조세심판원 심판청구 법인세

현물출자로 취득하여 양도한 취득가액을 개별공시지가로 평가하여 법인세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심 2021서2149 선고일 2021-08-03 조세심판원

[요지] 청구법인은 쟁점토지의 취득가액에 대하여 현물출자가액을 부인하고 기준시가로 적용하는 것은 부당하다고 주장하나 청구법인이 쟁점토지를 현물출자로 취득하면서 계상한 취득가액이 시가라고 볼만한 감정가액 등의 자료가 제출되지 아니한 점, 현물출자자인 AAA의 양도소득세 경정내역에 의하면 그 양도가액을 기준시가로 하고 있고, AAA는 이에 대하여 이의를 제기하지 아니한 점, 청구법인이 제시한 결정례는 현물출자자인 BBB의 현물출자가액에 대한 판단으로, 그 과세처분이 AAA에 대한 세무조사 전에 이루어진 것이어서 이 건에 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

[참조결정] 조심2017중4903 / 조심2017중0274

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2015.5.7. AAA로부터 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를, 그 외 조합원으로부터 OOO 등의 토지를 현물출자받아 설립된 영농조합법인으로, 2019.2.8. 현물출자받은 토지 중 쟁점토지 일부(OOO㎡)와 OOO㎡ 합계 OOO㎡(이하 “양도토지”라 한다)를 OOO에 OOO원에 양도(수용)한 후, 2019사업연도 법인세 신고 시 양도토지의 취득가액을 OOO원(현물출자 가액)으로, 양도가액을 OOO원으로 하여 양도차손(OOO원)을 계상하여 신고하였다.
  • 나. OOO서장은 2017.7.5. 2017년 AAA에 대한 세무조사를 실시한 결과, AAA이 청구법인과 영농조합법인 aaa(이하 “aaa”라 한다)에 부동산을 현물출자하는 과정에서 감정평가 없이 임의로 양도가액을 부풀려 양도소득세를 신고하고 영농조합법인의 현물출자에 따른 감면을 부당하게 적용한 사실을 확인한 후 해당 감면을 부인하면서 AAA이 신고한 양도가액을 기준시가로 감액결정하였다.
  • 다. OOO청장은 2020년 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, AAA이 청구법인에 현물출자한 쟁점토지의 취득가액이 세무조사로 인해 기준시가로 경정되었음에도 청구법인의 법인세가 경정되지 아니한 사실을 확인하고 처분청에 청구법인의 해당 사업연도 법인세를 경정할 것을 처분지시하였다.
  • 라. 처분청은 이에 2015사업연도의 경우, 청구법인이 AAA로부터 현물출자받아 계상한 쟁점토지의 가액(OOO원)을 기준시가(OOO원)로 경정하여 과다계상액 OOO원을 손금산입(△유보)하고, 2019사업연도의 경우, 쟁점토지 중 양도(수용)된 OOO㎡에 해당하는 OOO원을 익금산입(유보추인)한 후, 2020.11.12. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 법인이 현물출자로 취득한 토지의 취득가액은 취득당시의 시가인바, 처분청은 청구법인이 AAA로부터 쟁점토지를 현물출자받은 사실을 인정하면서도 그 현물출자 가액을 부인하고 개별공시지가를 취득가액으로 보는 것은 부당하다.

(2) 청구법인의 조합원인 BBB은 OOO 토지를 청구법인에게 현물출자하였고 OOO서장은 BBB의 청구법인에 대한 현물출자가액을 위 토지에 대한 양도가액으로 보아 BBB에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과고지하였으며, 이에 BBB은 심판청구를 통하여 ‘BBB의 현물출자가액을 청구법인에 대한 양도가액으로 보아 이루어진 OOO서장의 처분은 잘못이 없다’고 결정(조심 2017중274, 2017.6.13.)받은 사실이 있는바, 이와 같이 BBB의 청구법인에 대한 현물출자와 관련하여서는 현물출자가액을 청구법인의 취득가액으로 인정하였음에도 이와 달리 쟁점토지의 취득가액을 개별공시지가로 하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 법인세법은 자산의 취득가액을 시가로 규정하고 있고, 시가의 범위와 관련하여 현물출자로 취득하는 경우에는 감정평가액을 최우선적으로 적용하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점토지를 현물출자로 취득하였음에도 감정평가액을 제시하지 아니하였고 감정평가액이 없는 경우 해당 토지의 개별공시지가가 시가에 해당하므로 쟁점토지의 취득가액을 개별공시지가로 경정한 처분은 정당하다.

(2) 더욱이 AAA에 대한 세무조사 과정에서 청구법인에 현물출자한 가액이 아무런 근거 없이 임의로 산출된 사실이 확인되었고 그 결과 AAA이 현물출자한 토지에 대한 양도가액 역시 개별공지시가가 적용되어 감액되었는바, 이는 AAA이 영농조합법인의 현물출자에 따른 감면 부인으로 양도소득세 과세처분에 대하여 제기한 심판청구 관련 조세심판원의 결정문(조심 2017중4903, 2019.10.29.)에서도 확인된다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 현물출자로 취득하여 양도한 쟁점토지의 취득가액을 개별공시지가로 평가하여 법인세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조(부당행위계산의 부인) ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

  • 가. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액
  • 나. 그 밖의 경우: 해당 자산의 시가

③ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하는 것으로 한다.

1. 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

2. 법 제28조 제1항 제3호 및 같은 조 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액

3. 유형자산의 취득과 함께 국ㆍ공채를 매입하는 경우 기업회계기준에 따라 그 국ㆍ공채의 매입가액과 현재가치의 차액을 해당 유형자산의 취득가액으로 계상한 금액

④ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. 자산을 제68조 제4항에 따른 장기할부조건 등으로 취득하는 경우 발생한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우의 당해 현재가치할인차금

2. 기획재정부령이 정하는 연지급수입에 있어서 취득가액과 구분하여 지급이자로 계상한 금액

3. 제88조 제1항 제1호 및 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액

⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1. 법 제42조 제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액

2. 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액

3. 합병 또는 분할합병(제2항 제5호에 해당하는 경우는 제외한다)으로 받은 제11조 제8호에 따른 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액 제89조(시가의 범위 등) ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(3) 상속세 및 증여세법 제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 확인된 AAA의 현물출자, 청구법인의 양도소득세 신고 및 처분청의 과세 경위 등은 아래와 같다. (가) AAA은 다른 조합원들과 함께 2015.5.7. 영농조합법인 청구법인을, 2015.5.26. aaa를 각 설립하고, 2015.5.30. 쟁점토지(OOO)를 청구법인에, OOO 토지를 aaa에 각 현물출자한 후, 2015.9.9. 청구법인과 aaa에 현물출자한 토지에 대하여 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하고 조세특례제한법제66조 제4항의 ‘농업인이 농지를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대한 감면’ 규정을 적용하여 양도소득세를 전액 감면받았다. (나) 청구법인은 2019.2.8. AAA로부터 출자받은 쟁점토지(OOO㎡) 중 OOO㎡와 CCC 외 1인으로부터 출자받은 토지 중 OOO㎡ 합계 OOO㎡(양도토지)를 OOO에 양도한 후 2019사업연도 법인세 신고 시 양도토지의 취득가액을 OOO원(현물출자 가액)으로, 양도가액을 OOO원으로 하여 양도차손(OOO원)을 계상하여 아래와 같이 신고하였다. (단위: ㎡, 천원) OOO (다) 처분청은 청구법인이 신고한 쟁점토지의 취득가액이 감정평가액이 아니어서 정당한 시가로 볼 수 없다고 보아 그 가액을 기준시가로 하여 아래와 같이 법인세를 경정하였는바, 2015사업연도의 경우, 쟁점토지의 가액(OOO원)을 기준시가(OOO원)로 경정하여 과다계상액 OOO원을 손금산입(△유보)하고, 2019사업연도의 경우, 쟁점토지 중 양도(수용)된 OOO㎡에 해당하는 OOO원을 익금산입(유보추인)하였다. (단위: ㎡, 천원) OOO

(2) 청구법인의 조합원인 AAA 및 BBB에 대한 양도소득세 과세 및 불복제기 내용 등은 아래와 같다. (가) OOO서장은 2017.7.5. 영농조합법인인 청구법인 및 aaa의 조합원들 일부가 농업인에 해당하지 않아 감면대상 영농조합법인에 해당하지 않는다는 이유로 AAA의 청구법인 등에 현물출자한 토지에 대한 양도소득세 감면을 부인하면서 현물출자토지의 가액을 과대평가(실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 봄)하였다고 보아 당초 양도가액(OOO원)을 기준시가(OOO원)로 하여 감액하고 감면부인에 따른 양도소득세를 경정․고지하였으며, AAA은 이에 양도가액에 대한 이의제기 없이 청구법인 및 aaa가 감면대상 영농조합법인에 해당하므로 양도소득세 감면대상에 해당한다며 심판청구를 제기하여 우리 원으로부터 기각결정(조심 2017중4903, 2019.10.29.)을 받았다. (나) OOO서장은 2016.10.7. 청구법인의 조합원인 BBB이 청구법인에 현물출자한 토지의 양도가액을 현물출자가액으로 하여 양도소득세를 과세하였고, BBB은 이에 양도가액을 기준시가로 적용하여야 한다면 심판청구를 제기하여 우리 원으로부터 기각결정(조심 2017중274, 2017.6.13.)을 받았다.

(3) 법인세법제41조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호 나목에서 법인이 현물출자로 취득한 부동산의 취득가액을 ‘해당자산의 시가’로 규정하고 있고, 법인세법제52조 제2항에서 시가를 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’으로 정하면서 같은 법 시행령 제89조 제2항에서 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 감정평가가액과 상속세 및 증여세법제61조에 따른 기준시가를 순차적으로 적용하도록 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 취득가액에 대하여 현물출자가액을 부인하고 기준시가로 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 현물출자로 취득하면서 계상한 취득가액이 시가라고 볼 만한 법인세법 시행령제89조 제2항 제1호에 따른 감정평가액 등의 자료 등이 제출되지 아니한 점, 현물출자자인 AAA의 쟁점토지에 대한 양도소득세 경정내역에 의하면 그 양도가액을 기준시가로 하고 있고, AAA은 이에 대하여 이의를 제기하지 아니한 점, 청구법인이 제시한 결정(조심 2017중274) 사례는 현물출자자인 BBB이 양도가액을 현물출자가액으로 하여 양도소득세를 과세(2016.10.7.)한 것에 대한 판단으로, 그 과세처분이 AAA에 대한 세무조사 및 과세처분(2017.5.7.) 전에 이루어진 것이어서 이 건에 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 취득가액을 기준시가로 적용하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)