2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점주택은 양도 당시로부터 17년 전인 2000.1.13. 취득하였고, 오랜 시간이 경과되어 당시 계약서를 찾지 못하여 부득이 취득가액을 환산취득가액으로 신고하였다. (가) 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 취득가액은 실지거래가액을 확인할 수 없을 경우에 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 적용한다고 규정하고 있다. 처분청은 이 건 양도소득세를 부과하면서 OOO구청에 전산기록된 취득세 과세표준액 OOO을 실지거래가액으로 보았는데, 청구인은 쟁점주택의 등기 당시 별다른 생각 없이 법무사 사무실에 등기업무를 위임하였고, 2000년 당시에는 실거래가 신고제도가 도입(2006.1.1.부터 시행)되기 이전으로 취득세를 적게 내기 위하여 계약서의 금액을 줄여 신고하는 것이 일반적인 관행이었다. (나) 청구인이 OOO구청에 취득세 과세표준의 근거가 무엇인지에 대하여 사실확인 조회한바, OOO구청의 회신공문과 같이 “사실확인이 불가하다”라는 통지를 받았다. 쟁점주택의 경우 취득세 과세표준 금액이 OOO으로 되어 있으나, 일반적 관례상 검인계약서의 금액이 “원” 단위까지 표시되는 경우는 없으므로, 이를 검인계약서에 근거한 금액이라고 단정하기 어렵다. 따라서, OOO구청의 취득세 전산자료 조회에 나타난 금액만 가지고 이를 계약서의 금액으로 단정하는 것은 법리를 오해한 것이라 판단된다.
(2) 쟁점주택의 경우 2001.7.1.자 최초 고시된 공동주택 공시가격이 OOO으로 그 당시 국세청의 공시가격 반영비율이 거래시가의 70% 정도인 점을 감안하면 취득당시 시세가 OOO을 상회한다는 것을 미루어 짐작할 수 있다. 또한, 쟁점주택의 2017.10.13. 양도 당시 공동주택 공시가격이 OOO으로 실지거래가액 OOO의 73.6%에 해당한다.
(3) 2006년 1월 부동산 실거래가 신고제도가 도입되어 「지방세법」도 취득세 등의 과세표준을 실거래가를 중심으로 적용되었는바, 청구인의 취득세 신고금액은 부동산 실거래가 신고제도가 적용되기 이전에 신고된 금액이므로, 매매계약서 등이 없는 상태에서 이를 실지거래가액으로 단정하는 것은 부당하다는 선결정례(조심 2016부2071, 2016.10.11. 참조)를 보더라도 처분청의 이 건 양도소득세 과세처분은 불분명한 취득가액을 과세근거로 하였다고 볼 수밖에 없다.
(4) 처분청은 쟁점주택과 같은 건물의 다른 호수 주택[OOO 이하 “비교주택”이라 한다]에 대한 유사매매사례가액이 존재한다고 하나, 이 또한 지방세 취득세 과세표준 금액으로, OOO 단위 금액으로 표시된 것으로 보아 통상적인 부동산 거래금액으로 보기 어렵고, 거래상대방에 따라 가격이 차이가 나는 점을 감안할 때, 이를 매매사례가액으로 단정하여 쟁점주택에 그 가액을 적용하는 것은 불합리하다.
(1) 분양받은 아파트의 취득세 과세표준은 분양가액을 토대로 계산된다. (가) 청구인이 쟁점주택을 취득할 당시의 「지방세법」 규정에 따르면 실제거래가액과 지방세 시가표준액 중 큰 금액을 취득세 과세표준으로 적용하도록 규정하면서 예외적으로 법인 등으로부터 취득한 경우에는 위 규정과 상관없이 법인장부 등을 통해 확인된 실제거래가액을 과세표준으로 적용하도록 규정하고 있다. 다시 말해서 청구인은 장부기장을 하고 있는 법인으로부터 쟁점주택을 취득하였기 때문에 당연히 취득세 과세표준이 실지거래액이 된다는 의미인 것이다. (나) 특히 분양받은 아파트의 경우에는 동시에 다수의 수분양이 발생하므로 각각의 수분양자들은 실제 분양가액을 취득세 과세표준으로 신고하는 것이 당연한 현실이고, 취득세 신고시 분양계약서 및 분양완납증명서 등의 서류를 제출하도록 필수화하고 있으며, 해당 지자체에서는 이를 바탕으로 취득세 과세표준 신고가액의 적정성을 검증하는 것이다. (다) 만약 청구인이 쟁점주택의 최초분양자가 아닌 제3자의 분양권을 매수한 자에 해당한다면 분양권 프리미엄 상당액만큼 취득가액이 가산되어야 할 것이므로 조사청의 과세논리가 합리적이지 않을 것이나 청구인은 최초의 수분양자에 해당하므로 이에 해당하지 않는다.
(2) 조사청에서 확인한 비교주택의 매매사례가액을 감안하더라도 조사청에서 제시한 쟁점주택의 취득가액은 전혀 무리가 없다. (가) 비교주택은 등기원인일이 1999.6.26.로서 등기원인일, 전용면적, 위치 층, 공시가격 등이 쟁점주택과 완벽히 일치하며, 확보한 비교주택의 분양계약서를 통해 분양가액이 OOO인 사실을 알 수 있다. (나) 쟁점주택의 취득가액으로 취득세 과세표준을 실지거래가액으로 보아 적용하는 것이 비교주택의 유사매매사례가액을 적용하는 것보다 청구인에게 유리하다. 「소득세법」 제97조 에 따라 매매사례가액을 적용하는 경우에는 실지 취득에 소요된 취득세 등 지방세 납부액을 필요경비로 공제할 수 없고, 필요경비개산공제(취득시 기준시가의 3%)를 적용하도록 규정하고 있다. 조사청은 이를 감안하여 유사매매사례가액 대신 확인된 취득세 과세표준을 쟁점주택의 취득가액으로 적용한 것이고 이와 같이 적용하였을 때 아래 <표>와 같이 납세자에게 유리한 결과를 초래한다. OOO