청구인이 쟁점자산을 양도할 당시 아직 철거되지 않은 채 주거용으로 사용되고 있다고 하더라도 이미 쟁점자산은 재건축조합에 제공되어 관리처분계획인가가 있은 이상 쟁점자산에 대하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
청구인이 쟁점자산을 양도할 당시 아직 철거되지 않은 채 주거용으로 사용되고 있다고 하더라도 이미 쟁점자산은 재건축조합에 제공되어 관리처분계획인가가 있은 이상 쟁점자산에 대하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점자산의 양도는 아파트 매매계약서에 의한 부동산의 양도이므로 조합원입주권의 양도로 볼 수 없다. (가) 청구인은 2019.8.23. 아파트 매매계약을 체결하고, 2019.12.16. 매매대금 잔금을 수령하였으며, 쟁점자산의 매수자는 아파트계약일을 원인일로 2019.12.17. 조합원입주권이 아닌 토지 및 건물에 대해 소유권이전등기를 종료하였고, 이후 OOO에 매수자가 신탁등기를 하였다. 즉 쟁점자산의 양도는 조합원입주권을 양도한 것이 아니라 소득세법 제94조 제1항 제1호 의 토지와 건물을 양도한 것이다. (나) 조합원입주권이란 “재개발구역내 보유지분(토지)을 가진 사람이 조합원 분양을 받을 수 있는 권리”를 말하는 것으로 일반적으로 별도의 프리미엄을 받고 양도하는 것을 말한다. 조합원입주권의 양도는 프리미엄을 별도로 지급하는 것이 일반적이나 프리미엄을 별도로 계약하거나 받은 사실이 없다. (다) 아파트 매매계약서에 매매목적물의 부동산의 표시에 “OOO, 토지와 건물”로 기재되어 있는바, 계약서상 매매목적물이 토지와 건물임이 명백하고, 민법상 사인간에 성립된 계약은 존중되어야 하며, 조합원입주권은 재건축조합에서 매도자와 매수자가 조합원의 권리·의무를 승계하여야 하나 청구인은 이에 해당하는 행위를 한 사실이 없다.
(2) 청구인은 제1차 관리처분계획인가일 이후에도 쟁점자산인 아파트에 거주하였고, 청구인이 2019.10.15. 쟁점자산에서 이사를 하면서 이사비용, 청소소독비, 아파트관리비, 상하수도료를 납부한 사실이 확인되므로 아파트인 부동산에 거주한 것이지 조합원입주권에 거주한 것으로 볼 수 없다. 실제 토지·건물이 존재하고, 쟁점자산에 거주하고 있는 상황에서 처분청이 조합원입주권에서 거주하였다고 보는 것은 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 있어 실질과세원칙에 위배되는 것이다.
(3) 2018.4.17. 제1차 관리처분계획인가는 도시 및 주거환경정비법 제74조 (관리처분계획인가등)의 절차규정에 따른 것이 아니므로 해당 일자를 조합원입주권의 양도일로 볼 수 없다. (가) 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 의하면 사업시행자가 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 관리처분계획을 수립하여 시장·군수 등에게 인가를 하도록 하고 있다. <재개발절차의 주요 진행 사항> 정비기본계획수립 → 조합설립인가 → 사업시행인가 → 조합원분양신청 → 관리처분계획인가 → 이주 및 철거 (나) 관리처분계획인가는 조합원분양신청일 이후에 가능한 것이나, OOO에서는 재건축초과이익환수에 관한 법률 제3조의2(재건축부담금 면제를 위한 임시특례) 규정을 적용받기 위하여 조합원분양신청 전인 2017.12.12. 관리처분계획인가를 신청하였다. (다) OOO시 클린업사이트 진행내역을 보면 쟁점자산은 2018.4.19. 제1차 관리처분계획인가 이후인 2019.11.11.∼2019.12.11. 분양신청을 받은 것으로 확인되므로 제1차 관리처분계획인가는 도시 및 주거환경정비법 제74조 (관리처분계획인가등)의 절차규정에 따른 것이 아니다.
(1) 조합원입주권이란 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택 재건축·재개발 사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위로써 “부동산을 취득할 수 있는 권리”이고, 부동산이 조합원입주권으로 변환되는 시기는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행인가일이 된다.
(2) 쟁점자산의 주택재건축정비사업을 주관하는 OOO에 문의결과, 관리처분계획인가 고시일은 2018.4.19.로 확인되고, 도시 및 주거환경정비법에 의거 쟁점자산이 조합원입주권으로 변환되는 시기는 관리처분계획인가일로, 관련 법에 의거 쟁점자산은 조합원입주권의 양도에 해당한다. 따라서 주택이 아닌 조합원입주권을 양도하였으므로 장기보유특별공제의 적용기간은 소득세법 제95조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조에 따라 취득일로부터 관리처분계획인가일까지의 기간을 적용하는 것이므로 관리처분계획인가일 이후 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 배제한 이 건 처분은 정당하다.
(3) 청구인은 민법상 사계약이 존중되어야 한다고 주장하나, 앞서 언급한 바와 같이 조합원입주권에 대한 정의 및 쟁점자산이 조합원입주권으로 변환되는 시기 등은 도시 및 주거환경정비법에, 장기보유특별공제 적용기간은 소득세법 제95조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조에 명시되어 있으므로 쟁점자산을 조합원입주권으로 보아 양도차익을 재계산한 후 과세한 처분은 정당하다.
(1) 소득세법(2019.1.1. 법률 제12852호로 일부개정된 것) 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표2 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 80
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2) 소득세법 시행령(2012.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】 ⑰ 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다.
(3) 도시 및 주거환경정비법(2019.4.23. 법률 제16383호로 개정된 것) 제50조【사업시행계획인가】① 사업시행자(제25조 제1항 및 제2항에 따른 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수등인 경우는 제외한다)는 정비사업을 시행하려는 경우에는 제52조에 따른 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 정관등과 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수등에게 제출하고 사업시행계획인가를 받아야 하고, 인가받은 사항을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 때에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다. 제74조【관리처분계획의 인가 등】① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.
(4) 재건축초과이익 환수에 관한 법률(2018.2.9. 법률 제14567호로 개정된 것) 제3조의2【재건축부담금 면제를 위한 임시 특례】 제3조에도 불구하고 제5조에 따른 재건축부담금 부과대상 사업으로서 2017년 12월 31일까지 도시 및 주거환경정비법 제74조 1항 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 1항 에 따른 사업시행계획인가를 신청한 재건축사업에 대하여는 재건축부담금을 면제한다.(2012.12.18. 신설)
(1) OOO시 클린업사이트 등에 나타나는 쟁점자산의 재건축사업 진행경과 등에 관한 내용은 <표1>과 같다. <표1> 쟁점자산의 재건축사업 진행경과 등 일자 진행내용 비고 1996.3.31. 쟁점자산 취득 2017.12.12. 관리처분인가 신청일 2018.4.19. 관리처분계획인가 고시일 (가) 2019.10.15. 쟁점자산에서 현 주소지로 이사 2019.11.11.∼2019.12.11. 분양신청기간 2019.12.16. 쟁점자산 양도일 (나) 2020.2.21. 관리처분계획변경인가 신청일 2020.3.19. 관리처분계획(변경)인가 고시일 (가) (가) OOO청장이 2018.4.19. 및 2020.3.19.에 한 OOO 주택 재건축정비사업의 관리처분계획인가 및 관리처분계획(변경)인가 고시내용은 각 다음과 같다. <주택재건축정비사업 관리처분계획인가, 2018.4.19.> OOO <주택재건축정비사업 관리처분계획(변경)인가, 2020.3.19.> OOO (나) 청구인은 일반적인 재건축조합 업무흐름과 달리 OOO은 관리처분계획인가 이후 분양신청을 받았으므로 관리처분계획인가는 도시 및 주거환경정비법 제74조 (관리처분계획인가등)의 절차규정에 따른 것이 아니라고 주장하나, 이의신청결정서 사실관계에 기술된 내용에 따르면 이의신청 담당자가 OOO구청 주거개선과 담당자와 유선확인 결과, 관리처분계획인가 전 분양신청 등 관련 제반업무가 확정된 상태에서 2018.4.19. 관리처분계획인가가 고시된 것이라고 확인하였고, OOO에 문의한 결과, 관리처분계획인가 당시 분양신청을 받았으나, 일부 변경사항이 있어 재분양신청을 받고, 총회를 거쳐 2020.3.19. 관리처분계획(변경)인가를 받은 것으로 확인한 것으로 나타난다. (다) 쟁점자산의 매매계약서에 기재된 내용은 다음과 같다. <아파트 매매계약서, 2019.8.23.> OOO
(2) 청구인은 쟁점자산을 양도한 후, 1세대 1주택(고가주택) 비과세 및 장기보유특별공제를 적용하면서 쟁점자산의 보유기간 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 소득세법 제95조 제2항 에 따라 쟁점자산의 관리처분계획인가일까지의 양도차익만 장기보유특별공제대상으로 보아 장기보유 특별공제액을 재계산하여 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. <표2> 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역 (단위: 천원) OOO
(3) 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 은 2013년초 장기보유특별공제 적용대상을 조합원입주권까지 확대하였는데, 그 개정 내용 및 개정 취지는 다음과 같다. <2013.1.1. 개정전·후의 소득세법 제95조 제2항 > 제95조 제2항 개정전 제95조 제2항 개정후
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <기획재정부 개정세법 해설>
(1) 개정내용 종전 개정 ▣ 장기보유특별공제액 적용대상 o 3년 이상 보유한 부동산 < 신 설 > ▣ 조합원입주권의 관리처분계획 인가 전 양도차익에 대한 장기보유특별공제 적용시 보유기간 < 신 설 > ▣ 장기보유특별공제액 적용대상 추가 o (좌 동) o 조합원입주권의 관리처분계획 인가 전 양도차익 부분(승계 취득분 제외) o 기존 주택의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간
(2) 개정이유 o 장기보유특별공제는 토지ㆍ건물 양도시만 적용되고 부동산을 취득할 수 있는 권리에는 적용되지 않으나,
• 재개발ㆍ재건축 관리처분계획인가 승인시점에서 주택을 보유한 자가 추후 조합원입주권 양도시 멸실 전 주택분 양도차익에 대해서는 주택이 조합원입주권으로 변환된 것이므로 장기보유특별공제를 적용
(3) 적용시기 및 적용례 o 2013.1.1.이후 최초로 양도하는 분부터 적용
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 쟁점자산의 관리처분계획인가일 이후에도 쟁점자산에 거주하는 등 실질과세원칙에 따라 쟁점자산의 양도를 부동산의 양도로 보아 쟁점자산 거주기간 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하나, 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존의 주택이나 대지를 제공하고 그 사업계획에 따라 취득하게 되는 새로 건설되는 주택 및 부대ㆍ복리시설을 분양받을 권리는 장차 그 분양받을 주택 등에 대한 소유권을 취득할 때까지는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목 소정의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당하고, 이 경우 그 입주자로 선정된 지위의 취득시기는 관리처분계획인가가 있은 때라고 할 것이며, 청구인이 쟁점자산을 양도할 당시 아직 철거되지 않은 채 주거용으로 사용되고 있다고 하더라도 이미 쟁점자산은 재건축조합에 제공되어 관리처분계획인가가 있은 이상, 쟁점자산에 대한 권리는 새로 건설되는 주택 등을 분양받을 권리로 변환되었다 할 것이므로, 쟁점자산의 양도는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목 소정의 “부동산을 취득할 수 있는 권리”의 양도에 해당하는 점(대법원 2007.6.15. 선고 2005두5369 판결, 같은 뜻임), 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 에서 장기보유특별공제 적용대상을 조합원입주권까지 확대하면서 도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다고 명시하고 있고, 해당 규정은 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이는 점(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결, 같은 뜻임), 2020.3.19. 관리처분계획(변경)인가 고시의 주된 내용은 일반분양 등의 공급세대수의 감소 등으로 그 변경내용이 당초 2018.4.19. 인가 고시된 관리처분계획인가의 주요부분을 실질적으로 변경하는 정도에 이른다고 보이지 아니하고, 당초 관리처분계획인가의 효력을 상실하였다고 볼 만한 사정도 없어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점자산의 관리처분계획인가일까지의 양도차익만 장기보유특별공제대상으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.