이 건 과세처분은 처분청에서 자본적 지출로 보아 쟁점자산의 취득원가에 가산한 쟁점금액 중 어느 항목의 금액이 쟁점자산을 취득하거나 건설 등에 직접 연관된 비용인지 여부 등을 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
이 건 과세처분은 처분청에서 자본적 지출로 보아 쟁점자산의 취득원가에 가산한 쟁점금액 중 어느 항목의 금액이 쟁점자산을 취득하거나 건설 등에 직접 연관된 비용인지 여부 등을 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[주 문] OOO서장이 2020.9.15. 청구법인에게 한 법인세(농어촌특별세 포함) 합계 OOO원(2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원)의 각 부과처분은, 청구법인이 2016.1.19. AAA 유한회사에 양도한 OOO 소재 건물, 토지, 건설 중인 자산 중 건설 중인 자산과 관련하여, OOO청장이 동 자산의 자본적 지출로 적출한 OOO원이 위 건설 중인 자산의 취득이나 건설 등에 직접 연관된 비용인지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 건물에 대한 감정평가액 등 제반 사정을 고려하여 회계상 장부가액으로 토지, 건물 및 쟁점자산을 ‘일괄 양도’하였는바, 세무상 장부가액을 기준으로 과세하는 것은 위법·부당하다. 여러 자산을 포괄적으로 거래한 경우에는 그 자산들의 전체 거래가격과 시가를 비교하여 포괄적 거래 전체가 저가 양도에 해당하는지판단하여야 하는바(대법원 2013.9.27. 선고 2013두10335 판결 등), 청구법인은 건물에 대한 감정평가액이 회계상 장부가액인 OOO원과 거의 유사한 OOO원으로 산정된 점 등을 토대로 토지, 건물 및 쟁점자산(토지, 건물 및 쟁점자산을 합하여 이하 “전체양도자산”이라 한다)을 회계상 장부가액으로 양도하였다. <표2> 전체양도자산 중 건물 감정평가액 OOO (가) 쟁점자산에 대한 감정평가를 거치는 등 시가를 산정하려는 노력 없이 막연히 세무상 장부가액을 시가로 보는 것은 그 자체로 위법·부당하다. 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가에 관한 주장·증명책임은 이를 주장하는 과세관청에 있고(대법원 2013.9.27. 선고 2013두10335 판결 등 다수), 시가가 불분명한 경우에는 시가의 입증책임이 있는 과세관청으로서는 시가를 직접 조사하여 합리적이고 객관적인 방법으로 그 가액을 확정하거나 그것이 여의치 못하다면 공신력 있는 감정기관으로 하여금 시가를 감정하게 하여 그 가액을 시가로 삼아야 한다(대법원 1996.10.11. 선고 95누18666 판결, OOO법원 2011.1.14. 선고 2009누2451 판결 등). 따라서 처분청이 쟁점자산의 시가를 판단하기 위한 어떠한 노력도 없이 단순히 세무상 장부가액을 기준으로 쟁점거래가 저가양도에 해당한다고 판단한 것은 그 자체로 위법·부당하다. (나) 쟁점자산에 발생한 수수료 등의 성격, 쟁점자산의 완공 후 감정평가액, 기준시가 등에 비추어 보면 쟁점금액(자본적 지출액)을 가산한 금액을 쟁점자산의 시가라고 보기는 더욱 어렵다.
1. 쟁점금액에는 BBB 작가에게 지급한 월 자문료, OOO 농장 운영회사(‘OOO’)에 지급한 농장 운영 자문료 등이 포함되었는바, 청구법인이 이러한 비용 지출을 이유로 쟁점자산의 양도금액을 더 달라고 요구할 경우 합리적인 제3자라면 이를 수용할 가능성이 전혀 없는 점에서 최소한 ‘일정한 금액’을 가산한 금액은 쟁점자산의 시가라고는 도저히 볼 수 없다.
2. 또한, 취득가액을 구성하기 위해서는 해당 자산의 취득이나 건설 등에 직접 연관된 비용이어야 하고(서면인터넷방문상담2팀-274, 2005.3.4.), 한국채택국제회계기준(K-IFRS)상으로도 비정상적인 원가는 자산의 원가에 포함시켜서는 안 되는바, 위와 같은 금액을 쟁점자산의 취득을 위해 직접 연관된 비용이라거나 일반적으로 소요되는 비용이라고는 볼 수 없고, 청구법인의 재무제표에 대해서 외부감사인도 “적정”의견을 표명하였다.
3. 뿐만 아니라, 만약 쟁점금액이 쟁점자산의 취득원가를 구성한다면 이는 쟁점자산에 국한되는 것이 아니라 쟁점자산을 포함한 전체자산의 취득원가를 구성하는 것으로 보아야 한다. 그러나 앞서 살펴본 바와 같이 감정평가법인의 감정평가 결과 쟁점금액의 사용내역은 건물의 감정가액에 전혀 가산되는 요소가 아니라는 것이 확인되었는바, 쟁점금액이 유독 쟁점자산의 취득가액에만 가산될 이유가 없다.
4. 나아가, 쟁점자산이 완공된 이후 2020년 2월 이를 감정평가한 금액이 OOO원인 점, 쟁점자산의 양도일인 2016.2.15. 현재 쟁점자산이 완공되었음을 전제로 한 건물 기준시가는 OOO원인 점 등을 감안하면, 처분청에서 쟁점자산의 가치를 과다 산정하였음이 더욱 명확하게 드러난다.
(2) 청구법인은 2016사업연도 연결납세신고 시 쟁점거래에 따른 자산양도손실을 손금부인하였으므로, 이 건 처분은 동일한 금액을 이중으로 손금부인한 점에서도 위법하다. 조사청은 2016년 1차 세무조사 시 청구법인이 2011∼2015사업연도에 지출한 자문료 등 합계 OOO원을 자본적 지출로 보아 손금부인하고 유보로 소득처분하였다. 이후 청구법인은 2016사업연도 연결납세 신고 시 쟁점거래에 대해유보로 소득처분한 위 OOO원을 손금산입 후 다시 연결법인간 자산양도손실에 해당하는 위 금액을 손금불산입하였다. 따라서 처분청이 청구법인의 2016사업연도 과세표준에 다시 OOO원을 손금불산입하고 법인세 등을 부과한 것은 동일한 금액을 이중으로 손금부인한 것이다. 이에 대하여 처분청은 청구법인의 2016사업연도 법인세 과세표준 OOO원이 과다 계상되었다는 점은 인정하면서도, CCC 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)의 2017사업연도에 OOO원을 손금산입하였다고 주장하고 있을 뿐이다. 그러나 과세처분 취소소송의 심리대상은 과세에 의해 확정된 세액의 객관적 존부인바(대법원 2004.8.16. 선고 2002두9261 판결 등), 이 건 쟁점은 청구법인의 2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 증액경정한 처분이 적법한지 여부이므로, 청구외법인의 2017사업연도 법인세 세무신고를 근거로 이 건 부과처분의 위법성을 부인할 수는 없다고 할 것이다.
(2) 쟁점금액은 불복청구기한이 도과하여 다툼의 대상이 될 수 없으므로, 동 금액을 세무상 장부가액으로 보아 시가를 산정한 것은 적정하다. 신축 중인 건물의 시가는 그 건설에 소요된 비용의 합계액으로 하므로 자본적 지출액을 가산하여야 한다[서면인터넷방문상담2팀-2369 (2006.11.20.). 쟁점금액은 1,2차 세무조사 시 자산의 취득가액에 가산해야 하는 것으로 확인된 금액을 자산별로 구분하지 않고 장부가액에 가산한 것으로, 1차 세무조사 시 쟁점자산의 취득가액에 가산할 금액으로 확정된 OOO원의 적정 여부에 대해 청구법인은 이의를 제기한 사실이 없다. 또한 청구법인은 사실상 경제적 동일체인 손자회사인 AAA과의 거래라는 점에서 쟁점거래에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다고 주장하나, 청구법인과 AAA은 각각 개별법인으로서국세기본법에서 정하는 ‘특수관계인’의 요건에 충족하는 바,법인세법제52조 및 동법 시행령 제88조 제1항 제3호의 규정에 따라 부당행위계산부인 규정을 적용함에 아무런 문제가 없다.
(3) 청구법인이 2016사업연도 연결납세신고 시 쟁점거래에 따른 자산양도손실을 손금부인한 것은 연결법인 간에서 자산양도손익이 이연되었을 뿐이므로, 청구법인이 특수관계법인에 쟁점자산을 저가로 양도한 것은법인세법제88조 제1항 제3호에 규정된 “조세의 부담을 감소시킨 것으로 인정되는 경우”에 해당된다. 청구법인이 연결법인 법인세 신고 시 특수관계법인에 자산을 저가양도함으로써 발생한 양도차손을법인세법제76조의14에 따라 이월하여 2016년에는 조세의 부담 감소가 발생하지 않은 것은 사실이나, 2017년에 청구법인에서 분할신설된 청구외법인에서 조세의 부담 감소가 발생하였고 저가양도한 쟁점자산을 감가상각 시 청구법인이 이연된 양도차손을 손금산입함으로써 조세의 부담 감소가 발생한 사실 역시 분명하다. 따라서법인세법제76조의14 제1항 제3호에 따라 저가양도에 따른 양도차손에 대해 연결법인 간 거래손익을 조정하였더라도 이는 조세부담의 감소가 이연된 것에 불과할 뿐이므로 “조세부담의 감소” 사실에는 변동이 없다. 결국 청구법인은 2016년 특수관계법인인 AAA에 쟁점자산을 저가양도함으로써 조세부담을 감소시켰으므로, 처분청에서 부당행위계산부인 규정을 적용한 것은 타당하다.
(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제76조의14(각 연결사업연도의 소득) ① 각 연결사업연도의 소득은 각 연결법인별로 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득 또는 결손금을 합한 금액으로 한다.
3. 연결법인 간 거래손익의 조정: 연결법인이 다른 연결법인으로부터 받은 수입배당금액 상당액을 익금에 산입하지 아니하고, 다른 연결법인에 지급한 접대비 상당액과 다른 연결법인에 대한 채권에 대하여 설정한 제34조의 대손충당금 상당액을 손금에 산입하지 아니하며, 고정자산 등 대통령령으로 정하는 자산을 다른 연결법인에 양도함에 따라 발생하는 소득이나 손실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 불산입 (2) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제31조(즉시상각의 의제) ② 법 제23조 제4항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 자본적 지출”이란 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것에 대한 지출을 포함한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물·기계·설비 등의 복구
5. 그 밖에 개량·확장·증설 등 제1호부터 제4호까지의 지출과 유사한 성질의 것 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1.감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. 2.상속세 및 증여세법제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. 제120조의18(연결법인 간 자산양도손익의 이연 등) ① 법 제76조의14 제1항 제3호에서 “고정자산 등 대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 자산(제1호부터 제3호까지의 자산은 거래 건별 장부가액이 1억원을 초과하는 경우에 한정한다. 이하 이 장에서 “양도손익이연자산”이라 한다)으로서 양도시점에 국내에 소재하는 자산을 말한다.
1. 제24조 제1항 제1호의 유형고정자산(건축물은 제외한다)
2. 제24조 제1항 제2호의 무형고정자산
3. 매출채권, 대여금, 미수금 등의 채권 4.자본시장과 금융투자업에 관한 법률제3조 제1항에 따른 금융투자상품
② 법 제76조의14 제1항 제3호를 적용할 때 양도손익이연자산을 다른 연결법인(이하 이 조에서 “양수법인”이라 한다)에 양도함에 따라 발생한 연결법인(이하 이 조에서 “양도법인”이라 한다)의 양도소득 또는 양도손실은 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고, 양수법인에게 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액을 양도법인의 익금 또는 손금에 산입한다. 다만, 해당 양도손익이연자산의 양도에 대하여 법 제52조제1항이 적용되는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 양도손익이연자산을 감가상각하는 경우 양도소득 또는 양도손실 × 감가상각액/양수법인의 장부가액
2. 양도손익이연자산을 양도(다른 연결법인에 양도하는 경우를 포함한다)하는 경우 양도소득 또는 양도손실 × 양도손익이연자산의 양도비율
3. 양도손익이연자산에 대손이 발생하거나 멸실된 경우 양도소득 또는 양도손실 × 대손금액 또는 멸실금액/양수법인의 장부가액
4. 양도한 채권의 지급기일이 도래하는 경우 양도법인의 양도가액 – 양도법인의 장부가액
③ 제2항 제1호에 따라 익금 또는 손금에 산입하는 금액은 같은 호에 따른 산식 대신 다음 산식을 적용하여 계산할 수 있다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산하되 1개월 미만의 일수는 1개월로 한다. 양도소득 또는 양도손실 × 해당 사업연도의 월수 /양도손익이연자산의 내용연수 중 경과하지 아니한 기간의 월수
④ 양도법인 또는 양수법인이 연결납세방식을 적용받지 아니하게 된 경우 제2항에 따라 양도법인이 양도손익이연자산을 양도할 때 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액 중 같은 항 각 호에 따라 익금 또는 손금에 산입하고 남은 금액은 연결납세방식을 적용받지 아니하게 된 날이 속하는 사업연도에 양도법인의 익금 또는 손금에 산입한다.
⑤ 양도법인 또는 양수법인을 다른 연결법인이 합병하는 경우 합병법인을 양도법인 또는 양수법인으로 보아 제2항을 적용한다.
⑥ 양도법인이 분할하는 경우 제2항에 따라 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 분할법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방 법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 분할등기일 현재 순자산가액을 기준으로 안분하여 각각 승계하고, 양수법인이 분할하는 경우로서 분할신설법인이 양도손익이연자산을 승계하는 경우에는 분할신설법인이 해당 자산을 양수한 것으로 보아 제2항을 적용한다. (3) 법인세법 시행규칙(2017.3.10. 기획재정부령 제597호로 개정되기 전의 것) 제17조(수익적 지출의 범위) 다음 각 호의 지출은 영 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하지 아니하는 것으로 한다.
3. 기계의 소모된 부속품 또는 벨트의 대체
5. 재해를 입은 자산에 대한 외장의 복구ㆍ도장 및 유리의 삽입
6. 기타 조업가능한 상태의 유지등 제1호 내지 제5호와 유사한 것
(1) 조사청에서 1·2차 세무조사를 통하여 쟁점자산의 취득원가에 가산해야 할 자산화 비용(자본적 지출)으로 적출한 쟁점금액은 아래 <표6>·<표7>과 같다. <표6> 1차 세무조사 OOO <표7> 2차 세무조사 OOO
(2) 조사청에서 위 (1)에 따라 청구법인이 쟁점자산 양도 시 양도가액을 과소신고(저가양도)하였다고 산정한 금액내역은 아래 <표8>과 같다. <표8> 쟁점자산 양도가액 과소신고액(쟁점금액) OOO
(3) 조사청에서 자본적 지출액으로 보아 쟁점자산의 취득원가에 가산한 쟁점금액 중 쟁점자산을 취득하는데 직접 연관된 것으로 볼 수 없음이 명백한 성격의 비용이라고 청구법인이 주장하는 내역은 아래 <표9>와 같다. <표9> 쟁점금액 중 자본적 지출액으로 보기 어려운 금액 OOO
(4) 청구법인의 2016사업연도 연결납세신고와 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 조사청은 2016년 1차 세무조사 당시 2011년부터 2015년까지 발생한 자문료 등 합계 OOO원을 자본적 지출액으로 보아 손금부인하고 유보로 소득처분하였고, 이에 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고 시 위 유보금액 OOO원을 손금산입하였다. (나) 청구법인은 2016사업연도 연결납세 신고 시법인세법제76조의14 제1항 제3호에 따라 ‘연결법인간 자산양도손실’에 해당하는 위 OOO원을 다시 손금부인하였다. (다) 청구법인은 2017.5.1. 인적분할을 통하여 청구외법인을 신설하였고, 법인세법 시행령제120조의18 제6항에 따라 분할등기일 현재 순자산가액을 기준으로 안분하여 청구법인이 OOO원을 청구외법인이 OOO원을 승계하였다. (라) 청구외법인은 법인세법 시행령제120조의18 제4항에 따라 연결납세방식을 적용받지 아니하게 된 날이 속하는 사업연도인 2017년에 승계받은 OOO원을 손금산입하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 법인세법 시행령제31조 제2항은 자본적 지출을 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비로 정의하면서 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치 등을 그 예로 들고 있고, 나아가 법인세법 시행규칙제17조는 ‘수익적 지출의 범위’라는 표제 하에 건물 또는 벽의 도장 등을 자본적 지출에 해당하지 아니하는 예로 규정하고 있는바, 위 관련 규정들을 종합하여 볼 때, 법인의 지출비용이 자본적 지출인지 아니면 수익적 지출에 해당하는지 여부는 먼저 위의 각 비용이 법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률 유지를 위하여 지출한 비용인지 아니면 해당 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키는 비용인지 여부에 따라 결정하여야 할 것이다. (나) 이 건의 경우 처분청은 쟁점금액 전액을 쟁점자산의 취득원가에 가산할 자본적 지출로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인이 증빙으로 제출한 “수수료 등 상세지급내역”을 보면, OOO 프로젝트 자문위원 BBB 작가 및 OOO 교수에게 지급한 용역비 항목의 월 자문료, OOO 소재 농장 운영회사(‘OOO’)에 지급한 연수비 항목의 농장 운영 자문료 등 그 비용의 성격상 쟁점자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키는 것인지 여부가 불분명한 항목이 존재하는 점, 설령 쟁점금액을 자본적 지출액으로 본다고 하더라도 이는 쟁점자산에 국한되는 것이 아니라 쟁점자산을 포함한 전체자산의 취득원가를 구성하는 것으로 봄이 타당한 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 처분청에서 자본적 지출로 보아 쟁점자산의 취득원가에 가산한 쟁점금액 중 어느 항목의 금액이 쟁점자산을 취득하거나 건설 등에 직접 연관된 비용인지 여부 등을 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.