쟁점토지의 임대용역에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 때 임대료를 반영하여 임대용역의 대가를 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO서장이 2020.7.10. 청구인에게 한 종합소득세 2015년 귀속분 OOO원, 2016년 귀속분 OOO원, 2017년 귀속분 OOO원 및 2018년 귀속분 OOO원과 부가가치세 2015년 제1기분 OOO원, 2015년 제2기분 OOO원, 2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원, 2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원 및 2018년 제2기분 OOO원의 부과처분은 OOO 소재 토지의 임대용역 제공에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 때 청구인이 수취한 임대료를 임대용역의 대가에 반영하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO이라는 상호로 부동산 임대업을 영위하는 개인사업자로 2014.12.29. OOO 소재 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 주식회사 AAA(대표이사: 청구인의 배우자, 이하 “쟁점법인”이라 한다)에 임대하였다.
• 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.11.12.∼2020.5.22. 기간 동안 청구인에 대한 개인제세통합조사를 실시한 결과, 청구인이 아래 <표1>과 같이 쟁점토지의 임대보증금 OOO원(이하 “쟁점보증금”이라 한다)에 대한 간주임대료와 임대료를 신고누락하는 한편 청구인과 특수관계인인 쟁점법인에게 쟁점토지를 저가로 임대하여 부당행위계산 부인규정의 적용 대상에 해당하는 것으로 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2020.7.10. 청구인에게 아래 <표2>와 같이 종합소득세 등 합계 OOO원을 각각 경정․고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다. <표1> 청구인의 신고누락 금액 OOO <표2> 청구인에 대한 고지내역 OOO
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.10.5. 이의신청을 거쳐 2021.2.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점보증금에서 금융수익(이하 “금융수익”이라 한다)이 발생하였고 이를 간주임대료에서 차감하지 아니한 쟁점처분은 부당하다. (2) 조사청은 쟁점토지의 임대용역 제공에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 때 쟁점토지의 쟁점보증금만을 임대용역의 시가 산정 시 반영하고 쟁점토지의 임대료는 반영하지 아니하였으므로 이를 반영하여 쟁점처분을 경정결정함이 타당하다. (3) 쟁점토지의 임대용역 제공에 대한 시가는 쟁점토지의 간주임대료와 임대료를 합산한 금액으로 산정하여야 한다. (4) 그러나 조사청은 쟁점보증금의 간주임대료에 대한 시가와 청구인의 실제 간주임대료만 비교하여 그 차액 분을 저가로 임대한 금액으로 보아 쟁점처분을 하였고 이는 부당하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 금융수익이 존재한다는 점에 대하여 장부나 증빙자료를 제출하지 아니하였고 종합소득세 신고 시 금융수익을 계상하지 아니하였다. (2) 청구인의 간주임대료는 시가에 미달하여 부당행위계산 부인 규정의 적용대상이다. (3) 청구인은 청구인의 배우자가 대표이사인 쟁점법인과 특수관계가 있다. (4) 조사청은 청구인이 쟁점법인과 체결한 임대차계약서상 면적(OOO)에 개별공시지가를 곱하여 쟁점토지의 시가를 산정하고 해당 시가에 50/100에 상당하는 금액에서 임대보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 간주임대료의 시가를 산정하였다. (5) 청구인은 2014.12.29.～2021.1.8. 기간 동안 쟁점토지를 쟁점법인의 신한은행 채무에 대한 담보물로 제공하고 그 대가로 임대료를 수취하였으므로 해당 간주임대료만으로 쟁점토지의 시가를 산정함이 타당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지의 간주임대료 계산 시 쟁점보증금에서 발생한 금융수익을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점토지의 임대용역에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 때 임대료를 반영하여 임대용역의 대가를 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 소득세법(2014.1.1. 법률 제12169호로 일부개정된 것) 제25조(총수입금액 계산의 특례) ① 거주자가 부동산 또는 그 부동산상의 권리 등을 대여하고 보증금·전세금 또는 이와 유사한 성질의 금액(이하 이 항에서 "보증금등"이라 한다)을 받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 사업소득금액을 계산할 때에 총수입금액에 산입(算入)한다. 다만, 주택을 대여하고 보증금등을 받은 경우에는 3주택[주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택으로서 해당 과세기간의 기준시가가 3억원 이하인 주택은 2016년 12월 31일까지는 주택 수에 포함하지 아니한다] 이상을 소유하고 해당 주택의 보증금등의 합계액이 3억원을 초과하는 경우를 말하며, 주택 수의 계산 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2013.11.5. 대통령령 제24823호로 일부개정된 것) 제53조(총수입금액계산의 특례) ③ 법 제25조 제1항 본문에 따라 총수입금액에 산입할 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 총수입금액에 산입할 금액이 영보다 적은 때에는 없는 것으로 보며, 적수의 계산은 매월 말 현재의 법 제25조 제1항 본문에 따른 보증금등(이하 이 조에서 "보증금등"이라 한다)의 잔액에 경과일수를 곱하여 계산할 수 있다.

2. 제1호 외의 경우 총수입금액에 산입할 금액 ＝ (해당 과세기간의 보증금등의 적수 - 임대용부동산의 건설비 상당액의 적수) × 1/365(윤년의 경우에는 366) × 정기예금이자율 － 해당 과세기간의 해당 임대사업부분에서 발생한 수입이자와 할인료 및 배당금의 합계액

⑥ 제3항의 규정에 의한 임대사업부분에서 발생한 수입이자·할인료 및 배당금은 비치·기장한 장부나 증빙서류에 의하여 당해 임대보증금등으로 취득한 것이 확인되는 금융자산으로부터 발생한 것에 한한다. 제98조(부당행위계산의 부인) ① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계인"이란 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

2. 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 법인세법 시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. (3) 법인세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25194호로 일부개정된 것) 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 (4) 국세기본법 시행령 제1조의2(특수관계인의 범위) ② 법 제2조 제20호 나목에서 “임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말한다.

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족 (5) 상속세 및 증여세법(2014.1.1. 법률 제12168호로 일부개정된 것) 제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (1) 조사청의 조사보고서 등에 의하면, 청구인은 1987.12.19. 쟁점토지를 매매로 취득하고 2015.1.1.부터 쟁점토지의 소재지에서 OOO이라는 상호로 부동산임대업을 영위하고 있다. (2) 국세청 전산자료 등에 의하면, 청구인은 쟁점보증금에서 발생한 금융수익을 종합소득세 신고 시 신고하지 아니하였고, OOO의 결산서에 이를 계상하지 아니하였다. (3) 청구인이 2014.12.29. 쟁점법인과 작성한 쟁점토지의 임대차계약서를 보면, 그 주요내용은 다음과 같다. OOO (4) 청구인이 2016.1.31. 쟁점법인과 작성한 쟁점토지의 ‘임차인 부담 제세공과금에 관련한 특약 임대차계약서’를 보면, 그 주요내용은 다음과 같다. OOO (2) 소득세법 시행령(2013.11.5. 대통령령 제24823호로 일부개정된 것) 제53조 제3항은 보증금등의 총수입금액을 계산할 때 해당 과세기간의 해당 임대사업부분에서 발생한 수입이자와 할인료 및 배당금의 합계액은 차감하도록 규정하고 있고, 같은 조 제6항은 제3항의 규정에 의한 임대사업부분에서 발생한 수입이자·할인료 및 배당금은 비치·기장한 장부나 증빙서류에 의하여 당해 임대보증금등으로 취득한 것이 확인되는 금융자산으로부터 발생한 것에 한한다고 규정하고 있다. 또한, 소득세법 시행령(2013.11.5. 대통령령 제24823호로 일부개정된 것) 제98조 제2항은 소득세법 제41조 에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다고 규정하고 있고, 같은 항 제2호는 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우를 들고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (4) 먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 청구인은 쟁점보증금에서 발생한 금융수익을 간주임대료에서 차감하여야 한다는 주장이나, 청구인은 쟁점보증금에서 발생한 금융수익이 존재한다는 점에 대하여 장부나 증빙자료 등을 제출하지 아니하여 그 존재를 확인할 수 없으므로 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (5) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 쟁점법인의 금융채무에 대한 담보물로 제공하고 그 대가로 임대료를 수취하였으므로 간주임대료만으로 쟁점토지의 임대용역에 대한 대가를 산정하여야 한다는 의견이나, 처분청이 임대료를 신고누락한 것으로 과세한 점 등을 보면 청구인이 쟁점법인에게 제공한 쟁점토지의 임대용역에 대한 대가는 간주임대료 외에 임대료도 포함하여 산정함이 합리적으로 보이는 점, 청구인의 임대료가 담보제공에 대한 대가임을 입증할만한 객관적인 증빙자료가 제시되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점토지의 임대용역 제공에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 때 해당 임대료를 반영하여 부당행위계산 부인 대상 여부 및 그 금액을 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.