청구인은 2010년에 쟁점주식을 430백만원에 양도한 후 주식매매대금을 2010.6.25. 모두 수령하였다고 주장하며 조사청의 세무조사 과정에서 확인된 쟁점주식 매매계약서 및 영수증(작성일자 2010.6.25., 대금 450백만원, 수표 45매 일련번호 기재) 등을 제시하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 건 쟁점주식의 양도시기는 최소한 매매대금의 95.3%가 지급되고 실질적으로 양수인들이 주권행사를 하게 된 2010년으로 보는 것이 합리적이다 할 것임
[주 문] OOO서장이 2021.3.3. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
(1) 청구인은 쟁점주식을 2010년에 양수인들에게 모두 양도하였으므로 쟁점주식의 양도시기를 2016년으로 보아 과세한 이 건 처분은 취소되어야 한다. (가) 청구인은 쟁점법인의 발기인으로 쟁점주식을 OOO원에 취득하여 보유하고 있었으나 쟁점법인의 경영과 관련된 계속된 분쟁으로 2010년 쟁점주식을 양수인들에게 OOO원에 양도한 후 쟁점법인과 관계를 단절하였고, 당시 쟁점법인에서 제시한 2010년 주식매매계약서(양도주식수 OOO주, 양수인․양도가액․양도일자는 빈칸)에 주식 양도인으로 날인한 사실이 있으며, 쟁점법인 설립 전부터 쟁점법인에 OOO원 이상 대여한 금액 등을 감안할 때 실질적으로 양도차익이 발생하지 않아 양도소득세를 신고하지 아니하였다. 이후 쟁점법인은 2013년에도 상기와 같은 내용의 주식매매계약서(양도주식수 OOO주, 양수인ㆍ양도가액ㆍ양도일자는 빈칸)를 가져와서 청구인은 동 계약서에도 날인하였으나, 2016년 말 쟁점법인의 주주명부에 청구인이 기재되어 있는 것을 알게 되어 쟁점법인의 업무착오에 대해 항의하였고, 쟁점법인에서는 새로 작성한 매매계약서에 청구인이 날인만 하면 업무착오가 간단하게 수정된다고 하여 청구인은 이를 바로잡기 위해 쟁점법인에서 제시한 2016년 주식매매계약서(양도주식수 OOO주, 양도인 청구인, 양수인 AAA 및 BBB, 양도가액 OOO원, 양도일자 2016.12.30.)에 다시 날인하였다. (나) 조사청에서 쟁점법인 및 청구인에 대한 세무조사를 실시한 결과 청구인이 쟁점주식을 2010년 OOO원에 양도한 사실을 확인한 후 처분청에 관련 자료를 통보하였는바, 조사청의 세무조사에서 2010년이 쟁점주식의 양도시기임이 확인된 것을 어떤 근거로 처분청에서 다시 2010년이 아니라 2016년을 쟁점주식의 양도시기라고 판단하는 것인지 이해할 수 없다. 처분청은 2010년에 주식양도대금을 대부분 정산하였으나 2015.10.22. 잔금 OOO원을 양수인들이 청구인에게 지급하였다는 양수인들의 진술내용 일부를 토대로 2015.10.22.을 대금청산일이라고도 주장하나, 당시 조사청에서 쟁점주식의 명의신탁 혐의에 대하여 세무조사를 실시하였기 때문에 쟁점주식의 명의변경을 하지 않은 양수인들이 증여의제로 과세될 것을 두려워하여 그리 진술한 것으로 보이고, 상식적으로 OOO원이 넘는 주식양도가액을 지급하면서 5년 동안 고작 OOO원의 잔금을 청산하지 않고 있는 경우가 어디 있겠으며, 처분청에서 정말 매매대금의 OOO%에 불과한 금액을 5년 뒤에 지급받았다고 보아 동 시점을 쟁점주식의 양도시기로 보았다면 이는 심히 부당한 처분이다. (다) 조사청의 세무조사 내용과 같이 청구인은 2010년 쟁점주식을 양수인들에게 모두 양도한 것이 사실이고, 주식양도대금은 조사청에서 쟁점법인 등에 대한 세무조사시 사무실 컴퓨터를 압수해서 확인한 영수증(청구인 작성)에 나타난 바와 같이 2010년에 수표로 모두 지급받았으며, 2015년에 양수인들에게서 수령하였다는 OOO원은 활발한 경제활동을 하는 경제인의 입장에서 오래되어서 기억도 잘 나지 않고 기억해낸다면 쟁점주식 양도와는 별개로 쟁점법인을 인수한 양수인들과 개인 채권․채무 관계로 지급받은 금액으로 보인다. 결국, 청구인은 2010년에 쟁점주식을 양도하였으나 양도소득세를 무신고하였고, 처분청의 과세전적부심사청구 결정내용과 같이 이는 단순 무신고로 사기 기타 부정한 행위에 해당하지 아니하므로 부과제척기간이 경과한 후인 2021.3.3. 과세한 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
(2) 당초 처분청 과세담당자는 쟁점주식의 양도시기를 2010년으로 보고 부과제척기간은 10년을 적용하여 과세하였고, 청구인은 과세전적부심사청구 과정에서 단순 무신고로 부과제척기간 7년을 주장하여 과세전적부심사청구에서 청구주장이 인용결정 되었는데, 그와 별개로 쟁점주식의 양도시기를 재조사하라고 하여 처분청에서 쟁점주식의 양도시기를 2016년으로 변경하여 다시 과세하였는바, 이는 국세기본법제79조의 불고불리의 원칙 및 불이익변경 금지원칙을 위반한 부당한 처분이므로 취소되어야 한다.
(3) 당초 조사청에서 쟁점주식 양도에 대하여 세무조사를 실시하여 조사결정이 완결되었으나, 처분청에서 다시 조사한 것은 중복조사에 해당하므로 이러한 중대한 절차적 하자로 인한 과세처분은 무효에 해당하고, 처분청 과세담당자는 재조사 진행과정에서 세무조사 절차와 관련한 법규정을 무시한 채 조사를 진행하여 부당하므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
(1) 처분청은 과세전적부심사청구의 재조사 결정에 따라 쟁점주식의 양도시기를 확인하기 위해 청구인 및 양수인들에게 쟁점주식 명의개서 및 대금청산 관련 자료 확인요청을 하였으나, 청구인은 별도의 근거서류를 제출하지 아니하였고 양수인들은 조사청의 세무조사시 진술한 내용과 같이 주식매매대금이 2010년 대부분 지급되었으나 최종 정산이 마무리 되지 않아 2015년 최종 정산 후 2016년에 쟁점주식의 명의개서를 하였다고 소명하였다. 또한, 청구인이 작성한 2010년 매매계약서상 주소지는 OOO로 기재되어 있으나 청구인은 동 주소지에 2013.2.25. 전입한 것으로 확인되어 동 계약서는 2013.2.25. 이후 작성된 것으로 판단되고, 따라서 2010년을 쟁점주식의 양도시기로 보기는 어렵고 쟁점주식 양도에 대한 대금청산일이 불분명하므로 쟁점주식의 명의개서일이 속하는 2016년을 양도시기로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 청구인이 주장하는 불고불리, 불이익변경 금지 원칙 등은 심사청구 및 심판청구 결정시 적용하는 법규정들로 사전적 권리구제절차인 과세전적부심사청구와는 관련이 없고, 처분청은 적법한 절차를 거쳐 위원회에서 재조사결정이 난 사항에 대하여 귀속시기를 판단하여 과세하였는바 이 건 과세처분은 정당하다.
(3) 처분청은 조사청에서 쟁점법인 및 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 통보한 과세자료에 따라 청구인에게 과세예고통지를 하였는바 이는 중복조사에 해당하지 않고, 과세전적부심사청구 재조사 결정에 따른 양도소득세 결정을 위해 대금청산 등 관련내용에 대한 해명요청을 하고 소명자료에 따라 귀속시기를 판단하여 과세하였으므로 절차위반 사항은 없다.
① 쟁점주식의 양도시기를 2016년으로 보아 과세한 처분의 당부
② 처분청의 이 건 과세처분이 국세기본법 제79조 (불고불리․불이익변경금지)를 위반한 것인지 여부
③ 중복조사에 해당하는지 여부
(1) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일
(3) 국세기본법 제79조【불고불리, 불이익변경금지】① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.
② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다. 제81조의4【세무조사권 남용 금지】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 제81조의15【과세전적부심사】① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.
2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
3. 납세고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
⑤ 과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 청구가 이유 없다고 인정되는 경우: 채택하지 아니한다는 결정
2. 청구가 이유 있다고 인정되는 경우: 채택하거나 일부 채택하는 결정. 다만, 구체적인 채택의 범위를 정하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 제2항 각 호의 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 당초 통지 내용을 수정하여 통지하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.
3. 청구기간이 지났거나 보정기간에 보정하지 아니한 경우: 심사하지 아니한다는 결정
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료의 의하면, 청구인은 쟁점주식 양도에 대하여 양도일자를 2016.12.30.로 하고 양도가액과 취득가액을 각각 OOO원으로 하여 양도차익이 없는 것으로 2017.2.28. 양도소득세를 신고(쟁점법인의 CCC 이사가 세무대리인에게 의뢰하여 신고대행)하였고, 처분청은 조사청의 쟁점법인 및 청구인에 대한 세무조사 결과에 따라 당초 청구인이 2010년 쟁점주식을 OOO원에 양도하였음에도 양도소득세를 과소신고한 것으로 보아 2020.9.8. 청구인에게 양도소득세 OOO원을 과세예고 통지하였으나, 이후 청구인의 과세전적부심사청구에 따른 OOO의 쟁점주식 양도시기 재조사 결정에 따라 자료해명 안내 후 쟁점주식의 명의개서일인 2016년을 양도시기로 보아 2021.3.3. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지한 것으로 나타난다.
(2) 처분청 OOO의 2020.11.25. 과세전적부심사결정서 주요내용은 아래와 같다. <과세전적부심사결정서 주문> OOO
(3) 과세전적부심사결정 이후 처분청은 청구인과 양수인들에게 쟁점주식 명의개서 및 대금청산 관련 내용을 확인요청한 것으로 나타나고, 청구인은 이에 2010년에 쟁점주식을 양도하고 주식매매대금을 수령하였다는 취지로 소명하였고, 양수인들은 당초 조사청에서 본인들이 진술한 내용과 같이 2010년 대부분의 주식대금이 지급되었으나 최종정산이 마무리 되지 않아 최종정산 후 2016년에 주주명부를 정리하고 명의개서를 하였다고 소명하였다.
(4) 처분청에서 제출한 심리자료에 의하면, 조사청은 2020년 5월 쟁점법인에 대한 2018․2019사업연도 법인통합조사 및 청구인에 대한 2006․2007년 증여세 조사를 실시하였고, 처분청에게 아래와 같은 내용의 과세자료를 통보한 사실이 나타난다. <조사청에서 통보한 과세자료 내용> OOO
(5) 청구인 및 처분청은 쟁점주식의 매매거래와 관련한 주식매매계약서를 제출하였는바, 청구인이 2010년 또는 2013년 작성되었다고 주장하는 계약서에는 양도인인 청구인의 인적사항과 양도주식수 OOO주만 기재되어 있고 청구인의 서명과 지장날인만 있을 뿐 양수인, 거래가액, 대금지급방법, 계약일자 등은 기재되어 있지 아니한 것으로 나타나며, 청구인과 양수인들이 2016년 작성한 매매계약서에는 거래주식수 OOO주, 1주당 가액 OOO원, 주식양수도일 2016.12.30., 계약일자 2016.12.30., 양도인 청구인 및 양수인들의 인적사항 및 서명날인사항이 있는 것으로 확인된다.
(6) 조사청의 세무조사 당시 청구인은 쟁점법인 설립 전 본인이 OOO 인허가 등에 지출한 OOO원을 포함한 OOO원 좀 넘는 금액이 쟁점주식의 매매대금으로 동 금액을 2010년도에 대부분 지급받았고, 이후 2010년 말 또는 2011년 초에 퇴사하였다고 진술(2020.6.3.)하였다.
(7) 조사청의 세무조사 당시 작성된 양수인 AAA(쟁점법인 대표이사)의 진술서(2020.6.9.)에 나타난 쟁점주식 매매거래와 관련한 주요내용은 아래와 같다. <양수인 AAA 진술서 내용 일부 발췌> OOO2
(8) 처분청은 쟁점법인의 주식매매와 관련하여 청구인이 작성한 영수증 3매(2009.12.18. OOO원, 2010.6.25. OOO원, 2010.12.2. OOO원, 합계 OOO원)를 제출하였다.
(9) 쟁점법인이 법인세 신고시 제출한 청구인의 주식변동내역은 아래와 같다. <표2> 청구인의 쟁점법인 주식변동내역 OOO
(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 양수인들이 쟁점주식 매매대금을 2010년 대부분 지급하였으나 최종정산이 마무리되지 않아 2015년 대금정산 후 2016년에 명의개서를 하였다고 소명한 내용 등을 토대로 2010년을 쟁점주식의 양도시기로는 볼 수 없고, 잔금청산일이 불분명하므로 명의개서일이 속하는 2016년을 쟁점주식의 양도시기로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 원칙적으로 자산의 양도시기는 소득세법 시행령제162조에서 규정하는 바와 같이 잔금을 청산한 날이나, 양도에 대한 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이루어졌다면 그 대가가 지급된 시기를 양도시기로 볼 수 있는 것(대법원 1987.7.11. 선고 88누8609 판결, 조심 2012중967, 2012.6.18., 외 다수, 같은 뜻임)인바, 조사청의 쟁점법인 등에 대한 세무조사 과정에서 작성된 양수인 AAA의 진술서 및 처분청의 쟁점주식 명의개서 관련 확인요청에 따라 양수인들이 제출한 확인서에 의하면, 쟁점주식 매매거래와 관련하여 2010.6.25. 매매계약서(양도인인 청구인의 인적사항과 양도주식수만 기재되어 있고 나머지는 빈양식으로 작성)를 작성하였고 쟁점주식 매매대금의 OOO%에 해당하는 OOO원은 2010년에 지급이 완료되었다고 양수인 등이 확인한 내용이 나타나는 점, 조사청의 세무조사 당시 청구인과 쟁점법인의 관리이사 CCC은 청구인이 2011년 초에는 쟁점법인에서 퇴사한 상태로, 쟁점주식의 명의변경은 2016년에 하였으나 주권행사는 실질적으로 2010년부터 양수인들이 행사하여 왔다고 진술한 점, 청구인은 2010년에 쟁점주식을 OOO원에 양도한 후 주식매매대금을 2010.6.25. 모두 수령하였다고 주장하며 조사청의 세무조사 과정에서 확인된 쟁점주식 매매계약서 및 영수증(작성일자 2010.6.25., 대금 OOO원, 수표 OOO매 일련번호 기재) 등을 제시하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 건 쟁점주식의 양도시기는 최소한 매매대금의 OOO%가 지급되고 실질적으로 양수인들이 주권행사를 하게 된 2010년으로 보는 것이 합리적이다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점주식의 양도시기를 2016년으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당한 것으로 판단된다. (나) 쟁점②․③은 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.