[요지] 쟁점심포지엄경비는 광고비 성격보다는 접대비 성격으로 보이는 점, 쟁점시상금은 특정의료인을 대상으로 한 것으로 비지정기부금으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점재단과 위탁연구계약 체결 이후 구체적인 연구결과도 받지 못한 채 진행되고 있는 점, 청구법인이 주장하는 활동은 연구개발을 위한 직접적인 활동으로 보기 어려운 점, 마케팅 활동의 이익은 청구법인이 아니라 자회사에 귀속되는 것이 합리적이라 보이는 점, 청구법인은 대표이사에게 해외유명대학의 비즈니스스쿨 과정비용 명목으로 지급한 것은 청구법인의 업무와 직접적인 관련이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[참조결정] 국심2006서1333 / 국심2006서2538 / 2007서1142 / 국심2005서0929
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
① 의료인을 대상으로 심포지움(이하 “쟁점심포지움”이라 한다)을 개최하고 광고선전비를 계상한 비용 중 의료인과 그 가족에게 제공한 숙박비, 식사비 등 OOO원(이하 “쟁점심포지움경비”라 한다)을 접대비로 보아 한도초과분에 대하여 손금불산입
② 학술대회 행사 등에 후원하고 광고선전비로 계상한 학회시상금 등 OOO원(이하 “쟁점시상금”이라 한다)을 비지정기부금으로 보아 손금불산입
③ CCC(이하 “쟁점재단”이라 한다)에 연구용역비로 지급한 OOO원(이하 “쟁점연구용역비”라 한다)을 가공용역으로 보아 손금불산입
④ OOO원(이하 “쟁점연구인력개발비”라 한다)의 연구인력개발비 세액공제 부인
⑤ 청구법인의 OOO 자회사인 DDD(이하 “DDD” 또는 “관계사”라 한다)의 마케팅 용역 등을 수행하고 수수료를 과소 수취한 것으로 보아 OOO원(이하 “쟁점수수료”라 한다)을 익금산입
⑥ 대표이사 BBB의 OOO의 해외교육비 OOO원(이하 “쟁점교육비”라 한다)을 업무무관비용으로 보아 손금부인
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) [쟁점①: 쟁점심포지움(제품설명회)경비 관련] 청구법인은 전문의약품만을 판매하여 일반소비자를 대상으로 직접적인 광고행위를 할 수 없으므로 약사법및 ‘의약법 거래에 관한 공정경쟁규약’에서 허용하고 있는 지출의 범위와 금액 한도 내에서 약품의 효능과 우수성을 알리기 위한 목적으로 여러 의료기관에 종사하고 있는 불특정 다수의 의료인들을 대상으로 심포지움을 개최하는데, 행사내용은 제약협회에 사전승인 및 사후보고를 하고 참석자 선정시에도 특정인이 아닌 불특정 다수의 의료인이 참석할 수 있도록 투명성을 최대한 보장하고 있다. 공정경쟁규약은 회원사들 간의 부당한 고객 유인을 지양함으로써 사업자간의 공정한 유통 및 경쟁 질서를 확립하기 위해 제정한 것으로 규약 위반 시에는 회원제명 등의 강력한 징계조치를 취하도록 되어 있다. 제약회사는 일반 대중매체를 통한 광고행위를 할 수 없으므로 심포지움 등을 통한 제품홍보를 위하여 관련 약사법및 공정거래규약에서 허용하는 금액 범위 내에서 통상적인 비용을 지출한 것이므로 광고선전비에 해당한다는 다수의 심판례도 있는바(조심 2006서1333, 조심 2006서2538, 조심 2007서1142, 조심 2005서929 등), 동 행사를 위해 지출한 경비(광고선전비)는 손금의 범위로 인정할 수 있는 통상적인 수준의 금액이다.
(2) (쟁점②: 쟁점시상금 관련) 청구법인은 대중매체를 통한 광고를 할 수 없고 의사처방에 따라 판매되는 전문의약품만을 생산하여 판매하므로 약을 처방하는 의사를 상대로 광고 및 홍보를 할 수밖에 없는 구조에서 의사에게 당사의 인지도를 향상시켜야 하기에 이러한 방안으로 EEE 등에서 주관하는 학술대회 행사시 관련 분야의 임상 및 연구에 공적이 있는 의사들을 선정하여 논문상ㆍ의학상ㆍ공로상을 수여하면서 부상금을 대표이사가 직접 참석하여 전달함으로써 의사들이 구독하는 의학잡지 및 대중매체에 자연스럽게 노출되게 하여 영업력 증진을 도모하고 있는바, 이는 학회에 대한 후원금이 아니라 청구법인에 대한 홍보로서 매출증진에 기여하므로 이는 광고선전비에 해당한다.
(3) (쟁점③: 쟁점연구용역비 관련) CCC(쟁점재단)은 수익사업을 하지 아니하는 비영리법인이지만 연구활동을 수행하는 기관으로서 청구법인과 위탁연구계약을 체결하고 현재까지 연구가 진행중인 상태이며, 청구법인은 계약조건에 따라 매년 용역비를 지급하고 향후 연구수행의 결과물을 소유하여 제품개발에 활용할 것이므로 이는 연구용역비에 해당한다.
(4) (쟁점④: 쟁점연구인력개발비 세액공제 관련) 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 시행규칙제7조 제2항 제1호에서 연구인력개발비 세액공제대상인 전담부서의 범위를 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조의2에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 정의하고 있고, 동법에서는 ‘기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서를 연구개발전담부서로 인정할 수 있다’고 규정하고 있다. OOO는 OOO을 두고 OOO의 결과물을 바탕으로 이를 제품화하기 위한 제반프로세스 업무를 수행하고 있는바, 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동을 수행하지 아니하고 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위한 임상특허ㆍ인허가 등의 업무를 담당한 직원은 세액공제대상에 포함하여야 한다.
(5) (쟁점⑤: 쟁점수수료 관련) 청구법인의 마케팅부서는 크게 OOO로 구성되며 OOO와 OOO는 당사의 업무만을 전담하고 있으므로 비용배분의 문제가 발생되지 않지만, OOO는 관계사에서 취급하고 있는 품목과 관련되어 있으므로 회계실무자가 추후 부당행위로 지적받을 것을 염려하여 2018사업연도부터 OOO의 인건비를 다른 일반관리부서의 인건비와 동일하게 공통경비로 보아 해당 인건비를 관계사(청구법인이 OOO 지분을 가지고 있는 DDD)에 모두 전가하여 용역비를 청구하였는바, 조사청은 용역비를 청구하지 아니한 이전 사업연도의 인건비를 용역대가 미청구로 보아 익금산입하였다. OOO는 OOO의 판매촉진을 도모하기 위해 학회의 연간일정수립, 심포지움 행사진행과 관련한 세부계획 수립, OOO 관련 계획수립, 각종 행사 초청장 제작, 각종 판촉물ㆍ브로셔 및 리플릿 제작, 마케팅 프로그램 개발, Hot issue 관련 교육, 제품별 PT자료 업데이트 등을 전담하고 있다. 의약품의 잠재적 소비자를 대상으로 하는 광고선전은 일반적으로 의약품제조업체에서 담당하는 것이 일반적인바, 청구법인이 제조하는 제품의 판매증진을 위해 운영하고 있는 마케팅부서의 인건비는 관계사에 용역비를 청구할 대상이 아니라 청구법인이 부담해야 할 비용이므로 손금으로 인정되어야 한다.
(6) (쟁점⑥: 쟁점교육비 관련) 청구법인의 대표이사는 OOO의 OOO 대학졸업자로서 OOO에서 주관하는 교육프로그램 이수를 통하여 신경영기법 등을 습득함으로써 청구법인의 운영에 적용하고자 한 것으로, 수업내용이 법인업무와 관련된 것이고 교육내용이 사규화되어있는 것이므로 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다.
(7) (사전열람 후 청구법인의 주요 항변내용) 청구법인이 대행사와의 계약시 해당 규정을 준수하여 행사진행을 요구하였음에도 새로운 공정거래경쟁규약 시행초기에 대행사가 신설된 규약 미숙지 상태에서 동반의 참석제재를 충실히 홍보하지 못한 상태에서 동반가족에 대하여 식사비(골프비용 제외)를 제공한 경우는 OOO 심포지움(2015.3.13.-14.)에 국한된 것이고 본건 행사 이후인 2015년 4월부터는 공정거래경쟁규약을 위배하여 지출한 것은 없다. 처분청이 제시한 OOO 내용은 2013∼2014년 서류로서 이 건 과세처분 연도인 2015.1.1. 이후와는 전혀 관련이 없는 내용으로서 처분청은 2014년 이전 서류로 2015년 과세연도의 근거서류를 제시하고 있는바, 이는 명백히 근거 과세에 반하는 처분이다. 처분청이 제시한 OOO내용도 2016년 2월 FFF 리베이트사건과 관련된 것으로서 이것 또한, 2014년 이전 관련 서류로 당초 조사 시에도 이를 근거로 확인서 날인을 요구하여 확인서가 미작성된 것으로서 문답내용은 상기와 같이 2015.1.1. 이후와는 전혀 관련 없는 내용이다. 처분청 의견에서도 “청구법인은 의학전문지 발행 업체(GGG, HHH)를 통해 2015년 초반까지 심포지엄을 개최하다 해당업체가 의약품 리베이트 조사를 받은 후 별도 심포지엄 대행업체를 선정하였다”고 주장하고 있는바, 이 건 과세처분 대상연도(2015∼2019사업연도)에는 GGG OOO III은 대행업무를 하지 아니하였음에도 문답서에 대행업무 시기를 기술하지 않은 채 문답서를 진행하여 마치 이 건 과세기간에 업무대행을 한 것처럼 허위로 기재하여 과세근거로 주장하고 있음은 위법·부당한 처분이다. 제약협회는 숙박설명회의 경우 사전심의를 통해 장소의 적정성을 심의하고 장소에 대하여 주기적으로 내부 심사 및 공지를 진행하고 있고, 청구법인 역시 제약협회의 가이드라인에 따라 장소를 선정하였으며(많은 제약회사들이 OOO지역에서 심포지움을 진행), 실제 2015.1.20. 협회로부터 장소 등에 대한 심의를 통고한 점에 비추어 적정한 장소에서 숙박설명회를 개최하였다고 보는 것이 합리적이다. 청구법인의 주장은 2015년 4월 이후 심포지엄행사 참석자의 가족에 대하여 지원사실이 없다는 것으로서 행사참석자들이 바쁜 업무 중에 심포지엄행사 참석시 가족동반은 극히 드문 개인적인 일로서 가족이 참석하는 경우가 드물기는 하지만 휴가차원에서 간혹 동행하는 사례가 있으나 이는 지극히 개인적인 일로서 동반가족에 대한 지원 사실은 없다. 행사 참석자에 대한 객실은 혼자 오던 가족 동반으로 오던 객실 하나는 제공되는 것으로 일부 참석자의 가족이 동행한다고 해서 객실 및 부대비용이 추가 지출되는 것은 없다. 처분청이 제시하고 있는『2018년 OOO 심포지엄 참석여부 사전조사』및『2016년 OOO심포지엄 결과보고 및 개선방안』행사 내용 중 동반 가족에게 숙박비와 식사비 및 골프장 비용 등을 제공하였다고 주장하면서도 이 주장을 뒷받침하는 처분청의 증빙서류 제시는 전혀 없다. 설령, 상기 2건이 처분청 의견에 해당되는 접대성경비에 해당된다하더라도 확인되는 2건에 대하여만 접대비 시부인하는 것이 근거과세에 부합되는 처분임에도 2건이 그러니 다른 건도 모두 그럴 것이라는 추정에 근거하여 청구법인이 광고선전비로 계상한 금액 전체를 접대비로 보아 시부인하여 손금 부인함은 추정과세로서 근거과세에 위배되는 부당한 처분이다. 이 건 광고선전비는 OOO가 승인하여 제약회사 전체가 사용하고 있는 “의약품 거래에 관한 공정경쟁규약”에 근거하여 지급한 사회통념 및 상관행 등에 비추어 일반적으로 인정된 통상적인 비용으로서 해당금액을 광고비가 아닌 접대비로 개별 부인하기 위한 입증 책임은 처분청에 있다. ‘의약품 거래에 관한 공정경쟁규약’에서 규정하는『학술대회』라 함은 컨퍼런스, 심포지움, 세미나, 학술행사 등 명칭여하나 진행형식 등에 관계없이 보건의료전문가들에게 의료 정보를 제공하는 것으로서 의료전문가들의 의약학 연구·교육 등을 지원할 목적으로 이루어지는 행사로서 일정규모 이상의 보건의료전문가들이 참석하여야 하나『제품설명회』라 함은 사업자가 국내에서 복수의 요양기관을 대상으로 해당 요양기관 소속 보건의료전문가에게 자사의 의약품에 대한 정보제공을 목적으로 주최하는 행사와 개별 요양기관을 방문하여 해당요양기관 소속 보건의료전문가에게 자사의 의약품에 대한 정보를 제공하는 것을 말하는 것으로서 사실상 제품설명회에 해당하나 관례적으로 심포지움이라 칭한다.
(1) (쟁점①: 쟁점심포지움경비 관련) 쟁점심포지엄경비는 영업부에서 특정 의료인과 가족을 휴양지나 고급리조트에 초청하여 의료인과 원활한 거래관계 유지를 위해 지출한 접대비이다. 쟁점심포지엄이 모든 의료인을 대상으로 하는 행사라는 청구법인의 주장은 사실과 다르다. 내부 기안문 등에서 영업부 직원이 타겟 의료인을 대상으로 심포지엄 참석여부, 가족동반 여부 등을 확인하여 룸배정, 교통편 안내(매년 심포지엄이 개최되는 OOO 등 항공편이 필요한 장소의 경우 참석자 티켓 구매, 공항 도착 시 교통편의 제공) 등을 한 것으로 확인된다. 청구법인 내부 메일에서도 각 영업지점별 심포지엄 대상자를 지점, 담당자, 참가의료인 정보, 각 연도별 참석여부, 기타 요구사항 등을 구분하여 최종 확정시까지 관리하였으며, 대학병원의 OOO연구 임원진도 대상에 포함된 사실이 확인된다. 청구법인 마케팅부서의 심포지엄 견적 및 정산담당 직원 JJJ(문답서 2020.3.19. 작성)는 영업부에서 담당의료인에게 초청장을 주고 참가신청서를 받으면 마케팅팀에서 취합하며 학술내용 발표자인 연자·좌장은 실제 주최사인 청구법인이 정한다고 진술하였다. 청구법인은 불특정 의료인이 대상이라고 주장하며 추가 제출한(2020.6.11.) 메일에서 초청장 발송에 대하여 언급하면서 초청장 발송내역이 남아있지 않은 자료는 참석자명단을, 초청장 발송내역이 있는 경우는 초청장 발송자 중 참석자와 미참석자를 구분하여 명세를 제출하였다. 청구법인이 초청장 발송내역을 별도관리한 것은 심포지엄 행사 대상을 특정의료인으로 한정하였다는 것을 반증하는 것이다. 쟁점심포지엄은 의료인과 친목을 두텁게 하여 원활한 거래관계 유지를 위한 행사이다. KKK, LLL, MMM, NNN 등 고급 휴양리조트에서 심포지엄이 개최되고, 다수의 의료인이 가족을 동반하였으며 JJJ는 문답서(2020.3.19. 작성)에서 1박 2일 심포지엄 행사시 1일차 2시간, 2일차 1∼2시간 이외에는 개인 자유일정으로 돌아가는 항공편도 원하는 시간에 예약해주었다고 진술하였다. 심포지엄 대행사인 GGG, HHH에서 청구법인 담당 III(문답서 2020.3.17.)도 가족동반이 많았고, 형식상 서류에 사인만 하고 가족과 개인일정을 보냈다고 진술하였고, 심포지엄 일정에 포함이 안된 골프장예약, 골프장 이동차량을 렌트해주었으며, 참석 의료인들은 학술목적이 아닌 사교나 개인 휴양을 목적으로 온 것으로 보여졌다고 진술하였다. 청구법인은 심포지엄 이후 참석의료인에게 특산품을 보내주고 참석에 대한 감사카드를 보내는 등 참석의료인을 관리하였다. 통상 제약회사 제품설명회는 시간·공간상 제약으로 병원 인근 식당에서 식사제공, 의료인 사무실에서 간단한 다과를 제공하는 방식이나, 쟁점심포지엄은 고급휴양지에서 골프일정이 포함되었으며, 가족을 동반하여 사적 활동을 하는 등 전문의약품 홍보를 위한 영업활동으로 보기 힘들다. 청구법인이 언급한 심판례는 모두 회사 영업직원들이 병원 근처 식당 등에서 발생한 통상적인 수준의 식음료 비용으로 쟁점심포지엄과는 성격이 다르다. “의약품 거래에 관한 공정경쟁규약”상 의료인에게 제공할 수 있는 범위내에 금액이므로 판매부대비용에 해당한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. “의약품 거래에 관한 공정경쟁규약”은 OOO가 공정거래법에서 규율하고 있는 부당한 고객유인을 지양하고 의약품 유통업체간의 공정한 경쟁질서를 확보하기 위하여 제정한 규약이다. 의료인에게 제공하는 경제적 이익한도를 정하고 그 이상을 제공한 경우 리베이트로 보는 규약으로 법인세법상 접대비 판단기준으로 삼을 수 없다. 쟁점심포지엄은 제약회사에서 변칙적인 학술대회지원으로 제약회사의 일반적인 제품설명회와 성격이 다르다. 2010년 11월 의약품 거래에서 리베이트를 제공한 자와 수수한 자 모두 처벌하는 쌍벌제가 시행되었고, 견본품 제공, 학술대회지원, 임상시험지원, 제품설명회, 대금결제조건에 따른 비용할인 등의 경제적 이익만 예외적으로 허용하고 있다. 쌍벌제 시행 이후 제약업체의 리베이트 관행은 대행업체가 제약업체를 대리하여 학술대회지원(청구법인의 심포지엄)하는 방식으로 변칙 운영되고 있다. 청구법인은 의학전문지 발행 업체(GGG, HHH)를 통해 2015년 초반까지 심포지엄을 개최하다 해당업체가 의약품 리베이트 조사를 받은 후 별도 심포지엄 대행업체를 선정하였다. GGG, HHH, 법인 대표 OOO 및 제약회사 FFF는 학술행사 명목으로 리베이트 제공하여 검찰조사(OOO)가 진행 중이다. “의약품 거래에 관한 공정경쟁규약”상 학술대회는 의료인에게 의약학과 관련한 정보를 제공하는 행사로 제약회사가 주최할 수 없으나, 청구법인은 쟁점심포지엄 행사에 대하여 자사가 주최하는 학술대회로 인식하고 있다. 청구법인의 기안문에 의하면 광고선전비 세부항목을 제품설명회와 심포지엄을 구분하고 있으며, 내부문건에서도 심포지엄을 “자사가 주최하는 학술대회”라고 지칭하고 있다. 청구법인 마케팅부서 직원 JJJ와 쟁점심포지엄 대행사 직원 III도 청구법인이 주최하는 학술대회로 인식하고 있었다. 청구법인은 “의약품 거래에 관한 공정경쟁규약”을 준수하였다고 주장하나, 쟁점심포지엄은 관련 규약상 제약회사가 주최할 수 없는 것이며 학술대회 중 개최되는 제품설명회는 학술대회의 일부로 의료전문가에 대한 지원은 발표자, 좌장, 토론자에 한해 실비상당의 교통비, 등록비, 식대, 숙박비만 지원 가능하므로 참석자 전원에게 비용을 지원해 준 청구법인은 관련 규정을 위반한 것이다.
(2) (쟁점②: 쟁점시상금 관련) 청구법인은 특정의료인을 대상으로 시상금 후원, 해외학회 참석 지원을 하였으므로 불특정 다수를 대상으로 홍보목적으로 지출하는 광고선전비로 볼 수 없다. 관련 학회 및 제약협회 모두 법인세법상 기부금 단체가 아니므로 비지정기부금으로 손금불산입한 처분청의 처분은 타당하다.
(3) (쟁점③: 쟁점연구용역비 관련) 쟁점재단은 비영리법인으로서 학술연구비 지원사업을 목적사업 중 하나로 정하고 있는바, 해당사업 사업비 상당액이 다수의 대학교수 등에게 임상연구비의 명목으로 지급되는 점으로 보아 동 사업을 목적사업으로서 수행한 것으로 확인된다. 만약 해당사업이 수익사업이었다면 쟁점재단은 관할세무서에 수익사업의 개시신고를 하고 사업자등록을 하였어야 하며, 수익사업에 대한 세금계산서를 발행하고 법인세 신고를 하였어야 하나 그러한 사실이 없다. 청구법인은 PPP 등 다수의 대학과 임상연구기관에 위탁연구를 직접 의뢰하고 있으며 비영리법인을 통해 위탁연구를 수행한 경우는 쟁점재단 외에는 없고 2014.12.1. 쟁점재단과 위탁연구계약 체결 이후 5년이 지나도록 어떠한 연구결과도 받아 본 사실이 없다. 즉 쟁점재단과 체결한 위탁연구계약은 극히 이례적인 경우에 해당한다. QQQ가 해당사업비 중의 상당부분을 지원한 사실과 내부 품의서를 통해 확인되는 청구법인이 해당사업을 후원한 사실은 위탁연구계약이라는 청구법인의 주장과 상반된다. 청구법인은 5년 이상에 걸쳐 추진되는 연구용역에 대해 사전에 어떠한 계획도 수립한 사실이 없고 단지 쟁점재단의 재원조달계획에 따라 자금을 집행하면서 위탁연구계약을 체결하였을 뿐이다. 당해 연구용역은 청구법인의 필요에 의한 것이라기보다는 쟁점재단의 사업계획에 따른 것으로서 외관상 위탁연구계약이라는 형식을 취하였으나 그 실질은 청구법인이 쟁점재단의 목적사업을 위한 재원을 지원한 것이다. 지금까지의 내용을 종합하면, 청구법인이 쟁점재단에 지급한 금액은 위탁연구에 대한 용역의 대가가 아닌 쟁점재단의 목적사업 수행을 위한 자금의 지원으로서법인세법상 열거되지 않은 비지정기부금에 해당하므로 청구법인의 주장은 이유 없다.
(4) (쟁점④: 쟁점연구인력개발비 관련) 조특법(2019.12.30. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것) 제9조 제5항에 의하면, “연구개발”을 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의하고 있고 같은 법 시행령 제8조 제1항은 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 등 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다고 규정하고 있으며 제2항에서 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다고 규정하면서 일반적인 관리 및 지원활동, 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, 반복적인 정보수집 활동, 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동, 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무, 광물 등 자원 매장량 확인 및 위치 확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동, 위탁받아 수행하는 연구활동, 이미 기획된 콘텐츠ㆍ소프트웨어 등을 제작하는 활동 이상 8개의 활동을 나열하고 있다. 조특법 시행령 별표 6 제1호 가목 1) 단서규정에 따르면 “연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자”는 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원에서 제외한다고 규정하고 있다. 법인세법 시행규칙제7조 제1항은 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서를 말한다고 규정하면서 제1호에서기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 나열하고 있고 제2호에서문화산업진흥기본법제17조의3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서를 나열하고 있으며 제3호에서산업디자인진흥법제9조에 따른 산업디자인전문회사를 나열하고 있고, 제3항에서 “영 별표 6 제1호 가목 1)의 전담요원” 등을 “전담부서 등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자”를 말한다고 규정하고 있다. 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(2019.8.27. 법률 제16528호로 개정된 것, 이하 “기초연구법”이라 한다) 제14조의2에 따르면, 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있고 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다고 규정하고 있다. 기초연구법 시행령 제16조의2 제2항은 법 제14조의2 제1항에서 "연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제17조 제1항에서는 기업부설연구소 등의 준수사항을 규정하면서 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 “기업활동과 관련된 업무”에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하고 기업부설연구소 등의 직원 및 연구시설은 같은 소재지에 있을 것을 원칙으로 하면서 연구의 원활한 수행을 위하여 필요한 경우에는 주소지를 주소재지와 부소재지로 구분하여 2개의 장소에 두는 것을 허용하고 있다. 이 경우 각 주소지에는 독립된 연구시설을 갖추고 기업부설연구소 등의 직원 1명 이상이 상시 근무하도록 하여야 하며 연구전담요원의 수는 각 주소지의 연구전담요원을 합산한 수로 할 수 있도록 규정하고 있다. 기초연구법 시행규칙 제4조 제3항은 연구개발전담부서의 신청에 필요한 사항을 과학기술정보통신부장관이 따로 정하여 고시한다고 규정하고 있는바, 2014.10.21. 미래창조과학부장관(現 과학기술정보통신부장관)이 고시(미래창조과학부 고시 제2014-70호)한 “기업부설연구소와 연구개발전담부서 신고요령” 제2조에 따르면 연구전담요원, 연구보조원, 연구관리직원을 다음과 같이 정의하고 있다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조). 구 조특법 제10조에서 규정하고 있는 연구인력개발비 세액공제 제도는 각종 연구기관, 기업이나 단체 및 기업의 연구개발전담부서 등에 의한 연구개발을 장려할 목적에서 그 대가로 지급되는 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데에 그 취지가 있으므로 관계법령에서 규정하는 일정한 조건을 갖춘 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제의 대상으로 삼아야 할 것이다. 관계법령의 내용을 보면, 기업부설연구소에서 근무하는 연구전담요원이나 연구보조원으로서 연구인력개발비 세액공제의 대상이 되기 위해서는 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 등에서 연구개발과제를 직접 수행하거나 이를 보조하는 연구업무에 종사하면서 그 외에 다른 업무를 겸하지 않아야 하는 것이다(서울행정법원 2017.7.13. 선고 2016구합56905 판결 참조). 구 기초연구법에 따르면, 청구법인의 OOO 본사에 위치하고 있는 OOO 산하 OOO 등 OOO개 팀과 OOO 산하 OOO은 OOO에 등록되어 있는 OOO와 주소지가 달라 연구전담요원 1명 이상이 상시 근무하여야 하는데도조직도상 직책에서는 연구원이 확인되지 않고 있으며 주간업무 보고의 내용에서도 연구전담요원을 전혀 확인할 수 없다. 구 기초연구법은 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 “기업활동과 관련된 업무”에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하도록 규정하고 있는데, 청구법인이 자체 개발 외에 해외 제약사와 라이선스를 통한 수입판매를 병행하고 있는 사실 등을 고려하면, OOO 산하 OOO 등 OOO개 팀과 OOO 산하 OOO이 수행하는 업무들은 제약사로서 당연히 수행해야 할 기업활동과 관련된 업무들에 해당하는 것이다. 그리고 구 조특법은 청구법인의 이러한 활동들을 일반적인 관리 및 지원활동, 특허권의 신청ㆍ보호 등의 활동으로 구체적으로 예시하여 나열함으로써 연구개발활동에서 명시적으로 제외하고 있다. 또한 구 조특법은 “연구개발”을 “과학적 또는 기술적 진전을 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달 체계를 개발하기 위한 활동”으로 명시적으로 정의하고 있는바, 쟁점 활동들은 대부분 청구법인의 원활한 사업추진을 위한 외부기관 등과 거래하는 과정에서 발생하는 활동으로 연구개발을 위한 활동으로 볼 수 없다. 지금까지의 내용들을 종합하면, 청구법인의 OOO 등 OOO개 팀은 연구전담부서로 볼 수 없을 뿐만 아니라 업무의 성격으로 볼 때, 제약사로서 당연히 수행하여야 할 본연의 업무를 수행한 것으로서 조세특례제한법이 규정하고 있는 연구개발활동으로 볼 수 없으므로 청구법인의 주장은 이유 없다.
(5) (쟁점⑤: 쟁점수수료 관련) 의약품 마케팅 업무가 당연히 제조회사의 업무이므로 관련 비용을 전액 부담하여야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 마케팅이란 상품과 용역을 생산자로부터 소비자에게 원활히 이전하기 위한 비즈니스 활동을 말하며 구체적으로는 시장조사, 상품화 계획, 판매촉진, 선전광고 등을 들 수 있다. 따라서 마케팅 활동은 상품판매를 목적으로 하는 회사라면 운영상 필수적인 활동에 해당하며 자체적으로 수행할지, 외부에 위탁할 지는 법인이 경영상 판단할 사항일 뿐 당연히 제조회사가 수행할 업무로 단정할 수 없다. 또한 청구법인은 2010.9.1. 관리업무 대행용역 계약 체결 이후 2차례 계약을 갱신하면서 자회사의 마케팅 업무를 지속적으로 수행하고 있는바, 이는 계약상 의무에 따른 것이며 업계 관행과는 무관하다. 청구법인이 수행한 OOO 마케팅은 전적으로 자회사의 업무이므로 그 비용은 자회사가 부담하는 것이 타당하다. 청구법인의 OOO 직원 문답에 의하면 청구법인은 실질적으로 자회사와 동일체로서 운영되었으며 OOO 매출의 OOO가 자회사에 대한 매출임을 고려할 때, 청구법인이 대외 마케팅활동 목적은 자회사의 판로 개척을 통한 자회사의 매출 증대이므로 마케팅 활동의 이익은 모두 자회사에 귀속되는 것이다. 청구법인과 자회사의 조직도에 의하면, 자회사는 설립 시부터 일반적인 회사 운영을 위한 관리부서가 없었으며, 마케팅을 포함한 다수의 관리업무를 청구법인에 위탁하여 처리하고 있다. 당초 청구법인은 다른 일반관리업무와 동일하게 OOO 마케팅 업무 또한 수행직원의 인건비 등을 양 사 간 인원비율로 배분하여 자회사에 청구하였으나, 사실상 영업부로서 기능만 갖춘 자회사와 영업, 일반업무(재무, 인사 등), 제조, 연구시설까지 모두 갖춘 청구법인 간 조직구조 차이를 고려할 때 마케팅비용을 인원비율로 배분함은 합리적인 배분비율이라 볼 수 없다. 2018.11.28.에 작성된 OOO 내부기안문에 의하면 청구법인도 이와 같은 문제점을 인지하고, 2018년 1월 이후 발생한 OOO 마케팅 비용 차액(OOO원)을 2018년 10월∼12월에 걸쳐 수취하였으며, 2019년 1월부터 청구법인이 부담한 자회사 관련 제3자 지급비용(OOO 마케팅 비용, 임상4상 비용)을 자회사에 청구하도록 자회사와 관리업무용역계약서변경한 사실이 확인된다. OOO 마케팅비용은 전적으로 자회사 관련 업무로 자회사가 부담하는 것이 타당하다는 것을 청구법인도 이미 인정한 것이다. 조사청이 과소수취한 마케팅비용을 과세한 것은 자회사의 업무 관련 비용을 청구법인이 부담한 것으로 인식하여 청구법인이 2018년부터 자체 시정한 부분으로, 제조법인이 마케팅비용을 부담하는 것이 업계관행이라는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.
(6) (쟁점⑥: 쟁점교육비 관련) 교육훈련비는 수업내용이 업무와 관련된 것이고, 소득세법 시행령제11조 각 호의 요건을 갖춘 형식으로 회사 내부규정에 의해 특정 임원 등이 아닌 경우에도 차별없이 수업할 수 있는 것으로서 당해 교육내용 등이 사규화되어 있는 경우에 손금에 해당되는 것이다(서면2팀-17, 2005.1.3.). OOO은 경영학 석사(OOO)과정으로 제약업과 업무상 직접적인 관련이 없고, 청구법인이 대표이사 BBB 외 다른 임직원에게 국내･외 유사한 교육비용을 지급한 사례가 없다. 2015∼2019 사업연도 동안 청구법인은 대표이사 BBB에게 다른 임직원의 연평균 급여 OOO원의 약 OOO배에 달하는 OOO원을 평균적으로 지급하면서도 해외유명대학의 OOO 과정비용(쟁점교육비) 명목으로 연평균 OOO원을 지급하였다. 쟁점교육비는 다른 임직원의 연평균 급여에 상당한 수준으로 청구법인은 경상개발비로 계상하였다. 경상개발비에 포함되어 있는 다른 임직원의 교육훈련비 지출내역은 임상시험, 신약개발, 특허, 품질보증, 안전관리 등으로 청구법인의 업무와 직접 관련되어 있고 건당 OOO원 수준으로 확인된다. 반면, 쟁점교육비는 청구법인이 다른 임직원에 지급하는 교육훈련비의 약 OOO배로 금액이 과다할 뿐만 아니라 그 내용은 일반적인 경영 등에 관한 것으로 청구법인의 업무와 직접적인 관련이 있다고 보기 어렵다. 법인세법제19조는 손비의 범위를 규정하면서 제2항에서 당해 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것으로 한다고 규정하고 있다. 다른 임직원은 제약업과 관련한 실무 위주에 교육과정을 수료하는데 반해 쟁점교육비는 업무와 직접 관련이 없고 타 임직원에 비해 교육비가 현저히 높으며, 다른 임직원은 유사한 교육훈련비를 지원 받은 적이 없고, 대표이사 BBB이 청구법인의 지분 OOO를 소유한 지배주주인 사실을 고려하면 쟁점교육비는 청구법인의 업무와 직접 관련이 없을 뿐만 아니라 일반적으로 인정되는 통상적인 비용으로 볼 수 없으므로 청구법인의 주장은 이유 없다.
(7) (청구법인 항변에 대한 처분청 추가의견) (쟁점①관련) 의약품 거래에 관한 공정경쟁규약상 제약회사는 자체적으로 학술대회를 주최할 수 없으나, 청구법인은 제품설명회를 가장한 학술대회(심포지엄)을 주최하고 대행사를 통해 의료인에게 경제적 이익을 제공하는 등 관련 규정을 위반하였다. 청구법인이 좌장과 연자를 섭외하여 심포지엄은 주최하고 청구법인이 섭외한 좌장과 연자를 통해 의료인들의 논문 등 학술 발표가 주요 내용을 이루고 있다. 청구법인(내부문서), 청구법인 심포지엄 행사 담당 JJJ, 대행사 직원 OOO, 모두 쟁점심포지엄을 청구법인이 주최하는 학술대회로 인식하고 있다. 학술대회의 일부인 심포지엄 주최 시 보건의료 전문가에 대한 지원은 발표자, 좌장, 토론자에 한해 실비상당의 교통비, 등록비, 식대, 숙박비만 지원이 가능한 것으로 청구법인은 제약회사로서 학술대회를 주최할 수 없음에도 학술대회를 주최하고 학술대회 참석 의료인에게 숙박비, 식대 등 관련비용을 지원해 경제적 이익을 주는 등 의약품거래에 대한 공정경쟁 규약을 위반하였다. 또한, 청구법인은 제품설명회를 가장한 학술대회(심포지엄)을 고급리조트 및 휴양지에서 특정 의료인을 대상으로 주최하면서 참석 의료인과 동반 가족의 식대, 숙박비 등을 지원하는 등 의료인에게 경제적 이익을 제공하였다. 청구법인은 관리대상 의료인을 선정하고 해당 의료인을 대상으로 심포지엄을 개최하였다. 청구법인은 영업부서 직원별로 영업대상 병원을 지정하고 신규거래처와 기존 거래처로 구분하여 영업대상 의료인을 선정 후 참석 가능 의료인을 대상으로 심포지엄을 개최하였다. 청구법인 내부메일에서도 각 영업지점별 심포지엄 사전명단을 지점, 담당자, 참석의료인 정보, 연도별 참석여부, 기타 요구사항으로 구분하여 최종 참석자 확정시까지 관리하였으며, 청구법인이 제조하는 의약품과 관련된 대학병원의 OOO연구 임원진도 대상에 포함되었음이 확인된다. 또한, 심판청구 답변서와 함께 제출한 증빙(심포지엄) 2020.6.11. 추가소명메일, 증빙OOO에서와 같이 종합병원과 OOO로 구분하여 ‘심포지엄 참석대상 의료인 초청장 발송내역’을 별도 관리한 사실만 보아도, 특정의료인이 심포지엄 행사의 대상이었다는 것을 방증하는 것이다. 쟁점심포지엄 행사시 청구법인은 의료인 동반가족의 식대 등 비용을 지원하였으며, 골프 등 관광일정이 포함된 형태로 진행되었다. 청구법인에서 관리하고 있는 심포지엄 참석여부 사전조사명단, 심포지움결과보고서 등 다수서류에서 19년까지 지속적으로 휴양지에 위치한 고급리조트에서 진행된 심포지움에서 가족동반사실이 확인된다. 청구법인이 심포지엄견적서 정산서에서 보듯 동반가족수를 배려하여 1박에 OOO원에서 OOO원대의 숙박비와 1식 OOO원에 달하는 식비제공금액을 영업활동에 필수불가결한 판매부대비용으로 볼 수 없다. 위와 같이 의료인 동반가족에게 편의를 제공하지 않았다는 청구법인의 주장은 사실과 다르며, 특정 의료인과 동반가족에게 제공한 식대 및 숙박비는 의료인과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하고자 하는 접대비에 해당하는 것이다. 청구법인 주최 심포지엄 대행사 직원 OOO의 진술이 타 제약회사에 대한 것으로 청구법인과 전혀 관련없다는 주장이나, 문답서 작성 당시 청구법인에서 행하여진 심포지엄에 대한 내용을 청구법인 담당자 이름까지 제시하며 구체적으로 진술하였다. 청구법인이 주최하는 심포지엄의 대행사인 GGG, HHH에서 청구법인을 담당했던 OOO은 청구법인의 심포지엄 행사가 주로 휴양지에서 이루어지는 만큼 가족을 동반하는 경우가 OOO 이상이며, 이 경우 참가의료인은 참석 싸인만 하고 가족과 개인일정을 보냈다는 진술을 하였다. 또한 대행사 직원 OOO은 참석의료인에게 골프장예약, 골프장 이동 차량 렌트를 대행하는 등 쟁점심포지엄 행사는 의료인들과의 친목도모를 위한 사교 적의 행사로 보여지며, 교통비지원 명목으로 상품권을 지급한 사실도 진술하였고, 이는 실제 심포지엄 정산서류와 증빙과도 일치한다. 이처럼 쟁점심포지엄은 불특정 의료인을 대상으로 한 행사가 아니며, 일반 제품설명회가 인근식당이나, 의료인의 사무실에서 간단한 다과 등으로 진행되는데 반해 고급 휴양지(골프장이 있는 리조트 포함)에서, 가족을 동반하여 1박 2일 일정으로 숙박과 식사를 제공하는 쟁점심포지엄을 전문 의료약품을 홍보하기 위한 필수 불가결한 영업활동으로 보기 어렵다. GGG, HHH과 그 대표자(OOO)도 잡지사를 통한 FFF의 리베이트 제공과 관련하여 검찰 조사(OOO)가 진행 중으로 관련 자료를 징취하지 못하였을 뿐 청구법인과 관련이 없다고 할 수는 없다. FFF 리베이트 제공과 관련하여 GGG, HHH이 검찰조사를 받기 전까지 청구법인 심포지엄 대행은 2015년 중반까지 주로 GGG, HHH을 통해 진행된 점, 청구법인 심포지엄 행사담당 JJJ의 문답서에서도 심포지엄진행을 맡은 좌장과 연자를 청구법인이 정하고, 학술내용 발표에 대한 강연료를 1시간에 OOO원을 지급한 점, 심포지엄과 관련하여 대행사를 끼지 않고 직접 지출하는 비용이 거의 없다고 진술한 점, GGG, HHH 직원 OOO의 문답서에서 의료인에게 지출되는 비용을 영수증 처리해주고 청구법인에게 수수료를 챙겼다고 진술한 점에서 쌍벌제를 피하기 위한 변칙적인 학술대회 지원이라는 것을 가늠케 할 것이다. (쟁점③관련) 처분청의 예치서류에 의하면, “청구법인이 쟁점재단이 추진하고 있는 사업을 후원함으로써 OOO질환의 예방과 치료에 꾸준히 노력하는 청구법인의 대외이미지를 확고히 하고 OOO분야의 주요 품목인 OOO의 홍보에 도움이 될 수 있도록 지속적으로 관리한다는 내용의 품의서(공식적인 내부결재문서)가 확인되고 있다. 즉 청구법인의 대외이미지 홍보 등을 목적으로 하고 있을 뿐 청구법인의 수익창출을 위해 연구용역을 의뢰하고 그 결과를 수익창출을 위해 활용하는 등의 구체적인 내용을 확인할 수 없다. 또한, 수년이 지나도록 어떠한 연구결과도 받아 본 사실이 없다. 즉 위탁연구계약이라는 계약서 외에는 어떠한 구체적인 내용도 확인할 수 없다. 쟁점재단의 재원조달계획 이후 청구법인과 쟁점재단이 위탁연구계약을 체결하였다. 쟁점재단의 사업추진계획을 보면, 총사업비 OOO원 중 OOO원은 SSS에 지원을 요청하고 나머지 OOO원은 자체 부담 및 기타 기관이 지원하는 것으로 되어 있다. 즉 시간적 선후 관계와 쟁점재단의 사업추진계획의 내용 등을 고려하면 청구법인은 쟁점재단의 목적사업을 지원한 것으로 볼 수 있다. 청구법인은 쟁점재단에 연구용역을 위탁하였다고 주장하나 연구용역 발주와 관련하여 OOO원을 집행하면서도 사전에 구체적인 계획을 수립한 사실이 없다. 청구법인의 이사 TTT가 ‘제한된 사실관계’만을 가지고 ‘위탁연구용역의 행위를 기부금이나 접대비로 볼 수 있는지’에 대해 회계사에게 문의한 내용은 이러한 부분을 방증하고 있다. 쟁점재단은 자체 연구인력(국세통합전산망 조회 결과 근로소득지급명세서 등 제출 사실이 없음)을 보유하지 않아 연구용역을 직접 수행할 수 없다. 쟁점재단은 연구계획을 수립하고 그 재원을 SSS 등을 통해 조달받았으며 실제 연구는 PPP 등 다수의 대학에서 수행되어 현재까지 그 과정에 있다. 즉 쟁점재단은 비영리법인으로서 학술연구비 지원이라는 목적사업을 수행한 것이며 청구법인으로부터 대가를 받고 청구법인만을 위한 연구용역을 수행한 것이 아니다(총사업비 OOO원 중 OOO인 OOO원을 SSS에 요청하고 청구법인이 이를 지원한 것임). 청구법인은 5년 이상이 지나도록 쟁점재단으로부터 어떠한 연구결과도 받아 본 사실이 없는데 이러한 부분은 다른 연구용역과 비교하여 볼 때, 극히 이례적인 경우로서 연구용역이 아니라는 점을 방증하고 있다. 쟁점재단은 비영리법인이며 수익사업의 개시를 신고한 사실이 없다. 만약 쟁점재단이 청구법인으로부터 대가를 받고 연구용역을 수행한 것이라면 관할세무서에 수익사업의 개시를 신고하고 세금계산서를 발급한 후 부가가치세 신고 등을 하였어야 하나 이러한 사실이 없다. 이러한 부분을 보더라도 쟁점재단은 수익사업이 아닌 목적사업을 수행한 것이며 쟁점재단이 목적사업을 수행한 것이라면 청구법인은 연구용역비가 아닌 쟁점재단의 목적사업을 지원한 것이다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점심포지움경비가 광고선전비인지, 접대비인지 여부
② 쟁점시상금이 광고선전비인지, (비지정)기부금인지 여부
③ 쟁점연구용역비의 가공경비 여부
④ 쟁점연구인력개발세액 공제 당부
⑤ 특수관계인 자회사로부터 수수료를 과소수취한 것으로 보아 부당행위계산부인을 적용하여 과세한 처분의 당부
⑥ 쟁점교육비의 업무무관 경비 여부
(1) 관련 심리자료 등에 의하면 처분청의 청구법인에 대한 2015～2019사업연도 법인세 및 2015년 제2기 ～2019년 제2기 부가가치세 결정ㆍ고지한 내용은 OOO와 같다.
(2) 청구법인 및 자회사 조직도는 OOO와 같다.
(3) 심리자료 등에 나타난 쟁점①과 관련한 내용은 다음과 같다. (가) 2014년 6월 세무조사 이후 청구법인의 접대비는 계상금액은 OOO와 같다. (나) 청구법인은 의학전문잡지사 및 대행사를 통해 심포지엄을 개최하고 OOO과 같이 세금계산서를 수취하였다. (다) 청구법인이 주최하는 심포지엄은 리조트·호텔 등 휴양시설에서 OOO명 이상의 의료인을 초청하여 학술강연을 진행하고 일부 제품설명이 이루어지는 행사로 대행업체를 통해 이루어지고, 처분청은 청구법인이 광고선전비로 계상한 심포지엄 비용 중 대행사를 통해 의료인에게 지원한 객실료, 식대 등 접대비로 과세하였다. (라) 청구법인이 제출한 자료는 OOO과 같다. (마) 처분청이 제시한 자료는 OOO과 같다.
(4) 쟁점②와 관련하여, 청구법인은 OOO를 통해 지급한 ‘OOO’ 시상금, OOO를 통해 지급한 ‘OOO’ 시상금(기부금 영수증 수령) 및 OOO를 통해 지급한 의료인 해외학회 참석 비용 후원금(영수증 수령)을 OOO와 같이 광고선전비로 계상하였다.
(5) 관련 심리자료 등에 나타난 쟁점③과 관련한 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점재단은 2013.9.24. 설립된 OOO 소재 비영리법인이고, 공익법인의 설립운영에 관한 법률의 규정에 따라 설립되었으며, 장학금 지급, 학술 연구비 지원 사업, 국내외 학술활동 지원 사업을 목적사업으로 하고 있다. (나) OOO은 OOO을 공부하는 학생들의 장학금 지급 및 학술연구비 지원사업 등을 목적으로 쟁점재단 설립을 허가했다고 밝히고 있고 재단의 임원은 이사 OOO명과 감사 OOO명 등 총 OOO명으로 PPP를 비롯한 각 지역 대학의 교수 및 OOO 병원장 등으로 구성되어 있다. (다) 쟁점재단이 계획한 “한국인에서의 나이 관련 OOO”의 내용을 보면, 해당사업의 사업목표, 사업추진절차, 재원조달 등 구체적 사업계획을 확인할 수 있으며 주요 내용을 요약하면 OOO과 같다. (라) QQQ(OOO)는 한국에서 진행되는 OOO에 관한 임상연구를 지원하기 위해 2014.7.21. 쟁점재단에 연구비용 OOO원을 지원하는 조인식을 가진 것으로 나타나고, 2014.12.1. QQQ는 쟁점재단과 위탁연구계약을 체결하였으며 그 구체적인 내용은 OOO와 같다. (마) 조사청이 예치한 서류에 의하면, 청구법인은 쟁점재단이 추진하는 “OOO”를 후원함으로써 OOO질환의 예방과 치료에 노력하는 청구법인의 대외적 이미지를 확고히 하고 OOO분야 주요품목인 OOO의 홍보에 도움이 될 수 있도록 지속적으로 관리한다는 내용이다. (바) 쟁점재단은 2013.10.23. 관할세무서인 OOO에 “수익사업을 하지않는 비영리법인”으로 신고하여 고유번호증을 발급받았으며, 쟁점재단이 수익사업에 대한 신고한 사실은 없다. (사) 국세청 전산망에 의하면, 쟁점재단은 다수의 대학교수 등에게 임상연구비 등의 명목으로 자금을 집행한 사실이 나타나고, 쟁점재단은 이러한 자금집행에 관해 그 결과를 청구법인에 송부하거나 청구법인이 쟁점재단의 자금집행 현황을 통제하고 그 구체적인 내용을 요구한 사실은 확인된 바가 없는 것으로 나타난다. (아) 쟁점재단 위탁연구계획서는 OOO과 같다.
(6) 관련 심리자료 등에 나타난 쟁점④와 관련한 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO으로 구성되어 있다. 청구법인이 2015.1.19.부터 2017.1.31.까지 총 OOO차례에 걸쳐 작성한 조직도에 의하면, 본사에 OOO를 두고 OOO을 운용하고 있으며 OOO에 OOO를 두고 있다. (나) OOO 등 OOO 소속의 직원들은 부장, 차장, 과장, 대리 주임, 사원이라는 직책을 사용하는 반면, OOO 소속 직원들은 책임연구원, 선임연구원, 연구원이라는 직책을 사용하고 있다. (다) OOO 홈페이지에 접속하여 청구법인의 사업자등록번호를 입력하면 OOO는 조회가 되나 본사 산하에 있는 OOO는 조회가 되지 않는 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 주요 제품은 OOO 등이며 자체 개발을 통한 제품의 생산판매 외에도 해외 제약사와 라이선스 체결을 통해 제품의 수입판매 등을 병행하고 있다. (마) 청구법인 본사 OOO 산하 OOO 소속 직원들이 업무와 관련하여 동료 직원들과 주고받은 메일 내용에 의하면, 임상시험 대상자 모집광고 디자인, 마케팅 디자인, 판촉물 디자인, 부스 디자인 등과 제품 품목번호 관리 등에 관한 내용이 나타난다. (바) 처분청은 2015∼2019사업연도 청구법인 OOO 본사 소재 OOO 소속 OOO과 OOO 소속 OOO 총 OOO개 팀의 인건비 OOO원을 조특법 제10조에 따른 연구인력개발비 세액공제 대상금액에서 제외하여 과세한 것으로 나타난다.
(7) 관련 심리자료 등에 나타난 쟁점⑤와 관련한 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인의 OOO 자회사 DDD은 2005년 8월 개업한 의약품 도매업 법인으로 청구법인이 제조한 OOO를 매입, 병·의원에 독점적으로 유통함으로서 수익을 창출하는 구조이며 영업부서 외 다른 일반적인 관리 업무를 수행하는 부서가 없다. (나) 청구법인은 2010.9.1. 자회사의 인사·회계 등 회사 운영에 필수적인 업무를 수탁하여 처리하는 용역 계약을 체결하고 실제 해당 업무를 수행한 자사 직원들의 인건비 및 식대를 청구법인과 DDD 간 재직 인원비율로 산정한 수수료를 용역 대가로 수취하였다. (다) 청구법인은 DDD과 2010.9.1. 관리업무 용역 계약을 체결할 당시부터 2015.12.18. 계약 갱신 이후에도 모든 업무의 청구 비율을 일괄적으로 양사간 매월말 인원비율로 책정하여 총 발생비용의 약 OOO를 DDD에 청구하였으나, 양사의 업무를 모두 수행한 CFO 등 관리직의 인건비는 청구대상에서 제외하였으며, 2018년 10월부터 OOO 마케팅 업무비용을 자회사에 청구하는 것이 합리적이라고 판단하여 청구비율을 OOO로 변경하였고 해당비율을 소급적용하여 2018년 1월 이후 발생한 OOO 마케팅 비용 차액 OOO원(공급가액)을 2018.10월∼12월에 걸쳐 추가로 수취하였다. (라) 조사청은 2015∼2018사업연도 동안 청구법인이 자회사의 업무를 수행하고 용역대가를 과소하게 청구한 것으로 보아 부당행위계산부인을 적용, 청구법인과 DDD의 업무를 모두 수행한 관리직(대표이사 제외)의 인건비 미청구분을 포함하여 청구법인이 소급 적용한 마케팅 업무 배분비율(OOO)과 당시 양사간 인원비에 의해 배분청구한 비율(OOO)간 차액 OOO원을 익금산입하는 부과처분을 하였다.
(8) 쟁점⑥과 관련하여, 2015∼2019사업연도 청구법인의 대표이사 BBB의 청구법인 주식소유 및 급여수령 현황, 청구법인의 급여지급 현황, 2015∼2017사업연도 경상개발비 중 임직원의 교육훈련비 성격의 비용, 각 사업연도별 경상개발비 중 교육훈련비의 내용은 OOO와 같다.
(9) 청구법인의 대리인과 처분청 담당자가 2023.11.21. 조세심판관회의에 참석하여 양 당사자가 위 청구주장과 처분청 의견과 같이 진술하면서 처분청 담당자가 쟁점①에 관한 청구법인의 2019년 내부품의서를 제출하였는데, 동 품의서에는 가족동반이 가능하다는 취지를 언급한 내용이 기재된 것으로 나타난다.
(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 본다.
1. 법인세법제19조 제1항에서 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다고 규정되어 있고, 제2항에서 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정되어 있다. 또한 법인세법제25조 제5항에서 제1항부터 제3항까지의 규정에서 "접대비"란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다고 규정되어 있다.
2. 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것이라면 그 비용은 접대비라고 할 것이나, 그 지출경위나 성질, 액수 등을 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 상품 또는 제품의 판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되는 것이라면, 이는 판매부대비용에 해당한다 할 것이고(대법원 2003.12.12. 선고 2003두6559 판결 등, 같은 뜻임), 지출의 상대방이 불특정다수인이고, 지출의 목적이 구매의욕을 자극하는 데 있다면 광고선전비라고 할 것이다(대법원 2002.4.12. 선고 2000두2990 판결, 같은 뜻임).
3. 이 건의 경우 청구법인은 2건 외에는 의약품 거래에 관한 공정경쟁규약 범위내에서 통상적인 비용을 지출한 것이므로 이를 광고선전비에 해당한다고 주장하나, 청구법인의 내부 기안문 등에서 영업부 직원이 의료인을 대상으로 심포지엄 참석여부, 가족동반 여부 등을 확인하여 룸배정, 교통편 안내(매년 심포지엄이 개최되는 OOO 등 항공편이 필요한 장소의 경우 참석자 티켓 구매, 공항 도착 시 교통편의 제공) 등을 하고, 청구법인 내부 메일에서도 각 영업지점별 심포지엄 대상자를 지점, 담당자, 참가의료인 정보, 각 연도별 참석여부, 기타 요구사항 등을 구분하여 최종 확정시까지 관리하였으며, 대학병원의 OOO연구 임원진도 대상에 포함된 것으로 조사된 점, 청구법인 마케팅부서의 심포지엄 견적 및 정산담당 직원은 영업부에서 담당의료인에게 초청장을 주고 참가신청서를 받으면 마케팅팀에서 취합하며 학술내용 발표자인 연자·좌장은 실제 주최사인 청구법인이 정한다고 조사된 점, KKK, LLL, MMM, NNN 등 고급 휴양리조트에서 심포지엄이 개최되고, 다수의 의료인이 가족을 동반하였으며 문답서 등에서 1박 2일 심포지엄 행사시 1일차 2시간, 2일차 1∼2시간 이외에는 개인 자유일정으로 돌아가는 항공편도 원하는 시간에 예약해주었다고 진술한 점, 2019년에도 유사한 청구법인의 내부 품의서가 제출된 점 등에 비추어 2015년도 이후에는 가족동반없이 의사만 초청하였다는 청구주장의 신빙성도 떨어지는 점 등을 고려하면 가족동반으로 초청된 것을 불특정다수로 보기 어려운바, 이는 광고비 성격보다는 접대비 성격으로 보여지므로 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.
1. 기부금이란 특수관계가 없는 자에게 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 비용으로 업무와 관련하여 지출한 접대비와는 그 성격이 다르며, 특정인을 대상으로 하는 지출이라는 점에서 불특정다수를 상대로 회사의 광고선전을 목적으로 지출하는 광고선전비와도 구별된다.
2. 청구법인은 대중매체를 통한 광고를 할 수 없고 의사처방에 따라 판매되는 전문의약품만을 생산하여 판매하므로 약을 처방하는 의사를 상대로 광고 및 홍보를 할 수밖에 없는 구조에서 의사에게 당사의 인지도를 향상시켜야 하기에 이러한 방안으로 EEE 등에서 주관하는 학술대회 행사시 관련 분야의 임상 및 연구에 공적이 있는 의사들을 선정하여 논문상ㆍ의학상ㆍ공로상을 수여하면서 부상금을 대표이사가 직접 참석하여 전달함으로써 의사들이 구독하는 의학잡지 및 대중매체에 자연스럽게 노출되게 하여 영업력 증진을 도모하고 있는바, 이는 광고선전비에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 특정의료인을 대상으로 시상금 후원, 해외학회 참석 지원을 하였으므로 불특정 다수를 대상으로 홍보목적으로 지출하는 성격의 광고선전비로 볼 수 없고 그 광고효과도 극히 제한적이어서, 처분청이 이를 비지정기부금으로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 본다. 청구법인은 계약조건에 따라 매년 용역비를 지급하고 향후 연구수행의 결과물을 소유하여 제품개발에 활용할 것이므로 이는 연구용역비에 해당한다고 주장하나, 쟁점재단은 비영리법인으로서 학술연구비 지원사업을 목적사업 중 하나로 정하고 있고, 관할세무서에 수익사업의 개시신고를 하고 사업자등록을 한 사실이 없는 점, 청구법인은 2014.12.1. 쟁점재단과 위탁연구계약 체결 이후 구체적인 연구결과도 받지 못한채 진행되고 있는 점, 해당사업 사업비 상당액이 다수의 대학교수 등에게 임상연구비의 명목으로 지급되는 점, 쟁점재단의 사업추진계획을 보면 총사업비 OOO원 중 OOO원은 SSS에 지원을 요청하고 나머지 OOO원은 자체 부담 및 기타 기관이 지원하는 것으로 되어 있는 점 등을 보면 해당 용역이 쟁점재단의 목적사업으로 수행되어 지원된 것으로 보이는바, 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (라) 다음으로 쟁점④에 대하여 본다.
1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등, 같은 뜻임).
2. 청구법인은 OOO가 OOO을 두고 OOO의 결과물을 바탕으로 이를 제품화하기 위한 제반프로세스 업무를 수행하고 있는바, 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동을 수행하지 아니하고 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위한 임상특허ㆍ인허가 등의 업무를 담당한 직원은 세액공제대상에 포함하여야 한다고 주장하나, 조특법 제9조 제5항은 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다고 규정되어 있는 점, 조특법 제10조에서 규정하고 있는 연구인력개발비 세액공제 제도는 각종 연구기관, 기업이나 단체 및 기업의 연구개발전담부서 등에 의한 연구개발을 장려할 목적에서 그 대가로 지급되는 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데에 그 취지가 있으므로 관계법령에서 규정하는 일정한 조건을 갖춘 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용을 세액공제의 대상으로 삼아야 할 것인 점 등을 고려하면 청구법인이 주장하는 활동은 연구개발을 위한 직접적인 활동으로 보기 어려운바, 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (마) 다음으로 쟁점⑤에 대하여 본다.
1. 법인세법제52조에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2006.11.10. 선고 2006두125 판결, 대법원 2010.10.28. 선고 2008두15541 판결 등 참조).
2. 청구법인은 의약품의 잠재적 소비자를 대상으로 하는 광고선전은 일반적으로 의약품 제조업체에서 담당하는 것이 일반적인바, 청구법인이 제조하는 제품의 판매증진을 위해 운영하고 있는 마케팅부서의 인건비는 관계사에 용역비를 청구할 대상이 아니라 청구법인이 부담해야 할 비용이므로 손금으로 인정되어야 한다고 주장하나, 청구법인과 자회사의 조직도에 의하면, 자회사는 설립 시부터 일반적인 회사 운영을 위한 관리부서가 없었고, 마케팅을 포함한 다수의 관리업무를 청구법인에게 위탁하여 처리하고 있는 것으로 나타나고 있는 점, 2018.11.28.에 작성된 OOO 내부기안문에 의하면 청구법인도 2018년 1월 이후 발생한 OOO 마케팅 비용 차액을 2018년 10월∼12월에 걸쳐 수취하였고, 2019년 1월부터 청구법인이 부담한 자회사 관련 제3자 지급비용(OOO 마케팅 비용, 임상4상 비용)을 자회사에 청구하도록 자회사와 관리업무용역계약서를 변경한 점 등을 고려하면, 청구법인이 대외 마케팅활동 목적은 자회사의 판로 개척을 통한 자회사의 매출증대와 관련된 것이므로 마케팅 활동의 이익은 청구법인이 아니라 자회사에 귀속되는 것이 합리적이라 보이는바, 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (바) 마지막으로 쟁점⑥에 대하여 본다.
1. 법인세법제19조는 손비의 범위를 규정하면서 제2항에서 당해 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것으로 한다고 규정하고 있다.
2. 청구법인은 쟁점교육비가 법인의 업무와 관련된 것이고 교육내용이 사규화되어있으므로 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다고 주장하나, 청구법인은 2015∼2019사업연도 동안 대표이사에게 다른 임직원의 연평균 급여의 약 OOO배에 달하는 금액을 평균적으로 지급하면서도 해외유명대학의 OOO 과정비용 명목으로 연평균 OOO원을 지급한 점, 경상개발비에 포함되어 있는 다른 임직원의 교육훈련비 지출내역은 임상시험, 신약개발, 특허, 품질보증, 안전관리 등으로 청구법인의 업무와 직접 관련되어 있고 건당 OOO원 수준으로 조사된 점 등에 비추어 이는 청구법인의 업무와 직접적인 관련이 있다고 보기 어려운바, 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 개정된 것) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제24조(기부금의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)
2. 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금과 제13조제1호에 따른 결손금의 합계액 제25조(접대비의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액은 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. ＜이하 각 호 생략＞
② 내국법인이 한 차례의 접대에 지출한 접대비 중 대통령령으로 정하는 금액을 초과하는 접대비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니한 것은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 지출사실이 객관적으로 명백한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 접대비라는 증거자료를 구비하기 어려운 대통령령으로 정하는 국외지역에서의 지출 및 농어민에 대한 지출은 그러하지 아니하다. ＜이하 각 호 생략＞
⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 "접대비"란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다. 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 인건비
2. 복리후생비
3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비
4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비
5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액
2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
(2) 법인세법 시행령 제50조(업무와 관련이 없는 지출) ① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.
1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.
2. 해당 법인의 주주등(소액주주등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금
(3) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
(4) 조세특례제한법 제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.
⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
(5) 조세특례제한법 시행령 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액
② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.
1. 일반적인 관리 및 지원활동
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
3. 반복적인 정보수집 활동
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동
5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동
7. 위탁받아 수행하는 연구활동
8. 이미 기획된 콘텐츠ㆍ소프트웨어 등을 제작하는 활동
(6) 조세특례제한법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제18조 제2항에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.
1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
2. 문화산업진흥 기본법 제17조의3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
3. 산업디자인진흥법제9조에 따른 산업디자인전문회사(이하 이 조에서 "산업디자인전문회사"라 한다)
③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 산업디자인진흥법 시행규칙 제9조 제1항 제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.(각호 생략) ※ 조세특례제한법기본통칙 9-8…1 【 연구 및 인력개발비의 용어정의 등 】
① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다.
1. “인건비”라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며,소득세법제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다.
2. 자체연구개발을 위한 비용 중 ②의 ¨연구¨라 함은기술개발촉진법제2조 제1호의 ¨기술개발¨을 말한다.
3. 자체연구개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다. 조세특례제한법 시행령 별표 6 (연구·인력개발비에 대한 세액공제) ■ 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항 관련)
1. 연구개발
1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비.(이하 생략)
2. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(문화산업진흥 기본법 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비
3. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제22조제1호에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용
(7) 기초진흥법 제14조의2(기업부설연구소 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.
② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다.
(8) 기초진흥법 시행령 제16조의2(기업부설연구소 등 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 "연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관"이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다.
② 법 제14조의2 제1항에서 "연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다.
③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설 연구기관 및 기업의 연구개발부서가 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 과학기술정보통신부령으로 정한다. 제17조(기업부설연구소 등의 준수사항) ① 법 제14조의4 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다.
1. 법 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보할 것
2. 기업부설연구소등의 직원 및 연구시설은 같은 소재지에 있을 것
3. 같은 기업에 2개 이상의 기업부설연구소등을 설립하려면 전문연구 분야(통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 산업에 관한 표준분류에 따른 중분류를 말한다) 또는 그 주소지가 서로 다를 것
② 제1항 제2호에도 불구하고 연구의 원활한 수행을 위하여 필요한 경우에는 주소지를 주소재지와 부소재지로 구분하여 2개의 장소에 둘 수 있다. 이 경우 각 주소지에는 독립된 연구시설을 갖추고 기업부설연구소등의 직원 1명 이상이 상시 근무하도록 하여야 하며, 제16조의2 제1항 및 제2항에 따른 연구전담요원의 수는 각 주소지의 연구전담요원을 합산한 수로 할 수 있다.
(9) 기초진흥법 시행규칙 제4조(기업의 연구개발전담부서의 신청 등) ③ 제1항과 제2항에서 규정한 사항 외에 연구개발전담부서의 신청에 필요한 사항은 과학기술정보통신부장관이 따로 정하여 고시한다. ※ 미래창조과학부 고시 제2014-70호【기연구개발전담부서 신고요령】 제2조(정의) 이 고시에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “연구전담요원”이라 함은 기업부설연구소(이하 “연구소”라 한다)·연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하며 연구업무 이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다.
2. “연구보조원”이라 함은 연구전담요원의 지시에 따라 실험·검사 및 측정 등의 업무에 종사하는 자로서 연구개발과제의 수행을 보조하는 업무 이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다.
3. “연구관리직원”이라 함은 연구소·전담부서에 근무하는 연구전담요원 및 연구보조원을 제외한 자로서 연구행정, 연구지원 사무 등 연구관리업무 이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다.