(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정된 것) 제1조의2【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “거주자”란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소(居所)를 둔 개인을 말한다.
2. “비거주자”란 거주자가 아닌 개인을 말한다. 제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. “1세대”란 거주자 및 그 배우자(법률상 이혼을 하였으나 생계를 같이 하는 등 사실상 이혼한 것으로 보기 어려운 관계에 있는 사람을 포함한다. 이하 이 호에서 같다)가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학, 질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소에서 일시 퇴거한 사람을 포함한다]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 배우자가 없어도 1세대로 본다. 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득
2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
- 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
- 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <표1> 보유기간 공제율 10년 이상 100분의 30 <표2> 보유기간 공제율 10년 이상 100분의 80
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제119조【비거주자의 국내원천소득】비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.
9. 국내원천 부동산등양도소득: 국내에 있는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산·권리를 양도함으로써 발생하는 소득
- 가. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 같은 항 제4호 가목·나목에 따른 자산 또는 권리 제121조【비거주자에 대한 과세방법】① 비거주자에 대하여 과세하는 소득세는 해당 국내원천소득을 종합하여 과세하는 경우와 분류하여 과세하는 경우 및 그 국내원천소득을 분리하여 과세하는 경우로 구분하여 계산한다.
② 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호에 따른 국내원천 부동산소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조 제1호부터 제7호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의6까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호에 따른 국내원천 퇴직소득 및 같은 조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 분류하여 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호·제4호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다. (2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것) 제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.
- 나. 해외이주법에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다. 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제159조의3【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × (양도가액
• 9억원) / 양도가액
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × (양도가액
• 9억원) / 양도가액 제180조의2【비거주자에 대한 과세방법】① 법 제121조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 비거주자”란 법 제1조의2 제1항 제2호의 비거주자를 말한다. 다만, 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때에는 제154조 제1항 제2호 나목 및 다목의 요건을 충족하는 비거주자는 제외한다. (3) 소득세법 시행규칙(2019.12.31. 기획재정부령 제762호로 일부개정된 것) 제71조【1세대1주택의 범위】⑥ 영 제154조 제1항 제2호 나목을 적용할 때 해외이주법에 따른 현지이주의 경우 출국일은 영주권 또는 그에 준하는 장기체류 자격을 취득한 날을 말한다.
- 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인의 양도소득세 신고서 및 경정청구서, 이에 대한 처분청의 경정청구 처리결과통지 공문OOO 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2020.1.31. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후 2020.3.31. 소득세법제95조 제2항 표1에 의한 장기보유특별공제(10년 이상 보유: 양도차익 30%)를 적용하여 신고하였다가, 청구인이 2018.3.9. 영주권을 취득하여 현지이주를 한 날부터 2년 이내에 쟁점주택을 양도하여 소득세법 시행령제180조의2 제1항 단서에 따라 1세대1주택 비과세 적용이 배제되는 비거주자에서 제외되므로, 소득세법제95조 제2항 단서의 표2에 의한 장기보유특별공제(10년 이상 보유: 양도차익의 80%)를 적용하여야 한다며 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다. (나) 이에 대하여 처분청은 “소득세법제95조 제2항 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대1주택’에 해당하는 경우에 표2의 장기보유특별공제율을 적용하도록 규정하고, 대통령령은 ‘1세대’를 거주자 및 그 배우자가 함께 구성하는 1세대로 규정하고 있으므로 비거주자에게는 적용될 수 없는 것이므로 표2의 장기보유특별공제율을 적용하기 어려워 청구인의 경정청구를 거부한다”는 내용으로 청구인의 경정청구를 거부하였다. (다) 소득세법제89조 제1항 제3호 가목에서는 “ 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다”고 규정하면서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다”고 규정하였고, 같은 법 시행령 제156조 제1항에서는 “법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 OOO원을 초과하는 것을 말한다”고 규정하였으며, 같은 법 제95조 제2항에서는 “장기보유특별공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”고 규정하면서 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”고 규정하였고, 같은 법 시행령 제159조의3에서는 “법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다”고 규정하였으며, 같은 법 제88조 제6호에서는 “1세대란 거주자 및 그 배우자가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자와 함께 구성하는 가족단위를 말한다”고 규정하였고, 같은 법 제95조 제3항에서는 “ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다”고 규정하였으며, 같은 법 시행령 제160조 제1항에서는 “법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다”고 규정하였다. 또한 소득세법제121조 제2항에서는 “법 제119조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 분류하여 과세한다”고 규정하면서 단서에서 “제119조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호·제4호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다”고 규정하였고, 같은 법 시행령 제180조의2 제1항에서는 “법 제121조 제2항 단서에서 대통령령으로 정하는 비거주자란 법 제1조의2 제1항 제2호의 비거주자를 말한다”고 규정하면서 단서에서 “법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때에는 제154조 제1항 제2호 나목 및 다목의 요건을 충족하는 비거주자는 제외한다”고 규정하였으며, 같은 법 시행령 제154조 제1항 제2호 나목에서는 “해외이주법에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우로, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우 로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다”고 규정하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 출국일부터 2년 이내에 쟁점주택을 양도하여 소득세법 시행령제180조의2 제1항 단서에 따라 비거주자에서 제외되는바 소득세법제95조 제2항 단서의 표2가 적용되어야 한다고 주장하나, 소득세법제89조 제1항 제3호는 양도가액 OOO원을 초과하는 고가주택에 대해서 1세대1주택 비과세를 배제한다고 규정하고, 같은 법 제95조 제3항 및 같은 법 시행령 제160조 제1항에서는 법 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택의 양도차익 및 장기보유 특별공제액의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있는 등 관련 법령에서 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 삼고 있는 점(조심 2021서1183, 2021.5.13. 같은 뜻임), 소득세법제121조 제2항 단서에서는 비거주자에게 과세할 경우 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제180조의2 제1항에서는 비거주자를 거주자가 아닌 개인을 말하는 것으로 규정하면서 단서에서 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때에 제154조 제1항 제2호 나목을 충족하는 비거주자를 제외하는 것으로 규정하고 있는데, 쟁점주택은 양도가액 OOO원을 초과하는 고가주택에 해당하여 소득세법제89조 제1항 제3호가 적용되지 아니하므로 같은 법 시행령 제154조 제1항 제2호 나목의 충족 여부와 관계없이 같은 법 시행령 제180조의2 제1항 단서가 적용되지 않는다 할 것인바 쟁점주택 양도 당시 청구인은 비거주자에 해당하는 점, 비거주자의 경우 소득세법제95조 제2항 단서를 적용하지 아니하도록 규정한 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 소득세법제121조 제2항의 개정취지가 거주자의 주거생활의 안정목적에서 운영되는 1세대1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니함을 명백히 하기 위한 것인 점(조심 2012서4348, 2012.12.11. 외 다수 같은 뜻임), 소득세법제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 “대통령령으로 정하는 1세대1주택”에 해당하는 경우 표2의 공제율을 적용하도록 하고 있는데, 여기서 ‘1세대’란 “거주자 및 그 배우자가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자와 함께 구성하는 가족단위”를 의미하므로 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였다 하더라도 양도 당시 비거주자인 이상, 쟁점주택은 소득세법제95조 제2항 단서 규정상 1세대1주택에 해당하지 아니하여 같은 항 단서 표2의 장기보유특별공제율을 적용하기가 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.