계산서상의 수치(영업비기준 10% 이상)에만 의존한 샘플링을 하였다. (라) 처분청은 핵심기능 측면에서 (매출기준보다) 영업비기준이 더 중요하다고 하나, 도소매업의 특성상 영세할수록 영업비 비율이 높아지는 것은 당연한바, 처분샘플에서 영업비기준 10% 초과는 단지 규모(영세)에 기인한 것으로 보일 뿐, 그들의 실질적 영업기능이 외국자회사인 청구법인과 유사하기 때문이라는 어떠한 입증도 없다.

(3) 처분샘플(8개 업체)은 애초부터 잘못된 기준으로 선정되었고, 세부적으로 살펴보더라도 비교대상으로 적절하지 않다. (가) 우선 처분샘플 모두 청구법인 매출액의 30분의 1에도 못 미치는 영세업체들로, 단지 영업비 비율이 높다는 이유만으로 청구법인과 실체적으로 유사하다는 입증은 없다. 또한, 처분청은 기존방법의 샘플(이하 “기존샘플”이라 한다)이 단순 도매상들로 보인다고 하나, 처분샘플이야말로 단순한 도매상들로 보이며, 게다가 규모까지 영세하여 청구법인과의 유사성은 기존샘플보다 훨씬 더 떨어진다. (나) 특히, 처분샘플 중 일부업체(4개)의 영업이익에는 의약품재판매 이익 외에 수수료 등 다른 이익이 섞여있어, 적절한 비교대상이 될 수도 없다(처분청은 이 부분 조정과정을 거쳤다고 하나, 일부 조정에 그쳤을 뿐만 아니라 조정방법 또한 적절했다고 보기 어렵다).

(4) 만약, 기존방법에 문제가 있어 굳이 변경하여야 한다면, 그 대상은 비교대상 업체가 아니라 비교대상 기간이 될 수 있는바, 처분청 의견에 따라 쟁점기간 전체(5년)의 평균영업이익률이 아닌, 각 사업연도(1년)별로 구분․계산된 영업이익률로 비교하면, 오히려 쟁점기간 중 2017~2019사업연도는 청구법인이 법인세를 과다납부한 결과가 되므로, 그 과다납부한 분은 환급되어야 한다.

(5) 한편, 쟁점영업권의 평가액인 쟁점평가액은 인정되어야 한다. (가) 법인세법령은 영업권 등을 평가함에 있어, 시가가 불분명하면 감정평가법인이 감정한 가액을 상속세 및 증여세법에 따른 보충적평가액보다 우선하여 시가로 인정하고 있는바, 쟁점평가액은 감정평가법인이 감정평가에 관한 규칙 등에 따라 적정하게 평가한 쟁점영업권에 대한 감정가액으로, 그 자체로 시가로 인정되어야 한다. (나) 조사청은 청구법인이 자회사 지분을 양수할 때, 영업권평가액(이하 “처분평가액”이라 한다)이 없었다는 이유로, 쟁점영업권의 가치 또한 부인하려 하나, 양자는 평가의 기준ㆍ범위ㆍ방법 등이 달라 비교할 수 없다(처분평가액은 자회사 전체를 대상으로 상속세 및 증여세법상 보충적으로 평가된 반면, 쟁점평가액은 쟁점사업부만을 대상으로 감정평가법인이 감정평가에 관한 규칙 등에 따라 평가된 것이다).

  • 나. 처분청 의견

(1) 처분방법은 청구법인의 쟁점용역 및 쟁점재판매에 대한 회계처리변경(쟁점용역 관련 지출을 원가에 합산하다가 별도 거래로 분리)을 배경으로 하므로, 아무런 이유 없이 변경한 것이 아닐뿐더러, 오히려 기존방법보다 개선된 합리적인 방법이다. (가) 쟁점변경으로, 분석대상의 본질이 변경(쟁점재판매의 비용 구조 변경)된 이상, 오히려 이러한 변화를 고려하지 않고, 기존방법을 그대로 사용하는 것이 비합리적인 결과가 된다. (나) 쟁점조사의 대상은 종전에 있었던 조사와는 별도로 독립적으로 판단할 대상으로, 청구법인도 그룹 내 이전가격 정책을 수시로 변경할 수 있는 점을 고려하면, 과세관청의 평가기준 또한 일정한 방법으로 제한될 것은 아니어서, 경제적 환경변화 등에 따라 보다 합리적인 방법으로 변경하는 것은 아무런 문제가 될 수 없다. (다) 법인세의 과세요건 충족 여부는 각 사업연도별로 판단하는 것이 원칙으로, 예외적으로 1개 사업연도만으로 비교할 수 없다는 등의 특별한 사정이 있어야 다년도분석방법이 활용될 수 있다. 또한, 코로나 등 환경변화는 모든 의약품 판매사들이 영향을 받고, 의약품 판매업체들은 다양한 약품을 취급하므로 굳이 사업연도를 합산하여 판단하여야 할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

(2) 조사청의 샘플 선정은 매출 규모는 여전히 고려(OOO원 이하 제외)하되, 청구법인의 핵심기능(영업비 비중 높음)을 감안하여 그에 부합하는 유사업체를 선별한 것이며, 비교대상 업체를 선별하는 기준은 개별사안의 특성에 맞게 적용되는 것으로, OECD 이전가격 가이드라인(2017)에서도 매출 등의 특정항목으로 한정하고 있지는 않다. (가) 처분샘플 모두 영업비 비율이 10% 이상인 업체들로, 개별사업 활동을 살펴보더라도, 제조사(해외제약사 또는 국내제약사)로부터 1차로 의약품을 매입하여 이후 2차 도매상이나 병원 및 약국 등에 유통하는 회사들이어서, 청구법인과 유사한 영업형태를 보이고 있다. (나) 청구법인은 처분샘플 중 일부업체(4개)의 영업이익에 쟁점재판매와 무관한 이익이 포함되어 있다고 주장하나, 그 중 2개 업체는 의약완제품과 함께 의약원료품도 취급하고 있지만, 의약품도매업자로서의 사업활동은 유사하므로 달리 취급할 이유가 없으며, 나머지 2개 업체도 일부 수수료수입이 발생(매출액 대비 2% 수준)하기는 하나, 모두 합리적인 조정과정을 거쳤다. 또한, 일부분(10% 미만) 다른 소득이 발생하는 것은 자연스러운 현상으로, 기존샘플(7개)에서도 수수료수익이 발생하는 업체는 다수 포함되어 있었다. (다) 청구법인은 매출기준을 최우선으로 주장하나, 영업기능을 고려하지 않고 단순히 매출규모만으로 비교하면 비교가능성이 현저히 저해된다. 매출규모를 우선하여 샘플링한 기존샘플에서는 (청구법인과 같은 핵심마케팅기능 등을 수행하지 않는) 단순한 2차 도소매업체들이 선정된 것으로 보이는바, 청구법인과 유사한 기능과 역할을 하는 1차 업체들을 선정하려면 영업비기준이 매우 중요한 척도가 된다. (라) 청구법인의 2015∼2019사업연도 영업비기준(평균)은 23.9%에 이르고 이는 적극적 마케팅 등을 수행하지 않으면 달성할 수 없는 수치인바, 그와 같은 유사기능의 업체를 선별하려면, 최소한 영업비 비율이 10%에도 못 미치는 업체들은 제외되어야 한다.

(3) 청구방법은 기존 비교대상 업체들은 그대로 두고, 비교대상 기간만을 변경하자는 것인데, 앞서 언급한바와 같이 쟁점변경에 따라 청구법인의 원가구조가 변경된 이상, 영업기능을 중심으로 한 비교업체 재선정은 불가피하다. 또한, 기존방법에서 선정된 업체들은 청구법인과 달리 2차 도매업체들로 보이므로, 청구법인과 같은 1차 도매업체와 핵심기능면에서 비교대상이 될 수도 없다. 청구법인은 기존방법에서도 영업비기준을 반영하기 위해 조정과정을 거쳤다고 하나, 그 부분은 조정될 성격이 아닐뿐더러 조정 자체도 불가능하다.

(4) 쟁점영업권의 가치는 인정될 수 없다. (가) 감정평가법인의 평가액이라 하더라도, 객관적인 합리성이 결여되었다면 시가로 인정될 수 없는데, 쟁점평가액은 평가방식, 절차, 할인율 산정 등에 있어, 쟁점사업부의 미래 매출을 지나치게 낙관적으로 산정하는 등 객관적 합리성이 결여되었다. (나) 쟁점거래에 앞서, 청구법인이 자회사의 지분을 양수할 때에는 자회사의 영업권을 “OOO원”으로 평가하였을 뿐만 아니라, 지분 전체의 인수대가로 OOO원에 못 미치는 금액을 지급한 점을 고려하면, 지분인수일로부터 불과 15일만에 쟁점사업부만을 양수하면서, 그 부분(쟁점영업권)의 가치를 OOO원으로 평가한다는 것은 그 자체로 객관성ㆍ합리성이 결여되었음을 명백히 보여주고 있다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 쟁점변경 등을 이유로 쟁점용역 및 쟁점재판매 거래의 정상가격이 변경되어야 하는지 여부

② 쟁점재판매 거래의 정상가격이 변경되어야 한다면, 비교대상 업체는 그대로 두고 비교대상 기간만 변경되어야 한다는 청구주장의 당부

③ 쟁점영업권을 부당하게 고가로 양수하였는지 여부

  • 나. 관련 법령 등: <별지2> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점기간(2015~2019사업연도) 중 청구법인의 손익계산서상 주요항목의 현황은 다음과 같다.

(2) 선행처분은 처분청이 쟁점기간 중 청구법인의 쟁점재판매 영업이익률을 각 사업연도별로 독립적으로 분석하여 신고된 값이 처분방법보다 낮은 2015ㆍ2016사업연도를 대상으로 하는데, 쟁점용역의 경우 2017사업연도부터 분리ㆍ인식하였지만, 2015사업연도부터 분리되었음을 전제로, 쟁점용역 관련 비용이 제거된 순수한 쟁점재판매 관련 (조정)영업이익률만을 대상으로 하고 있다. <선행처분으로 증가된 주요 소득 현황> (단위: 백만원) 구분 2015사업연도 2016사업연도 합계 쟁점용역 관련 익금산입 OOO OOO OOO 쟁점재판매 관련 익금산입 OOO OOO OOO 쟁점용역 수행과정에 지출된 금액(발생비용)에 7%의 이윤을 가산한 금액 쟁점용역 부분이 제거된 조정영업이익률과 처분방법의 차이에 해당하는 소득

(3) 처분청은 쟁점변경과 관련하여, 청구법인의 2015ㆍ2016사업연도 쟁점용역 거래를 분리 및 식별할 경우, 쟁점재판매 거래의 영업이익 변화를 다음과 같이 제시하였다. (단위: 백만원, %) 사업연도 2015 2016 매출액 OOO OOO 조정 전 영업이익 OOO OOO 영업이익률 △0.34 1.11 조정 후 영업이익 OOO OOO 영업이익률 1.81 3.42

(4) 처분방법과 관련된 사항은 다음과 같다. (가) 산정기준: 한국표준산업분류상 의약품도매업으로 구분되는 586개 업체를 대상으로, 영업비기준 등 일정한 조건을 거쳐 선별된 8개 업체(처분샘플)의 영업이익률을 분석하여 산출(상위값, 중위값, 하위값)한 것으로, 이를 청구법인의 쟁점기간 중의 각 사업연도별 영업이익률과 상호 비교하였다. (나) 처분샘플은 아래와 같은 순서로 선별되었는데, (1∼4) 항목은 양측 간 이견이 없는 반면, (5∼6) 항목에는 이견이 있다.

1. 감사의견(적정의견)을 받지 못한 360개 제외

2. 5년 평균 영업손실이 발생한 25개 제외

3. 특수관계자간 거래비중이 20%를 초과하는 79개 제외

4. 매출액 대비 연구개발비가 1%를 초과하는 3개 제외

5. (영업비기준) 매출액 대비 영업비용 10% 미만인 84개 제외

6. (매출기준) 매출액 규모 200억원 미만인 8개 제외

7. (사업활동기준) 사업활동 등 비교가능성이 낮다는 이유로 19개 제외 (다) 처분샘플(8개 업체)과 청구법인의 영업이익률 비교 (라) 비교업체 선별기준에 대한 양측 간 이견 비교정리 처분청 의견 청구법인 항변 (영업비기준) ㅇ청구법인은 단순 유통업자가 아닌 마케팅 수행자(영업비기준 24%)로 매출기준보다 영업비기준이 중요 -규모보다 기능이 우선되어야 하며, 그 척도로 영업비기준 매우 중요 ㅇ영업비 비율 10%에 못 미치는 업체는 단순유통업자(2차업체)에 불과하고, -기존샘플(7개) 모두 이에 해당 ㅇ처분샘플은 영세업체들로, 마케팅 외 기본적으로 지출되는 영업비만으로도 영업비 비율 10%를 쉽게 초과 ㅇ영업비기준은 매출기준 보다 우선 적용될 수 없으며, 매출기준을 먼저 적용한 후 보완적으로 고려할 사항 -종전에는, 매출기준을 적용한 후 영업마케팅 기능에 대하여는 세부조정을 통해 보완하였음 (매출기준) ㅇ매출기준은 여러 지표 중 하나일 뿐, 최우선 지표는 아님 ㅇ업태 등 특성에 따라 기능에 중점을 둔 비교가 더 효과적일 수 있고, -청구법인은 영업비 비율이 24%로, 마케팅 등 핵심기능을 수행하기에 그 부분 비교가능성이 더 중요 ㅇ매출기준 또한 충분히 반영하였음(OOO원 이하 업체는 제외) ㅇ거래규모는 가격경쟁ㆍ협상에서 매우 중요하여 이익률에 절대적 영향 -국조법령, OECD 가이드라인, 감사원 권고 등도 같은 입장 ㅇ처분청이 제시한 OOO원은 청구법인 매출액의 3%에 불과 -국세청방침(1/4∼4배)에 벗어나고, 조세심판원도 10%에 못 미치면 비교대상으로 부적합하다고 결정 (사업활동기준) ㅇ영업이익률은 매출규모 보다 영업행태에 더 큰 영향을 받음 -(청구법인의) 유사업체 선정에는, 최소한의 영업비기준(10% 이상) 설정 불가피 ㅇ청구법인의 주된 영업활동은 -병원/의사를 상대로 자사 의약품을 마케팅하는 것인데, 그 과정에서 상당한 영업상 지출이 동반 영업특성상 고학력자가 필요하고,학회․세미나 등도 수차례 개최 -청구법인의 전제 직원 중 영업부서 비중은 44%이고, 전체 판관비의 40% 정도가 의약품 마케팅 비용 ㅇ반면, 기존샘플(7개)은 제조사 또는 1차업체가 마케팅한 의약품을 받아 단순유통하는 업체로 영업비 비율이 청구법인처럼 높을 수 없음 ㅇ처분샘플은 단순 수치상으로만 영업비 비율 10%를 초과한 업체들로, -실질면에서 청구법인과 유사성 없음 10%로 설정한 기준도 자의적 ㅇ360개 업체들을 분석한 결과, 외형(매출)과 영업비의 관계 입증 매출 OOO원 미만 업체는 26%, 매출 OOO원 초과 업체는 11% -영세할수록 고정비 비중이 더 커전체적인 영업비 비율은 상향됨 ㅇ처분청은 기존샘플을 2차업체라고 주장하나, -처분샘플 또한 2차업체로 보일 뿐,1차업체로 입증된바 없으며 -오히려 규모측면까지 고려하면 처분샘플이 2차업체 성격이 더 강함 * 청구법인과의 유사기능도 입증되지 않음 (마) 처분샘플 중 일부(4개) 업체들에 대한 양측의 이견을 정리하면 다음과 같다.

(5) 청구방법과 관련된 내용은 다음과 같다. (가) 청구방법은 기존방법에 따라 평가대상 업체는 원칙적으로 그대로 두되[처분방법의 기본 전제(1∼4 항목)는 따르되, 영업비기준이 아닌 매출기준으로 우선 선별(기존샘플)한 다음, 영업비 비율이 낮은 회사들에 대하여 세부 조정을 거침], 비교대상 기간 단위를 각 사업연도별로 독립ㆍ분석한 것이다. (나) 청구방법의 기존샘플 7개 업체의 현황은 다음과 같다.

(6) 청구법인은 의약품의 국내 유통단계와 그 구조에 대하여, “제조 → (수입) → 도매(유통업체) → 소매(병원ㆍ약국) → 최종소비(환자 등)”의 단계를 거친다면서 아래와 같이 주장한다. 제조단계 도매단계 소매단계 수입 국내 도매 국내제조사 <해당 없음> 국내 도매상 병원ㆍ약국 해외제조사 현지자회사 수입상 (가) 국내제조 의약품은 제조 후 바로 국내 유통되므로, 국내제조사 다음으로 국내도매상이 순서상 1차(매입)업체가 되며, 이 경우 핵심 마케팅업무는 도매상이 아닌 국내제조사가 하게 된다. 국내 도매단계에서의 1차, 2차, 3차 등은 단순한 유통순서일 뿐, 각 단계별로 실체적 기능상 유의미한 차이는 없다. (나) 해외제조 의약품은 수입단계를 거치므로, 제조 후 수입상이 순서상 1차(매입)업체가 되나, 이 경우 핵심마케팅 업무는 외국제조사가 직접 수행할 수 없어, 1차(매입)업체인 현지자회사 또는 수입업체가 그 역할을 하게 된다. 그 다음 단계(2차 이후)는 국내 도매단계이므로 기능상 유의미한 차이는 없다. (다) 처분샘플(8개 업체)은, 수입업체가 아닌 국내도매업체로 보이는데도(각 업체들의 의약품매입 중 수입품 비중 등 관련 입증자료의 제시가 없다), 처분청은 단순히 유통순서 측면에서 제조 이후 1차(매입)업체라는 공통점만을 들어, 청구법인과 유사하다고 주장하고 있으나, 오히려 영업기능 등 핵심 기능이 더 중요하다며 기존방법이 변경되어야 한다는 의견과 상호 모순이 있다. (라) 핵심 기능의 유사성에 맞춰 비교대상 업체를 선정하려면, 청구법인과 같이 외국제조사의 한국현지법인이거나 의약품 수입전문판매업체를 선정하여야 하나, 그와 같은 업체의 선정이 어렵다면, 처분샘플보다 기존샘플이 오히려 청구법인에 더 가깝다.

(7) 처분청은 처분샘플의 영업비 비율이 높은 것이 실체적 영업기능 차이가 아니라, 규모(영세성)나 고정비 비중 등에 기인한 것으로 보인다는 청구법인의 주장에 대하여, 처분샘플과 기존샘플의 접대비, 광고선전비, 판매수수료 및 판매활동비 등 판관비 합계의 비중을 분석ㆍ비교한 결과, 처분샘플의 값이 기존샘플보다 높았다면서(접대비만 비교하면 9.6배, 판관비 전체를 비교하면 16.7배), 그 이유는 샘플집단 간에 실체적인 영업활동이 다르기 때문이며, 영세성이나 고정비 비중 등과는 특별한 관계가 없다는 의견을 추가로 제시하였다.

(8) 청구법인이 쟁점기간 중 쟁점영업권의 감가상각비로 손금에 계상한 현황은 아래 <표>와 같은데, 우리 원은 청구법인이 쟁점③과 동일한 쟁점으로 제기한 다른 청구사건에 대하여, 기각 결정(조심 2021서3622, 2022.11.22.)을 하였다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대해 보건대, 처분청은 쟁점변경 등을 이유로 이 사건 조사대상 쟁점기간(2015~2019사업연도) 중 2015․2016사업연도에 대한 쟁점용역 및 쟁점재판매 거래의 정상가격을 변경한 다음 그 이익을 증가(익금산입)시키는 이 건 처분을 하였는데, 우선 쟁점용역 거래의 경우, 청구법인은 2017사업연도부터 이윤(7%)을 보상받았을 뿐, 그 이전(2015․2016사업연도)에는 이윤이 가산되지 않은 채, 실제 소요된 비용만을 보상(쟁점재판매 거래의 매출원가와 상계처리)받았기에, 실제로 획득하지 않은 이윤은 가산될 수 없다고 주장하나, 청구법인은 쟁점기간에 실질적으로 동일한 기능 및 활동이 요구․수반되는 (쟁점)용역을 공급해 왔기에, 특별한 사정이 없는 한 (그 대가를 실제로 수령하였는지 여부와 관계없이) 각 사업연도별로 동일한 가치의 용역을 공급해 온 것으로 봄이 타당한 점, 쟁점용역의 거래당사자 간(공급자와 공급받는 자)의 100% 출자관계 등을 고려할 때, (OOO)그룹차원의 용역비용 보상방법에 대한 이전가격의 정책변경이 있었다는 이유만으로, 2017사업연도부터 (한정하여) 쟁점용역의 대가가 증가되어야 한다고 인정하기 어려운 점, 청구법인도 2017사업연도부터 이윤을 수령하였다고 주장할 뿐, 그 이윤이 쟁점변경 이후부터 가산되어야 할 합리적이거나 정당한 근거 및 이유는 제시하지 못한 점 등에 비추어, 처분청이 2015․2016사업연도에 공급된 쟁점용역에 대해서도 2017사업연도 이후에 공급된 분과 마찬가지로 동일한 이윤(7%)이 가산되어야 함을 전제로, 그 상당액을 청구법인의 2015․2016사업연도의 익금에 가산한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다만, 처분청은 쟁점용역 거래를 분리․인식함에 따라 쟁점재판매 거래의 정상가격 산정방법 또한 변경되어야 한다고 보았으나, 쟁점용역과 쟁점재판매는 각각 용역 및 재화 거래로, 서로 성격이 달라, 설령 쟁점용역을 별도의 독립적인 거래로 인식하더라도, 쟁점재판매 거래의 기능과 수행의 본질적 측면이 달라진다고 보기 어려운바, 양 거래는 본질적․실질적 측면에서 직접적인 연관성은 적어 보이는 점(특히, 쟁점용역이 분리되었다는 이유만으로, 종전에 쟁점재판매 거래의 비교대상으로 인정되었던 업체들이 갑자기 비교대상에서 당연 배제되어야 한다고 보기 어렵다), 만약, 쟁점변경으로 쟁점재판매의 이익에 상당한 변화가 발생함은 물론, 청구법인의 한국 내 조세부담이 부당하게 감소되는 결과가 발생한다면, 정상가격 산정방법의 변경에 정당성이 인정될 수 있겠으나, 이 사건 쟁점변경의 경우 (종전에 쟁점재판매 거래의 이익을 계산할 때 판매관리비 등 비용으로 계상되던) 쟁점용역의 수행경비가 분리됨과 동시에, 그에 상응하는 매출원가와의 상계(조정)처리도 함께 생략되므로, 쟁점재판매 거래의 이익 자체에는 변화가 발생한다고 보기 어려운 점(이에 처분청은 이론적 차원의 분석일 뿐, 실제 매출원가와의 상계조정은 일부분에 그칠 수 있어 쟁점재판매 거래의 이익에는 변화가 발생한다고 언급하였으나, 상계조정이 일부에 그치면 오히려 쟁점재판매 이익이 상승하여 한국 내 조세부담은 증가하게 된다), 물론, 쟁점변경의 결과와 무관하게 (쟁점변경이 쟁점재판매 거래의 이익에 실질적인 영향을 미치지 않더라도), 기존방법의 흠결이나 오류 등을 이유로 더 합리적인 방법으로 변경할 수는 있겠으나, 기존방법이 과거 2차례 세무조사를 포함하여 장기간 사용되어 왔던 점을 고려하면, 이를 변경하려면 그에 상응한 정당성 및 합리성 등이 확보되어야 할 것인데, 처분방법을 살펴보면, 그간 거래순이익률법의 비교업체 선정에 있어, 기존 방법에서 사용되던 “매출규모” 보다 “영업활동”을 최우선 척도로 내세우고 있는데, 그와 같은 선택이 보다 합리적인 결과를 도출하는지 여부는 차치하더라도, 조사청이 제시한 영업활동은 단지 손익계산서상 매출액 대비 영업비 비중이라는 수치에만 의존하고 있을 뿐, 처분샘플로 선정된 업체들의 실질적 마케팅기능이나 그 수행능력 등이 청구법인과 동일 또는 유사한 수준에 해당하는지에 대한 입증은 미흡해 보이는 점(또한, 손익계산서상 영업비 비중의 수치를 고려하더라도, 청구법인은 그 수치가 20%를 훨씬 상회하는데, 그의 절반에도 못 미치는 10%를 처분샘플의 선정기준으로 설정한 이유 또한 모호하다), 또한, 의약품 유통순서상 청구법인은 1차 매입업체(미국본사→청구법인)에 해당하기는 하나, 미국(제조)본사가 100% 출자한 국내현지법인으로, 국내에 재판매하는 모든 의약품을 미국본사로부터 수입․조달하고 있는 점 등을 고려하면, 실질적으로 미국제조본사와 청구법인은 경제적 동일체에 가깝다고 볼 수 있어, 청구법인은 국내에서 미국제조본사가 직접 수행할 수 없는 (제조업체 수준의) 마케팅기능을 수행하고 있는 것으로 보이는 반면, 처분샘플은 국내유통단계에서의 1차 매입업체들(의약품제조사 → 처분샘플)로, 이들이 판매하는 의약품이 어느 하나의 제조사로부터만 독점적으로 조달받았다고 한정하기도 어려워, 의약품 자체에 대한 마케팅기능은 처분샘플이 아닌 각 의약품의 국내제조사들이 수행할 것으로 추정되고, 게다가 처분샘플의 매출규모가 청구법인의 30분의 1에 불과한 점까지 고려하면, 처분샘플의 영업비 비중이 비교적 높게 나타난 것은 의약품 자체에 대한 마케팅기능 외에 영세성 등 다른 요인 등에 기인할 뿐, 청구법인과 동일한 수준의 마케팅기능을 수행하기 때문은 아니라는 청구법인의 주장은 일응 납득되는 측면이 있는데도, 처분청은 이를 배척하기 위한 객관적․실체적 자료나 설득력 있는 의견을 달리 제시하지 못한 점, 처분청은 쟁점기간 5개 사업연도 각각에 대하여 처분방법을 적용하였음에도, 과소신고로 나타난 것은 2개 사업연도인 점을 감안하면, 청구법인이 동일한 의약품에 대하여 다른 사업연도와 달리 유독 2015․2016사업연도에만 고가로 수입함에 따라, 국내에서 인식되어야 할 이익이 부당하게 감소되었다는 등의 실체적인 결과 등이 제시되지 않는 한, 청구법인이 2015․2016사업연도에만 그 영업이익률이 정상가격 보다 낮다고 보기도 어려운 점(비교대상 업체나 비교대상 기간이 변경됨에 따라 일시적으로 발생한 손익 차이일 가능성도 배제하기 어려우며, 특히 비교대상 업체는 그대로 두되, 비교대상 기간만을 변경할 경우 기존에 납부한 법인세가 환급되어야 한다는 청구주장에 따르면 더욱 그러하다) 등에 비추어, 적어도 처분방법은 기존방법보다 합리성 측면에서 더 개선된 방법이었다고 인정하기 어려운데도, 처분청이 그와 다른 전제에서, 청구법인이 기존방법을 적용하여 신고한 쟁점재판매 거래의 이익이 과소하다고 보아, 그 과소분 상당액을 청구법인의 2015․2016사업연도의 익금에 가산한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 보건대, 청구법인은 부득이 기존방법이 변경되어야 한다면, 비교대상 업체(기존샘플)는 그대로 두되, 비교대상 기간만을 변경하여 2017~2019사업연도에 납부한 법인세(일부)를 환급해 달라고 주장하나, 쟁점①에서 쟁점재판매 거래의 정상가격 산정방법에 대하여, 변경(비교업체와 비교기간 모두 해당된다)의 정당한 사유나 그 변경의 결과가 기존방법보다 더 합리적이라고 보기 어렵다는 결정을 하였을 뿐만 아니라, 위 청구주장 또한 기존방법의 변경을 전제하고 있기에, 청구법인의 주장을 받아들이기 어려우므로 청구법인의 경정청구를 거부한 후행 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대해 보건대, 청구법인은 쟁점영업권 및 쟁점평가액에 대해 감정평가법인이 자회사의 쟁점사업부 영업권만을 한정하여 감정평가한 정당한 평가액이라고 주장하나, 청구법인은 쟁점거래에 앞서 자회사를 인수할 때, 거래당사자와 자유로운 협상을 통해 자회사 전부의 가치를 OOO원에 평가하여 매수하였고, 그 평가액에 대해 청구법인 스스로는 물론 처분청도 아무런 문제를 제기하고 있지 않는 이상, 그 가액은 원칙적으로 법인세법 제52조 제2항에 따른 가격에 해당하는 것으로 보이고, 그렇다면 이미 형성된 자회사의 “시가”가 존재함에도 그로부터 불과 15일 만에 자회사의 일부에 불과한 쟁점사업부의 영업권만을 OOO원으로 평가하여 재차 양수한 것은 특별한 사정이 없는 한 그 자체만으로도 고가거래로 보기에 충분한 반면, 그 기간 동안 자회사의 가치가 급격히 상승하였다는 객관적인 증빙이나 정황 등은 전혀 확인되지 않는 점(만약, 앞선 자회사의 인수가 저가로 이루어진 것이라면, 이 건 심판청구를 제기하기에 앞서, 그에 대한 수정신고 등의 적절한 조치가 있었어야 할 것이다) 등에 비추어, 처분청이 쟁점거래를 고가거래로 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2021서3622, 2022.11.22. 같은 뜻임).

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 이 사건 처분내역 <별지2> 관련 법령

(1) 국제조세조정에 관한 법률 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

10. “정상가격”이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말한다. 제4조(정상가격에 의한 과세조정) ① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다. 제5조(정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

5. 거래순이익률방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

(2) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제4조(정상가격의 산출방법) ② 법 제5조 제1항 제5호에 따른 거래순이익률방법을 적용할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다.

1. 통상의 거래순이익률은 다음 각 목에 따른 사항을 기초로 산출한다.

  • 가. 매출에 대한 거래순이익의 비율
  • 나. 자산에 대한 거래순이익의 비율
  • 다. 매출원가 및 영업비용에 대한 거래순이익의 비율
  • 라. 영업비용에 대한 매출총이익(거래순이익과 영업비용을 합산한 것을 말한다. 이하 같다)의 비율
  • 마. 그 밖에 합리적이라고 인정될 수 있는 거래순이익률 제5조(정상가격 산출방법의 선택) ① 법 제5조 제1항에 따라 정상가격을 산출할 때에는 다음 각 호의 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.

1. 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  • 가. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우
  • 나. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 그 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우

② 제1항 제1호에 따라 비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 재화나 용역의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 사용되는 자산, 계약 조건, 경제 여건, 사업전략 등의 요소에 관하여 기획재정부령으로 정하는 사항을 분석하여야 한다. 제6조(정상가격 산출방법의 보완 등) ① 제5조 제1항에 따라 가장 합리적인 방법을 선택하여 정상가격을 산출하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 납세자의 사업 환경 및 특수관계 거래 분석, 내부 및 외부의 비교가능한 거래에 대한 자료 수집, 정상가격 산출방법의 선택 및 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익 산출, 비교가능한 거래의 선정 및 합리적인 차이 조정 등의 분석절차를 통하여 정상가격을 결정하여야 한다.

② 법 제5조에 따라 정상가격을 산출하는 경우 해당 거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에서 제5조 제2항에 따른 비교가능성 분석요소의 차이로 인하여, 적용하는 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익에 차이가 발생할 때에는 그 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익의 차이를 합리적으로 조정하여야 한다.

⑨ 법 제5조 제1항에 따라 정상가격 산출방법을 적용할 때 경제적 여건이나 사업전략 등의 영향이 여러 해에 걸쳐 발생함으로써 해당 사업연도의 자료만으로 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익을 산출하는 것이 합리적이지 아니할 경우에는 여러 사업연도의 자료를 사용할 수 있다.

(3) 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙 제2조(비교가능성 및 적합성 평가 등) ① 국제조세조정에 관한 법률 시행령(이하 “영”이라 한다) 제5조 제2항에 따라 비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 분석하여야 한다.

1. 재화나 용역의 종류 및 특성

  • 가. 유형재화의 거래인 경우: 재화의 물리적 특성, 품질 및 신뢰도, 공급 물량ㆍ시기 등 공급 여건

2. 사업활동의 기능: 설계, 제조, 조립, 연구ㆍ개발, 용역, 구매, 유통, 마케팅, 광고, 운송, 재무 및 관리 등 수행하고 있는 핵심 기능

3. 거래에 수반되는 위험: 제조원가 및 제품가격 변동 등 시장의 불확실성에 따른 위험, 유형자산에 대한 투자ㆍ사용 및 연구ㆍ개발 투자의 성공 여부 등에 따른 투자위험, 환율 및 이자율 변동 등에 따른 재무위험, 매출채권 회수 등과 관련된 신용위험

4. 사용되는 자산: 자산의 유형(유형자산ㆍ무형자산 등)과 자산의 특성(내용연수, 시장 가치, 사용 지역, 법적 보호장치 등)

5. 계약 조건: 거래에 수반되는 책임, 위험, 기대편익 등이 거래당사자 간에 배분되는 형태(사실상의 계약관계를 포함한다)

6. 경제 여건: 시장 여건(시장의 지리적 위치, 시장 규모, 도매ㆍ소매 등 거래단계, 시장의 경쟁 정도 등)과 경기 순환변동의 특성(경기ㆍ제품 주기 등)

7. 사업전략: 시장침투, 기술혁신 및 신제품 개발, 사업 다각화, 위험 회피 등 기업의 전략

② 영 제5조 제3항에 따라 적합성이 높은지를 평가하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 사항을 고려하여 분석하여야 한다.

5. 거래순이익률방법을 적용할 경우: 거래순이익률 지표(영 제4조 제2항 제1호 각 목의 거래순이익률을 말한다. 이하 같다)와 영업활동의 상관관계가 높은지 여부. 이 경우 그 밖의 정상가격 산출방법보다 더 엄격하게 특수관계 거래와 비교가능 거래의 유사성이 확보될 수 있거나 비교되는 상황 간의 차이가 합리적으로 조정될 수 있어야 한다.

(4) 법인세법 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다. 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다. <개정 2018. 12. 24.>

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(5) 법인세법 시행령 제14조(재산가액의 평가 등) ①법 제16조 제1항 각 호에 따라 취득한 재산 중 금전 외의 재산의 가액은 다음 각 호에 따른다.

1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 “주식등”이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 5의2. 특수관계인으로부터 자산 양수를 하면서 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 고정자산 가액이 시가에 미달하는 경우 다음 각 목의 금액에 대하여 제24조 내지 제34조의 규정을 준용하여 계산한 감가상각비 상당액

  • 가. 실제 취득가액이 시가를 초과하는 경우에는 시가와 장부에 계상한 가액과의 차이 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제3항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

  • 가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. (단서 생략)

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의 2ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(6) 법인세법 시행규칙 제12조(감가상각자산의 범위) ① 영 제24조 제1항 제2호 가목에 따른 영업권에는 다음 각 호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래처 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

(7) 상속세 및 증여세법 제64조(무체재산권 등의 평가) 무체재산권(無體財産權)의 가액은 다음 각 호에 따른 금액 중 큰 금액으로 한다.

1. 재산의 취득가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 법인세법상의 감가상각비를 뺀 금액

2. 장래의 경제적 이익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액

(8) 상속세 및 증여세법 시행령 제59조(무체재산권 등의 평가) ② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다. [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액-(평가기준일 현재의 자기자본×1년만기정기예금이자율을 감안하여 기획재정부령이 정하는 율)]

③ 제2항을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조제1항 및 제2항을 준용하여 평가한다. 이 경우 같은 조 제1항 중 "1주당 순손익액"과 같은 조 제2항 중 "1주당 추정이익"은 "순손익액"으로 본다.

⑦ 제2항의 규정에 의하여 영업권을 평가함에 있어서 제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액중 많은 금액으로 한다.

1. 사업소득금액 ÷ 소득세법 시행령 제165조 제10항 제1호에서 규정하는 자기자본이익률

2. 수입금액 ÷ 소득세법 시행령 제165조 제10항 제2호에서 규정하는 자기자본회전율

(9) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제19조(세무공무원의 재량의 한계) 세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 해당 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다. 제20조(기업회계의 존중) 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)