3. 심리 및 판단
① 쟁점주택이 1세대1주택 비과세 대상에 해당하는지 여부
② 쟁점주택에 대하여 일반세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
- 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
- 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 (2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 및 각호 생략) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 않는다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다.
3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.
- 가. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조제4항 의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. (3) 소득세법 시행령(2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.(단서 및 각호 생략) (4) 소득세법 시행령(2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 및 각호 생략) 부칙 <제28293호, 2017.9.19.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(1세대 1주택 비과세 요건에 관한 적용례 등) ① 제154조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 제154조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
1. 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택
2. 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)
3. 2017년 8월 3일 이후 취득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택
- 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인의 주민등록 조회 내역에 의하면 청구인은 2017.12.6.∼2018.9.14. 9개월 8일 동안 쟁점주택에 거주한 것으로 확인되고, 보유기간 동안 거주기간이 2년에 미달하는 사실에 대하여 양측의 다툼이 없다. (나) 국세청 전산망 조회 내용에 의하면 청구인은 쟁점임대주택①․②에 대하여 2018.4.11. 소득세법제168조의 규정에 의한 사업자등록을 신청한 것으로 확인된다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택이 2017.8.2. 이전에 취득한 주택에 해당하여 2017.9.19. 개정 시행령 부칙 제2조에 따라 소득세법 시행령제154조 제1항의 거주요건을 적용하지 아니하는 것이므로 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다고 주장하나, 청구인은 동일 세대내에 쟁점주택 외에도 장기임대주택 2채를 함께 소유하고 있으므로 소득세법 시행령제154조 제1항에 앞서 같은 법 시행령 제155조 제20항을 먼저 적용받는 것이고, 동 규정은 장기임대주택과 그 밖의 1주택(이하 “거주주택”이라 한다)을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 항 제1호와 제2호의 요건을 충족하고 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다고 규정하면서, 제1호에서 거주주택의 요건을 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것으로 규정하고 있는바, 보유기간 중 거주기간이 2년에 미달하는 쟁점주택의 경우 동 규정에 따른 요건을 충족하지 못하여 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용할 수 없는 것으로 봄이 타당하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점임대주택①․②가 소득세법 시행령제167조의3에 따른 장기임대주택에 해당하므로 일반세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제2호 가목 단서에서 장기임대주택으로 보는 민간매입임대주택은 2018.3.31.까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다고 규정하고 있는 점, 국세청 전산망 조회 내용에 의하면 청구인은 쟁점임대주택①․②에 대하여 2018.4.11. 소득세법제168조의 규정에 의한 사업자등록을 신청한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 쟁점임대주택①․②를 중과세율 적용시 주택수에서 제외하는 장기임대주택에 해당하는 것으로 보기도 어려우므로, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단되고, 같은 취지로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.