공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 청구법인이 2020년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2020.6.1.) 현재 보유하고 있는 종합합산과세대상 토지 12건(OOO 소재 토지 외 11건) 및 별도합산과세대상 토지 139건(OOO 소재 토지 외 138건)에 대하여 종합부동산세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정된 것) 제5조의3 제1항 및 제2항(이하 “이 건 시행령 조항”이라 한다)에서 규정하는 산식(이하 “이 건 산식”이라 한다)에 따라 종합부동산세의 세액 계산시 공제되는 재산세액을 계산하여 2020.11.25. 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 결정․고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 종합부동산세법상 종합부동산세액에서 공제하는 재산세 상당액은 해당 과세대상 주택⋅토지의 주택⋅토지분 재산세로 부과된 세액으로 규정하고 있고, 이는 납세자가 재산세로 납부하게 된 최종 세액 전액을 공제한다는 뜻을 법문에 분명하게 표시한 것이다. 따라서 동일한 과세물건에 대하여 보유세인 재산세와 종합부동산세를 중첩적으로 부과할 경우 이중과세에 해당하게 되므로 종합부동산세 부과 대상인 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액은 원칙적으로 전액 공제되어야 한다. 그럼에도 불구하고 처분청은 공제할 재산세액을 기납부한 재산세액 중 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만 공제하여 2020년 종합부동산세액을 산출하였는바, 그 결과 기납부한 재산세액이 전액 공제되지 아니하여 이중과세의 문제가 발생하므로 이 건 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 시행령 조항이 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세액을 공제해 주지 않는 것이라고 주장하나, 이는 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역이 정확하게 특정될 수 있음을 전제로 한 것으로서 그 전제부터 오류가 있고, 설령 청구인 주장과 같이 이 건 시행령 조항이 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 완벽하게 전부 공제해 주지 못한다고 하더라도, 이 건 시행령 조항을 현행과 같이 개정함으로써 종합부동산세 과세표준이 줄어든 ‘비율’만큼 공제되어야 하는 재산세액의 ‘비율’ 역시 축소되어야 한다는 것을 분명히 하였는바, 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 전부 공제해 주지 못한다 하여 위법한 것이 아니다. 종합부동산세법은 ‘종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 재산세로 부과된 세액은 공제하여야 하고, 위 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있으며, 이 건 시행령 조항은 공제할 수 있는 재산세액의 산정방식을 규정하고 있는데, 위 법 규정은 ① 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고만 하였지 ‘전부’ 공제하여야 한다고 규정하고 있지 아니하고, ② 대통령령으로 위임한 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항’에는 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하고 위임입법의 한계를 벗어났다고 보기 어려우므로, 공제의 구체적 범위까지도 대통령령에 위임하였다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이 건 시행령 조항이 공제할 수 있는 재산세액의 범위를 규정하였다 하여 위임입법의 한계를 벗어나 무효라 할 수는 없다. 또한 이 건 시행령 조항은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 최대한 전부 공제해 주려고 하였는바, 종합부동산세법에 따라 가급적 종합부동산세 과세표준 금액 전체에 대하여 부과된 재산세액을 공제하기 위하여, 전체 재산세액 중 ‘재산세 과세표준에서 종합부동산세 과세표준이 차지하는 비율’ 만큼의 재산세액을 종합부동산세액에서 공제해 주고자 하였는데, 이는 합리적인 범위 내에서 비례원칙에 따라 이중과세의 문제를 조정하고자 한 것으로, 이 건 시행령 조항이 무효라 볼 수 없다. 따라서 처분청에서 이 건 산식에 따라 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 계산하여 이 건 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청은 청구인에 대한 2020년 귀속 종합부동산세를 부과함에 있어, 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 이 건 시행령 조항 및 산식[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 × 재산세 공정가액비율 × 재산세율]으로 계산하여 종합부동산세액을 산정하였다. (나) 대법원은 2015.6.23. 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 구 종합부동산세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 일부개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]에서 정한 산식[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 × 재산세 공정가액비율 × 재산세율]으로 계산하여 종합부동산세액을 산정ㆍ부과한 사안과 관련하여, 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식상의 계산방식은 종합부동산세법령에서 정하고 있는 것보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의에 위반되고, 이에 근거한 처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다고 판시(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다. (다) ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 위 대법원 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 종합부동산세 시행령제5조의3에 의한 계산식을 다음 OOO와 같이 개정하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 종합부동산세 부과대상인 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액은 원칙적으로 전액 공제되어야 함에도 불구하고 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정하였으므로 이 건 처분은 부당하다고 주장한다. 그러나 종합부동산세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인데, 이를 위하여 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 지방세법에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있는 점, 종합부동산세법제14조 제3항 및 제6항에서는 종합부동산세 ‘과세표준’ 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제14조 제7항에서는 종합부동산세액 계산에 필요한 사항을 대통령령으로 위임하고 있으며, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제5조의3 제1항 및 제2항에서는 그 공제범위에 따른 구체적인 공제금액을 산출하기 위한 계산식을 규정한 것으로서 위임입법의 범위를 벗어난 것으로 보기 어려운 점, 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액을 계산할 때 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정된 것) 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ｢지방세법｣제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 – 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × ｢지방세법 시행령｣ 제109조 제1호 에 따른 공정시장가액비율] × ｢지방세법｣ 제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ｢지방세법｣제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 – 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × ｢지방세법 시행령｣ 제109조 제1호 에 따른 공정시장가액비율] × ｢지방세법｣ 제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액