조세심판원 심판청구 양도소득세

일괄양도한 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2021-서-2248 선고일 2021.12.27

처분청이 일괄양도한 쟁점건물과 쟁점토지에 대하여 기준시가로 다시 안분계산하여 양도차익을 산정하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1990.9.19. OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를, 2011.6.17. 쟁점토지 지상의 교육연구시설 2,084.25㎡(지하1층․지상6층으로 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득하여 보유하다가 2018.6.29. 쟁점부동산을 주식회사 AAA(주택신축판매업을 영위하는 법인으로, 이하 “매수인”이라 한다)에 OOO원에 양도하고 매매계약서에 기재된 내용대로 양도가액을 쟁점토지 OOO원, 쟁점건물 “OOO”원으로, 취득가액은 쟁점토지에 대하여는 환산가액인 OOO원, 쟁점건물에 대하여는 실지거래가액인 OOO원으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.
  • 나. OOO청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 일괄양도된 쟁점토지와 쟁점건물의 매매가액이 양도당시 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우로 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 양도가액을 기준시가로 안분계산하여야 한다고 감사지적하였고, 처분청은 이에 따라 2020.12.8. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.2.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인과 매수인은 합리적인 의사결정을 통하여 쟁점건물과 쟁점토지의 가액을 구분하여 거래하였으므로 이를 각 자산의 양도가액으로 인정하여야 한다.

(1) 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 소득세법제100조 제3항에는 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도하는 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 기준시가로 안분한 계산가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 때로 보아 기준시가 등으로 안분한 가액을 각 자산별 양도가액으로 산정하도록 규정하고 있으나, 이는 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 취지이므로 과세관청은 자산별 가액의 임의적 구분과 조세회피 목적에 대한 입증책임을 다하여야 한다.

(2) 청구인과 매수인은 특수관계가 전혀 없이 쟁점부동산 매매계약을 체결하였고, 매수인은 매매계약을 체결한 후에 쟁점건물을 철거한 후 오피스텔 등을 신축하여 분양할 것으로 예정(실제 철거하여 오피스텔을 신축하여 분양하였음)되어 있어 당사자 간에 합리적인 의사결정으로 매매가액을 쟁점토지 OOO원, 쟁점건물 “OOO”원으로 산정한 것이므로 각 자산의 가액구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다.

  • 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지와 쟁점건물을 일괄 양도하였으므로소득세법제100조 제3항에 따라 매매가액을 양도시점의 각 자산별 기준시가로 안분한 금액을 각 자산별 양도가액으로 적용하여 양도소득세를 계산해야 한다.

(1) 청구인은 처분청에서 토지와 건물가액이 임의적임을 입증해야 하고 청구인이 조세회피 목적이 있었음을 입증해야 한다고 주장하나, 매매 당사자 간 안분한 금액과 법령에 따른 기준금액이 30% 이상 차이가 있는 경우에 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 소득세법제100조 제3항은 반드시 적용해야 하는 강제규정이고 오히려 청구인의 주장이 수용되기 위해서는 건물가액이 “OOO”원이라는 사실을 입증 할 수 있는 구체적이고 객관적인 근거서류를 제시하여야 한다.

(2) 설령 청구인의 주장대로 당사자 간 자율계약에 따라 건물가액이 “OOO”원인 사실이 명백하다면, 이때에는 토지만을 양도한 것이므로 토지만을 대상으로 양도소득세를 계산하여야 하므로 청구인에게 오히려 불리하다. (가)소득세법상 양도소득세 과세대상이 되는 “양도”란 “자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있고, 당사자 간 자율계약에 따라 쟁점건물 매매가액 “OOO”원이 명백하다면 건물은 유상양도에 해당하지 않았으므로 쟁점토지만 양도한 것으로 보아야 한다. 결국 쟁점건물과 관련한 취득원가 및 관련 제반비용은 이 건 양도소득세 계산시 취득가액에서 제외하여야 한다. 즉 쟁점건물 관련비용은 매몰비용에 해당하여 이 건 양도소득세를 계산할 때에는 쟁점토지와 관련한 비용만이 필요경비로 공제될 수 있다. (나) 국세청 법령해석(법규재산과 2012-492, 2012.12.24.)에서는 “토지와 건물을 일괄양도하면서 계약서상에 토지 및 건물가액을 구분 표시하되 건물가액은 없는 것으로 하고 양수인이 양도받은 건물을 철거한 경우 매매계약 체결당시 건물철거가 예정되어 있고 실제 철거되었으며 계약서에 구분 표시된 건물의 가액이 “OOO”원이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우 해당 건물은 양도소득세 과세대상 자산에 해당하지 아니한다”고 해석한 바 있다. 이와 같이 계산한다면 양도소득세가 203,118,320원(2020.10.1. 고지 기준)으로 계산되어 오히려 납세자에게 불리한 결과를 초래하게 된다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 일괄양도한 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부 개정된 것) 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

② 삭제 <2016.12.20.>

③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

1. 법인세법 제2조 제12호 에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 “특수관계법인”이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 상속세 및 증여세법 제35조 에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15.>

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 일부 개정된 것) 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (3) 부가가치세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부 개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1990.9.19. 쟁점토지를 취득하고, 2011.6.17. 쟁점건물을 취득하여 보유하다가, 주식회사 AAA과 아래 OOO과 같이 매매계약서를 체결하고 2018.6.29. 쟁점부동산을 양도하였다.

(2) 청구인은 매매계약서에 기재된 내용대로 양도가액을 쟁점토지 OOO원, 쟁점건물 “OOO”원으로, 취득가액은 쟁점토지에 대하여는 환산가액인 OOO원, 쟁점건물에 대하여는 실지거래가액인 OOO원으로 산정하여 양도소득세 신고를 하였고, 처분청은 일괄양도된 쟁점토지와 쟁점건물의 매매가액이 양도당시 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우로 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 아래 OOO와 같이 양도가액을 기준시가로 안분하여 쟁점토지의 양도가액을 산정하고 이를 토대로 쟁점토지의 취득가액을 환산가액인 OOO원으로 산정하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(3) 청구인은 쟁점건물이 노후되어 누수 등의 문제로 쟁점부동산을 양도하기 약 1년 전부터 사실상 공실상태로 있었고, 매수인은 쟁점부동산을 매수하고 쟁점건물을 멸실하고 오피스텔 등을 신축하였다고 주장하며 쟁점부동산 소재지의 사진 등을 제출하고 있는데, 쟁점건물의 건축물대장에는 쟁점건물이 1965.10.22. 신축되었고 2018.12.14. 철거공사가 완료된 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 쟁점건물이 매매계약 당시에 철거가 예정되어 있었고 실제로 철거되어 새로운 건물이 신축되었으므로 청구인과 매수인 간에 체결된 계약내용에 따라 쟁점부동산의 양도차익을 산정하여야 한다고 주장한다. 그러나소득세법제100조 제2항에는 ‘양도가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산’하도록 규정하고 있고, 같은 조 제3항에는 ‘토지와 건물 등을 함께 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있어 이는 간주규정 형태로 예외를 허용하고 있지 아니한 점(OOO고등법원 2020.6.18. 선고 2019누58799 판결 및 대법원 2020.11.5. 선고 2020두42798 판결, 같은 뜻임), 청구인이 쟁점부동산의 양도소득을 계산하기 위하여 자산별로 구분한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 나는 경우에 해당하는 점, 쟁점부동산의 양도일 현재 쟁점건물의 장부가액이 OOO원으로 계상되어 쟁점건물의 잔존가치가 없다고 단정하기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 일괄양도한 쟁점건물과 쟁점토지에 대하여 기준시가로 다시 안분계산하여 양도차익을 산정하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)