조세심판원 심판청구 상속증여세

성실공익법인 요건을 충족하므로 5%를 초과하는 주식과 관련하여 증여세(가산세)를 부과한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2021-서-2131 선고일 2021.07.13

청구법인이 상증법 시행령 제13조 제5항에 따른 성실공익법인 요건 중 회계감사 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 처분청이 이 건 초과보유가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1991.2.28. 설립되어 사회복지사업을 영위하는 비영리법인으로, 1990.9.20. AAA으로부터 OOO㈜(이하 “OOO”라 한다)의 보통주 OOO주(지분율 25.47%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 출연받아 현재까지 보유하고 있다.
  • 나. 처분청은 청구법인이 외부감사 미실시 등으로 성실공익법인에 해당하지 않는다고 보아 2010년 말 기준 청구법인이 보유한 OOO의 주식 OOO주 중 보유기준 5%를 초과하는 주식 OOO주(20.47%)에 대하여 주당 평가액(시가)인 OOO원에 가산율 5%을 적용하여 2010.12.31. 증여분 증여세(가산세) OOO원을 2020.12.2. 청구법인에게 고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 (1) 처분청의 증여세(가산세) 부과처분은 성실공익법인 요건의 예외 규정을 간과한 위법한 처분이다. (가) 상속세 및 증여세법(2010.1.1. 법률 제9916호로 일부개정 전, 이하 “상증법”이라 한다) 제49조에 의하면 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 당해 내국법인 총발행 주식수의 20%를 초과하는 경우에는 원칙적으로 2001.12.31.까지 5% 초과부분을 처분하여 5% 이하 수준을 유지하도록 규정하고 있으나, 예외적으로 성실공익법인의 경우에는 위 주식보유기준 적용대상에서 제외하도록 규정되어 있다. 따라서 청구법인이 성실공익법인 요건을 갖추었다면 2001.12.31.까지 위 5% 초과 부분을 처분하지 아니하더라도 상증법 제78조 제4항에 의한 증여세(가산세) 부과대상이 될 수 없다. (나) 청구법인은 성실공익법인에 해당한다.

1. 상증법 제16조 제2항의 개정규정은 2008.1.1. 출연분부터 적용되고 청구법인은 종전규정이 적용되므로 성실공익법인에 해당한다. 성실공익법인 요건인 상증법 제16조 제2항이 2007.12.31. 개정되었으나 그 적용시기는 부칙 제8828호 제3호에 의하여 2008.1.1. 이후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용된다. 청구법인은 2007.12.31. 이전에 주식등의 출연이 완료되어 2008.1.1. 이후 새로운 주식등의 출연 또는 취득 사실이 전혀 없으므로 종전규정에 따라야 하고, 종전규정인 운용소득 90% 이상을 공익목적에 사용하는 요건을 충족하였으므로 성실공익법인에 해당한다.

2. 청구법인은 자산총액이 100억원 미만으로서 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 의한 회계감사 대상에 해당하지 않으므로 성실공익법인에 해당한다. 성실공익법인이 되기 위해서는 공익법인이 기본적으로 갖추어야 할 외부전문가(변호사‧공인회계사 또는 세무사)의 세무확인을 받아야 하고, 그 외에 상증법 제16조 제2항 및 같은 법 시행령(이하 “상증법 시행령”이라 한다) 제13조 제5항의 5가지 요건을 모두 충족하여야 한다. 위 요건 중 청구법인은 자산총액이 100억원 미만(2010.12.31. 현재 자산총액 OOO원)으로서 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 의한 회계감사 대상에 해당하지 않고, 나머지 요건과 세무확인의무는 모두 성실히 이행하였으므로 청구법인은 성실공익법인에 해당함이 분명하다.

3. 2021.2.17. 상증법 시행령 제43조 제3항 단서를 신설하여 성실공익법인 요건의 외부회계감사 대상에 대한 외부회계감사대상을 더욱 명확히 하였다. 즉, 총자산 100억원 미만의 공익법인이라고 하더라도 내국법인의 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 주식을 출연받아 보유하면 2021년부터 외부회계감사를 받도록 법령을 신설하여 보완하였는바, 청구법인은 2010년 자산규모 100억원 미만으로 외부회계감사대상이 아니라는 사실이 명확하므로 성실공익법인에 해당한다.

(2) 결론적으로, 청구법인은 2008.1.1. 이후 새로운 주식등을 출연받거나 취득한 사실이 없고, 운용소득의 90% 이상을 공익목적에 사용하였으며, 성실공익법인의 요건에서 2010년도의 총자산이 OOO원으로 100억원 미만이므로 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 의한 외부회계감사 대상이 아니고, 나머지 성실공익법인 요건인 전용계좌를 개설하고 결산서류 등의 공시를 이행하였다. 따라서 청구법인은 성실공익법인에 해당함에도 처분청이 외부회계감사를 받지 않았다는 이유를 들어 증여세(가산세)를 부과한 것은 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견 청구법인은 이 사건 증여세(가산세) 부과처분에 대하여 성실공익법인 요건 판단시 상증법 제50조 제3항 단서를 적용하여 외부회계감사 의무이행여부는 고려 대상이 아니라고 주장하나, 상증법 제50조 제3항 단서는 공익법인의 납세협력의무에 대한 규정이며 성실공익법인 해당 여부와는 별개로 판단해야 한다. 국세청 사전답변(법규재산2013-178, 2013.6.25)에 의하면 총자산가액이 100억원 미만인 공익법인은 외부감사 의무가 없으나, 성실공익법인 확인제도[상증법 시행규칙(2021.3.16. 기획재정부령 제832호로 일부개정 전) 제4조, 2013.2.23. 신설]에 따라 주무관청으로부터 성실공익법인 요건을 모두 충족하였는지 확인받기 위해서는 해당 공익법인도 외부 감사인의 감사보고서를 제출해야 한다고 하였다. 또한 성실공익법인 확인제도 신설 이전인 2010년에도 유사사례로서 상증법 제50조 제3항 단서 및 제2호에 따르면 학교법인의 경우 외부회계감사를 받아야 할 의무에서 제외되나, 이러한 학교법인의 경우에도 외부감사를 받지 아니한 경우에는 성실공익법인에 해당하지 않는다고 답변한바 있다(국세청 재산세과-63, 2009.1.8.). 조세심판원 결정례(조심 2019전464, 2019.11.14.)도 상증법 제50조 제3항 단서 및 제2호에 해당하는 학교법인이 상증법 시행령 제13조 제5항에 따른 성실공익법인 요건인 회계감사 요건을 충족하지 못하여 초과보유가산세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 결정하였다. 이러한 관련 법령 해석으로 미루어 볼 때 성실공익법인의 요건은 일반적인 공익법인의 납세협력의무와 별개로 볼 수 있고, 특히 이 사건의 논의 대상인 외부회계감사는 성실공익법인 여부 판단시 재정의 투명성과 건전성을 확보하기 위한 필수 요건으로 볼 수 있으므로 이를 이행하지 않은 청구법인은 성실공익법인에 해당하지 않는다고 보아야 한다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 2007.12.31. 개정된 성실공익법인 요건은 2008.1.1. 이후 주식등의 출연 또는 취득분부터 적용되고, 청구법인은 자산총액이 100억원 미만으로서 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 의한 회계감사 대상에 해당하지 아니하여 성실공익법인 요건을 충족하므로 5%를 초과하는 주식과 관련하여 증여세(가산세)를 부과한 것이 부당하다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법(2010.1.1. 법률 제9916호로 일부개정 전) 제16조(공익법인등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입) ① 상속재산중 피상속인 또는 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업을 영위하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)에게 출연한 재산의 가액에 대하여는 제67조의 규정에 의한 신고기한(상속받은 재산을 출연하여 공익법인등을 설립하는 경우로서 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날이 속하는 달의 말일부터 6월을 말한다) 이내에 출연한 경우에 한하여 상속세과세가액에 산입하지 아니한다. <개정 2008.12.26.>

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항ㆍ제7항에서 “주식등”이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조ㆍ제49조 및 제63조 제3항에서 “발행주식총수등”이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등(이하 “성실공익법인등”이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조 의 규정에 의한 상호출자제한기업집단(이하 “상호출자제한기업집단”이라 한다)과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인등에 당해 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 1999.12.28., 2000.12.29., 2002.12.18., 2007.12.31.>

1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수등의 100분의 5(이하 “株式등의 보유기준”이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인등에 대하여는 그러하지 아니하다. <개정 1998.12.28.>

1. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지

2. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년 12월 31일까지 제50조(공익법인등에 대한 외부전문가의 세무확인) ① 공익법인등은 과세기간별로 또는 사업연도별로 출연받은 재산의 공익목적사업 사용여부등에 대하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 2명 이상의 변호사ㆍ공인회계사 또는 세무사를 선임하여 세무확인(이하 “외부전문가의 세무확인”이라 한다)을 받아야 한다. 다만, 제3항에 따른 회계감사를 받는 공익법인등과 사업운영의 특성 및 출연재산규모등을 참작하여 대통령령이 정하는 공익법인등의 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2007.12.31.>

② 제1항의 규정에 의하여 외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인등은 그 결과를 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지관할세무서장에게 보고하여야 한다. 이 경우 관할세무서장은 공익법인등의 출연재산의 공익목적사업 사용여부등에 관련된 외부전문가의 세무확인의 결과를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

③ 공익법인등은 과세기간별로 또는 사업연도별로 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등의 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2007.12.31.>

1. 자산규모가 대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인등

2. 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용함에 있어서 세무확인항목, 세무확인절차ㆍ방법, 보고서의 작성 및 세무확인결과의 보고절차, 외부감사의 방법 등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2007.12.31.> 제78조(가산세등) ① 삭제 <2006.12.30.>

② 삭제 <2006.12.30.>

③ 세무서장등은 제48조 제5항의 규정에 의하여 제출하여야 할 보고서를 동조동항의 규정에 의하여 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서가 대통령령이 정하는 바에 의하여 불분명한 경우에는 그 제출하지 아니한 분 또는 불분명한 분의 금액에 상당하는 상속세액 또는 증여세액의 100분의 1에 상당하는 금액을 징수하여야 한다.

④ 세무서장등은 공익법인등이 제49조제1항 각호의 1에 규정된 기한경과후 동항의 규정에 의한 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다. <개정 1999.12.28.> 부칙 <법률 제8828호, 2007.12.31.> 제1조 (시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제48조 제9항 및 제78조 제10항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용한다. 제3조 (공익법인 등의 주식등의 출연·취득에 관한 적용례) 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22042호로 일부개정 전) 제12조(공익법인등의 범위) 법 제16조제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다. <개정 1998.12.31., 1999.12.31., 2001.12.31., 2005.8.5., 2007.2.28., 2008.2.22., 2008.2.29.>

1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

2. 초ㆍ중등교육법고등교육법에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원을 설립ㆍ경영하는 사업

3. 〜 10. (생략) 제13조(공익법인 출연재산에 대한 출연방법등) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. <신설 2008.2.22.>

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 “주주등 1인”은 “출연자”로 본다)가 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등

④ 제3항 제1호를 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 관하여는 제38조 제6항을 준용한다. <신설 2008.2.22.>

⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 “성실공익법인등”이라 한다)은 주식등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. <신설 2008.2.22.>

1. 법 제50조 제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등

2. 법 제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등

3. 법 제50조의3에 따라 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등

4. 제3항에 해당하는 공익법인등 제42조(주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인등) ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이라 함은 성실공익법인등을 말한다. <개정 1998.12.31., 1999.12.31., 2000.12.29., 2008.2.22.> 제43조(공익법인등에 대한 외부전문가의 세무확인등) ④ 법 제50조제3항제2호에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”이란 제12조 제1호 및 제2호의 사업을 영위하는 공익법인등을 말한다. <신설 2008.2.22.>

⑦ 법 제50조 제3항에 따른 회계감사는 해당 공익법인등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 2개월 이내에 실시하고, 감사인이 작성한 감사보고서를 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 관할 세무서장은 제출받은 감사보고서를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. <신설 2008.2.22.> 부칙 <대통령령 제20621호, 2008.2.22.> 제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제38조 제13항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다. 제3조 (공익법인 등의 주식 등의 출연·취득에 관한 적용례) 제13조 제3항·제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다. (3) 상속세 및 증여세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30391호로 일부개정 전) 제13조(공익법인등 출연재산에 대한 출연방법등) ③ 법 제16조 제2항제2호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다. <신설 2008.2.22., 2010.2.18., 2012.2.2., 2013.2.15., 2015.2.3., 2016.2.5., 2017.2.7., 2018.2.13.>

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니할 것. 다만, 제38조 제12항에 따른 사유로 출연자 또는 그의 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 된 경우로서 해당 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 이사를 보충하거나 개임하여 출연자 또는 그의 특수관계인인 이사가 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하게 된 경우에는 계속하여 본문의 요건을 충족한 것으로 본다.

3. 법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것

4. 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고ㆍ홍보를 하지 아니할 것

④ 제3항 제1호를 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 관하여는 제38조제6항을 준용한다. <신설 2008.2.22.>

⑤ 법 제16조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 따른 성실공익법인등(이하 “성실공익법인등”이라 한다)은 해당 요건을 모두 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 납세지 관할 지방국세청장에게 확인받아야 하고, 이후 5년마다 재확인받아야 한다. 이 경우 납세지 관할 지방국세청장은 관련 사실을 확인하여 성실공익법인등에 해당하는지 여부를 국세청장에게 보고하여야 하고, 국세청장은 그 결과를 해당 공익법인등과 주무관청에 통보하여야 한다. <신설 2008.2.22., 2012.2.2., 2013.2.15., 2017.2.7., 2018.2.13.> 제42조(주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인등) ① 법 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이란 성실공익법인등을 말한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행규칙(2021.3.16. 기획재정부령 제832호로 일부개정 전) 제4조(성실공익법인등의 요건 충족여부 확인방법 등) ① 영 제13조 제5항에 따라 상속세 및 증여세법(이하 "법"이라 한다) 제16조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 따른 성실공익법인등(이하 이 조에서 "성실공익법인등"이라 한다)에 해당하는지 여부를 확인받으려는 영 제12조 각 호 외의 부분에 따른 공익법인등(이하 "공익법인등"이라 한다)은 다음 각 호의 서류를 해당 주무관청(이하 이 조에서 "주무관청"이라 한다)에 제출해야 한다. <개정 2016.3.21, 2017.3.10, 2019.3.20>

1. 해당 공익법인등의 설립허가서, 등기사항증명서 및 정관

2. 영 제43조 제7항에 따른 감사보고서

3. 별지 제25호의4서식에 따른 운용소득 사용명세서

4. 별지 제26호의2서식에 따른 이사 등 선임명세서

5. 별지 제26호의3서식에 따른 특정기업광고 등 명세서

6. 별지 제30호서식에 따른 전용계좌개설(변경·추가)신고서

7. 별지 제31호서식에 따른 공익법인 결산서류 등의 공시

8. 별지 제32호서식 부표 2에 따른 출연자 등 특수관계인 사용수익명세서

9. 별지 제32호서식 부표 5에 따른 장부의 작성·비치 의무 불이행 등 명세서

② 제1항 각 호의 서류를 제출받은 주무관청은 해당 서류를 매 반기 종료일 30일 이내에 납세지 관할 지방국세청장에게 송부해야 한다. <개정 2019.3.20>

③ 납세지 관할 지방국세청장은 성실공익법인등 요건의 충족여부를 확인하여 그 결과를 국세청장에게 보고해야 하고, 국세청장은 보고받은 결과를 매 반기 종료일부터 60일 이내에 주무관청 및 해당 공익법인등에게 통보해야 한다. <개정 2014.3.14, 2019.3.20>

④ 납세지 관할 지방국세청장은 요건 충족여부 확인을 위하여 주무관청 또는 해당 공익법인등에게 추가 자료제출을 요구할 수 있다. <개정 2019.3.20>

⑤ 성실공익법인등이 영 제13조 제5항에 따라 요건을 모두 충족하였는지 여부를 5년마다 재확인 받으려는 경우에는 5년간의 제1항 각 호의 서류를 모두 제출하여야 한다. [본조신설 2013.2.23]

(5) 주식회사의 외부감사에 관한 법률(2010.5.17. 법률 제10303호로 개정 전) 제2조(외부감사의 대상) 직전 사업연도 말의 자산총액, 부채규모 또는 종업원수 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 주식회사(이하 “회사”라 한다)는 재무제표(연결재무제표를 작성하는 회사의 경우에는 연결재무제표를 포함한다)를 작성하여 주식회사로부터 독립된 외부의 감사인(이하 “감사인”이라 한다)에 의한 회계감사(이하 “감사”라 한다)를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식회사는 그러하지 아니하다.

1. 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 공기업 또는 준정부기관으로 지정받은 주식회사 중 주권상장법인(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 회사

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 주식회사

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1991.2.28. 설립되었고, 1990.9.20. OOO의 주식 OOO주를 출연받아 현재까지 보유하고 있으며, 주식보유비율은 25.47%로 나타난다. <표1> 청구법인이 출연받은 주식 현황

(2) 처분청은 청구법인이 성실공익법인에 해당하지 않은 것으로 보아, 주식보유기준(5%)을 초과하는 주식에 대하여 2010년 말 기준 주당 평가액인 OOO원과 가산율 5%를 곱하여 가산세 OOO원을 산정한 것으로 나타난다. <표2> 증여세(가산세) 산정 내역 (3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2007.12.31. 이전에 주식등의 출연이 완료되어 2008.1.1. 이후 새로운 주식등의 출연이 전혀 없으므로 종전규정에 따라야 하고, 종전규정인 운용소득 90% 이상을 공익목적에 사용하는 요건을 충족하였으므로 성실공익법인에 해당하며, 설령 2008년부터의 강화된 요건을 적용한다 하더라도 청구법인은 자산총액이 100억원 미만으로서 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 의한 회계감사 대상에 해당하지 않으므로 주식보유기준(5% 초과분 처분)에 대한 예외규정이 적용되는 성실공익법인에 해당한다고 주장하나, 상증법 제78조 제4항에서 규정하는 초과보유가산세의 경우 2007.12.31. 개정 이후 주식을 출연 또는 취득한 사실이 없는 이 건에 대하여 상증법 부칙 제2조(일반적 적용례)를 적용하기는 어렵고, 2008.2.22. 상증법 시행령 제13조 제3항 및 제5항을 개정하면서 부칙 제3조에서 “제13조 제3항·제5항(생략) 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법익 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다”고 규정하였는데, 동 법률과 시행령의 부칙은 ‘공익법인 등의 주식 등의 출연·취득에 관한 적용례’로, 상증법 부칙 제3조에 열거된 상증법 제16조 제2항 및 제48조 제1항(주식을 출연 또는 취득시 상속세 또는 증여세 과세 규정) 등에 적용하기 위한 경과규정인 것으로 보이며, 매각유예기한까지 보유기준을 초과한 주식을 매각하지 아니할 경우 적용되는 초과보유가산세 규정(상증법 제49조 및 제78조 제4항)은 동 상증법 부칙이 적용되는 조항으로 열거되어 있지 아니하므로 이를 이유로 초과보유가산세를 부과하면서 강화된 성실공익법인의 요건을 배제하는 것으로 해석하기는 어려워 보이는 점, 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증법 시행령 제13조 제5항에서 성실공익법인 요건으로 외부 회계감사요건이 추가되었으나, 청구법인은 외부감사를 받지 아니함으로써 위 개정된 성실공익법인 요건을 충족하지 못한 것으로 보이는 점, 성실공익법인의 요건은 일반적인 공익법인의 납세협력의무와 별개로 볼 수 있고, 특히 주식 출연·취득 제한이 완화되는 성실공익법인의 경우 투명성 제고를 위하여 외부감사의무를 도입한 것이므로 소규모 공익법인이라고 할지라도 면제되는 의무라고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구법인이 상증법 시행령 제13조 제5항에 따른 성실공익법인 요건 중 회계감사 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 처분청이 이 건 초과보유가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2020서966, 2020.7.7., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)