조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점손해배상금 지급분에 대해 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 있는지 여부

사건번호 조심-2021-서-2528 선고일 2021.06.25

쟁점손해배상금은 실제 재화나 용역의 공급과 관련하여 지급된 대가가 아닌 아파트 하자발생에 따른 손해배상금에 해당하는 점, 법원 판결문상 쟁점손해배상금에 과세사업부분에 대한 부가가치세는 없는 것으로 기술하고 있어 공제받을 매입세액은 없는 것으로 보이는 점 등에서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2002.7.24.주택건설촉진법제44조 제1항에 따라 조합 설립의 인가를 받았고, 20 09.5.6. OOO 외 지역의 아파트 재건축사업을 승인받은 후, 시공사인 OOO(주)(이 하 “OOO”이라 한다)에게 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다) 신축공사를 도급주었으며, OOO은 2014.6.27. 임시 사용승인을 거쳐 2015.8.19. 사용검사를 완료하였다.
  • 나. 쟁점아파트 자치관리기구인 입주자대표회의는 쟁점아파트에 균열, 누수 등의 하자가 발생하자 2016년도에 청구법인과 OOO, OOO 등을 상대로 아파트 하자에 대한 손해배상청구소송을 OOO지방법원에 제기(2016가합4674)하였고, 2018.11.14. OOO지방법원은 청구법인 등에게 아파트 하자공사분에 대한 배상금 OOO(이하 “쟁점손해배상금”이라 한다)을 입주자대표회의에 지급하라고 판결하였다.
  • 다. 청구법인은 쟁점손해배상금에 부가가치세가 포함되어 있고, 청구법인이 하자보수의무를 직접 이행하여 보수공사용역 등을 직접 제공받았다면 분양아파트 중 국민주택규모 초과 아파트분에 대한 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있었다고 주장하며, 2020년 10월 2018년 제2기 부가가치세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.12.28. 거부통지 하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 이 건 경정청구 경위를 보면, 청구법인은 쟁점아파트 입주자대표회의가 청구법인과 시공사인 OOO, 주택도시보증공사를 상대로 한 하자보수에 갈음하는 손해배상 등 청구소송(OOO지방법원 2016가합4674호)에서 쟁점손해배상금을 입주자대표회의에 지급하라는 판결을 받았는바, 입주자대표회의가 청구법인 등을 상대로 제기한 소송의 내용은 하자보수공사를 대신(갈음)하여 그 공사비를 지급해 달라는 것이고, 법원은 감정인을 통해 공사비를 감정하고 그 금액 중 일부를 감액한 후 나머지 금액을 지급하라는 판결을 하였으며, 쟁점손해배상금에는 공사비에 부가가치세가 가산되어 있고, 시공사인 OOO은 위 판결이 있은 후인 2018.12.6. 입주자대표회의에게 판결 내용에 따라 OOO(청구법인의 입주자대표회의에 대한 원금 및 지연손해금, 주택도시보증공사에 대한 변제 포함)을 대위 지급하였다. 청구법인은 입주자대표회의에 OOO을 지급해야 하는데 손해배상 및 대위변제라는 구조 때문에 세금계산서가 발행되지 않았 을 뿐 OOO에 포함된 부가가치세액 OOO의 매입세액이 발생하였다. 청구법인은 국민주택규모에 해당하는 부분의 매출세액과 매입세액을 부담하지 않았는데, 국민주택규모 사업의 비율은 48.86%(주거전용면적이 85㎡ 이하인 세대의 전용면적 합계가 124,093.66㎡, 총 주거전용면적은 253,953.65㎡)이고, 국민주택규모를 초과하는 사업의 비율은 51.14%이므로, OOO이 추가로 발생한 매입세액인바, 이에 청구법인은 2020.10.26. 과다 지급한 부가가치세 OOO에 대한 경정청구를 하게 된 것이다(1심 판결 후 입주자대표회의가 항소하여 항소심에서 판결금이 증액되었으나 이 금액에 대하여는 청구법인이 변제하지 않았고 시공사 역시 대위변제하지 않았으므로 우선은 1심 판결에 기한 경정청구만 한 것이고, 고등법원 판결문에 의하면 최종적으로 경정대상이 되는 금액은 OOO이 될 것이다).

(2) 손해배상 및 대위변제의 특수한 구조 때문에 세금계산서가 발행되지 않았을 뿐 매입세액이 발생한 것은 사실이다. (가) 청구법인은 입주자대표회의에 쟁점손해배상금을 지급해야 하는데 손해배상 및 대위변제라는 구조 때문에 세금계산서가 발행되지 않았을 뿐, 청구법인에게는 쟁점손해배상금인 OOO에 포함된 부가가치세액 OOO 상당의 매입세액이 발생하였다. (나) 청구법인은 법원의 1심 판결에 따라 하자보수의무에 갈음하여 “공사비+부가가치세”를 입주자대표회의에 지급해야 하는데, 이 채무를 시공사인 OOO이 대위변제하였는바, 청구법인이 직접 하자보수의무를 이행한다면, 하자보수업체를 선정하고 부가가치세가 포함된 쟁점손해배상금 상당액을 하자보수업체에 지급하였을 것이며, 이 경우 하자보수업체는 청구법인에게 세금계산서를 발행하였을 것이고, 청구법인은 부가가치세 신고시 동 세금계산서상 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제받았을 것이다. (다) 청구법인이 국민주택규모의 아파트를 공급하였고, 이에 해당하는 만큼의 매출세액과 매입세액을 내지 않았으므로 이를 고려하면, 이 건에 있어 실제 경정(환급)할 부가가치세는 국민주택규모 사업에 해당하지 않는 매출세액에서 당초 공제받은 매입세액에 추가로 공제받을 매입세액을 합한 세액을 차감한 세액 상당액인바, 법원 판결문에 따르면 국민주택규모 사업의 비율은 48.86%(주거전용면적이 85㎡ 이하인 세대의 전용면적 합계가 124,093.66㎡, 총 주거전용면적은 253,953.65㎡)이므로 나머지 51.14%에 해당하는 금액을 계산하면 OOO이 추가로 발생한 매입세액이라 할 것이므로 이를 반영하면 OOO이 추가로 발생한 매입세액이

  • 다. (3) 마지막으로, 처분청은 하자보수에 갈음하는 손해배상금은 부가가치세 과세대상이 아니라고 판단하여 경정청구를 거부하였으나, 대법원은 “수급인이 한 공사에 하자가 있어 하자를 보수해야 하는 경우에 도급인이부가가치세법상의 납세의무자인 사업자로서 하자보수가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 용역의 공급에 해당하는 때에 하자보수에 드는 부가가치세는부가가치세법제38조 제1항 제1호의 매입세액에 해당한다. 따라서 도급인이 자기의 매출세액에서 이를 공제하거나 환급받을 수 있으므로 위 부가가치세는 실질적으로는 도급인의 부담으로 돌아가지 않는다. 이러한 경우 특별한 사정이 없는 한 도급인은 수급인에게 위 부가가치세에 해당하는 손해배상을 청구할 수 없다.”라고 판시(대법원 2017.7.11. 선고 2017다217175·217182 판결, 대법원 2006.4.28. 선고 2004다39511 판결, 대법원 2015.12.10. 선고 2015다213292 판결 등 참조)하였는바, 이 건 관련 1심 판결은 입주자대표회의가 청구한 하자보수비 중 부가가치세에 해당하는 금액은 손해액 산정에서 공제되어야 한다는 시공사의 주장에 대하여 “이 사건 아파트의 공용부분과 전유부분 중 48.86%에 관한 하자보수에 소요되는 부가가치세는 청구법인의 면세사업에 관련된 매입세액으로서부가가치세법제39조 제1항 제7호에 따라 청구법인의 매출세액에서 공제ㆍ환급받을 수 없으나, 나머지 51.14%에 관한 하자보수에 소요되는 부가가치세는 청구법인의 매출세액에서 공제ㆍ환급받을 수 있으므로 원고는 그 공제ㆍ환급받을 수 있는 부가가치세에 대하여 손해배상을 구할 수 없다.”라고 판단을 하였으므로(판결문 제43쪽〜제45쪽 참조), 이 건에 있어 청구법인은 과다지급된 부가가치세가 존재한다. 결국, 처분청은 대위변제라는 특수한 구조 때문에 실질을 고려하지 않고 청구법인이 재화 및 용역을 공급받은 것으로 볼 수 없다거나 하 자보수에 갈음하는 손해배상금은 부가가치세 과세대상이 아니라고 판단 하여 이 건 경정청구를 거부하였으나, 이는 부당하다.
  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점손해배상금 산정에 포함된 부가가치세 상당액중 과세사업분은 매입세액으로 보아 공제받아야 한다는 주장이나, 청구법인이 쟁점손해배상금 산정의 원인이 된 하자보수공사 용역을 제공받거나 제공한 사실이 전혀 없다. 청구법인이 청구이유서에서 밝히고 있는 바와 같이 입주자대표회의가 하자보수공사를 대신(갈음)하여 그 공사비를 지급해달라는 것이고, 법원은 감정인을 통해 공사비를 감정하고 그 금액 중 일부를 감액한 후 나머지 금액을 지급하라는 판결을 선고하였는바, 청구법인이 하자를 보수하여야 할 의무를 부담하고 있음에도 하자보수용역을 공급하지 아니하였고, 입주자대표회의가 하자보수를 하면서 발생할 손해금액을 법원이 산정하고 그 손해를 금전으로 부담하도록 판결한 것이므로 결국, 쟁점손해배상금과 관련하여 청구법인이 하자보수와 관련된 어떠한 용역도 제공받거나 제공한 사실이 없고, 단지 하자보수와 관련하여 발생될 손해액을 금전으로 배상한 사실밖에 없어 청구법인이 공제받을 부가가치세 매입세액은 존재하지 아니한다.

(2) 청구법인은 쟁점손해배상금과 관련하여 매입세금계산서를 수취한 사실이 없다. 청구법인은 쟁점손해배상금과 관련하여 하자보수용역을 공급한 사실도 없고, 하자보수용역과 관련 어떠한 세금계산서도 수취한 사실이 없다. 부가가치세법제39조 제1항 제2호에서 세금계산서를 발급받지 아니한 경우에는 매입세액을 공제하지 아니하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 이 건 심판청구의 대상이 된 쟁점손해배상금에 부가가치세 상당액이 포함되어 있으므로 그 부가가치세 상당액을 공제하여 환급하여 달라고 하고 있으나, 이와 관련된 세금계산서는 경정청구 당시 및 이 건 심판청구에 이르러서도 제시하지 않고 있으므로 공제받을 매입세액은 존재하지 않는다고 할 것이다. 청구법인은 손해배상 및 대위변제의 특수한 구조 때문에 세금계산서가 발행되지 않았을 뿐 매입세액이 발생한 것이 실질이라고 주장하고 있으나 이는 개인적 견해에 불과할 뿐이며, 설령 관련 부가가치세 상당액을 부담한 것이 경제적으로 실질이라 하여부가가치세법에서 규정하고 있는 공제받을 수 있는 매입세액에는 해당되지 않는다고 할 것이다.

(3) 또한, 청구법인은 수급인이 한 공사에 하자가 있어 하자를 보수해야 하는 경우에 도급인이부가가치세법상 납세의무자인 사업자로서 하자보수가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 용역의 공급에 해당하는 때에 하자보수에 드는 부가가치세는부가가치세법제38조 제1항 제1호의 매입세액에 해당하므로 도급인이 자기의 매출세액에서 이를 공제하거나 환급받을 수 있어 해당 부가가치세는 실질적으로 도급인의 부담으로 돌아가지 아니하고, 이러한 경우 특별한 사정이 없는 한 도급인은 수급인에게 위 부가가치세에 해당하는 손해배상을 청구할 수 없다는 대법원 판례(대법원 2017.7.11. 선고 2017다217175 판결)를 들어 쟁점손해배상금에 포함된 부가가치세가 공제받을 매입세액에 해당한다고 주장하나, 해당 판결은 손해배상액 산정의 법리를 확인한 것이고, 이 건과 같이 하자보수공사를 직접 공급하지 아니하는 경우에도 부가가치세 상당액을 공제하거나 환급받을 수 있다는 내용이 아니다. 청구법인은 쟁점손해배상금에 포함된 부가가치세 상당액이 매입세액으로 공제되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점손해배상금 산정의 원인이 된 하자보수공사용역을 제공받거나 제공한 사실이 전혀 없고, 쟁점손해배상금에 부가가치세 상당액이 포함되기는 하였으나 관련 세금계산서 등을 수취한 사실이 전혀 없으므로 처분청의 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점손해배상금 지급분에 대해 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제4조 【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제2조 【재화의 범위】① 부가가치세법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1호의 물건은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 상품, 제품, 원료, 기계, 건물 등 모든 유체물(有體物)

2. 전기, 가스, 열 등 관리할 수 있는 자연력

② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다. 제3조【용역의 범위】① 법 제2조 제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다.

2. 숙박 및 음식점업
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 이 사건 주요 경위 및 사실관계 등은 다음과 같다. (가) 청구법인은 20 09.5.6. OOO 외 지역의 아파트 재건축사업을 승인받은 후, 시공사인 OOO 에게 쟁점아파트 신축공사를 도급 주었고, OOO은 공사를 진행한 후, 2014.6.27. 임시 사용승인을 거쳐 2015.8.19. 사용검사를 완료하였다. (나) 쟁점아파트 입주자대표회의는 2016년경 쟁점아파트 하자보수에 갈음하는 손해배상 등을 이유로 법원에 청구법인과 OOO, OOO 등을 상대로 손해배상청구소송을 제기(OOO지방법원 2016가합4674)하였고, 법원은 2018.11.14. 청구법인 등에게 아파트 하자공사분에 대한 배상금 OOO(쟁점손해배상금)을 입주자대표회의에 지급하라고 판결하였다. (다) 청구법인은 2020년 10월 쟁점손해배상금에 부가가치세가 포함되어 있고, 청구법인이 하자보수의무를 직접 이행하여 보수공사용역 등을 직접 제공받았다면 분양아파트 중 국민주택규모 초과 아파트분에 대한 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있었다고 주장하며, 2018년 제2기 부가가치세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. (라) 처분청은 2020.12.28. 사업자가 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 및 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액으로 공제하는 것이나, 청구법인이 공급받은 재화 및 용역이 확인되지 아니하고, 하자보수에 갈음하는 손해배상금액은 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 공문(법인세과-59087, 2020.12.23.)으로 거부통지 하였다.

(2) 청구법인이 제시한 법원 판결문(OOO지방법원 2018.11.14. 선고 2016가합4674호 판결) 에 의하면, 쟁점아파트 건설사업에 있어 면세부문인 국민주택규모 사업의 비율은 48.86%(주거전용면적이 85㎡ 이하인 세대의 전용면적 합계가 124,093.66㎡, 총 주거전용면적은 253,953.65㎡)이고, 나머지 51.14%는 부가가치세가 부과되는 과세사업에 해당한다고 판시하면서, 청구법인 등이 입주자대표회의에 지급할 손해배상금을 OOO으로 산정한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점손해배상금이 하자보수에 갈음하는 것으로서 청구법인이 하자보수공사의 도급을 주었을 경우, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제받았을 것이므로 처분청의 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 쟁점손해배상금은 실제 재화나 용역의 공급과 관련하여 지급된 대가가 아닌 아파트 하자발생에 따른 손해배상금에 해당하는 점, 설령 쟁점손해배상금을 하자보수공사와 관련된 것으로 본다 하더라도 청구법인이 쟁점손해배상금과 관련하여 해당 과세기간에 세금계산서를 수수한 사실이 없어 쟁점손해배상금에 부가가치세가 포함되어 있다 하더라도 이를 매입세액으로 공제하기는 어려운 점, 법원 판결문상 쟁점손해배상금에 과세사업부분에 대한 부가가치세는 없는 것으로 기술하고 있어 공제받을 매입세액은 없는 것으로 보이는 점 등 에서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)