쟁점상가에 대하여 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 경우로 보아 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2020.5.18. 청구인에게 한 2017년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2017.1.1. 개업하여 OOO에서 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 주택신축판매업을 영위하는 사업자로서, 건물 완공 전인 2017.1.10. 및 2017.9.8. 상가 101호․102호․104호(이하 “쟁점상가”라 한다)를 AAA, BBB(이하 “수분양자”라고 한다)과 매매가액 OOO원에 분양계약을 체결하고, 2017.11.6. 및 2017.12.18. 수분양자에게 세금계산서를 발행한 후, 2017년 제2기 부가가치세를 신고하였다.
• 나. OOO서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점상가에 대한 부가가치세 과세표준 적정여부를 검토한 바, 분양계약서의 토지 및 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 분양가액을 토지 및 건물의 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 과세하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 2020.5.18. 청구인에게 2017년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.7.24. 이의신청을 거쳐 2021.1.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점상가 매매거래는 특수관계가 없는 거래당사자간의 거래이고, 분양계약서에 건물과 토지의 실지거래가액이 명확히 구분되어 있음에도 조사청이 이를 구분이 불분명한 경우로 보아 기준시가로 안분계산하여 건물분 부가가치세를 추가로 과세한 처분은 부당하다. (1) 청구인은 쟁점상가 거래에 대하여 수분양자와 합의에 따라 아래 <표1>과 같이 부가가치세를 적법하게 신고하여 납부하였고, 수분양자가 이를 환급받은 사실이 매매계약서, 세금계산서, 입출금확인서 등을 통해 객관적으로 확인되며, 부가가치세법 제57조에서 경정에 대한 사유가 제한되어 있음에도 이를 오인한 과세관청의 처분은 취소되어야 한다. <표1> 분양계약서상 쟁점상가 계약내역 OOO

(2) “ 시가”는 특수관계가 없는 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격인 데 반하여 “실지거래가액”이라 함은 거래 당사자간의 합의에 의한 가액으로, 국세청에서도 당사자간에 실지로 거래된 건물가액으로 매매계약서, 세금계산서 등 관련 증빙자료에 의하여 객관적으로 입증될 수 있는 거래가액으로 해석하고 있다OOO

(3) 부가가치세법 제29조 제9항은 건물과 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정인 점OOO을 고려할 때, 세금계산서, 매매계약서, 장부 그 밖의 증빙자료에 건물과 토지의 가액이 구분 기재되어 있는 경우에는 그 기재가 허위라거나 기재내용에 누락이 있다고 인정되지 아니하는 한 이를 부인하는 것은 부당하다.

(4) 조사 청은 수분양자가 사업자등록시 제출한 계약서와 청구인이 제출한 계약서가 다르다는 의견이나, 청구인이 제출한 계약서는 법무사가 대행하여 부동산 실거래가 신고용(검인용)으로 작성되었던 계약서를 제출한 것이고, 특약사항의 수분양자 날인이 다르다고 하지만 도장은 필요에 의해서 다른 도장을 사용할 수도 있는 것이므로 동일한 내용의 계약서가 도장이나 사인이 다르다고 허위로 볼 수는 없다고 할 것이며, 계약일자 등이 차이가 나는 부분은 법무사가 대행하는 과정에서 실수한 것으로 판단된다.

(5) 설령 최초 계약이 이루어질 당시 명확한 합의가 없었다고 하더라도 잔금청산일에 합의(세금계산서 및 계산서 발행으로 구분)가 되었고, 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 는 2018년 신설(2019.1.1. 시행)된 규정으로 이를 2017년 쟁점상가 거래분에 대해서 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배된다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점상가에 대해 실거래가로 가액을 산출하였다고 주장하나, 분양계약서 및 특약사항에 의하면, 최초 분양계약서 상의 매도인의 날인과 특약사항의 매도인의 날인이 일치하지 않고, 쟁점상가에 대한 매매계약서와 수분양자 AAA이 사업자등록하면서 제출한 매매계약서에 의하면, 최초 분양계약서의 계약일자와 부동산등기부 등본에 나타나는 등기원인일자는 2017.1.10.이나, 수분양자가 사업자등록 당시 제출한 매매계약서의 계약일자는 2017.4.7.로 나타나므로 최초 계약이 이루어질 당시 건물가액 산출내역에 대한 명확한 합의가 없었던 것으로 보이며, 2017년 당시 해당 건물의 기준시가와 비교하였을 때 현저히 낮은 가액으로 책정되었다고 판단되므로 토지와 건물의 가액을 기준시가로 안분하고 쟁점상가의 거래가액을 산출하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점상가에 대하여 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 경우로 보아 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

(2) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (3) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 쟁점사업장의 사업자등록 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 사업자등록 내역 OOO (나) 처분 청은 쟁점상가 건물분 과세표준을 증액하여 쟁점사업장의 2017년 제2기 부가가치세를 아래 <표3>과 같이 경정하였다. <표3> 2017년 제2기 부가가치세 경정 내역 OOO (다) 쟁점상가 분양계약서의 상세내역과 쟁점사업장의 2017년 제2기 세금계산서 및 계산서 발행내역은 위 <표1> 및 아래 <표4>․ <표5>와 같다. <표4> 쟁점상가 분양계약 상세내역 OOO <표5> 2017년 제2기 세금계산서 및 계산서 발행내역 OOO (라) 수분양자들은 사업자등록 후 쟁점사업장으로부터 2017.11.6.과 2017.12.18. 쟁점상가 건물분 세금계산서를 발급받아 아래 <표6>과 같이 부가가치세 환급을 신청하여 매입세액을 모두 환급받은 것으로 나타난다. <표6> 쟁점상가 건물분 매입세액 환급내역 OOO (마) 조사청은 쟁점상가 분양가액을 쟁점상가의 건물 및 토지의 기준시가로 아래 <표7>과 같이 안분계산하였고, 기준시가로 안분계산한 금액과 실지거래가액은 아래 <표8>과 같이 100분의 30 이상 차이가 있어 건물의 과세표준을 재계산하여 이 건 부가가치세를 과세한 것으로 나타난다. <표7> 쟁점상가의 건물 및 토지의 기준시가 OOO <표8> 쟁점상가의 기준시가 안분금액과 실거래가액 비교 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 부가가치세법제29조 제9항의 실지거래가액은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 약정된 금액을 의미하는 것이고, 세금계산서, 매매계약서, 장부 등의 증명자료에 건물의 가액과 토지의 가액이 구분 기재되어 있는 경우에는 그 기재가 허위라거나 내용에 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 같은 항 단서의 “토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다OOO (나) 이 건의 경우 특수관계 없는 거래당사자 간에 체결한 쟁점상가의 2017.11.6. 및 2017.9.8.자 매매계약서에 토지가액, 건물가액 및 부가가치세액 등이 명확히 구분 기재되어 있고, 당사자 사이에 위 매매계약서에 따라 대금을 수수한 사실이 금융거래내역서 등에 나타나는 점, 청구인은 쟁점상가 거래에서 수분양자와 합의된 토지 및 건물가액에 대한 세금계산서에 따라 부가가치세를 신고하고 수분양자는 이를 환급받은 것으로 나타나는 점, 부가가치세법 (2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제29조 제9항 단서 규정은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 때에 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로 당사자 간에 적법․유효하게 성립된 매매계약에 대하여 과세관청이 그 계약내용에 명백한 허위가 있다거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없다는 반증이 없는 이상 위 특례규정을 적용하기 어려워 보이는 점OOO 등에 비추어 쟁점상가의 위 매매계약서상 구분 기재된 가액을 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다 하겠다. (다) 따라서 처분청이 쟁점상가의 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.